英格蘭海軍正被派往亞速爾羣島捕獲一年一度的西班牙珍寶船隊，面對大批西班牙無敵艦隊突然進攻，托馬斯·霍華德慌忙下令逃向北方，以土保存實力。深孚衆望的驍將格倫維爾戰死和身經百戰的‘復仇’號沉沒，在英格蘭國內引起軒然大波。
弗洛雷斯海戰以英格蘭人戰敗告終，西班牙人並未攻上英格蘭本土。這次戰鬥標誌着西班牙海上力量的復興。並證明英國捕獲和擊敗西班牙珍寶船隊的機會已經遙遙無期。
菲利普二世發動對英格蘭的第二次無敵艦隊遠征作戰取得勝利之時，來自派駐東方馬尼拉、馬六甲、果阿總督的緊急軍事報告引起菲利普二世的高度重視。
葡萄牙人在東方的澳門、長崎殖民地被一個叫陳瀚的明國將領攻佔了，菲律賓總督達斯麻雷那斯（戈麥斯·佩雷斯·達斯馬里尼亞斯）和馬六甲總督卡拉斯古彙報陳瀚正在東方馬六甲以東海域大肆擴張，菲律賓、馬六甲都將有被攻佔的危險。
卡拉斯古將與陳瀚派駐南洋的將領陳阿靖簽署的《海市協定》送至馬德里，菲利普二世得知遙遠的東方富庶的明國正出現一位堪比英格蘭海盜德雷克、霍金斯和雷利的強大海盜，併爲明國效力，攻取東方海外殖民地。
菲利普二世不允許英格蘭人染指其海外殖民地利益，自然也不會允許陳瀚染指威脅其東方的海外殖民地利益。菲利普二世對明朝的瞭解停留在馬尼拉殖民當局上報的《論征服明國備忘錄》中。
菲利普二世統治下的西班牙王國在軍事方面開支巨大，不得不多次增稅。以至菲利普二世在1557年、1575年兩次宣佈國家破產。
西班牙王國統治下的北方省中的七省（荷蘭、比利時和盧森堡的區域）於1579年成立了烏得勒支聯盟，共同反對西班牙統治。
1581年7月26日，來自荷蘭各起義城市的代表在海牙鄭重宣佈：廢除西班牙國王對荷蘭各省的統治權，聯盟正式宣佈獨立，成立荷蘭共和國。菲利普二世對北方七省實行封鎖武力鎮壓政策，但並沒有奏效。
1588年，西班牙無敵艦隊對英國的第二次遠征遭受巨大的挫折之後，西班牙大傷元氣。北方七個省份趁機聯合起來，宣佈成立荷蘭聯省共和國。
西班牙王國的統治在菲利普二世手中已經出現危機四伏，債臺高築。西班牙在海上的霸權地位開始趨於衰落，海上優勢從此不復存在，西班牙軍隊不可戰勝的神話破產。
菲利普二世對宗教很熱情，法國發生宗教戰爭之後，菲利普二世馬上倒向天主教神聖聯盟一邊，該聯盟由吉斯家族領導，致力於消滅法國的胡格諾派教徒。
1591年法國形勢最混亂之時，西班牙軍隊開進巴黎。菲利普二世希望其女兒與第四代吉斯公爵吉斯公爵--查理·德·洛林結婚，並讓後者繼承法國王位，但最終未能成功。
剛擊敗英格蘭人，又插手法國王位繼承權沒能如願的菲利普二世將目光放到了東方，雄心勃勃的菲利普二世決定出兵征服明朝，認爲明朝屬於軟柿子，並根據馬德里征服明朝詳細計劃做出作戰部署。
菲利普二世並沒有從西班牙本土派出無敵艦隊趕到遙遠的東方，而是從新西班牙總督區（墨西哥、西印度羣島、中美地區）、莫桑比克總督區、果阿總督區抽調兵力、艦隊前往菲律賓馬尼拉集結。
陳瀚的強勢崛起，在南洋大肆擴張，嚴重威脅到西班牙王國及附屬葡萄牙王國的海外殖民地。西班牙馬尼拉殖民當局及馬六甲殖民當局不得不採取穩住東方形勢，等待國王菲利普二世派出大軍趕來一舉征服明朝。
1591年，兩廣總督劉繼文（蕭彥還未上任）提出‘驅虎吞狼’聯合澳門的葡萄牙人對付豐臣秀吉，大明皇帝朱翊鈞批示‘着如議行’命朝廷重臣商議。
豐臣秀吉也在拉攏長崎的葡萄牙人作爲外援，企圖聯合葡萄牙人進攻明朝。無利不起早的葡萄牙人同時與明朝、日本有生意往來，不願與任何一方爲敵，明朝與日本拉攏葡萄牙人作爲外援都也失敗告終。
菲律賓總督達斯麻雷那斯還派使者前往日本大阪城聯合豐臣秀吉，雙方商議決定分別從南北兩面進攻明朝，豐臣秀吉迫不及待發動侵朝戰爭，企圖搶先佔據明朝，菲律賓馬尼拉殖民當局不過是利用豐臣秀吉拖住明軍。
菲利普二世接到菲律賓總督達斯麻雷那斯送來的彙報，日本統治者豐臣秀吉準備進攻明朝，豐臣秀吉出動三十萬大軍率先進攻朝鮮，隨後進攻明朝。
1592年8月，菲利普二世下令調集西班牙王國附屬葡萄牙王國莫桑比克、果阿、馬六甲軍隊一萬五千人，又從新西班牙總督轄區抽調一萬遠征軍橫渡太平洋趕赴新西班牙總督管轄的菲律賓都督府，預計在聖誕節前抵達馬尼拉。
菲利普二世按照馬德里會議制定的征服明朝計劃略作修改增加兵力，又增派一萬大軍。菲利普二世調集兩萬五千大軍從遊擊將軍府印度洋、太平洋渡海趕往馬尼拉城。
接連不斷有來自兩洋殖民地的大軍趕來雲集馬尼拉，包括西班牙陸軍一萬人（包括意大利及葡萄牙土兵），莫桑比克奴隸兩千人，果阿僕從軍一千人，招募的日本浪人近千人。
西班牙王國爲遠征明朝下令在馬尼拉城建立了軍械廠，就地取材生產火藥，同時嚮明朝商人購取硝石及黃銅製造槍炮。在菲律賓建立充足的糧食補給。又從新西班牙總督區購買帶來大量尼絨爲士兵成制大衣，併爲傷兵淮備軍毯。
如同豐臣秀吉制定征伐朝鮮進攻明朝的詳細軍事計劃一樣，西班牙征服明朝還制定殖民政策和宗教傳播計劃。宣傳以戰士封爵制度鼓勵西班牙人蔘與征服事業，以及在明朝的傳教士使之爲嚮導傳教。
西班牙王國還徵集大批玻璃器皿、念珠、織繡、地球儀、葡萄酒等新奇事物，以換取明朝各級官吏及人民的好感及親善，緩衝明朝人的敵意。