陳阿信看着主公在安不納羣島上標註萬生縣，提議道：“啓稟主公，標下以爲萬生縣當劃歸海市府，便於管理，另外可在汶島（邦加島）一帶設置直隸州汶州。”
趙明朗非常贊同道：“陳院使言之有理，海市府有南洋水師第一編隊駐守，便於管理萬生縣，在汶島設置直隸州可應對舊港飛龍國進犯。”
“甚好”陳瀚當即拍板道：“萬生縣就劃歸海市府管轄，海市府下轄海市、獅城、巴淡、賓坦、萬生、龍牙（林加羣島）六縣，於汶島設直隸州汶州，暫歸海市府代管。”
陳瀚接着指向馬來半島道：“我們決定將柔佛、朋豐、吉蘭丹三國設府縣管理，同時保留柔佛國，在柔佛國蝙蝠城設柔佛府，於彭城設彭城府，在大漢城設漢山府，於哥打巴魯城設吉海府。”
劉阿杰提議道：“主公，婆羅洲爲南洋諸島之最，島上森林密佈，人煙稀少，北方人口較多，標下以爲可在北方設古晉、南海、文萊三府，於南方設婆羅、渤泥兩府。”
李阿嵐附和道：“劉隊長言之有理”
“好，就在婆羅洲設五府統管。”陳瀚指向西爪哇島道：“現已遷徙六萬北方移民移居西爪哇，加上西爪哇有不少我華夏遺民，便於統治管理，我決定在西爪哇分設椰城、仙城、雷都、爪哇、汶海五府。”
徐渭問道：“主公，爪哇經略陳阿靖可是統管軍政？”
陳瀚轉身看向一衆文武道：“陳阿靖暫時統管爪哇軍政，陳阿靖畢竟是武將，還兼任西洋商行武裝船隊隊長一職，軍政法三院準備推舉南洋各府縣文武名單上報給我。
我會從南洋華人華僑以及歸順的當地文武中選拔人才委以府縣之職，華人張那督已歸順，正領兵出征南婆羅洲，張那督在渤泥國內素有威望，就命其爲渤泥知府，暫領渤泥府軍政。命童龍爲婆羅府知府，暫領婆羅府軍政。”
“標下（下官）遵命”一衆文武紛紛領命
陳瀚接着下令道：“免去陳阿靖西洋商行武裝船隊隊長一職，由袁八接任。袁八正率西洋商行武裝船隊向東探索建立商路，暫由李新統領西洋商行南洋一切事務。”
負責記錄起草文書的徐光啓忙着起草公文
一衆三院院使紛紛各抒己見，推薦府縣官員人選名單，陳瀚在輿圖上勾畫一番道：“在金蘭灣設金蘭縣，由遊擊將軍府直接統管。
在臺海十二縣增設臺海、臺中、臺東三縣，改淡水城爲臺海城，設臺海縣，遷淡水縣於淡水港。改大肚縣爲臺中縣，遷大肚縣於大肚溪以南。於臺灣縣小淡水河以東設臺東縣，臺海遊擊將軍府直接統管十六縣。”
“標下（下官）遵命”一衆文武忙領命
徐渭稟道：“啓稟主公，渭以爲我臺海遊擊將軍府大軍在南洋諸島開拓海外疆土不少，正所謂欲速則不達，需得暫停開疆拓土，鞏固加強對海外疆土統治。”
“軍師言之有理”趙明朗非常贊同道：“主公，我們需得加強對南洋疆土鞏固統治。”
“不錯”陳瀚深感贊同，派往南洋的將士在南洋所向披靡，擴張迅猛，是該暫停擴張，消化鞏固開拓的南洋疆土，處理好內部矛盾。
陳瀚隨即下令道：“傳令，暫停在南洋擴張，加強鞏固南洋疆土統治，命王安海與李新儘快立柔佛王女爲柔佛女王，命西洋商行避免與西洋諸國武裝衝突。”
