衆將多數反對的情況下，人心、士氣都不穩，秦良玉也不能一意孤行，只能暫時同意了以守爲主的策略。
就在衆將還沒有散去之前，總督朱燮元身邊的一個親衛匆匆跑來稟告，說總督朱大人怕是迴光返照了，要見秦良玉以及衆將軍最後一面。
秦良玉與衆將俱大驚失色，要知道總督朱燮元現在是所有人心中的核心骨，一旦他出了什麼事情，絕對對軍心士氣有着極大的衝擊，正是因爲這個，全重慶城的名醫都讓秦良玉給請過來了，希望能醫治好朱燮元，就算醫治不好，至少現在這個時候能吊住他的命，否則局勢就將更加混亂不堪，許多將領必然不服自己統帥，未戰恐怕自己內部就先打起來了，一想到這裡，秦良玉陡然升起一絲無力迴天的感覺。
秦良玉第一個走進朱燮元的病房，身後跟着杜文煥以及一衆將領也都陸續走了進來，每個人臉上都顯得非常的沉重。
總督朱燮元已經讓人給扶着坐了起來，臉色異常的潮紅，整個人看上去似乎精神了許多，一望便知是迴光返照的徵兆。
朱燮元沒有隨蜀王反叛，這已經讓秦良玉心中那塊巨大的石頭落地了，不管是做巡撫還是總督，朱燮元對他們這對孤兒寡母的都甚爲照顧，而且在四川地面上，朱燮元也算的上是一個好官，尤其在大是大非上不隨波逐流，軍事指揮上也很有才華，所以秦良玉內心裡是極不願意看到這樣一個人老來失節，成爲千古罵名。
“朱老大人？”秦良玉上前輕輕的喚了一聲。
朱燮元聞得聲音，緩緩的睜開了眼睛，先前的渾濁不見了，又恢復了已往的清澈，嘴角微微一笑，看到一屋子的人，緩緩道：“秦將軍，你們都來了？”
“大帥，文煥對不起您！”杜文煥從秦良玉身後走了出來，雙膝落地，跪在堅硬的青石磚上，眼圈剎那間就紅了。
緊跟着杜文煥身後頓時跪了一地，個個都垂下了腦袋，房間裡頓時瀰漫這一股悲涼的氣氛，就連秦良玉這個素來堅強的女人都忍不住心中一酸，差點也跟着一起跪下了。
“文煥，你沒有對不起我，這是我咎由自取，罪孽深重呀?，如果不是我的錯誤估計，蜀王又怎麼得逞，你先起來吧。”朱燮元在四川十多年，從參政的位置一直升到總督，全憑的是自己的本事，不然他一個文人又能如何受到這麼多將領的尊敬呢。
杜文煥知道朱燮元的脾氣，向來都是說一不二，擡頭看了朱燮元那雙不怒自威的眼神，緩緩的站了起來。
“你們也都起來吧，我有話要說！”
片刻，所有將領都站了起來，聆聽朱燮元的訓示。
“本督知道自己時日不多了，臨走之前有些事情要交代一下，秦將軍。”
“秦良玉在！”
“在朝廷沒有選派新的總督過來之前，本督授命你掌管本督所有印信，可暫行總督所有職權！”朱燮元沉聲道，雖然他也知道這不合朝廷的法度，但事有從權，眼下他只能這麼做了，朝廷總不會去怪罪一個死人吧？
沒有人敢反對，秦良玉知道這個時候不是你推我就的時候，當即半膝跪下道：“秦良玉謹遵大帥之令！”
“好，有你主持大局，本督也走的安心。”朱燮元臉上綻放出欣慰的笑容。
“衆將聽令！”朱燮元突然臉色一變，嚴肅的喝了一聲道。
“標下在！”杜文煥等一衆將官通通再一次跪了下來。
“這是本督臨死前最後一道軍令，就只有四個字，主動出擊！衆將可都聽明白了嗎？”朱燮元似乎用盡自己最後的力氣大聲道。
“謹遵大帥軍令！”衆將都在心中一顫，異口同聲道。
秦良玉的眼睛溼潤了，她怎麼也想不到朱燮元最後一道軍令是爲了成全自己，這是爲自己統領這羣將領打下第一道基礎，進而上下一心，取得平叛的勝利。
“大帥去了！”突然杜文煥的一聲悲呼，衆將紛紛從地上爬起來，簇擁上前，看到的是緊閉着雙眼，沒有任何呼吸的朱燮元，想來是剛纔透支了所有生命力，終於油枯燈盡了。
崇禎元年十一月十四日黃昏，四川總督朱燮元病逝，由石柱總兵秦良玉暫代總督職權，三日後，率大軍四萬出戰蜀王叛軍，半個月後攻下成都，一月之內橫掃四川全境，天下震動，諸王懾服，莫敢異動。
吳黑苗大敗，死傷兩萬五千有餘，元氣大傷，什麼湘西土司領主結盟大會都煙消雲散了，逃回麻陽，收攏殘部的吳黑苗簡直氣的快要發狂，瘋狂在控制區內徵兵，以補充自己在燕子溝一戰巨大的損傷，至於他與麻姑的婚事被無限期的擱置，得了四尊火炮的麻老官實力大增，尤其是沅州城中麻貴率領的自家四千人馬沒有參與燕子溝一戰，順利的撤回了老城，雖然還是那麼多人馬，對比起來，實力不減反增。
洪承疇也不好過，除了先前詐敗誘敵之策損失五千之外，燕子溝一戰，也損失了將近五千人馬，加起來也有一萬了，這樣的損失還是大軍進入湖廣境內最多的一次，雖然現在佔領了沅州城，對吳黑苗形成一個巨大的半包圍，但由於兵力不足，很容易再一次被吳黑苗大開缺口，尤其對手手上還有四尊火炮，雖然沒留下多少炮彈，但足夠人家打開缺口了，洪承疇現在最希望的是賀人龍的兩萬人馬趕快過來，好補充兵力的不足。
就在洪承疇一籌莫展之時，一個消息從黃宗羲處傳來，失去聯繫許久的曹虎奇襲了鎮溪所，就出了那裡面被苗人關押的近五百名大明士兵，現在正據守那裡，竿子坪長官司田家集中了盡一萬五千人的兵力圍攻鎮溪所，形勢萬分焦急，曹虎派出了十個人潛會來報信，能活着回來的就只有一個人，這個人還身中毒箭，強忍着最後一口氣把情況說了之後就不甘心的嚥氣了。