根據遷徙產生變化的觀點，我們就可以理解只有少部分物種在海洋島上生活，而且其中有諸多物種是不同一般的即爲本地獨有的類型。我們清楚地瞭解那些無法逾越萬里波濤的動物羣的物種，像蚌類與陸棲哺乳類，何以不在海洋島上生活；另一方面，還能夠理解，同蝙蝠一般的這些可以橫渡海洋的動物，其奇特的變種爲何在大海中的孤島上可見。蝙蝠的特殊物種可見於海洋島上，卻無任何另外的陸棲哺乳類，倘若用獨立創造的學說來說明此種情形，就完全得不到說明。
倘若兩個地區存在密切近似的或典型的物種，則依照伴隨着變異的生物起源學說的觀點來說明，這意味着從前同一種親類型曾生活在這兩個地區，而且，一旦在兩個地區我們找到有密切近似的物種生活，我們絕對還能找到兩個地區所共有的另外的物種。無論何地，在那裡倘若找到諸多密切近似的而差異顯著的物種，則在該地一樣也能找到同一羣的可疑類型與變種。諸地區的生物定然同移入者的最近根源地的一些生物存在關聯，這是一個通常規律。經加拉帕戈斯羣島、胡安·斐爾南德斯羣島以及別的美洲島嶼上的差不多全部的動植物和相鄰的美洲大陸的動植物的生動關係中，我們極易體會到此點：在佛得角羣島以及另外的非洲島嶼上的生物和非洲大陸生物的關係中我們也可以看到這點。不能否認，依照特創說，此等事實是沒法解釋的。
我們已經看到，全部過去的與現代的物種都可以羣下分羣，且絕跡的羣一般介乎現代諸羣之間，在這般情況下，它們都能夠歸入爲少部分的大綱內。依照自然選擇以及自然選擇所導致的滅絕與性狀差別的學說，該事實是能夠理解的，而且依照相同的原理，我們還可以理解，各個綱裡諸類型間親緣關係錯綜複雜的緣由。我們一樣可以理解，爲何在分類上一些性狀比另外的性狀更爲有用——爲何某種適應的性狀儘管對於生物相當重要，然而在分類上卻基本上毫無價值，爲何經殘跡器官而來的一些性狀，儘管對於生物毫無用處，可在分類上通常卻有着高度的價值；另外，胚胎的性狀何以一般有着最高價值。與其適應性的類似相反，全部生物的真實的親緣關係能夠歸因於遺傳或系統的共同性。“自然系統”是某種依據譜系的排列，經所得到的差別諸級，通過變種、物種、屬、科等術語來表示的；我們應當經由最穩定的性狀去找尋系統線，不論它們是什麼，也不論在生活上它們如何不重要。
形成人的手、蝙蝠的翅膀、海豚的鰭以及馬的腿的骨骼都是相似的——長頸鹿頸與象頸具有着相同數目的脊椎——以及數不清另外的類似事實，依照和緩慢的、微細而不間斷的變異相伴隨的生物起源學說，立即能夠得以解釋。蝙蝠的翅膀與腿——螃蟹的顎與腿——花的花瓣、雄蕊與雌蕊，即便使用目的不一樣，可它們都有着相似的結構樣式。此等器官或部分在諸綱的早期祖先中曾經是相似的，可後來慢慢產生了變異，從此觀點出發，在大體上上述的相似性還是能夠解釋的。不間斷的變異不一定產生在早期年齡中，而且其遺傳發生在相應的而並非是更早的棲息時代；依照該原理，我們能夠更爲清楚地理解，何以哺乳類、鳥類、爬行類與魚類的胚胎會這樣酷似，而其成體類型又完全不同。如不得不借助非常發達的鰓來呼吸溶解在水裡的氧氣的魚類那般，呼吸空氣的哺乳類或鳥類的胚胎有着鰓裂與弧狀動脈，對於此點，我們不必訝異。
時而由於生物的自然選擇，長期不使用某些器官使得這些器官會在改變了的棲息習性或生活環境下失去作用且慢慢縮小；依照此觀點，殘跡器官的意義就被我們所理解。然而在生存鬥爭中不使用與選擇往往是在各個生物成熟而且必定在充分發揮作用時，纔可以對生物產生影響，可是對早期生活中的一些器官不會產生何種影響；所以在這初期年齡那些器官不會縮小或變爲殘跡。比如，小牛從某個有着十分發達牙齒的早期祖先那兒遺傳了牙齒，可其牙齒卻從不穿出上顎的牙牀肉；我們應該相信，由於在自然選擇的作用下，舌與顎或脣變得十分適於吃草，而不用藉助於牙齒，因而從前成長動物的牙齒就因爲不使用而縮小了；然而在小牛中，牙齒卻未受到影響，而且依照遺傳在相應年齡的規則，它們從遙遠的時期一直遺傳到現在。那些一點用處都沒有的器官，比如小牛胚胎的牙齒或者是諸多甲蟲的連合鞘翅下的萎縮翅，既然會數目衆多地存在，倘若用各個生物以及它的所有相異部分都是被特別創造出來的觀點來說明的話，這是無法說通的。能夠說“自然”曾經想方設法地運用殘跡器官、胚胎的以及同原的結構來泄露其造物的設計，只不過我們太粗心，因而無法明白它的苦心。