“是”徐光啓起身領命稱讚道：“主公英明決策”隨即開始起草公文
陳瀚看向趙明朗問道：“糧草輜重準備如何？”
趙明朗忙回道：“回主公，標下已調集十萬石糧食至那霸港、今歸仁城，尚有十萬石囤積於淡水港、基隆港，可供六萬大軍四月所需。”
陳瀚吩咐道：“多調集糧草輜重儘快運往琉球國存放。”
“是”趙明朗最近一直很忙，主公秋後出兵征伐日本將近，糧草輜重先期運送就夠頭疼，尤其是糧食徵集很困難，整個臺海十二縣只徵收到十萬石夏糧，西洋商行從南洋販運來的糧食也盡數徵調運到琉球國那霸港、今歸仁城。
陳瀚隨即吩咐道：“速召見安南國莫朝使臣莫玉輦”
“是”王旭領命前去引領安南國使臣前來
沒多久，王旭帶着身穿安南國莫朝朝服身形瘦矮的安南國莫朝使臣莫玉輦進大堂來，約莫三十來歲的莫玉輦一張瘦猴臉，目光不時斜視着左右的一衆臺海遊擊將軍府文武。
莫玉輦上前朝着陳瀚躬身見禮道：“安南國使臣莫玉輦參見遊擊將軍”
“還敢自稱安南國”陳瀚看向莫玉輦玩味地問道：“我若沒記錯，朝廷早已下詔降安南國爲安南都統使司，何來安南國。”
莫登庸篡權奪位建立莫朝後，嘉靖皇帝決定趁機出兵安南，嘉靖帝準備派大軍征討莫登庸。莫登庸擔心重蹈胡朝覆轍，親率侄子衆臣自縛前往廣西鎮南關謝罪。
莫登庸自縛前往汪文盛軍中投降，頓首認罪。獻上地圖和金銀珠寶等物，請求內屬明朝。並割讓高平一帶的安廣、永安州、澌浮、金勒、古森、了葛、安良、羅浮諸洞土地給明朝。
莫登庸隨即派遣阮文泰、許三省等人赴北京獻表投降，明將毛伯等人也來到北京，奏稱莫登庸投降之事。嘉靖帝準其投降，令廣西布政司頒賜《大統歷》。
下詔降安南國爲安南都統使司，封莫登庸爲安南都統使，軼從二品，世襲，銀印。子孫世襲此職，安南內政悉聽其管理。安南法理上成了內屬明朝的自治單位。
莫玉輦被問得啞口無言，莫朝自太祖莫登庸開始一直心安裡得對明自稱都統使，對內繼續稱帝建元。莫朝內鬥嚴重，急劇衰落，眼看就要被南方的後黎朝攻到升龍城下，莫玉輦忙解釋道：“遊擊大人諒解，一時情急之下說錯。”
“無妨”陳瀚自是不會與莫玉輦計較，當即問道：“聽聞安南都統使欲向我臺海遊擊將軍府購買軍火？”
“正是”莫玉輦見陳瀚主動提起此事，看來是決定賣軍火給自己了，當下請求道：“我安南都統使司南方亂賊鄭鬆正出兵大舉進攻升龍城，還請遊擊大人准許我安南都統使司購買佛朗機炮五十門以及鳥銃五千支，抵禦南方反賊。”
對於安南國後黎朝來說莫朝君臣纔是篡權奪位的亂臣賊子，莫朝自莫登庸開國賣國割地求生，更是安南國之恥。
陳瀚看向莫玉輦道：“安南都統使司與我臺海遊擊將軍府同屬國朝，我自是不會坐視安南都統使司南方亂賊攻破升龍城，准許安南都統使司購買軍火。”
“謝遊擊大人”莫玉輦聞言喜不自勝暗道：“太祖高瞻遠矚，安南名義上爲大明安南都統使司，在危難之時，大明必然會出手相助，想不到臺海遊擊將軍陳瀚更是對安南都統使司如此看重，欣然答應出手軍火相助。”
