上海戰局進行順利，31團趕到後僅僅成立只有一天的討袁軍就飛灰煙滅了。31團順利同滬軍團匯合後，除留下一營人馬接手製造局的防務外，其餘各營在滬軍團協助下繼續對打散的討袁軍殘部進行清剿，並着手打擊各幫派成員。換句話來說，方子達在派31團出兵時就做好了趁此機會對上海幫派體系來一次大清洗的打算。當然，幫派份子和革命黨、KMT內部盤根交錯，要真正藉手打掉他們是完全不可能的，不過滅掉些下面的嘍羅，把一些投向革命黨的大佬們藉機除去，這點方子達還是能夠辦到。所謂有人的地方就有江湖，古往今來幫派份子、江湖中人，在中國歷史上存在已久，就算是幾十年後依然會有黑色社會的存在，但關鍵是這種勢力抓在誰人的手中，爲誰所控制，這纔是方子達需要做到的。
31團出手狠辣，滅掉討袁軍後當天就以叛亂名義抓捕了上千幫派份子，其中光是青幫大佬就有幾個，其餘一些幫派成員腦子靈活反應快的，不是立即改變政治方向，聲討革命黨叛亂，聲明支持中央政府。就是惶惶逃進租界，提心吊膽地躲得嚴嚴實實。一時間整個上海爲之一清，被那些槍聲嚇得擔驚受怕的老百姓們漸漸定下了心，隨後又見那些平常一貫敲詐勒索，無惡不作的流氓、幫派份子等一個個被士兵們抓起來，驚愕之餘忍不住興高采烈，歡呼雀躍，高喊中央萬歲。
方子達在上海的這着棋可以說取得了成功，要說遺憾的就是沒能當場抓到陳其美。上海不比其它地方，租界林立，陳其美等人逃脫後進了租界，陶德瑤只能眼睜睜地派兵守在租界外，而不能進入一步。
對此，方子達從南京下達命令，讓陶德瑤先控制除租界之外的其餘區域，並且讓投向KMT的幫派大佬配合，進行梳理，儘快重建治安，以保上海穩定。至於陳其美等人，先嚴格監視起來再說。
上海的順利情況並沒有讓方子達有太多的興奮，眼下的第八師師部反而是愁雲一片，尤其是方子達，二十多個小時未閤眼的他現在是雙目通紅，怒火滿腔。
當幹掉林虎，控制住第八師後，方子達就把主要注意力全投在了上海、安徽、浙江等地，根本就沒留意過北邊。在他想來，第八師現在已落自己手中，有宋教仁在北京坐鎮，第八師已是陸軍部直屬部隊，北洋各軍已成了友軍，對於自己人來說北邊是絕對安全的，只需要防備南邊的革命黨即可。
正是這樣，在重新整編第八師各團營時，方子達往北抽調了大部分兵力向南京集中，一方面是要做好往南的準備，另一方面也是想借此整合調整。誰又想到，張勳部突然間會進入江蘇，攻佔徐州城，還快速往南直向南京而來，擺出了一副要攻擊南京的架勢。
得到消息後的方子達是大吃一驚，要知道現在南京以北第八師的駐防兵力僅僅只有一個半團，而且這些兵力分散在各地各縣，短時間內要調集起來根本不是那麼容易的事。另外，張勳的突然發難，更讓方子達懷疑是不是袁世凱暗中指使，趁着第八師注意力全在南方的時候大軍一舉南下，徹底把第八師吞滅，以取得北洋一家獨大的局面。可仔細分析後，方子達又否決了這個懷疑，雖然他和袁世凱只是見過幾面，相互間真正交談也僅僅是當初關於善後大借款一事，可以方子達的感覺來說，一向重視大義和名聲的袁世凱在這種時候絕對不可能下出如此昏招，何況宋教仁已正式任命爲國務總理，北洋系和KMT系在北京已取得了政治同盟，這樣背後向盟友下刀子，袁世凱還沒這麼弱智。
得到張勳部南下的消息後，方子達首先確認事情的真假，隨後就向北京發了急電。一份電報是發給宋教仁的，另一份電報是發給陸軍部的，並讓陸軍部對此作出解釋。另外，方子達還派出聯絡參謀火速北上，聯絡張勳部，要求張勳立即停止南下，按陸軍部命令行動，如再逼向南京，第八師必當反擊。
接到電文的宋教仁也是一驚，急忙趕往陸軍部，找到陸軍總長段祺瑞詢問此事。
“芝泉兄，這是怎麼回事？”宋教仁把方子達發來的電報拍在桌上，表情異常嚴峻。
“這份電報我也收到了，遁初兄請看。”段祺瑞苦笑着也掏出同樣一份電報來：“我明白遁初兄是興師問罪來了，可不瞞遁初兄說，此事我也是剛得知。”
