自覺醒者數量增加到一定規模之後，各種各樣的問題就冒了出來。
雖然聯盟事先已經盡力去調整覺醒者的三觀，但真正經歷了超越時空的洗禮後，原本的魔法少女們依舊多少有些作爲普通人類的認知與觀念殘留了下來，畢竟依靠黑箱的她們不是真正的高維生命，感知與行動都在依賴低維的軀殼。
不過...意識都超越時光了，還有人糾結執着於那一個月內的人類貨幣你敢信啊？
爲了在時間線上“凝固不動”的親朋好友的人生軌跡，爲了自己低維軀殼的各種感官與利益，爲了各種各樣的理由，濫用魔力干涉他人時間線的事情時有發生，源源不斷的引發着時間線的連鎖震盪...
除了這些外，還有一些理念與文雯她們有些差異的個體時不時的搞出點事情來，不過由於人手培養的過程還算嚴格，發展到敵對的個體遠沒有出現，但隨着以後聯盟的規模不斷擴大，出現意見不合者就是遲早的事情了。
畢竟矛盾這種東西總是無處不在的，而圓環之理那種層面的事情基本都停留在猜測的範疇，除了被曉美焰輪迴的輪迴所波及的那些少女外，其他的人對高維形勢的惡劣基本都是將信將疑，如果不是時光斷層所有覺醒者都能看見，聯盟成立的基礎恐怕都有點不穩定。
這些亂七八糟的事情，雖然有些麻煩，但基本也還在文雯她們的預期之內，並沒有動搖到整個組織的運轉——
反正一切小矛盾在時光斷層的大矛盾解決之前都不算重要，而且控制着組織的她們掌握着目前最先進的技術與最強大的暴力，陣腳還是壓得住的。
真正令人頭痛的問題還在後面。
隨着聯盟總魔力規模以及世界認知深度的不斷提升，魔術師們發現她們逐漸可以做到更多的事情了。
大量魔術師類高維視角的重疊與交叉，讓她們逐步拓展了視野、找到了扭曲物理規則的魔力的更深層使用方法。
換句話說，隨着聯盟從圓環之理那邊撕裂、融合的力量越來越多，將力量連接在一起的她們彷彿解鎖了魔力黑箱內更深的權限、逐步獲得了更高層面的視野，漸漸擁有了對世界線本身進行宏觀干涉的能力。
在這種趨勢出現的同時，一些東西就開始變化了。
首先是資質調整計劃的相關人員，發現原本的很多難題在可以收束世界線未來走向的新力量面前迎刃而解，第一例非魔法少女出身的魔術師很快就出現在了聯盟之中。
雖然由於人手不足，聯盟涉足干預的平行世界線還只是小部分，這位新生魔術師的魔力水平比起魔法少女來說弱的可憐，暫時也看不到覺醒的可能性，但總歸是一個階段性的成功實例。
而另一個明顯的變化，源自沙耶香的反饋——帶着鹿目圓躲在自身結界中的曉美焰，已經徹底停止了活動，將自己與整個結界徹底封印凍結。
逃回聯盟的沙耶香根據自己觀察到的那些細節猜測，可能是曉美焰發現自己無力抵抗自己靈魂深處越來越強烈的外力影響，所以才選擇了自我封印。
不管這種影響力來自何方，很明顯聯盟的發展已經引起了世界之外某些存在的反應，這也不知道該說是好事還是壞事。
而在這個關頭，丘比在一段時間的觀望與等待之後，開始了自己的行動。
十幾歲的魔法少女們，很多在知曉真相後都比較反感丘比。
雖然這位孵化者從不說謊，但卻在訂立契約過程中隱瞞了很多關鍵的信息，這種行爲的性質在很多人眼裡是相當惡劣的，理論上魔術師聯盟內不會有人再輕易信任丘比。
但畢竟林子大了，什麼樣的鳥都會有。
原來的魔法少女中，連佐倉杏子這種用重刑犯飼養魔女的傢伙都能出現，那麼出現一些不斷追問丘比並在得知一些真相後理解孵化者文明選擇的個體，也是相當正常的。