依照上面的論述，我完全相信，在系統的漫長曆程中物種一度產生變化，就這我已進行了複述。這基本上是經由對數之不清的不間斷的、微小的，有利的變異進行自然選擇來實現的；而且採用重要的方式；也就是藉助器官的使用與不使用的遺傳效果；還有不重要的方式，即有關於不管過去或現今的適應性結構。其產生依賴於兩個方面，一方面是外界條件的直接影響，另一方面是對我們來說彷彿是無知的自發變異。看來以前在自然選擇以外使得結構上永久變化的此種自發變異的頻率與價值，是被我低估了。可是由於近來我的結論曾被極度歪曲，而且有人說我把物種的變異全部歸因於自然選擇，因而請允許我指出，在本書的第一版，以及在今後的若干版中，這樣一段話曾被我放在最顯著的地位——《緒論》的結尾處：“我相信，‘自然選擇’是變異的最關鍵的但並非獨一無二的手段。”此話並未產生什麼作用，可儘管根深蒂固的誤解力量這樣之大，科學的歷史亦會說明，此力量是不會長久延續的。
讓人無法想象的是，某種虛假的學說竟然也可以如同自然選擇學說那般給上述幾大類的事實以這樣令人滿意的解釋。有人近來反對說，此種討論方法存在欠缺；然而，該方法是用以判斷一般生活事件的，而且頻繁地被最偉大的自然哲學者們所運用。光的波動理論就是這般而來；而地球環繞中軸旋轉的看法，至今還未找到直接的證據。倘若誰要說科學對於生命的本質或起源這一更高深的問題還未提出解釋的話，這並非有力的異議。誰可以說清地心引力的本質是何呢？但是無人會反對依據地心引力這一未知條件得出的結論；雖然以前列不尼茲曾經對牛頓發難，說他把玄妙的性質與奇蹟引進到哲學裡來了。
我無法找到好的理由來說明本書所提出的觀點何以會震動一切人的宗教感情，記住下面情況，你就會明白此種印象是多麼短暫——人類曾有過的最偉大發現，也就是地心引力法則，曾經也被列不尼茲攻擊爲“自然宗教的覆滅，因而推理也是啓示宗教的覆滅”。某位知名的作者兼神學者給我寫信說，“他已慢慢感到相信‘神’創造出某些少部分原始類型，它們自己可以發展成另外的必要類型，與相信‘神’需要某種新的創造作用以補充‘神’的規律作用所產生的空虛，一樣都是崇高的‘神’的觀念”。
能夠質問，物種的可變性爲何直到最近仍然被幾乎一切在世的最傑出的博物學者與地質學者所質疑。在自然狀況下生物不會產生變異是不可主張的，在歷史長河中變異量是某種有限的量是不可證明的，無法在物種與特徵明顯的變種之間找到明清的界限。物種雜交必定導致不育是不可主張的，但變種雜交卻肯定能育；或者扶持不育性是創造的某種特殊稟賦與標誌。一旦地球的歷史被想成是短暫的，差不多無法避免地就會得到物種是不變的產物的結論；而目前對於時間的推移我們已得到了某種概念，我們就不能毫無依據地假定地質的紀錄是那麼的完全，因而一旦曾經物種有過變異，關於物種變異的顯著證據它就會爲我們提供。
可是，因爲我們總是不想立刻承認強烈的變化所歷經的步驟，而此些步驟又不被我們所瞭解，所以我們本能地不想承認某個物種會產生另外的變種。這與下面的情況相同：起初萊爾曾經主張長行的內陸巖壁的構成與巨大山谷的凹陷都是因爲我們現今看到的依舊在起作用的因素產生的，非常多的地質學者對此都覺得很難接受。對於儘管是一百萬年此種用語的充分意義思想可能也不能掌握，則對於歷經漫長時期所積累的相當多的微小變異，其一切效果如何更是不可以綜合領會。
即便我相信該書經以提要的形式提出來的觀點是完全正確的，可是，對於因經歷漫長的歲月而裝滿了大量事實的經驗豐富的博物學者的思想來說，其觀點和我的觀點恰恰相反，我從沒指望說服他們。在“創造的計劃”、“計劃的一致”此類說法下，我們的無知那麼容易地被遮蓋，且還會僅把事實重述一遍就認爲自己似乎已經給出了某種解釋，不論是誰，只要他的性情側重於還沒被解釋的難點，而對諸多事實的解釋不予重視他就肯定要否認此學說。思想被賦予相當大的適應性且已經開始懷疑物種不變性的少部分博物學者也許會受到本書的影響；可是我信心滿懷地看着未來——期望那些年輕的、後起的博物學者，他們能毫無偏見地去看待此問題的兩方面。經由引導已確信物種是可變的人們，不論哪一個，倘若自覺地表示出他的確信，相當於他便做了好事；因爲唯有此般，纔可以移去對此問題所持的深刻偏見。
若干位著名的博物學者最近闡述他們的觀點，肯定在各個屬中都包含着諸多公認的卻並非真實的物種：而肯定另外的一些物種纔是真實的，就是單獨被創造出來的。我覺得，這是一個稀奇的論斷。他們深信，有一些至今還被他們自己認爲是特別創造出來的，而且大部分博物學者也是此般看待它們的、因此它們有着真實物種的全部外部特徵的物種，是通過變異產生的，可是他們不想把這相同觀點延展到別的略有差異的類型。即便這樣，他們並不假裝他們可以確定，又或是甚至可以猜測，哪些生物類型是因創造而來的，哪些生物類型又是因第二位法則產生而來的。在某一種情況下他們肯定變異是真實原因，可在別的一種情況下卻又斷然否認它，可又不指出這兩種情況的不同之處在哪。在未來的某一天這將作爲怪異的事例來闡明祖先見解的盲目性。