時間回到農曆正月中旬，太平軍在先鋒大將秦日綱、胡以晄等人的率領下，一路長驅直入，連克安幑池州、銅陵、蕪湖、太平府及和州等地，正月十九日便抵達江寧城外。
殺紅了眼的太平軍，陸路沿長江兩岸，抵達江寧西南善橋一帶，水路從大勝關至草鞋峽一帶，第二天便迅速出兵佔領浦口，包圍了江寧城。
兩江總督陸建瀛聞訊，驚慌失措，忙將所有的城外清軍兵勇悉數撤入江寧城中，企圖固守。
由於清軍的長江水師已全被太平軍水師消滅乾淨，兩江總督陸建瀛不得已，放棄了長江江面的防守，爲了牢牢地地將江寧城守住，他昏庸地放棄了城外天險防守之地，甚至連雨花臺炮臺這樣的防守重地也放棄，撤走躲入城內的清軍紛紛盡棄火炮、彈藥和輜重，逃回城內，一時間城外要地竟無兵把守。
並且，陸建瀛爲了防止百姓逃走和內應打開城門，不但下令將各城門緊閉，還命民夫將所有城門均用土袋塞上堵死。這下，所有清兵全被龜縮在南京城內，徹底被團團圍困。
這也不能全怪陸建瀛的昏庸，而是江寧城中清軍兵力太過薄弱。
城內的清軍旗兵和綠營兵一共才六千人不到，還有陸建瀛早前臨時募集的團練壯勇一萬餘人。看起來有二萬多守軍，但實際上還是遠遠不夠。
要知道，江寧城一共十三座大城門，整個江寧城週一圈近80裡，垛口1.6萬餘個，守垣兵力需求很大，即便用最少的兵力防守，一個牆垛垛口派一名清兵，也需要一萬六千人。
迫不得已，陸建瀛在太平軍前鋒抵達江寧境內的時候，便派人緊急向朝廷求救。清廷獲悉江寧被圍後，緊急封率軍一路追趕太平軍的向榮爲欽差，會同原欽差大臣琦善，兩人各率手下清軍，分南北兩路，日夜兼程，趕赴江寧救援。
見江寧被圍，援兵一時半會不會趕到，陸建瀛覺得兵力不夠，便命被撤職在江寧城中賦閒的原廣西巡撫鄒鳴鶴，在城內創辦籌防局，又飭令城內各位鄉紳募捐銀兩，出資大肆招募勇營充數，籌劃協助守城。
城內民壯百姓不願打仗送死，鄒鳴鶴規定每人每日給一錢銀子，登城加1倍，甚至吶喊也有50文銅錢，因爲只要守城，不用出戰，許多城內的遊民無賴、地痞流氓之人均去報名。
另外，身爲帝師的陸建瀛，爲防守好自己的老巢，將城內的大炮全部調集到城頭，城上安設大炮270餘門。
整個江寧城防守指揮由兩江總督陸建瀛和江寧將軍祥厚兩人負責。
陸建瀛率綠營主力集結於南面防禦，江寧將軍祥厚率領滿旗兵，在東面駐守各門，另在城內保持千餘旗兵爲預備隊，隨時救援。其餘僱募的上萬名鄉勇，由鄒鳴鶴和布政使祁宿藻兩人帶領，分佈城內各城門四處，以壯聲勢。
圍住江寧城後，先鋒大軍指揮秦日綱並未派人立刻攻城，只是先搶佔城外雨花臺等有利地形。
雖未攻城，城內的清軍卻如臨大敵。守城清軍，特別是綠營兵，十分恐懼，屢屢濫放火炮爲自己壯膽。
聚寶門清軍未見一名太平軍，卻大小炮疊放不止，日費火藥數千斤，布政使祁宿藻再三阻止，卻仍然禁止，城樓上的火炮手雙手顫抖着，不自覺地放炮，也不知道是想嚇退城外的長毛，還是嚇退自己的恐懼。
正月二十的凌晨，秦日綱終於派了三千太平軍進至城外聚寶門外的街巷，準備架設大炮轟城，總督陸建瀛得知後，不顧祁宿藻勸阻，下令開炮轟擊，直至黎明，彈藥消耗殆盡。
見清軍的聚寶門城樓上火炮不再響起，太平軍趁機發動攻勢，奔過吊橋，衝過秦淮河，直到城門之下，用火燒城門。清軍慌亂之際，祁宿藻連忙命人潑水拋石，打死太平軍二百餘人，迫使城下的太平軍撤離。
太平軍的後續部隊陸續趕來。
正月二十一日，東王楊秀清率中軍主力趕到江寧城外。楊秀清接過秦日綱手中的指揮權，研究了江寧城的形勢後，立刻做出部署。
他命令，秦日綱率部駐在聚寶門外，負責城南方向的進攻；
胡以晄率部扎儀鳳門外，負責城北方向的進攻；
曾水源率部駐紮漢西門外，負責西線方向進攻；
朱錫琨率兵駐紮朝陽門外，指揮東線方向的進攻。
南北方向對攻，纔是太平軍的主攻方向，東西方向只是是牽制性進攻方向。