陳瀚看向王平安吩咐道：“就由王院使負責與安南都統使司使者商談購買軍火一事”
“標下遵命”王平安當即領命
莫玉輦前腳剛出大堂，真臘國使臣森海隨後聞風趕來，正好與莫玉輦擦肩而過，兩人互相看了對方一眼，森海忙帶着幾名隨從進大堂來躬身見禮道：“真臘使臣森海見過遊擊大人”
“免禮”陳瀚看向森海問道：“真臘使臣有何要事？”
森海忙道：“我真臘國想再購買一批軍火，還請遊擊大人准許。”
徐渭上前問道：“真臘國已擊退暹羅大軍，使臣爲何再次提出購買軍火，需得說明緣由？”
森海沉思片刻道：“暹羅大軍侵入我真臘國內，雖購得遊擊大人火器相助擊退暹羅大軍，但暹羅國王納黎宣已擊敗緬甸大軍，必會再派大軍進攻我真臘國，我王因此派我前來向遊擊大人再購買一批火器抵禦暹羅國大軍進攻，還請遊擊大人准許。”
陳瀚問道：“聽聞貴國與緬甸莽應裡結盟，果真如此嗎？”
森海爲之一驚，忙解釋道：“我真臘國並未與緬甸國結盟，我們之間用中原話講叫脣亡齒寒。暹羅王納黎宣大軍入侵我真臘國，我真臘國只是趁緬甸國王出兵進攻暹羅之時發兵進攻暹羅。”
林江稟道：“啓稟主公，真臘國國力較弱，遭受暹羅國王納黎宣大軍進攻，不得不引外援相助，實爲明智之舉。”
“緬甸莽應裡父子進攻國朝數十載，真臘國豈能與緬甸不約而同進攻暹羅。”徐渭當即喝止道：“何況緬甸莽應裡接連戰敗，已是秋後螞蚱，蹦躂不了幾下。南洋大勢在我大明，不在莽應裡、納黎宣二人。”
陳瀚虎視森海道：“真臘國需得儘早做出抉擇，緬甸與我大明只能選其一。”
森海沉思片刻後問道：“若暹羅國再入侵我真臘國，上國可願出兵救我真臘國。”
陳瀚道：“我會派使者爲暹羅真臘兩國調停戰爭，不知貴國可願否？”
“若暹羅大軍退出我真臘，我真臘自是願接受調停。”森海提醒道：“暹羅國王納黎宣野心勃勃，一心想攻滅我真臘國，只怕不願接受調停，若是納黎宣不接受調停，遊擊大人當如何處置。”
徐渭道：“我臺海遊擊將軍府會出兵迫使暹羅接受調停”
森海喜出望外道：“太好了”
王平安隨即稟道：“啓稟主公，軍器庫中庫存佛朗機炮、鳥銃已賣給安南都統使司，真臘國求購火器一事需得等軍器廠生產出來再出售。”
“也只能如此了”陳瀚看向森海愛莫能助道：“真臘使臣可願留下等候？”
莽瑞體建立東籲王朝後，開始大舉進攻統治緬甸卻不作爲的明朝雲南，繼任的莽應龍於1552年滅勃固王朝，孟人遭到東籲王朝殘酷統治，東籲王莽應裡爲加強對孟人統治更是遷都勃固城。
陳阿仲率西洋商行武裝船隊前往緬甸南部的孟人聚居的毛淡棉、馬都八港口與各國海商通商往來。陳阿仲與孟人首領基特、猛撞建立起盟友關係，並承若幫助孟人起兵復國。
陳瀚下達在南洋暫停擴張令，下令西洋商行避免與西洋諸國武裝衝突，迅速從海市城傳到桉篤蠻港，陳阿仲接到命令後，要求孟人首領基特、猛撞暗中積蓄兵力，等待時機。孟人數次反抗都被東籲王朝鎮壓下來，也不敢輕易起兵。