內閣成員除了方子達不在其中，其他人有的對此事表示異議，絕對不相信方子達會幹出這種事來，當然也有人出於各種心態要求政府立即對此事進行表態，追究方子達責任，甚至有人婉轉提出先撤消一切職務給國民們一個交代，然後交由司法進行調查，如確實是方子達所爲再行處理。
這些話聽起來冠冕堂皇，可其用心有點頭腦的人仔細琢磨下就明白是怎麼回事。如果真撤消了方子達職務，就算最後調查表示他清白，難道方子達還能回來繼續擔任財政總長和中央銀行總裁不成？說這話的人不是別有用心就是想借此機會爭班奪權。
會議開了一小時，幾方辯論不休。正當此時一位工作人員悄悄進來，找到一旁的廖仲愷低聲說了幾句，廖仲愷向宋教仁請示下後急忙起身暫時出了會議室，過了不久他又急急趕了回來，手裡拿着份電報。
“諸位！方鄣明的緊急電報！”
會議室內一下子就靜了下來，衆人目光都往廖仲愷看來，而露出的神色卻各不相同。
“念！”
宋教仁作爲總理微微向廖仲愷點頭，開口說道。
廖仲愷拿着電報開始念，電報內容很長，其中一半是在講述方子達抵達長崎後的經過，這些講述中並沒有任何感**彩，而是就事論事，雖聽起來很是枯燥乏味，卻更顯得真實可信。
講述完這些經過後，方子達在電報後向內閣提出幾點意見。
一：外交部立即出面同日本政府交涉。抗議其扣押民國政府官員，要求立即進行施放。
二：以內閣名義向外澄清孫文之死同民國政府、政府官員包括其各黨派毫無關係。督促日本政府儘快調查事實，拿出確鑿證據還以清白。
三：以政府名義召開新聞發佈會，對此事件進行強力譴責，並向公衆表態將以最大努力查找幕後兇手，同時高姿態地舉行追悼儀式。
四：利用輿論指責日本治安問題，請求各協約國成員介入，最好把此案交由第三國調查，以保證還原案情真實性。
五：召開國會。對此形成統一意見……。
“諸位，方鄣明的電報你們怎麼看？”長篇的電報唸完，宋教仁悄悄鬆了口氣，孫文之死讓他壓力頗大，甚至還起過這是不是真是方子達乾的這種想法。可當聽完這份電報，他第一時間就明白了前因後果，現在可以確信無疑此事根本就是日本人搞出來的花招。而日方所針對的就是方子達，同時也想借此事搞亂中國政局。
“事情已經很清楚了，我同意電報的意見！”司法總長章宗祥第一個表示贊同。
“我覺得此事還得斟酌一二，畢竟這只不過是方鄣明一面之詞，萬一我們這樣做了，到頭來一切證據還是指向他。這個責任誰來承擔？”農商總長張謇表示反對，他提議道：“這種大事還是慎重點的爲好，就算不是方鄣明乾的，可畢竟他的嫌疑最大，這種時候以內閣出面爲他背書。恐怕不合適吧？”
“有什麼不合適的，什麼叫嫌疑最大？照我看來日本人的嫌疑更大！方鄣明再傻也不會傻到前腳到長崎後腳就搞起刺殺孫文的勾當。話再說回來。難道孫文還有未卜先知的本事？明明知道有人要殺他，爲了對方行刺方便特意從東京跑到長崎，坐等着對方船到後再把人請過去主動吃上幾顆花生米不成？”外交總長曹汝霖本就是方子達的盟友，前面議論時作爲外交總長的他並沒太多發言，因爲他對此也有所疑惑，可當方子達的電報來後，很快就搞明白了究竟，心頭一鬆，底氣也就足了，張謇話音剛落他就出口諷嘲了幾句，他這番話立即就引來鬨堂大笑，剛前凝重的氣氛也就此變得輕鬆起來。
“你……老夫又沒說方鄣明就是兇手，只不過建議慎重從事，曹潤田，你這是什麼意思？”
“呵呵，我哪裡有什麼意思，只不過覺得這種慎重根本就沒必要。方鄣明電報中所說是否真假調查起來很是容易，就算孫文之事和蔣志清等人有關又如何？蔣志清是蔣志清，方鄣明是方鄣明，難道現在還是滿清時代搞株連九族不成？何況此事究竟怎麼回事，我想大家心中也猜到了一二，與其窩裡鬥，倒不如硬它一回。唯唯諾諾，瞻前顧後，反而落入日方圈套！”曹汝霖冷笑一聲，根本就怕張謇的責問，反而暗中譏諷了他幾句。
