太常寺：主管祭祀光祿寺：主管宴享太僕寺：管馬鴻臚寺：管招待外賓。
6．詹士府負責輔助太子的機構，設正三品詹士一人、正四品少詹士一人、正六品府丞一人，詹士府下設左右春坊、司經局、主簿廳等。
7．太醫院管理宮廷及貴族診斷、製藥的機構，設正五品院使一人、正六品院判二人、正八品御醫四人、從九品吏目若干人。
8．翰林院相當於現在國立大學、幹部學院等的綜合機構，翰林院堂官稱爲翰林學士（正五品），下設侍讀學士兩人、侍講學士兩人（從五品）、侍讀、侍講各兩人（正六品），修撰（從六品）考中狀元后就會被授予此職位。編修（正七品）榜眼、探花考中後就會被授予此職位。
地方：
縣：助手有縣丞、主簿。縣丞協助知縣管理縣政，主簿管全縣糧稅、戶籍。
州：最早出現在西漢。漢武帝把全國劃分成了13個監察區，稱爲州，州的長官叫刺史，負責監察郡，縣的官吏。東漢後，刺史又稱州牧。隋取消郡的建制，只存州、縣。宋朝州的行政長官才稱知州。明清兩代的州有兩級別：直隸州和散州。直隸州屬省，級別與府相同；散州隸屬府，同縣級。知州屬官有同知、通判，分別掌財政、刑法、治安等。
府：（京兆府、河南府、太原府）府的長官稱府尹，宋朝的府屬“路”（介於中央和州之間）明清兩代除首都、陪都所在地府長官仍稱尹外，一般都稱知府。
明代府按納稅糧分三等：納糧20萬以上爲上府，20萬以下十萬以上爲中府，十萬以下爲下府，無糧的叫地府，全國150多個府補充一下：
1：明初有設左右丞相，不久即廢。至成祖時置內閣，只以內閣諸臣參與機務，至此以後不再有丞相之名。
2：總督、總理總督系地方最高軍政長官，轄一省或二、三省，綜理軍民要政。巡撫爲省級地方政府的長官，總攬一省的軍事、吏治、刑獄等，地位略低於總督。
3：省一級的管理機構司道——是隸屬於巡撫的專設機構。
布政使掌一省之民政、財政。
按察使掌全省刑法，理全省的驛傳。
道受布政使、按察使的領導，有兩種：一種是劃若干府、縣爲轄區，可以管轄區內的一般政務；一是管轄及於全省，但是以指定職務爲限。前者爲分守、分巡地方道。後者爲儲糧道、監法道、海關道等。
以上官職在明代的具體設置有：左、右布政司布政使按察使司按察使布政司左右參政、參議按察司副使、僉事。
各省兵備、水利屯田等道，則派管糧儲驛傳屯田等事。
4：知州——掌一州之政。
5：明知府——掌一府之政，統轄屬縣。
6：知縣。
中央設五軍都督府，轄都指揮使司都指揮使、提督，提督節制各都指揮使司都指揮同知、總兵而聽總督指揮。
都指揮使司都指揮同知、總兵官由提督總其成，所轄之兵力大約本標二、三營，分防則營數不等，多者二三十營，少者三四營。
參將、遊擊次於副將一級，遊擊品秩略次於參將。
這些都是臨時性的任命，後來雖然演變成了軍隊的標準組織，但名義上仍是臨時性的。總兵官起先是戰役指揮官，相當於現代的“前敵總指揮”，後來駐守北面防禦蒙古的軍隊長期設總兵官，慢慢就成了軍隊的最高武職。我們熟悉清朝的軍隊體制，總兵上面還有提督，但明朝總兵官是最大的。副將是總兵官的助手，也是臨時職務。
明朝沿用元朝的軍戶制度，軍戶世襲，國家授予耕地，以服兵役代替平民的賦稅和徭役。連軍職也是世襲的，自都指揮使以下，指揮使、千戶、百戶等等，全部世襲。
明朝的總督、巡撫都是爲了某些事故而派出的欽差大臣，以都察院都御史、副都御史的名義到地方上辦事，可以節制地方官員，巡撫的地位低於總督，權力實際上差不多，但派了巡撫的地方不會再派個總督，他們沒有領導和被領導的關係。總督、巡撫多數時候是處理軍事的，少數是處理突發的民政，不過問地方的日常事務。
真正的省級地方官是布政使、按察使，再加上武職的都指揮使，後來因爲巡按御史常駐地方，負責監察的範圍通常是一個布政司，所以也算進去，這些人合稱爲封疆大吏。他們不是總督、巡撫的下屬，而是向六部或五軍都督府負責（除了巡按，因爲督撫都是都察院的都御史、副都御史，是巡按的頂頭上司）.
