緊接着就投入了守城部署，隨身跟班而來的都司鮑守正，擅長製作防禦用的火器，即命其教導全軍制作萬人敵、轟天雷、火箭、火球等防禦性火器，以備守城之需，並隨即運上城頭。
崇禎五年正月初一，對萊州百姓來說，是個驚魂攝魄的日子，自一大早，大地黑雲摧城，尖利狂叫的寒風裹挾着雪花，狂暴地掃蕩着山野、村莊，搖撼着光禿禿的樹枝，衝撞着千家萬戶的窗門。
卯時時分，官兵前鋒哨兵秦大鵬返城稟報，叛軍先頭五百馬騎，由叛將李九成的兒子李應元率領，已抵達距離萊州城十五里外的北部門戶重鎮平裡店！
徐從治即令撫標中軍去招人往鼓樓公事房議事廳會揖，不消一刻鐘，總鎮楊御蕃、劉國柱，知府朱萬年，同知寇化，以及協助守城的鄉紳和退職官員賈毓祥、張忻、趙胤昌、孫善繼等陸續到齊，商定防賊事宜。
“報——叛軍殺向城來！”申時塊過的時候，一個屁股着了火一樣飛奔的書吏跑進議事廳，上氣不接下氣稟報着。
大家眼睛齊刷刷地射向徐從治，徐從治雖是年屆花甲，卻是一身硬朗，雙眼透露出銳利的光芒，他站起身來，端茶一呷，擺手道“諸位，與本撫一同登城察視！”
徐從治順手拿起千里鏡，大步流星跨出公事房，謝璉及衆僚佐跟隨徐從治魚貫而出。
不一會，馬隊奔騰而出，直奔東城而去。登臨東城樓，大家透過垛口北望，但見城外二三裡處，煙塵滾滾，馬頭攢動，馬蹄聲響清晰可聞，數百賊騎以驚人的速度撲向大城。
此刻，大地在顫抖！天空在戰慄！
差不多一個時辰之後，一隊叛軍於東城五里處的碑坡村紮營，另外一隊叛軍從南邊繞城而過，於西城五里處的福祿山結寨，剛好在城頭紅衣大炮射程之外。
到傍晚酉牌過半時分，只見扛着各色軍旗的叛軍步兵，圍繞着城牆五里的位置，紮下了十五座大營，形成了對萊州城的包圍之勢。叛軍各營寨篝火燃起，光焰徹天，賊騎揮舞刀槍往來穿梭，叫嚎不絕……
崇禎五年二月初二日，三日卯時過半，巡撫徐從治令朱萬年以知府名義派執役書辦出城，往賊營表達“慰問”之意，以探視叛軍虛實。
等兩書辦火燒屁股似地飛跑而回的時候，已近午時，進了巡撫行轅大堂，兩人還大口地喘着粗氣，其中一個穿着一襲黑色對襟棉衣，身材魁梧，粗眉大眼者跪地稟道：“屬下王寶思參見徐撫臺及列位大人，李賊回話說，看在朱知府前面牛羊厚犒顏面上，並不攻城，不過是在城外歇息餵馬而已，不久便要去南京了，要朱太守莫要驚惶！”
徐從治捋着灰褐色的長鬚，冷笑道“哼！海雕蟲小技！”
又轉臉問道，“叛軍營盤情況如何？”
“燕阜埠演武場全被叛軍用巨木柵欄圍成了兵寨堡壘，那柵欄足有一人多高，‘海山亭’都被圈進其中。
東西南北四面，都設了柵門，門內是四座兩丈多高的木構平臺，不知作何用場。到處都是密密麻麻叛軍，正忙着搭建窩棚營帳。
另外，從北城看，叛軍還從鄉下運來大量柵木，是不是在構築圍城柵欄，小的不敢妄加猜測。”另一名書辦趕緊稟道。
所謂燕阜埠，本是古掖縣八景之一的“燕阜觀射”臺，在城東北有一二里遠的高阜上。五胡十六國時，爲南燕皇帝慕容德之侄慕容超所築，是古萊州演習騎射的校場，故名“燕臺”。
明嘉靖五年（公元1526年），登萊海防兵備道副使馮時雍曾在埠上建“海山亭”，嘉靖朝大學士毛紀爲此作記。
有詩云：前代校場此地開，將壇元是燕王臺。馬如龍躍人如蟻，三翦飛馳較射來。
徐從治和謝璉經過一番磋商，對原來的守城方案進行了調整：西城、東城是四城城牆的薄弱之處，予以重點布控。
徐從治和保定總兵劉國柱駐守西門；巡撫謝璉、左建軍太監徐得時駐守東門；南門分別由內府翟升、太守朱萬年駐守；北門則由通州總兵楊御藩駐守。
二月初四卯時，天空剛剛破曉，墨青色的蒼穹低雲暗壓，凜冽的西北風不時打着旋捲起雪花，紛紛灑灑而下。
東北城下，就見叛軍趁着黑暗掩護，在快速地向城壕一帶集結，大破叛軍在城壕上架天橋，在城壕外佈設火炮，幾十們火炮一字排開，張開了恐怖猙獰的血盆大口。
隨着東方天空的漸漸發白，只聽得叛軍羊角號凌空嘯起，牛皮戰鼓在急促地擂動轟鳴，掀起了一波又一波震耳欲聾的聲浪。
原本歷史上爲期七個月的萊州圍城戰，終究還是打響了，但是因爲孔有德來到這個時空，歷史的進程，已經發生了一些小小的偏差，至於有多大，就不得而知了。
數十門大明朝最先進的火炮頻頻冒出了火花和白煙，什麼佛朗機和紅夷大炮發出了怒吼，尖利的呼嘯聲從空中劃過，雨點般的炮彈砸向城牆，隆隆炮聲愈來愈密，城牆和大地都在微微顫抖。
從未見識過如此高強度炮火的城頭守軍，立時陷入了短暫的混亂。
雖然城頭上也有大炮，但是在如此猛烈的轟擊之下，他們只有躲避的份，根本無法進行還擊，只能任憑叛軍的火炮在城牆上肆虐。
差不多經過小半個時辰的炮擊後，城外的火炮聲漸漸停止了，想必是準備開始攻城了，謝璉也從城牆下重新回到了城牆之上，觀察敵情起來。
只見這片刻功夫，叛軍的大隊人馬已經衝上來，擠在護城河外，不斷地往護城河裡拋扔土石木料，就有叛軍乘勢將幾座長梯架在了城壕上，片刻間，一隊叛軍搭上了從百姓家拆卸來的門板木料，眼見叛軍的浮橋騰空而架……一羣羣叛軍頂冒挨牌，多人一組架扛着車梯，強渡城壕而來。