“豈有此理！豈有此理！老夫好心還辦錯事了不成？鶴卿兄，你倒是來評評理。”張謇氣得雙手發抖，神情氣憤地把頭轉向了蔡元培。當然，他的這番姿態有多少是真有多少是假，這隻有他自己心裡清楚了，既然蔡元培剛前是極力要求懲處方子達的要員，現在當然要把他拉進自己的陣營，再加上國防部的反對，這樣一來內閣投票就不一定能通過了，只要把這事拖上一拖，搞得方子達身敗名裂，他張謇就有機會取而代之。
可他萬萬沒想到，蔡元培這位不食人間煙火的夫子根本就不是真正的政客，而是一個文人和教育家。沒錯，他剛前的確是強烈要求內閣對方子達進行懲處，並提議撤消其一切職務。但他做出這種要求的前提是先入爲主，認爲孫文之死和方子達有關，在憤怒之下這才作出的舉動。
但聽過方子達發來的長篇電報後，蔡元培愕然發現事實的真相恐怕不是他所想象的那種，而且曹汝霖說的也有道理，方子達是否是元兇要查起來很是簡單，孫文那麼巧合從在方子達剛剛抵達長崎的時候從東京跑到長崎，難道這裡面就沒有蹊蹺麼？
蔡元培雖然沒有政治經驗，但不代表他就沒腦子，相反在座人中他的智力比大多數人高得多，只不過平時專於教育和研究，對俗事並不在意罷了。聽得張謇問他意見，他皺眉想了想，開口道：“我考慮了下，覺得還是按章總長意見辦吧。”
蔡元培表明了態度，也等於相信了方子達電報中的陳述，張謇沒料到會是這樣，當即愣了一下，直愣愣地看着蔡元培簡直不敢相信自己的耳朵。當確認他說的內容自己的確沒聽錯後，張謇忍不住暗暗大罵蔡元培簡直是個王八蛋，這麼好的機會也不知道把握，居然還同意對方意見，根本就是讀死書給讀傻掉的典型。
段芝貴是個老狐狸，接任國防部長職務後的他在內閣會議中一直哼哼哈哈和稀泥，表現一貫低調，今天的會議也是如此，就如一個毫無關聯的旁人一般基本不發表意見，只是裝着打磕睡任憑事態的發展。
當見到內閣大多數都贊同章宗祥的意見時，段芝貴就知道用這件事把方子達搞下臺是暫時不可能的了。既然如此，他也不會枉作惡人，當宋教仁點名徵求他意見時，他就隨大流地說了幾句廢話，最後婉轉表示支持內閣決議。
內閣成員中，除少數如張謇這樣的人外，基本上不是偏向方子達一派就是中立派，何況又沒了段芝貴的明確支持，所以在宋教仁表示對此事表決時候很輕易的就通過了按照方子達電報中所要求的立即開始行動。
當天下午，宋教仁召集緊急國會，用kmt作爲第一大黨的優勢在極短的時間就拿出了正式結果。接着，總理府召開新聞發佈會，對孫文之死表示哀悼和強烈譴責，同時拐彎抹角地指責日本治安惡化狀況，以表示對此案的高度重視，邀請協約國各國對此進行聯合調查，以避免外界因素影響而導致的案情混亂。
與此同時，曹汝霖代表外交部召見日本大使，向日本政府提出抗議。要求日本政府立即施放所謂的“嫌疑人”並澄清事實，還中國政府官員以清白。
對中國政府的要求，日本方面一口否決。口口聲聲說已經掌握了確鑿證據，可以證明蔣志清和戴季陶就是殺害孫文的主使之一，而直接行兇者就是他們的護衛人員，根據東京警視廳傳來的最新消息，在他們的旅館中已搜出了行兇的手槍，這個案子由於發生在日本本土，根據國際法律慣例，此案必須由日本司法進行**審查，根本不需要聯合調查，也沒必要交由第三國處理。
曹汝霖當即對此反駁，他表示，蔣志清、戴季陶等人作爲出使美國代表團成員具有外交身份，外交人員涉入刑事案，作爲東京警視廳根本沒有權利出面扣押和調查，而應該先通報對方所在國的大使館和外交部，隨後在取得協商一致的情況下方可調查。而日本政府這樣做簡直就是先斬後奏，至於日本政府所提出的所謂證據，在沒有中方派人員監督的情況下根本不足爲憑。加上此案的受害者也是中國人，案情牽涉政治方面極其敏感，強烈要求聯合重新調查，並在有必要的情況下交由第三國**審查。