在化石狀態中僅有某些綱的生物纔可以以大量的數目被留存下來，相當多的物種一旦形成之後倘若再也不產生任何變化，便會絕跡而沒能留下變異了的後代；且物種產生變化的時間，即便用年來計量是漫長的，可較之物種保持相同類型的時間來說，可能還是短的。分散廣的與佔優勢的物種，極易產生變異，且變異最多，最初變種又通常是區域性的——因爲這兩個原因，不是很容易在無論哪一個地層裡找到中間鏈條。區域變種未經過多多少少的變異與改進，是不可能分散到另外的遙遠地區的；當它們分散開來，而且被發現在一個地層中的時候，看起來他們似乎是在那個地方突然被創造出來一樣，因而就被簡單地列爲新的物種。有關沉積過程大部分地層是斷斷續續的；其持續的時間也許比物種類型的平均延續時間要短。一般，長久的空白間隔時間把不間斷的地質層分離：由於有着化石的地質層，其厚度足夠用來抵禦今後的腐蝕作用，依照慣例，僅在海底下降且有諸多沉積物的地方，這樣的地質層纔可以得以堆積，通常在水平面上升與靜止交替的時期，是無地質紀錄的。在後者中，生物類型可能會有更多的變異性；在下降時期，通常有更多的絕跡。
有關寒武紀地質層以下富含化石的地層不足的問題，我僅有回到第十章中提出的假設，也就是，在長時期內我們的大陸與海洋儘管保持了和目前基本上相似的相對位置，可是我們無理由去假設一直都是這般；因而在大洋之下或許還埋藏着比現今已知的一切地質層更爲古老的地質層。有人覺得從我們這個行星凝固之後所歷經的歷史，並不可以讓生物實現所設想的變化量，就像湯普森爵士所竭力闡述的，此異議可能是以前提出來的最有力的異議。對於此點我僅能說：首先，倘若用年計算，我們對物種以怎樣的速率產生變化不瞭解；其次，諸多哲學家仍舊不願意承認，我們對宇宙與地球內部的構成已有了充足的認知，能夠用以穩妥地估測地球既往的時間長度。
對地質紀錄不完全大家都不否認；可是極少的人願意承認其不完全已達到了我們的學說所需要的那種程度。倘若我們觀察到足夠長久的間隔時間，地質學說就明瞭地表明所有物種都產生了變化；且是依據學說所要求的那種方式產生變化，由於它們都是慢慢地而且經由漸變的方式產生變化。在連續地質層中的化石遺骸中我們能夠清晰地看到此種情況，較之於間隔十分遠的地質層中的化石遺骸之間的相互關係，此類地質層中化石遺骸之間的相互關係還要密切些。
上述便是能夠正當地提出來否認該學說的若干關鍵異議與難點的概述，現今我已就我所瞭解的簡單地重述了我的回答與說明。很久以來我深感這些困難是此般嚴重，使得我不能夠懷疑其分量。可尤其值得讓人注意的是，更有分量的異議有關於我們公認的無法知道的那些領域；並且我們還不明白自己無知到哪種地步。我們還不明白由最簡單的至最完善的器官之間的所有可能的過渡級進；我們也不能假裝已經瞭解，在悠長歲月裡“分佈”的五花八門的方法，又或是地質紀錄是哪般的不完全。即便這若干異議是有力的，可依照我的判斷它們還未能達到推翻伴隨着後代變異的生物起源學說的地步。
現在讓我們說說爭論的另一方面。在家養環境下，我們瞭解到經由變化了的生活環境所產生的或者至少是所激起的相當多的變異性；然而它通常以如此不清晰的方式產生，使得我們極易把變異當成是自然發生的。變異性被諸多複雜的法則所支配，此等法則涵蓋有關生長、補償作用、器官的增強使用與不使用、還包括附近條件的一定作用。我們不易確定曾經家養生物發生過多少變化，可我們能夠有把握地推論，變異量是非常大的，並且變異可以相當長時間地遺傳下去。只要生活環境保持穩定，我們就可以確信，已遺傳了諸多世代的變異能夠繼續遺傳到近乎數不清的世代。另一方面，我們有理由能說明，變異性一旦產生作用於家養環境下就能夠在相當長的時期內繼續下去；我們尚不瞭解它什麼時候停止過，因爲就算是最古老的家養生物時不時也會產生新變種。
事實上變異性並非由人引起；把生物置於新的生活環境之下僅是人類的某種無意識行爲，這樣生物的體制自然就被作用，因而使得它產生變異，然而人可以並且的確選擇了自然贈與他的變異，因而依據所有需要的方式使變異積累。此般，他就能夠讓動物與植物和他自己的利益或者愛好相適應。他能夠有計劃地或者無意識地這樣做，該無意識選擇的方法即他把對其最有用或最適合自己的愛好的那些個體存留下來，可是並不試圖改變品種。他必定可以藉助訓練有素的眼睛，在各個持續世代中選擇那些相當微小的個體差異，來強有力地影響某個品種的性狀。在最明顯的與最有用的家養品種的產生過程中這一無意識的選擇過程一度發揮了非常大的作用。在相當大的程度上人所造就的很多品種有着自然物種的狀態，相當多的品種竟是變種或本來是相異的物種這一很難解決的疑難問題已經明示了該事實。
