接下來就是三天後的大朝，朱影龍沒有朝臣反對的機會，直接宣佈了將李瑤調入禁軍的命令，因爲跟軍機閣有了默契，內閣的官員縱有反對也只能是軟弱無力的，但是軍機閣也對這次調令做出了一些限制，這也讓內閣的官員們鬆了一口氣，而在內閣會議上叫的最兇的教育部侍郎孔以貞則在朝議上偃旗息鼓，似乎有些蔫了，時候他解釋他那天牙疼，發炎，大夫囑咐他不能多說話，遵醫囑，所以他那天在朝議上一句都沒有說。
事情的真假已經沒有人願意去追究了，反正木已成舟，就連楊鶴也因爲刑部的大變動牽去了他大半的精力，當初巡檢部分出去他就不高興，現在雖然兩部又合併了，但職權上卻稍有分化，尤其是大理寺升爲大理院，幾乎將刑部最重要的審勘定案的權力那過去大半，還有都察院，從以前的風聞奏事也慢慢走向做實事，對刑部抓人搜查更加有實際的審查權力，三個部門現在互相牽制，有互相監督，大有三法司從此一家的意思。
這一次朝廷大部的變動中，最得利的要數大理院和吏部，大理院是從大理寺升上來，可以說是前無古人，後無來者，捎帶這大理寺的官員多少都升了一級，權力也比以往大了許多，當然有得就有失，大理寺原來對軍隊軍官、士兵違法亂紀的案件是可以審理的，但現在這一部分被劃歸軍機閣下軍法司了；吏部呢，新增了一個權力部門，本來吏部也有對官員的考覈以及查查的權力，但這部分權力雖在，但卻沒有一個強有力的執行部門，現在不同了，吏部有了專門對官員的監察司，等於說拿到一把尚方寶劍，吏部本來就非常重要的一個部門，現在愈發變得更加重要起來，地位在九部中一下子上升到第二位，僅次於財政部。
有好事的官員，還給朝廷這九個大部兩個院搞了一個排名。
財政部名列第一，這是毋庸置疑的，現在誰都知道朝廷最需要的就是錢，沒有錢什麼事情都幹不成，因此身爲財政部長、內閣副總理大臣的孫慎行是最繁忙的一個人，尤其是到了年終，更是忙的家都顧不上了。
第二是吏部，每年吏部的考評可都是關係着官員的前途命運，還有三年一次大考，京官謂之京察，外官謂之大計，都深切關係道官員們的前程，吏部的考功司的官員們就成了香餑餑了，還有新加入進來的監察司，權力更大，監察司的官員雖然大部分是御史出身，但個個都精通查案和刑獄審勘，這是監察司司長（侍郎）親自挑選出來的，這些人好些個都是官場之中的另類，一旦被監察司盯上了，就等於半截身子進了監獄，因此監察司在吏部編制中也是一個比較神秘特殊的部門，正因爲他有着特殊的使命和巨大的權力，順帶這吏部的排名直線上升。
第三是農業部，這雖然是個新興的衙門，但大明本是個農業大國，農業自然是重中之重，尤其現在全國老百姓溫飽都沒有達到，糧食缺口很大，因此朝廷上下對農業的重視和投入是非常大的，而起農業不的尚書宋應星雖然非進士出身，但他主持研究發明出來的一系列的農業種植新方法新技術，還有推廣不少新型的農作物，如番茄、土豆、番薯等等，不僅豐富了百姓的餐桌，更救活無數百姓，尤其在安置流民的工作中做出了巨大貢獻，因此當仁不二的排在了第三。
第四是刑部，這點不用敘說了。
接下來是教育部、水利部以及建設部，這三個衙門互有側重，都是國家基礎建設的重要部門，教育部爲國家培養和儲備大才，水利部興修水利工程，一方面可灌溉農田，糧食增產，另一方面可減少災害的發生，如洪水、旱災等等，建設部則包含了全國道路、橋樑交通等一系列的設計、施工以及建造，未來十年到十五年之內，朝廷對官道整修的投入也是一個巨大的數字，只有路通了，商品才能流動，拉動消費，刺激內需，這些都需要交通的暢通。
工商部排名雖然僅次於教育、水利和建設三部之下，但重要性也非常之大，因爲它可是對以上各部門提供着不菲的資金供給，管理着大明朝所有的國有資產，可以說是富得流油，官場之中，不知道多少人嚮往這個衙門，而這個部門的尚書也讓朱影龍傷透了腦筋，要是史可法在的，他是最合適的人選，可現在史可法讓楊鶴等人逼着他貶到了瓊州去了，人選就成了一個大問題，最後讓原右都御使陳於庭暫任尚書大臣。
排名第九的是外交部，雖然朱影龍非常重視外交，但現在重心放在了國內，因此外交上就顯得靠後了。
第十就是科技部，這也是個新興的部門，翟式耜任尚書大臣。
