而此刻的南京城，朝堂之上一片沉默，見識了魏忠賢的冷血手段，沒有人敢站出來說話，魏忠賢絕對是死戰到底的，因爲他心裡清楚，拼死一戰尚有一線生機，投降和媾合唯有死路一條，魏忠賢以他冷血無情的手段統一了南京城內臣民的意見，但先是鄭芝龍的勤王大軍全軍覆滅，鄭芝龍本人身敗被浮，再就是江西李琪也打的打敗，也成了第二個鄭芝龍，結局更悲慘，身死魂消，南京以西就剩下靈璧候湯世隆、副將徐孔基麾下五萬衛所軍，在馬鞍山以西的採石、當塗、蕪湖等十來個沿江重要城鎮佈防，由於兵力有限，又沒有強勢的水師資源，朱影龍的水師可以無限制的在南岸登陸，致使湯世隆手中那麼一點兵力不夠使喚，而且還佈置的極爲分散，更加容易被人各個擊破，背後的幾個府縣幾乎是完全真空，湯世隆接到李琪戰敗的消息，不等請示南京朝廷，下令手下兵馬棄守太平府以西的城鎮，收縮兵力，學李琪的戰略，在馬鞍山以西採石、當塗一線佈防。
朝堂之上爭論不休的是要不要給湯世隆派出援軍，閹黨麾下崔呈秀爲首的一派主張派出援軍，湯世隆只有五萬人，定然不是熊廷弼收縮整編，留守一部分後盡十萬大軍的對手，而且湯世隆再敗，北朝大軍定然迅速圍困南京，到時候連戰略性的撤退的機會都沒有，除非在南京城下打贏北朝的大軍，但接連兩次大敗之後，崔呈秀等人對南京保衛戰的能夠打贏的信念已經動搖了，所以他們主張留下一條隨時撤出南京的後路，而且只要湯世隆攔住了熊廷弼的大軍，北朝不能夠合圍南京，時間拖的愈久對己方愈有利，另外一派以魏忠賢的親信太監李朝欽爲首，他們這些人主要以宦官爲主，極力主張堅守南京城，上次分出五萬兵馬給俞光傑，五萬兵馬在龍潭全軍覆滅，北朝軍隊已經逼近南京，雖然在鐘山附近打了幾仗，雙方互有傷亡，暫時維持對峙的局面，但此刻若是再分出南京城內的兵馬，就是減弱守城的力量，爲了自己性命攸關的事情，這些人堅持不肯援救湯世隆，反到建議魏忠賢下令命湯世隆帥軍撤回南京，與北朝軍隊在南京城下一決雌雄。
比起這些無能宦官的鼠目寸光，南京城內還是有幾個軍事人才，向原天啓朝是兵部督餉尚書黃運泰，來南京後，魏忠賢就給了他太子太保的虛銜，再就是原直隸總督閻鳴泰，這兩個人都是知兵之人，雖然人品不怎麼好，投靠了魏忠賢，但肚子裡還是有些才能的，崔呈秀當這個兵部尚書負責南京城的防禦也時常去請教這二人，但二人對崔呈秀還是有所保留，如果按照他們的想法，恐怕說出來還會被魏忠賢等人猜忌懷疑，像他們這些人還有不少武將基本上在朝議上保持沉默，還有一方就是惶惶不可終日的無能派，這些官員除了貪污撈錢，什麼都不會，就會一嘴的“之乎者也”，異想天開的也有不少，什麼動之以情，說之以理，一副聖人君子模樣，背地裡卻是男盜女娼，還有就是以錢謙益爲首的文官集團，錢謙益爲了擺脫魏忠賢的影響，向太后許蓉蓉不斷靠攏，完全成了許蓉蓉的傳聲筒，而且錢謙益才學淵博，本身生的又是倜儻風流，朝中曾有流言蜚語，說太后新寡，耐不住寂寞，於是就勾搭上了文采風流的錢謙益，兩人做拿淫穢苟且之事，一個事內閣首輔，一個是當朝太后，兩相勾結，這未必就是空穴來風，由於李琪的原因，太后許蓉蓉十分抵制李朝欽一派固守的策略，反倒頗有支持崔呈秀等人的主動抵抗策略，不過她現在沒有了軍隊依靠，因此朝議之時，她也只是只聽不說，讓錢謙益在兩方之間和稀泥，讓魏忠賢自己頭疼去。