宋教仁帶着疑惑和不信任的目光看着段祺瑞，段祺瑞邊幫他倒了杯水，邊解釋道：“不管你遁初兄信是不信，此事我可以向你保證，絕對不是陸軍部下的命令，大總統更是一無所知。遁初兄來前，我已經讓人向張勳發報了，讓他立即轉向西南入安徽，退出江蘇地界。”
一邊解釋着，一邊從抽屜裡取出一份草擬的電文，宋教仁幾目看完微微點了點頭。
“這樣就好，如今局勢芝泉你也知道，叛亂未平，自己人就先打了起來，這簡直是胡鬧！張勳的膽子實在是太大了，誰給他的命令？必須嚴查！”
“嚴查是肯定的，可是……。”段祺瑞附和了一句，又搖搖頭：“遁初兄，以我分析，張勳南下並沒有任何人給他命令，完全是他自作主張。估計是當年張勳提督江蘇，被你們KMT人打敗於心不甘，想借此機會奪回江蘇罷了。”
“如是這樣，此人必不可用，陸軍部應當立即對張勳撤職查辦。”
“遁初兄，張勳的部隊是怎麼回事難道你不知道？陸軍部的撤職查辦你覺得有用？”段祺瑞苦笑的反問。
愣了一愣，宋教仁也露出了難色。張勳的部隊和北洋軍本就不是一個體系，僅僅從他現在還留着辮子來看，不要說是陸軍部了，就是他這個國務總理下令撤職恐怕都不管用。張勳的士兵可以說完全是他的私兵，只聽張勳一個人的命令，甚至連袁世凱袁大總統，對張勳最多也只是聽宣不聽調。
想了想，宋教仁說道：“無論如何，這種情況的發生必須制止，我中央也必須作出決斷！要不然就算這次叛亂撲滅，將來也難保不會有人擁兵自重。這樣吧，你陸軍部繼續聯絡張勳部，讓他馬上撤出江蘇，至於徐州之事可以不追究責任。如果他再一意孤行，就撤職查辦，絕不姑息！”
“行！就按遁初兄的辦！”段祺瑞一口答應下來，見此宋教仁也放下了心，和他再商量了一下平叛之事後就回總理府了。
安排好再次發電給張勳後，段祺瑞離開了陸軍部，直接就去總統府。
“大總統，張勳此人飛揚跋扈，不聽陸軍部調遣擅自進入江蘇，攻佔徐州，兵逼南京，宋遁初已嚴令卑職訓斥張勳，讓他撤出江蘇。”
“哦，居然有這事？芝泉你是怎麼辦的？”袁世凱眯着眼淡淡地問道。
“宋遁初現是國務總理，他以總理命令卑職，卑職只能照辦，何況張勳此人膽子也太大了，此事必須嚴令禁止。”說着，段祺瑞瞧了一眼坐在那邊老神在在的袁世凱，遲疑地問道：“不知大總統以爲……卑職這樣做是不是……。”
“是不是什麼？你做的很好！”袁世凱和藹地笑笑，點頭鼓勵道：“宋遁初和我袁某人都是憲政的支持者，既然要憲政，你陸軍部當然屬於他管轄範圍內，總理有令作爲下屬必須執行，何況是如此大事！張勳目無法紀，擅自攻擊友軍，此乃軍閥作爲。你陸軍部必須嚴懲其人！”
袁世凱這樣一表態，段祺瑞算是徹底放下了心，並向袁世凱繼續彙報了下宋教仁對張勳之事的態度和反應，同時建議袁世凱以大總統名義給張勳發報，張勳一向尊重袁世凱，或許有袁大總統的一份電報張勳會聽話不少。
“這個就不必了。”誰想到袁世凱擺手拒絕，說道：“如今憲政，這些事都是宋總理的職權範圍，我不便插手。一旦這樣做的話，明白人知道我袁某人是爲了國家，外人還以爲我想獨裁，呵呵，還是由芝泉和遁初你們商量着辦吧。當然了，假如國會通過，有此要求的話，我袁某人必然支持嘛。”
段祺瑞深知袁世凱，稍一愣後頓時笑了起來，連連點頭稱是。
“第一軍、第二軍的進展如何呀？”袁世凱見段祺瑞明白了他的意思，也微微一笑，轉而問起了這事。
“除張勳部外，其他各部都按計劃進行。”
“好！這樣就好，芝泉啊，平叛之事宜早不宜遲，讓他們抓抓緊，時間不等人啊！”
“卑職明白，請大總統放心。”
想了想，袁世凱又問：“聽說江蘇第八師已壓制了上海？陳其美的亂軍已被平定？可有此事？”
“這事不假，上海傳來消息說陳其美兵敗吐血，已逃入租界。”
點點頭，袁世凱撫掌讚道：“第八師真不虧是強軍，更沒想到KMT那個方子達居然文武雙全，呵呵，如今第八師直屬你陸軍部，芝泉你得好好用這把利刃，只要用好了，就大有可爲啊！”