無理由能夠說明在家養環境中曾是這樣有效地產生了作用的原理何以不可以在自然環境下產生作用。在持久反覆發生的生存鬥爭中有利的個體或種族可以存活下來，因而我們瞭解到某種強有力的與時常發揮作用的“選擇”的形式。全部生物都依據幾何級數快速地增長，這肯定會導致生存鬥爭。此快速的增加率能夠用計算來證明——諸多動植物在不間斷的特殊季節中與在新地區歸化時都會急劇增加，此點就能夠證明快速的增加率。產生出來的個體多於可以存活的個體，天平上的微小之差就可決定哪些個體將生存而哪些個體將滅絕——哪些變種或物種將大量繁衍，哪些將衰敗以致絕跡。在諸多方面相同物種的個體相互之間進行着最爲密切的競爭，所有它們之間的鬥爭往往最爲激烈，相同物種的變種之間的鬥爭基本上也是一樣激烈的，其次就是位於一個屬的物種之間的鬥爭。另一方面，在自然系統上距離比較遠的物種之間的鬥爭一般也是激烈的。一些個體在一切年齡或一切季節和同它相競爭的個體相比只要佔有最微小的優勢，又或是對附近物理環境有着些許微小程度的較好適應能力，結果就能讓平衡改變。
有關雌雄異體的動物中，大部分情況下雄性爲了佔有雌性，通常會發生鬥爭。最強有力的雄性，或和生活環境鬥爭最成功的雄性，常常會有着最多的後代。可成功一般有賴於雄性有着特殊的武器，或是防禦方法，又或是魅力；微弱的優勢便能夠產生勝利。
地質學明瞭地顯示，曾經諸陸地都產生過滄海桑田的物理變化，因而，我們能夠斷定在自然條件下生物產生過變異，就像它們在家養環境下一度產生過變異一般。在自然狀況下倘若有某種變異的話，則再說自然選擇未曾產生作用，就沒法解釋了。總有人主張，在自然環境下變異量是某種嚴格有限制的量，可該主張得不到證實。人，即便僅是作用於外部性狀且其結果是莫測的，卻可以在十分短的時間內經由積累家養生物的個體差異產生強有力的後果；且所有人都不否認物種表現出個體差異。可是，除個體差異之外，全部博物學者都不否認存在自然變種，這些自然變種被當成區別十足而值得記載於分類學著作力。無人在個體不同與微小變種之間，或在特徵比較顯著的變種與亞種之間，還有亞種與物種之間劃定過任何明確的界限。在分隔的大陸上，在相同大陸卻被某一種類的障礙物分隔的相異區域，包括在遙遠的海島上，存在着衆多的生物類型，它們被某些有經驗的博物學者列成變種，而被其他一些博物學者列成地理族或亞種，甚至還被一些博物學者列爲儘管密切相似卻相異的物種。
倘若動物與植物確實產生變異，不論其多麼微小或者緩慢，只要該變異或個體差異有利於任何一方面，就會經由自然選擇即最適者生存而被存留與積累起來。既然人可以耐心地選擇有利於他的變異，何以對自然生物有利的變異在複雜而變化的生活環境下不會經常產生，且被存留，也就是被選擇呢？有關此種在長久年代中發揮作用並嚴格檢閱各個生物的整個體制、結構與習性——幫助好的並滅絕壞的——的力量可以用來限制嗎？對於此種緩慢而美妙地讓各個類型和最複雜的生活條件相適應的力量，我不易看到有任何限制。甚至倘若我們不朝更遠處看，自然選擇學說彷彿也是十分可信的。我已竭力公正地重述了對方提出的難點與非議：讓我們現在回頭來說一說支持該學說的特殊事實與論點吧。
物種不過是特徵十分明顯的、穩定的變種罷了，且各個物種首先作爲變種存在，我們依照此觀點便可理解，在一般假設經特殊創造行爲產生出來的物種與公認爲經由第二性法則產生出來的變種之間，何以無一條界線可定。從此相同觀點出發，我們還可以理解在相同屬的相當多物種曾經產生出來的且現在仍舊非常繁盛的地區，何以這等物種要出現諸多變種；由於在物種形成非常活躍的地區，依據通常的規律，我們能夠推測它仍在進行，倘若變種是早期的物種，情況就必定如此。另外，大屬的物種倘若產生較大數量的變種，也就是早期物種，則它們或多或少就可能保持變種的性狀；緣由是它們之間的差異量較之小屬的物種之間的差異量要小。在分佈上大屬的密切近似物種明顯地要受到限制，且它們經由親緣關係圍繞着另外的物種聚集成小羣——這兩方面都類似於變種。依照各個物種都是獨立創造的觀點，這些關係就沒法說明，然而倘若各個物種都是首先作爲變種而存在的話，則這些關係就能被理解了。
每一物種均有依據幾何級數繁殖率而過度增加數量的走向；並且每一物種變異了的後代依照它們在習性上與結構上更爲多樣化的程度，能夠在自然組成中攫取相當多十分相異的場所而增加其數量，所以自然選擇就一般趨向於存留任何一個物種的分支最大的後代，因而在長期不間斷的變異進程中，相同物種的每一變種所獨有的微小差別便傾於增大併成爲相同屬的諸物種所獨有的較大差別。新的、改進了的變種不能避免地要排擠與消滅掉舊的、改進較少的與中間的變種：因而，在相當大程度上物種就成爲肯定的、界限明晰的了。各個綱中屬於較大羣的優勢物種趨向於產生新的與優勢的類型，最終各個大羣便趨向於變得更大、同時在性狀上更爲不同。然而一切的羣不可能都如此不斷增大，因爲這地球容納不了它們，因而略微佔優勢的類型不得不擊敗不佔優勢的類型，此種大羣不斷增大與性狀不斷分支的走向，加之沒法避免的諸多滅絕的事實，體現了全部生物類型都是依據羣之下又有羣來排列的，一切這些羣都被包括在曾經一直佔有優勢的數目較少的大綱之中。把全部生物都歸於所謂“自然系統”之下的該偉大事實，倘若依據特創說，是定然不能解釋的。