渭河碼頭距離長安故城並不遠，相距不到十里，原本有一條漕河和渭河相連，這樣通過渭河運來的各種物資便可源源不斷送到長安城，這也是長安舊城千年來的生存之道。
但自從楊堅在龍首原新建了長安城後，長安故城迅速廢棄，河道也漸漸被淤泥堵塞，再也無法發揮運輸動脈的作用。
這次關隴聯軍用長安故城爲後勤重地，主要就是看中故城緊靠渭河，運輸比較方便，這兩天大量的糧草物質運送到渭河碼頭，碼頭上堆積如山，而聯軍徵到的騾車和牛車不多，只有三百餘輛，運輸能力嚴重不足，他們只得晝夜不停地進行運輸，可就算是這樣，效果還是不理想，大量的物質無法及時運入故城內倉庫，只能用油布臨時遮蓋。
時間已漸漸到了三更時分，渭河碼頭上燈火通明，近三千名士兵正在碼頭上忙碌，將糧食從渭河大船內卸下，整齊地碼放碼頭空地上，一輛輛騾車則排着隊搬運糧食物資。
留守故城的聯軍由一萬人，主將叫做獨孤長豐，是隋朝右屯衛將軍獨孤盛的兒子，他並不是獨孤族人，而只是一名獨孤家將。
此時獨孤長豐就在碼頭上督促軍隊卸糧，這批糧食卸完後，船隻要立刻返回扶風郡運輸攻城武器，這也是主帥獨孤懷德在統籌安排上的一個失誤，他原計劃在保證軍隊糧食供應後，便立刻着手大型攻城武器的運輸，但沒有想到糧食運輸也並不順利，渭河碼頭完全廢棄了，大船無法靠岸，他們足足用了兩天時間才把碼頭清理出來，然後纔開始卸下糧食和軍資，但這樣一來，時間就給耽誤了。
也不能說獨孤懷德順序做得不對，畢竟保證軍隊糧食供應是首要大事，問題出在事先沒有調查清楚故城的情況，大家都知道故城有渭河碼頭、有漕河，交通運輸不是問題，可是到了故城才發現漕河早被淤泥堵塞，碼頭一側的河中也全是污泥，船隻根本無法靠岸。
這就是事先沒有進行仔細調查的惡果，但責任又不能全部推在獨孤懷德身上，他也是臨時被任命爲主帥，起兵也十分倉促，當然，既然獨孤懷德是主帥，那麼大家也只能對他不滿，就算雞蛋裡面也能挑出骨頭來。
爲什麼船隊不能一併運輸糧食和攻城器械，現在糧食已經能支持軍隊一個月了，但攻城器械卻一架也沒有，這就是主帥安排不當的結果。
“將軍！”
一名士兵飛奔跑來報告，“巡哨發現了來歷不明的騎兵。”
獨孤長豐大吃一驚，難道是唐軍來了嗎？他急問道：“有多少人？”
“巡哨說發現了千餘騎兵，在東南方向十幾裡外。”
獨孤長豐頓時緊張起來，他已經意識到唐軍要對長安故城下手了巡哨發現的只是一部分，不可能只有千餘騎兵，他心急如焚，立刻對另一名偏將道：“我要立刻回城，你派兄弟在四周巡視，若發現唐軍，立刻向西撤離，撤退進樹林就安全了。”
獨孤長豐隨即率領數百士兵向十里外的故城奔去。
但就在獨孤長豐剛離開，三支火箭騰空而起，赤亮火光劃過夜空。李世民率領的兩千五百騎兵驟然發動了，他們從樹林裡殺出，唐軍騎兵如潰堤而出的洪水，向碼頭狂飆而至。
碼頭上約有不到四千聯軍士兵正在忙碌，突然殺來的唐軍令他們魂飛魄散，很多士兵逃跑不及，紛紛跪地投降，兩千士兵調頭向西面的森林奔去，但只奔出不到百步，便被李世民率領的騎兵追上了，李世民一揮馬槊，將爲首偏將挑於馬下，再一槊將他刺死。