魏忠賢當人頭疼，而且是相當頭疼，他怕死，更怕失去權力和榮華富貴，還有苦心經營了一年多的“魏家江山”，許蓉蓉要脫離自己的控制，他自然清楚，他恨不得現在就殺了許蓉蓉，反正她的任務已經完成了，繼續活下去會給自己造成許多麻煩，因此一條毒計計上心頭。
在南京紫禁城內，除了魏忠賢之外，李朝欽是最炙手可熱的人物，魏忠賢甚至將小皇帝交給他照料，可想而知，這是老魏家的骨肉交給一個外人撫養，多大信任，同時也怕出現另外一個客巴巴，魏忠賢給小皇帝找的奶媽一月一換，避免魏家的兒子也變成自己原來那主子的德行，而李朝欽卻接到一個指令，一個令他後脊樑骨冒冷汗的指令，指令是魏忠賢悄悄的發給他的，讓他在三天內迅速毒殺太后許蓉蓉，並且造成太后遇刺身亡的情景。
魏忠賢突然命李朝欽毒殺太后許蓉蓉，朱影龍接到這個消息頓時驚呆了，高啓潛冒死送出的消息，南京城內一片慌亂，到處都是抓捕刺客的士兵，雞飛狗跳的，但究竟刺客是何模樣，沒有人知道，也沒有人回答上來。
更令朱影龍驚訝的是，太后許蓉蓉居然躲過了這一劫，死的只是她的一個替身而已，這件深宮刺客案震驚來南京城，魏忠賢沒有達到預期的效果，反倒把韓贊周這個慈寧宮總管拿了下來，罪名是保護不周，令太后受驚。
而這次刺殺事件的最大受益人卻不是魏忠賢，也不是太后許蓉蓉，而是朱影龍，他派出的臥底高啓潛順利上位，坐了韓贊周的位置，也接納了韓贊周遺留下來的勢力，可以說鶴蚌相爭，漁翁得利。
都知道行刺太后事件是魏忠賢搞出來鬼，但魏忠賢這麼做的動機居然無人知曉，魏忠賢后來城破自殺，這個秘密就隨着他長埋地下了。
行刺事件幾乎是緊跟着李琪兵敗彭澤之後發生的，許蓉蓉完好無損令魏忠賢吃了一個不小的暗虧，按說這個時候他們至少應該拋出一切成見，合力對抗外敵纔是，但偏偏不是這樣，透過這件事，讓南京城內的百姓更加對僞明朝廷失望，一個只知道爭權奪利的朝廷又怎麼能保證百姓的生命財產安全呢？
南征形勢在這個時候來了個形勢大逆轉，雖然對南京的合圍還沒有真正形成，有已經打到南京外圍，正在對峙的，也有離南京城還差上千裡的，按照整個戰役的推演，合圍南京的最終時間將會在五月底六月處，從二月初二在東郊校場誓師，到現在四月出頭，用了將近兩個多月的時間，南征取得了階段性的勝利，也奠定了整個南征最終勝利的基礎。
這個時候朱影龍決定將行在移駐鎮江，便於就近了解各戰場動向，掌握最新最及時的情報，也便於跟袁崇煥等將領討論交換意見，反正這個時候鎮江已經成爲南征的戰略後方，大半戰略物資以及糧草都是直接運送鎮江，揚州到成了俘虜大本營，俘獲鄭芝龍手下六萬大軍俘虜以及各戰場被俘不降的士兵將官都被集中送到了揚州軍營，集中看管，如果再經過思想教育之後，還拒不投降的話，等待他們的將會是五年、十年、二十年甚至一輩子的勞動改造，朝廷開荒、治黃、開礦、築路等一系列的基礎建設需要多少勞動力，這些人冥頑不靈，也怪不了他了，總之不餓死、不虐待他們就行了