軍制改革也非同小可，雖然他的複雜性遠不如政治，但牽涉的面那是非常廣的，軍隊是國家的柱石，沒有軍隊，就沒有安全，安全都沒了，就只能任人宰割，亡國也只是時間早晚的事情。
所以軍制改革一定要計劃周詳，而且更加要嚴格保密，不能對外泄露半點風聲，只能在幾個能絕對貼心的臣子之間秘密商議，一切都在秘密中進行。
首先第一步，削弱軍中勳貴權戚裙帶關係的勢力，軍隊之中最容易形成派系，只不過比較散亂，而且明朝又是文官統帥武將，甚至宦官掌軍隊實權，加上軍備廢弛，裝備羸弱，又沒有像徐達、常遇春以及藍玉這樣的開國大將，故而明朝的軍隊是從強到弱再到極其弱的，不然袁崇煥坐擁二十幾萬大軍對只有數萬人馬的皇太極也只能採取堅守的策略，還有軍隊裡面的蛀蟲，吃空餉，倒賣甲庫等等，還有士兵常年不在軍營，也不操練，跑出去給人看家護院的也有，上街叫賣做生意，耍把式屢見不鮮，故而軍制改革首先的是裁冗留精，清除害羣之馬。
於是朱影龍命軍機閣發下“全國武備整頓整傷”的詔令，命令全國凡屬軍官、士兵身份的在詔令到達之後三天之內必須歸所在營地，逾期不回營者，是官的剝奪一切職務和爵位，並且示情節不等，處以一定的刑法，士兵者逾期不歸者一律仗擇三十，直接變爲平民，自謀出處。
這一道“武備整頓整傷”詔令一下，軍中頓時譁然，再傻的人都看出，皇帝已經轉移了目標，準備拿軍隊開刀了，由於先前朱影龍已經不斷的強化軍政分開的基本國策，故而楊鶴、周廷儒等人就是有心插手軍隊上的事情，也沒有一個適當的理由，因爲他們都是文官，如果他們貿然插手軍隊的事情，不就等於告訴皇帝，告訴世人他們想做權臣嗎？
自朱影龍上臺以來，首先是在建立軍機閣的基礎上，組建的實現了軍政分開，軍隊已經相對的成爲一個獨立的系統，而文官先天性的與武將不合，在那些高傲的文人眼裡，武將不過是些粗鄙武夫，會舞刀弄槍罷了，哪有至聖先師的“以德服人”來的浩然正氣，而有明的皇帝都認爲武將桀驁不順，故而任用一些忠君愛國的文人來統帥軍隊對他們的地位來說是最安全的，而朱影龍通過自己的努力，一是爭取，而是通過裙帶關係，掌控了全國起碼七層的武裝力量，完成了這些力量的掌控，纔是朱影龍敢下這一道“武備整頓整傷”詔令最基本的原因。
還有借這道“武備整頓整傷”的詔令將軍隊中一些害羣之馬清除出軍隊，重新整頓編制軍隊，編訂新的花名冊，並且恢復營操。
詔令一出，很多武將、武官都不以爲然，抱着僥倖的心理的有，有靠山在朝的心理也有，結果抱着這些心理的無條件的被清理出軍隊，取而代之的是長期被他們壓制，立功被這些人代受的低一級武官紛紛上臺，軍隊的第一輪清洗就這樣開始了，影響波及武官達數百人，因爲清洗進行的相當溫和，只是將這些人清除出軍隊，有罪的才被收押，有膽量孤注一擲的人再第一時間就被控制住了，這其中暗影和鷹衛的功勞不可小覷。
第一輪清洗是泥沙俱下，也不排除一些鬱郁不得志，對朝廷已經麻木不信任的低級武官就這樣被埋沒下去了，伴隨着“武備整頓整傷”的詔令，朱影龍再下一道旨意，下令從全國軍中挑選出五百底層軍官進入通州軍校，同時通州軍校的擴建以及第一批從遼東和九邊進入軍校學習的武官順利的進入畢業實習階段，他們將接替這些從全國各地進入軍校學習的底層武官的位置，這道旨意傳到各軍中，霎時間引起了軍中劇烈的震動，多少矢志報國的熱血硬漢流下了激動的淚水，一直以來，文官都是死死的壓制着武官，有的時候那些沒鳥沒蛋的閹貨也都能騎在他們頭上吆五喝六的，正當他們肉體和精神日趨麻木，整天只能爲生存幹那些違心的事情的時候，新皇帝繼位，新皇帝成立通州軍事學院，這是什麼，這是一個信號，這是皇上要提高武官地位的一個信號，兩年過去了，他們不少人是羨慕的看着自己的同僚被挑選進入軍事學院學習，由於名額的限度，也加上教師的不足，因此第一批進入軍事學院學習的人只有不足兩百人，現在不但放寬了挑選反問，而且還是五百個名額，這下子連袁崇煥和熊廷弼這對結拜兄弟都扛上了，爲各自屬下爭奪進入軍事學院的名額，借恭賀萬壽節的名義回京，差點沒打起來，成爲後世新軍事變革史上的一時趣談，當然其他人也不弱，連遠在四川征剿蜀王和貴州奢崇明、安邦彥的總督秦良玉也着急了，上書要求非給她們川軍五十個名額，她這把老骨頭就賣給皇上了，福建的洪承疇、廣州的常炎林，甚至還在土司叛亂搞得焦頭爛額的黔國公沐天波也要二十個名額。
這是在軍中，在民間，同樣爲了儲備軍隊中低層軍官人才，下詔通州軍事學院對民間招收學生，雖然名額只有一百名，但這樣足以打破有明一朝武官的選拔制度，也建立一種新的武官選拔制度，也讓不少有志投軍的年輕人有了一個更加好的選擇，同時也無形之中提高和給予帝國軍人的一種尊重。
楊鶴等人一心想把皇帝拉回“正途”，奈何皇帝似乎並沒有領會到他們這一番苦心，反而在“邪路”上越走越遠，他們不斷的在朱影龍耳邊聒噪，就差說袁崇煥、熊廷弼之流堪比漢高祖之韓信，太祖之藍玉，武官權柄日重，掌握軍權絕對是皇權的一種威脅，甚至楊鶴等人心中還有一句話沒有敢說出來，還不如由皇上親信閹人統軍呢！
若不是朱影龍不斷精簡整編軍隊，怕有強項的御史言官頂着雷說他有窮兵黷武之兆。
軍隊，朱影龍有絕對的威信和控制權，不少隨他南征的軍官對他有着一股子盲目的崇拜，雖然勝仗並不是他親自打的，但勝在他的用人，選帥用將，決勝千里之外，古今多少帝王能夠做到？
當然，南征之勝，朱影龍本人也有些沾沾自喜，不過他還算頭腦清醒，正要指揮打仗，他恐怕連袁崇煥手下一個校尉都不如，但也不能因此說南征的勝利是僥倖是天意，至始至終他用對了三個人，一個是袁崇煥統帥全局，第二個是洪承疇，第三才是穩紮穩打的熊廷弼。這個三人才是南征最直接的指揮者，是他們打勝了，所以他纔在軍中建立了無上的威望。
這一場史稱新軍事變革很快便席捲全球，而朱影龍給新帝國軍隊的概括的“年輕化、專業化、正規化、火器化”四個“化”成爲這個時空全球歷史軍事變革中最耀眼的字眼。
不知道後世史學家會不會知道，其實這四個“化”不過是朱影龍隨口這麼一說，卻不想被記錄皇帝起居注的太監記錄了下來，最後變成了四句震驚世界的軍事變革綱領。