而翼王石達開和北王韋昌輝，楊秀清讓他們負責江寧城周邊的掃蕩，江寧城，不讓他們作爲主攻兵力，只是在一旁協助。因爲，單單憑他中軍十餘萬兵馬，便已足夠圍困。
四個方向的太平軍，在楊秀清的統一指揮下，白天實施小規模的局部戰役，夜晚則採取詭詐戰術，虛張聲勢，從早到晚，各門都有數十名太平軍騷擾遊擊，使得城內清軍炮擊鳥槍石塊射個不停，清軍庫存的彈藥飛快地消耗。
這時，城外一名叫張炳垣的官宦儒生，卻是對滿清忠心耿耿，還很有膽略和辦法，他將數百提前訓練的練勇，依靠城外米商的資助，手持米行提供的扁擔、棍棒等武器，與太平軍在城南外的街巷中，進行巷戰。
由於指揮這支太平軍的秦日綱並無計謀，被張炳垣率領的熟悉地形的練勇打得暈頭轉向。一時間，越來越多的城外富戶鄉紳，僱請練勇，參加對抗太平軍。
可惜的是，張炳垣的練勇並無好的武器。於是，張炳垣率領練勇向城頭上看熱鬧的清軍求助，要求提供武器。但膽小昏庸的總督陸建瀛，認爲是太平軍使人演戲，想矇騙自己的武器，甚至詐城。
他直接下令開炮轟擊城下練勇，殺光這幫奸細，結果，張炳垣好不容易組織起來的練勇被炸死數百餘人，其餘的練勇再也不敢再幫助官府守城了，紛紛逃散，甚至真的加入太平軍中。
陸建瀛竟然高興地將被自己下令轟死的數百練勇，當成長毛賊，準備上奏清廷請功。只可惜江寧城被圍，難以傳送消息出去了而已。
就這樣，城上清軍每天狂轟濫炸，一時間，仿似江寧城牢牢穩固，讓城內的陸建瀛和祥厚頗爲得意。
不成想，實際上都是楊秀清的詭計。他接連命令太平軍襲擾不斷，暗地裡卻命令太平軍土營主力，在攻城襲擾的掩護下，選擇在城北的靜海寺、天后宮兩處進行開挖地道，準備還是採用攻陷武昌的老辦法：穴地爆破。
靜海寺和天后宮緊靠城牆，是穴地攻城較理想的處所。
城內清軍雖然在城牆下埋設空缸，但在炮聲隆隆的掩護下，並未聽到開挖地道的聲音。
正月二十五日，地道開挖完成。
楊秀清派人放火箭入城，箭上帶有告示，宣佈“明日破城”，並預先告示城內百姓，不要幫助清軍守禦頑抗，只要在家裡閉門藏避，太平軍入城後即保障其生命安全。
陸建瀛接報後，大驚，連忙督促各城門嚴加防守，日夜加強巡邏。
雖然清軍封鎖消息，但城內的太平軍內應還是將消息傳了出去，一時間，江寧城中人心惶惶，紛紛傳言明日太平軍便要破城。
城北的數百戶人家，更是各家門牆上畫紅圈或寫‘天’字，竟是準備迎接太平軍的到來。
陸建瀛等緊張半天，但城頭上防守的普通清兵，特別是協防的兵勇，卻毫不重視。他們忙活了四五天，辛苦異常，變得已經麻木了，仍是跟往常一樣，認爲太平軍只是局部攻擊一下，便會撤退。
二十六日一早，太平軍總攻開始。
轟然一聲巨響，靜海寺後面的城牆被爆破開來，炸開了寬達兩丈許的缺口。
胡以晄令五百人的突擊敢死隊，從缺口衝入城內。可能是清軍沒反應過來，敢死隊竟然沒受到多少抵抗，跟隨其後的太平軍，一隊衝向鼓樓，一隊沿金川進攻神策門，向城內的鼓樓崗和雞籠山兩處高地進攻。
爾後，佔領了鼓樓的太平軍，充當預備隊；而佔領了雞籠山的太平軍又兵分兩路，一路經成賢街口入小營，進攻江寧內城，也就是俗稱的“滿城”，另一路攻擊太平門。
太平軍的快速而猛烈地進攻，使得防守城內的清軍根本來不及作出反應，整個江寧城中一片混亂。
還在睡夢中的兩江總督陸建瀛和江寧將軍祥厚，被天崩地裂的爆破聲驚醒。陸建瀛膽戰心驚，慌忙讓4名親衛擡着轎子，前面用上百名壯勇開路，中間和後面用二百餘名親兵守護，倉惶從城中的兩江總督署衙門出逃，想進入滿城躲藏起來。
不料，在滿城防守的祥厚拒絕他進入，只是讓他在外城招集人馬，對付太平軍。陸建瀛無奈，又從滿城逃向神策門。逃到半路，一隊太平軍突擊隊呼嘯而至，後面的親兵和前面的壯勇都四散逃竄，只餘下4名轎伕擡着陸建瀛，被蜂擁而上的太平軍一刀一個，割了首級，拿來表軍功了。
就這樣，堂堂咸豐帝的老師，欽差大臣、兩江總督陸建瀛，被太平軍斬殺，成爲邀功請賞的一具首級。