10月10日，拉納元帥的第五軍團逼近薩爾弗爾德城，與守衛該城的路德威格親王的1萬五千人敵軍展開激戰，親王寡不敵衆在肉搏中死於法軍的刺刀下，其部下逃往布倫瑞克公爵守護的魏瑪或霍恩洛厄親王守護的耶拿。法軍的神速使普軍指揮官大爲吃驚。他們沒想到法軍的進攻會這麼快，快得使他們來不及完成戰略部署。
法軍繼續前進，拿破倫斷定敵軍主力會集結在吉拉，結果撲了個空，那裡除了不到一千人的地方部隊以外，連一個普魯士的正規軍也看不到。拿破倫命令繆拉的騎兵軍團在前探路，達武的近衛軍團也被抽調了來進軍瑙姆堡，兩翼由拉納和賴伊率領。同時蕭傑也得到命令將第88軍團集合，準備隨時支援前線的戰鬥。
普軍統帥弗里德里希和布倫瑞克此時仍然在向魏瑪進發的途中，他們得知法軍已經佔領了在他們前方的瑙姆堡和萊比錫後，立刻停止了前進。
10月13日清晨，普軍召開軍事會議決定不與耶拿附近的法軍交戰，而是轉進北方，可是這完全與他們之前的作戰計劃相違背，他們本來是打算在瑙姆堡和萊比錫附近和法軍決戰的，現在臨時更改作戰計劃，這對軍隊產生了很大的不利影響。特別是轉進北方，此決定無異於怯陣逃跑，使得普軍士氣極爲低落，如果法軍能抓住這個計劃對普軍進行猛攻的話，那麼也許在對普魯士的戰爭中就可以分出勝負了。然而拿破倫對此卻毫無覺察，仍期望在16日前與普軍決戰。拿破倫作戰的一大弱點就是缺乏可靠的軍事情報，特別是在這場戰役中，照說他的德意志同盟以及他在柏林和普魯士軍中的直接內應應該能夠爲他提供及時準確的情報。但實際上卻完全不是如此，此時法軍作戰的情報大量是靠偵察兵帶回的，以前安插的那些內應好像是完全消失了一樣。
接到達武、賴伊和繆拉送來的大量報告之後，在13日上午9點，拿破倫終於意識到整個普軍已經向北轉移。他立即向達武、拉納、賴伊、呂內和貝納多特發佈一連串的命令，做好在耶拿決戰的準備或是追擊逃跑的普軍。下午3點，正在向耶拿城前進的拿破倫接到拉納的報告，說法軍已經佔領耶拿城。拿破倫進行了最後的戰略部署，決定將仍然處於魏瑪附近和耶拿之間的普軍主力一網打盡。
實際上，拉納的第五軍團在當天的早上就一舉攻下了耶拿，普軍慌忙逃竄，拿破倫在下午趕到耶拿城北和拉納會合。拿破倫傳令呂內和賴伊率部迅速趕到耶拿，並命令其他各部佔領耶拿北面的高地，在該高地上拿破崙配備了42門重炮。拿破倫認爲布倫瑞克的軍隊已全部陷入包抄，便命令在瑙姆堡西部的達武和貝納多特(以及繆拉的騎兵軍團)長途急行軍趕到阿波爾達以斷絕普軍後路。10月14日拂曉6點，大霧瀰漫，拉納開始進攻。拿破倫萬沒有想到，此時他們面對的只是擔任後衛的霍恩洛厄軍團，普軍主力早已悄悄北撤了。法軍憑藉先進的武器一開始就佔了上風，霍恩洛厄的幾個師遭到沉重的打擊，部隊傷亡一萬多人。拉納軍繼續攻擊前進。11點，賴伊軍團趕到參戰。霍恩洛厄沒有抓住機會突圍，而是等待瑞歇爾將軍的援軍到來；可是瑞歇爾的援軍卻姍姍來遲，在法軍發動進攻的兩小時期間，其損失十分慘重。
到12點30分時，拿破倫在前線的兵力已經達到8萬多人，而且還有6萬多人的後備力量，包括繆拉的騎兵軍團與呂內的第四軍團。下午一點整法軍正式發起進攻，拿破倫將第四軍團和騎兵團全部投入戰鬥。在進攻之前，法軍集中超過500門大炮對普軍陣地進行了長達半個小時的炮擊，普軍死傷慘重。在法軍的猛烈炮擊下不少普軍都喪失了鬥志。
看着大量的炮彈狠狠的砸向普軍陣地，炸起一條條殘肢斷臂，蕭傑臉色有些蒼白的說道：“要是戰爭能一直這麼順利的進行下去就好了。一通猛烈的炮擊過後，普軍陣地上大概沒幾個活着的人了吧。這哪還像是打仗啊，簡直就裳是收自己家地裡的玉米一樣容易。”
聽了他的話，拿破倫和法軍總參謀長貝爾蒂埃都笑了。拿破倫說道：“我也想這樣啊，大炮是很厲害，可這樣大規模的炮擊是很費炮彈的，這會對我們的後勤運輸線帶類很沉重的壓力，以現在的情況來看，我們的運輸系統還根本就承受不起。”
從他的話中，蕭傑第一次聽出了一絲無奈。看到自己的士兵不斷的在戰場上喪命，即使拿破倫這種經歷慣了大風大浪的人還是很不忍心的，但這也許就是稱霸必須付出的代價吧。
“陛下，我想問一下我的軍團什麼時候可以投入戰鬥。”蕭傑問道。
“這個？具體安排我也不知道，你還問一下總參謀長閣下吧。”拿破倫把球踢給了貝爾蒂埃。
看蕭傑的目光盯着他，貝爾蒂埃只得硬着頭皮解釋到：“暫時殿下的軍團只能當作預備隊了。現在我們的進攻很順利，所以暫時還不需要第88軍團參加戰鬥。要知道最精銳的部隊總是留在最後的，就像皇帝陛下的帝國衛隊一樣。”貝爾蒂埃還拍了蕭傑一個小小的馬屁。
蕭傑很無奈的嘆了一口氣，別的軍團正達的舒服，自己卻只能當看客，確實是有些鬱悶。
下午兩點霍恩洛厄意識到法軍的力量遠遠超過了自己，於是命令向北撤退，朝魏瑪方向逃跑。到下午3點，耶拿戰役法軍已經穩操勝券。一小時後，繆拉在通往魏瑪的路上追擊普軍，賴伊的軍團緊隨其後。他們不抓俘虜、不聽求饒，見普軍就殺，潰逃的普軍大多成了法軍的刀下之鬼。呂內也將普軍的其餘殘部全部殲滅。
拿破倫命令清理耶拿戰役的戰果：法軍死傷5，000人，普軍死傷4萬人。直到那天晚些時候，拿破倫返回耶拿城時才得知他的14萬多人所擊敗的根本就不是普軍主力。而達武元帥率領的4萬人的近衛軍團在奧爾斯塔特卻遇到了比他人數多出一半以上的、由布倫瑞克指揮的普軍主力。