“截斷他們退路，投降者免死，反抗者殺！”
數百騎兵搶斷了聯軍士兵的退路，數十名企圖突圍的士兵被騎兵殺死，數千聯軍已經無法再組織有效抵抗，軍心迅速瓦解，紛紛跪在地上求饒。
李世民留下一千騎兵處理碼頭後事，他率一千五百名騎兵向十里外的長安故城殺去。
秦瓊率五百士兵已南面城牆潛入了長安故城，他們很快便來到了北城附近，隱藏東城頭的黑暗之中，三更時分已到，城外突然響起了喊殺聲，北城是聯軍聚集之處，城上城下有上千士兵把守，突然殺來的唐軍使守城士兵一陣大亂，他們紛紛後退到城門內抵抗。
這時秦瓊一聲令下，五百名唐軍一起向北城頭上的數百聯軍士兵殺去，正在城頭向下放箭的士兵猝不及防，頓時被砍翻刺倒了數十人，其餘士兵嚇得調頭便向黑暗中奔去，秦瓊也不追趕，他令士兵控制住城門絞盤，自己則率三百士兵向城下殺去。
唐軍裡應外合，城門處的數百聯軍士兵迅速崩潰了，伍雲召喝令騎兵殺進城去，北城外的戰鬥停止了，唐軍開始在城內圍剿軍營中的數千士兵，就在這時，獨孤長豐騎馬疾奔而至，遠遠聽他大喊：“有敵情，速關城門！”
剛剛衝進城內的伍雲召又帶着數十名騎兵衝了出來，獨孤長豐奔至城下，見對面大將竟然不是自己的手下，他不由愣住了，勒馬喝問道：“你是什麼人？”
伍雲召冷笑一聲，蟠龍金槍一擺，催馬疾奔，瞬間殺到了獨孤長豐眼前，“我是你伍爺爺！”話到人到槍到，一槍刺向獨孤長豐咽喉，獨孤長豐揮刀向外格擋，但他卻沒有碰到槍尖，他心中暗叫不妙，胸口一痛，他低下頭，只見槍尖已刺穿了自己胸膛，伍雲召槍尖一攪，獨孤長豐頓時喪命。
獨孤長豐的親兵們見主將被殺，眼睛都紅了，百餘人一起向伍雲召殺來，伍雲召以一敵百，勇不可當，片刻便將殺翻了一地敵軍，這時，從城中衝出數百騎兵支援而來，剩下數十名士兵見勢不妙，紛紛向兩邊樹林中逃去。
遠處，李世民騎馬急追而至，問道：“敵軍主將何在？”
伍雲召用槍一指地上的屍體，“已被末將所殺！”
“城內情況如何？”李世民又問道。
“基本上已無抵抗。”
“很好，傳令點燃烽火，告知長安！”
李世民率五千軍奇襲了位於長安故城的聯軍後勤重地，一萬留守軍隊除了數百人被殺以及逃走外，其餘九千餘士兵全部投降唐軍，李世民繳獲了糧食近三十萬石和數十艘貨運船隻，各種兵甲、武器、箭矢等物資不計其數。
奪取了後勤重地，斷絕關隴聯軍糧食供應，無疑是從後頸狠狠劈了獨孤懷德一刀，將領們互相指責，推卸自己的責任，使聯軍隊伍陷入混亂之中，而此時聯軍內部也開始走向分裂。
侯莫陳家族、趙氏家族和司馬氏家族三家一起發難，指責獨孤懷德部署不力導致後勤重地失守，要求獨孤懷德立刻辭去主帥之職，但於家和元家都反對獨孤懷德辭職，都認爲這並非他的責任，三方各執一詞，吵成一團，最終不歡而散。
入夜，後勤重地失守的消息已傳遍了整個軍營，加上聯軍缺乏攻城武器，攻打長安無望，軍心開始動搖，士氣十分低迷，而大將們還在到底要不要撤退這件事上爭論不休。
而這樣，李世民的六萬大軍已悄悄從四面包圍了關隴聯軍，截斷了他們的退路。