畢竟丘比它們阻止宇宙末日的話語並不是謊言，其行爲都是爲了探索與研究服務，而且也確實尊重着人類這種智慧生命，不管這種“尊重”的來源與形式，它們總歸從不使用自身遠遠凌駕於人類的科技力量去暴力干涉人類的發展。
對於文雯這樣的大人來說，就算情感上不喜歡丘比的一些言行，但這也不會阻礙她進行換位思考，從而理解丘比它們文明的立場與行動。
職業特殊的魔法少女中出現一些這樣的小大人，並與刻意引導的丘比達成協議，就不是很難理解的事情了——畢竟丘比已經積累了太多關於人類的行爲數據，研究出一份極具針對性的方案並不困難。
少女的思維邏輯，有時候還是挺可怕的。
丘比的行動是從文雯探索平行世界時穿越的某個世界開始的，由於初期進行的比較隱晦，且處於聯盟視野之外，所以衆人都沒察覺到它的異動。
而以丘比的人類學造詣，引導選出幾個信任度較高的魔法少女還是沒問題的，這些能力與知識積累都偏向精神與心理的她們，乘着聯盟早期漏洞較多的時候成功摻合了進去——
那段時間有對應技術誕生的聯盟中，佐倉杏子已經沒折騰精神審查工作了，顯然後面的審查手段與相關技術在魔力面前並不是完全保險的。
不過這多少也是因爲丘比想讓她們做的事情比較簡單、並不會引起她們過多的警覺與關注的緣故——
丘比只是想讓這些有可能成爲覺醒者的傢伙，在其他世界線給時間軸上游的孵化者傳遞一點點信息而已。
等到聯盟察覺到問題反應過來的時候，丘比已經在聯盟涉及的大量世界線內隱秘的製造出了自己的娘化版本，並在其資質勉強達標後啓動了轉化程序，將自己改造成了魔法少女。
雖然獲得魔力的，並不是直接掌控着孵化者文明所有科技力量的那個丘比，只是擁有孵化者核心算法的普通人類少女，但那白髮的少女依然可以將自身的微弱魔力發揮出令人瞠目結舌的恐怖效果。
而更令人頭痛的，是丘比利用了自己作爲魔法少女的身份，在一定程度上繞過了不能直接干涉其他文明個體的思想鋼印，它通過用大量知識與工具引導“魔法少女丘比”，以其爲介質間接發揮出了一部分孵化者文明所擁有的力量。
結果就是，尚未覺醒的白髮少女丘比，在各個世界線正面硬剛了魔術師聯盟的調查團。
地球君沒少因爲雙方的衝突而悲泣過，老實說，在低維世界裡正面對抗，整個聯盟除了背景深不見底的文雯之外，全加起來都不一定打得過少女丘比。
要不是魔術師聯盟在時間軸上游抓住了某些人給丘比傳訊的那些節點，從而抹除了部分世界線內丘比獲知信息並製造白髮少女的未來，這場爆發的有些突兀的衝突還不知道要演變成什麼模樣。
在所有世界線的時間軸起點進行了一輪震盪時間線的整肅後，丘比的行動被消滅在了其誕生之前，但這成功的整肅到底是不是丘比的示弱、白髮少女丘比到底有沒有覺醒的意識被隱藏起來，聯盟中誰都不敢肯定。
別忘了，丘比手頭還有魔女之夜這個從“不存在的歷史”中延續過來的、所有魔女構成的特殊黑箱網絡。
所以聯盟只能在嚴防死守之餘努力繼續攀科技，爭取能抓住那一臉無辜的丘比的本體。
而對於丘比的行動，文雯其實是有些詫異的——在她看來，知曉那麼多高維情況的丘比，不應該如此冒失的做出行動，也不至於在行動出成果之後立馬就選擇與聯盟正面對抗，後者以目前的情況來說是看不到多少必要性與收益的。
她姑且就只能當丘比與曉美焰一樣，也受到了異常力量的影響。
但這些事情，對於鹹魚化的文雯來說，依舊不是最刺激的——
不知道是不是因爲魔術師聯盟逐步走上了正軌，文雯那求知者系統上的、長期懸而未決的陣營抉擇任務，內容終於刷新了。