洪武十三年，朱元璋以宰相胡惟庸謀反伏誅，於是廢宰相。秦、漢以降實行一千六百餘年的丞相制度自此廢除，相權與君權合而爲一，明朝早期皇帝大權獨攬。但由於國家事務繁多，皇帝無法處理，洪武十五年九月罷四輔官，仿宋殿閣制設內閣。內閣只爲皇帝的顧問，奏章的批答爲皇帝的專責。內閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中大臣擔任，只照皇帝意旨寫出，稱“傳旨當筆”。權力及地位尚不如過去的宰相。宣宗時期，由於楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批准內閣在奏章上以條旨陳述己見，稱爲“票擬”制度，又授予宦官機構司禮監“批朱”。票擬之法補救可君主不願面見閣臣之弊。爲加強對全國臣民的監視，明太祖還設立特務機構錦衣衛，明成祖又設立東廠，明憲宗再設西廠，合稱“廠衛”，由宦官統領。
明朝真正完全控制朝政皇帝的只有洪武永樂兩代，儘管如此，明朝卻能有276年國祚。其關鍵點就在於皇權的擴大加上內閣優良的緩衝機制，正統以後的明朝，呈現出君主zhuanzhi則衰落，內閣掌權則復興的特點。
主要機構六部明朝在中央設置吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，取消中書省。六部因此地位得到了提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降爲郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部（主管文官升遷）最爲重要，戶部人員最多。禮部（主管祭祀大典）與工部（主管公共建設）地位較低。
監察機構太祖尚爲吳王時，始置御史臺，設左、右御史大夫各一名。洪武十三年，罷御史臺。十五年更置都察院，設監察都御史八人。分監察御史爲浙江、河南、山東、北平、山西、陝西、湖廣、福建、江西、廣東、廣西、四川十二道，各道置御史三到五名，稱爲十二道監察御史。監察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。永樂元年，改北平道爲北京道。十八年，罷北京道，增設貴州、雲南、交阯三道。洪熙元年，稱行在都察院。宣德十年，罷交阯道，始定爲十三道。正統中，去“行在”字。
六科六科，負責侍從、規諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事。洪武六年，設給事中十二人，秩正七品，始分爲六科，每科二人。洪武二十四年，更定科員，每科都給事中一人，正八品。六科官職品級雖低，然職權很高。他們可以不贊成皇帝的意旨。該制度發揮了一定的改善朝政作用。
五寺五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺和鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合爲三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱爲大理寺卿，九卿之一。其餘四寺卿職權較低。太常寺負責祭祀禮樂，隸屬於禮部；太僕寺管理馬匹，隸屬於兵部；光祿寺負責壽宴、進貢等，隸屬於禮部；鴻臚寺負責朝會、賓客（外吏朝覲，諸蕃入貢）、吉凶儀禮。
內閣洪武十三年誅丞相胡惟庸，罷中書省，廢丞相等官。在廢除丞相後，朱元璋親理政務，一度深感疲憊，於是設立四輔官來輔佐政事。但這項制度效能不彰。洪武十五年七月被廢。十一月，仿宋制，置華蓋殿（世宗時改爲中極殿）、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，又置文華殿大學士，以輔導太子，明仁宗增置謹身殿（世宗時改爲建極殿）大學士。明初，內閣無實權。之後內閣地位逐漸升高，權限逐漸增大，到明世宗時，內閣終躍至六部之上。嘉靖以後，朝位班次，俱列六部之上。自此，內閣成了中央最高決策機構。
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廠衛機構明朝主要的情報機構包括錦衣衛、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。錦衣衛設立於洪武十五年，負責偵查國內外情報，直接對皇上負責，擁有可以逮捕任何人，並進行秘密審訊的權利。在東廠設立後，錦衣衛權力受到削弱。