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在蘭斯大會戰結束以後，戰爭又進入了相持階段，由於大家都在蘭斯損失了巨大的人力和物力，所以使得雙方都沒有力量在發動大的戰役了。而聯軍中有的國家則已經打起了退堂鼓，開始秘密的派人和法國方面聯繫，希望可以單獨媾和，但是有想借此機會在法國得到利益。誰知法國人並不買帳，只得作罷，維持這種不死不活的局面。
年底，拿破倫回到了法國，在獲得很多大金融家，大工廠主，大軍火商的支持，聯合反對督政府的人成功的發動了政變，強行解散了“五百人團”，成立了執政府，並任第一執政。而在這次政變中貢獻巨大的則是他的弟弟——呂西安•；波拿巴。在執政府中，也由他出任內政部長。
解決好國內的事後拿破倫開始積聚力量，在1800年的時候想反法聯軍發動了進攻，取得了一系列的勝利。取得了戰爭的最後勝利。而此時約瑟夫在莫爾豐塔尼簽訂了法美條約，兩年後又簽訂了亞眠和約。他的外交天賦被充分的表現出來，不過最後他還是沒有成爲外交部長，而外交部長則是由拿破倫多年來最尊敬的貴族塔列朗擔任。這讓人覺得很奇怪，因爲在此時的過渡政府中，內政部長，外交部長和陸軍部長無疑是最重要的，拿破倫想要把全國的政治機器控制在手中，那麼他又怎麼會讓這個位置掌握在別人而不是自己兄弟的手中呢？
此時，約瑟夫的心境是比較平和的，尚沒有被複雜的嫉妒心理和日益增大的分歧將他和他的弟弟之間的關係疏遠，並使整個拿破崙家族遭到破壞。在波拿巴家族的所有孩子中，約瑟夫所受到的教育和文化程度無疑是最高的，而且他對文學和藝術十分愛好，儘管其中夾雜着好色的成分。另外，他在經商方面也有很好的天賦，甚至連拿破倫也將自己的薪水和“外塊”交給他，讓他進行投資，並取得了很大的收益。
而此時蕭傑的身份也自然是水漲船高了，不過在學校裡除了迪奧卡和羅傑以外，沒有人知道他的身份，他也吩咐兩人不要外傳，他不想做那種靠家族勢力而耀武揚威的紈絝子弟。
蕭傑的學習成績很好，幾乎每門功課都是優秀，深得老師們的喜愛。但也是因爲這樣，他遭到了很多人的妒忌，其中特別是佛朗索家族的馬斯特，更是和他不對路，兩人經常發生矛盾，但由於蕭傑知道佛朗索家族在法國東部有着龐大的勢力，他們家族的佛朗索鋼鐵公司每年的產量佔了法國全國總鋼鐵產量的百分之四十還多，整個一鋼鐵大王。在波拿巴家族還沒有得勢以前，他不想招惹這樣一個強勁的對手，在很多次的衝突中，他都極力的剋制，避免事情鬧大。而馬斯特還以爲蕭傑根本就是沒有任何背景的軟腳蝦呢，更加的變本加厲起來。
蕭傑也絕對不是那種怕事的人，在拿破倫坐穩第一執政的位置後，他的反擊開始了。栽贓嫁禍，打悶棍，下黑手，所有的下三濫手段都被蕭傑運用起來了，而他的幫手則迪奧卡，羅迪，還有他寢食的卡爾，庫特，托馬斯。使得馬斯特毫無還手之力，最終實在是招架不住了，只好退學回家，但他還是有優點的，那就是一直都沒有把家族的力量用到這種個人恩怨中來，這還是很讓蕭傑佩服的。但從他那最後看蕭傑的那種狠毒的眼神，蕭傑知道這個仇是結大了，但他也是一點都不在意，雖然佛朗索家族的勢力非常的龐大，但還能大得過波拿巴家族嗎？經過這件事，蕭傑發現自己還真有做紈絝子弟的天賦，而那些對蕭傑不滿的人看到馬斯特都沒有討到好，甚至還被逼得退了學，於是都安靜了下來。
就這樣，慢慢的四年過去了。蕭傑原來計劃的時間也馬上就要到了。他在這四年裡，將個年級的所有課程全部學完，當然五年級和六年級的課程是全部自學的，這些課程對來自兩百年後的他來說根本就沒有一點難度。
於是他向學校提交申請，希望可以參加這一年的畢業考試，因爲時間對他來說實在是太寶貴了，他需要太多的時間來建立自己的勢力。
但學校卻拒絕了他的申請，在他們看來，雖然蕭傑成績很優秀，但學校的規則制度是不容破壞，最後還責備了蕭傑，叫他不要驕傲，不要以爲他學習好就可以提些異想天開的要求。
蕭傑憤怒了，這些食古不化的老傢伙居然敢阻擋他的計劃，於是他寫信向約瑟夫求救，並在信中闡明瞭自己的觀點，以及保證能夠通過畢業考試。
但當時約瑟夫的權利並不大，所以他只好把這件事告知拿破倫。拿破倫聽了以後十分的驚訝，他十分喜歡自己那個聰明的侄子，甚至想過讓他成爲自己的繼承人。既然蕭傑保證能通過考試，於是他就給陸軍部長打了一個招呼。這樣蕭傑很輕鬆的就得到考試的權利，而學校的那些領導這才發現這個小傢伙居然有如此大的能量，居然能讓陸軍部長爲他說話。但拿破倫希望看到的是蕭傑的真實成績，所以特別要求學校不能循私舞弊。
考試成績很快就出來了，蕭傑以總分第三的好成績獲得了畢業證書。其實蕭傑的文化考試的分數是第一的，但是軍事訓練上卻被拉下來了，原因是他才只有十二歲，雖然動作要領他都做的很標準，但奈何力量小了點，所以被扣了不少的分，不過蕭傑也是一點都不在意。
拿破倫在知道了蕭傑的成績以後非常的高興，心想：安德雷西果然沒讓自己失望，不愧是我拿破倫的侄子。有心把他培養成爲一個出色的軍官。於是他立刻簽署命令，把蕭傑送入巴黎皇家軍官學校學習。於是蕭傑就成了巴黎皇家軍官學校建效以來入學年齡最小的學生。