此次從山東募兵共九千一百人，雖然在膠州之戰中損失了五百老兵，可是在岱山還有留守的一千老兵，這樣算下來整個岱山軍步兵已達萬人。
對新兵的編制訓練被提上了日程。
按照岱山軍現在的編制，任思齊把老兵和新兵糅合在一起，共新編了十個營的步兵。
沙千里、陳名揚、湯尼、任保全、任秋裡等原隊正也都官升一級，擔任營正之職。
在營的上面，任思齊決定建立“鎮”的編制。一鎮轄五個營，鎮的長官稱鎮將，享受遊擊將軍待遇。不過岱山軍的最高領任思齊現在纔是遊擊將軍，所以鎮將的職級還是千戶銜。
至於兩個鎮將的人選，則分別由任興凡和晉玉飛擔任。
編制新軍工作雖然從在山東時就開始了，可是直到回到岱山島半個月後，纔算最終完成。
所有的軍官全部到位，各營士兵人數補充完畢，所有士兵全部登記造冊，所有文冊一律兩份，各營自己留一份，上繳將軍府一份。
當然步兵擴充規模過大，導致了基層軍官不足，從山東生還的老兵大都擔任了小旗總旗的軍職，可是小旗伍長之類的最基層軍官人數卻還是不夠。
沒奈何任思齊決定伍長小旗等基層軍官暫且不選，等三個月的新兵期過後從新兵中提拔。
另外就是軍隊中的隊監鎮撫軍官人選，都是從自願從軍的移民中的讀書人中選拔。
此次山東之行，最大的收穫除了招募的這近一萬新兵以外，就是一百多讀書人。這些讀書人雖然大都只是童生而已，其中功名最高的也只是十幾個秀才。可是他們的加入，讓岱山軍整體的素質提高了一截。
這一百多讀書人中一大半都自願從軍，爲的是享受軍官的待遇。
按照岱山軍的要求，新參軍的所有人都必須參加三個月的新兵訓練，沒有人能夠例外。任思齊決定等新兵期過後，再從這些讀書人中挑選出隊監、鎮撫，後勤輜重軍官的人選。
現在岱山軍新兵十個營萬餘人，都駐紮在岱山島肯定不行。任思齊把他們的駐地分別放在了各島，金塘島、大小長塗島、衢山島、秀山島、朱家尖島等大的移民多的島嶼都駐紮一營新兵。在岑港放了一營，剩下的四營新兵都駐紮在岱山。
並沒有急着進行訓練，而是在各島由他們自己修建自己的營地。每日裡都有海船往來於各島之間，把各種物質補給運送到各島之上。
一萬新兵、數萬移民，每日的事務繁雜無比，大事小事都需要任思齊親自處理，令任思齊頭疼不已。於是便又生出了建立遊擊將軍幕府的心思。
按說，一個小小的遊擊將軍是沒有資格設立幕府的。可是現在任思齊掌控幾十個島嶼，麾下水6士兵兩萬多人，治下百姓十萬，其屬地以及百姓的規模都在一個縣之上。
一個縣的縣令都有縣丞主薄等屬官，更有禮戶禮兵刑工六房書吏協助處理各種事務，更有三班衙役爲爪牙。
而現在整個岱山島的書吏僅僅是巡檢司數名書吏而已。以前軍隊百姓人數少時尚能正常運轉，現在隨着治下人數的增加，已經不能滿足需要。
經過慎重考慮，任思齊決定正式成立海防遊擊將軍幕府，主要處理軍隊事務。
幕府之下設立參謀、後勤、裝備、鎮撫四司，參謀司主掌作戰、訓練、敵情、軍務。後勤司主掌營房、輜重運送、物質採買、糧餉財物等。裝備司主掌全軍武器製作，購買，保管，分配等等。而鎮撫司則主掌全軍軍紀，負責對違紀官兵懲罰，負責戰場上戰功登記覈實。
參謀司司長需要爲主將出謀劃策，查漏補缺，需要熟悉軍務腹有謀略之人，目前黃鳳舞是司長的最佳人選，可是黃鳳舞死活不願留在岱山，而是帶着她的士兵返回了舟山島。
任思齊腦中閃過衆多屬下的面孔，想找出一個最佳人選。可是岱山軍中熟悉軍略的人才實在太少，而參謀司司長這個職位又太過重要，不能隨便許人。
忽然任思齊腦中閃現出一個人名，李彥直！
李彥直，山東膠州人，秀才功名，除了熟讀四書五經以外，讀書涉獵甚廣，曾讀過多部兵法，也曾遊學各地，考察山川地理。
此次岱山軍的山東之行，李彥直看到了岱山軍較強的戰力，以及朝氣蓬勃的精神，認爲岱山軍與以往見過的其他明朝軍隊截然不同，便果斷的攜妻兒加入岱山軍，隨着第一批移民南下。
在往岱山的船上，更是主動要求加入岱山軍，協助對新招募的士兵家屬進行編組，展現了極強的能力。
到了岱山之後，移民初來，一切草創，對移民的安置，對士兵的營房士兵的管理，李彥直提出了很多合理的建議，令當時岱山的負責人陳忠沙福極爲讚賞，在任思齊回到岱山之後，在任思齊耳邊多次提起。
秀才功名，通軍略，很有才幹，倒是一個參謀司司長的人選，奈何資歷太淺！任思齊心中暗道，隨即又苦笑了起來，現在岱山一切初創，人才匱乏，還講什麼資歷？
遂決定任命李彥直爲參謀司司長。
後勤司司長由曹長江擔任，曹長江是在呂宋時跟隨任思齊的老人，爲人勤勤懇懇，忠厚老實，讓他做後勤司司長，倒不怕他會出現貪贓枉法之事。至於學識的不足，只要再給他配上一些精通算術的讀書人爲屬吏即可。
裝備司司長由荷蘭人門羅擔任。門羅對現在在岱山軍中的地位很滿意，早已放棄了返回荷蘭的心思，加入了大明戶籍，所以他在理論上已經是個大明人了。門羅懂火炮火槍的鑄造維修，又在岱山軍初創時立下了許多功績，由他擔任司長正合適。
鎮撫司司長由宋立本擔任，宋立本在攻略舟山中立下了大功，其能力沒得說，資歷也夠。不過宋立本現在跟着茅十八去了日本，只能等他回來後再履職。