這十部隸屬政務院，也就是先前的內閣，一般上稱還是內閣，政務院的稱呼還有些不習慣，也沒有內閣來的簡潔明瞭。
軍機閣也下設了三大部門，總參謀部，總裝備部以及總後勤部，三部尚書大臣分別是熊廷弼、英國公張國維和原兵部侍郎樑廷棟，其中陳新甲、傅宗龍、孫元化等人在新成了的三部中分別都有任職。
暗影也面臨重大的改組，周文元進入軍機閣，任第一任帝國中央總情報司的司長（相當於侍郎銜！），李永貞的鷹組也改變職能，只要是對外派遣間諜和特工，獲取包括敵國在內的一切情報，隸屬總情報司，但獨立在外！
這一些列的變動讓許多人措手不及，幾乎將朝廷原來的舊有體制完全打破，這是一場由上而下的制度變革，而且還是由皇帝主導的制度變革，具有非常深遠的意義，被譽爲大明開國以來最劃時代的變革，讓中華民族再一次站在世界巔峰之上具有里程碑意義，大明朝再一次煥發了無與倫比的活力！
後世史學家們聲稱，這一次對舊有制度的打破，他救了整個中華民族！
所有改革都在既定計劃內有序的進行，改革是從朝堂之上開始的，由於朱影龍的絕對威信，阻力並不是很大，百姓對改革也大多持支持的態度，畢竟這一次改革更多的會個普通百姓帶來更多的好處。
根據朱影龍自己的理解，封建社會，家國天下，朝廷也就是政府的職能是剝削者和擁有者，政府其實是決定者，他們可以決定百姓的生死、富貴貧窮等等，而資本主義社會，政府是一羣利益需求者組成，他們是剝削者和管理者，百姓聽話就能生存，社會主義社會，政府既是管理者又是服務者，百姓既能參與管理又能參與服務，共產主義社會也許會存在，社會在進步的過程中，政府的職能也在相應的轉變，這種轉變也是社會進步到了一個臨界點而產生的巨大動盪或者革命，爆發戰爭，其結果是更進一步還是倒退這都是很難說的，機遇好的就會進步，機遇差的，不但不會進步，甚至會倒退，而在將來會造成更加嚴重的創傷！
中華民族就很不幸，本來已經快到了一個制度變革的臨界點，由於統治者昏聵加上自然界的天災，身邊又崛起一個強大的敵人，最後歷史在這裡來了一個大倒退，這還是底子後才撐了幾百年，不然早就被西方殖民者殖民了。
當然這麼大的一次變革不可能一兩天就能完成，在京城這一畝三分地上，朱影龍身爲這座城池的主宰，自然是想怎麼樣就怎麼樣，凡是抗議的或者是反對阻撓改革的人通通一強硬手段處理，只要安撫好老百姓，這些人是鬧不出什麼花樣來的，他還可以出動軍隊鎮壓！
楊鶴等不少頑固堅持守舊已拍也是十分的苦惱，不是他們行動太慢，而是皇帝動手的速度太快，根本不給他們商量出抵制新制度變革的時間，而等到他們想要抵制的時候，卻發現身邊已經越來越多支持變革的年輕官員，這些年輕官員並不完全是進士出身，他們大多是舉人出身，朝廷規定，舉人就可以爲官，但舉人出身的官員大多在基層，基本上不是進士就很難往上升，而這些舉人大多數是從北京大學和清華大學提前畢業出來的。
原本楊鶴等人還在等着看皇帝的笑話，因爲一下字擴下這麼多部門，從哪兒找到那麼多人組建新衙門？
就算現在開恩科也是來不及，而且組建新的衙門也不是一天兩天的事，以往朝廷籌備一個新衙門起碼也得半年至一年的時間，而朱影龍從下旨到把架子搭起來僅僅只用了三個月，再有三個月的時間就可以完成職能的架構以及內部的進一步充實和完善，正式參與到朝廷的管理當中去了。
當然，這期間的亂是可以預見的，而且一些撤銷或者保留下來的衙門也不甘心交出手中的權力，因此矛盾將會非常尖銳，甚至因爲口角之爭發生動手動腳的流血事件。
而藍蓉蓉也正是選擇朝廷變革這個陣痛期的混亂制定了這個天衣無縫的營救行動計劃，甚至還想在這混亂之中再添上一把火，只可惜功敗垂成！
而李瑤入主禁軍卻成了新制度變革初步完成的階段性標誌。
打破原有的制度，建立新的制度，古來多少帝王都無法完成的事情居然讓朱影龍輕而易舉的完成了，這不能不說是一個奇蹟，但這個奇蹟的背後也有着一定的必然，首先變革是一個過程，如果他登基之處就這麼幹的話，必敗無疑，等到他平定江南，整合國內軍力，將全國的軍隊都牢牢的綁在他的身上，有這樣一支力量支撐，還有減賦、免賦帶來的民心和聲望，民心所向，國內干戈平息，人心思定，這才實施新制度變革，可以說取得成功是必然的。