大火打亂了東南軍的進攻，各支部隊與民工節節後退，退到了海邊據點才止步。
此後，東南軍發現了好處，被燒過的地方成爲一片童山禿嶺，再無遮蔽的作用。
東南軍乾脆不打仗了，到處放火，把沒有着火的地方也給點着了，按說亞齊地方夠大，可是東南軍人多力量大，又有的是火油，以狂熱的態度投入到放火燒山的行動中，而亞齊人無力阻止！
都不用進近，遠遠地潑油放火，既輕鬆又安全。
馬六甲海峽路過的船隻見到無論是白天還是黑夜，海岸線都是火光熊熊，百里外可見，船隻以之爲導航，當成了大燈塔。
一個荷蘭船長感慨道：“東南亞，我們再也不能回來了，我們沒有華人這麼多人，也沒那麼這麼心狠！”
一直到雨季，大火才被雨水撲滅，此時已經有三分之一的土地變得焦黑，土地上面承載的一切都變灰而去！
到處一塊塊難看的黑斑，被燒死的鹿成乾屍狀，不知道被燒死了多少動物。
火勢極猛，許多亞齊人沒能逃掉，被燒死在山中，而他們在山裡的城市也難逃一劫，由於濃煙無法消散，居然一座小山城裡的許多亞齊人都死於濃煙窒息！
殘餘的亞齊人義憤填膺，但更多的是惶恐不安！
敵人是如此的實力強大，又這麼的心狠手毒，亞齊人雖然驍勇，生起一種無力感。
雨季到來，嘩嘩地下個不停，亞齊人得冒雨出去收集食物，一身泥一身水的，狀況悲慘無比。
過去的積蓄多被摧毀，不找找都沒得吃的，大火也燒死了許多動物和植物，食物來源堪憂。
而且他們得注意別挨近海邊，東南軍依舊有出擊，一不小心，就有生命之危。
到得旱季到來，東南軍捲土重來！
光禿禿的山上根本沒有可以躲藏的地方，一目瞭然。
有樹木可以躲藏的地方？
放火燒之！
一把火不成就放兩把，兩把火不成就放三把！
燒燒燒，燒光樹木。
打打打，打死亞齊人！
東南軍對各處地方遂行鐵壁合圍，數萬人一擁而入一片地區，見了亞齊人就開槍。
只要魔鬼彈打中他們，我軍就萬事大吉！
打到後來，許多亞齊人遠遠地見了東南軍，趕快舉手。
投降！
不僅如此，山裡見到什麼稻田、水壩等生產資源，東南軍一概毀之，如遇村落，統統焚燒，有財物搶走，糧食能帶走的帶走，帶不走的則扔掉，人員更不用說，不聽從命令的立即打死，聽從命令的給帶走，賣掉。
王甲團裡的文書悄悄地對其他人道：“我覺得我在軍隊裡，做盡一輩子的壞事了！”
但其他人則用通用答案來回答他道：“他們亞齊人是倒黴了，但這是媽祖娘娘的旨意！”
在東南軍進攻的末期，某部不甘心的亞齊人向着王甲團發動了最後的衝擊，他們人員集中在一起，以一種決死的態度向前衝鋒！
東南軍防線上的官兵們則大吃一驚，不是擔心自已的安全，而是惡寒不止，他們看到衣衫襤褸的人們從低矮的灌木叢中爬出來，這些會走路的骷髏真的是亞齊勇士嗎？他們的頭髮又長又髒，許多人骨瘦如柴。
戰爭中失去後勤補給的危害性一目瞭然！
亞齊人有部分男人從事農業生產，更多的是女人幹活，而在戰爭中，這些人是弱勢團體，死得最快。
東南軍實施的是“總體戰”，全方位打擊敵人，男的女的統統逃不掉，嚴重削弱了亞齊人的戰爭實力。
不用說，亞齊人當天的進攻一敗塗地，甚至沒攻到東南軍官兵們的面前，就被打死在路上！
所謂侵略如火，指的是動作快速，以那些亞齊人的速度是沒有指望的。
王甲團有一次天亮前突擊了亞齊人的某個營地，當時士兵們正向營地靠攏的時候，突然有個亞齊人出現了。
東南軍一下子停止了腳步。
然而，哪怕是對面一羣人，隔了三十多米是大目標，對方恍若未見，睜眼瞎！
他又轉回去了，東南軍進逼到近在咫尺的位置，等天剛亮時殺進去，突襲大獲成功。
回去後當作笑話說出來，官兵們這才明白什麼是夜盲症！
東南軍補給有力，營養均衡，從來沒聽說過什麼夜盲症，而亞齊人食不果腹，存在夜盲症是普遍的。
在山裡的東南軍陣線相當穩定，東南軍出動清剿亞齊人，如篩子般篩過各片地區，不讓一個亞齊人漏網。
每隔一段時間可以回到穩固的堡壘中休息、療傷、吃頓熱飯，恢復體力。
伙食不錯，軍工給各支部隊帶來了活羊、活雞還有耐貯藏的冬瓜、南瓜、絲瓜等，讓官兵們吃上好的，在海邊原本亞齊的大港口已經成爲了東南軍的重要基地，那裡的醫院很乾淨，配備有很好的醫護人員，具有與旭日港醫療機構一樣的工作效率，醫院的利用率很高，直接負傷的傷員不多，更多的是各種熱帶病致命的傷員，由於蚊蟲叮咬而得病的病人的症狀有各種各樣，這些病很少有人能夠倖免。
東南府高級軍官們感謝的是良好補給與醫療系統，否則打都不用打，東南軍就得自己捲包袱跑路！
“沒有金雞納霜，我們就無法派出兵力進攻敵人，因爲現有的人手都得照料打擺子的病號！”一位軍官如是說。
金雞納霜下發到部隊醫護兵那裡，打擺子的病號甚至不用送到大醫院就可以治療了。
有了金雞納霜，官兵們的心安了許多。
飽受打擊的亞齊人則勢力日孤，可笑的是因爲熱帶病，他們減員更多！
補給不上，營養不足，身體虛弱抵抗力差，亞齊人病患嚴重，連進攻都派不出兵力來！
他們爭吵着，一籌莫展！
公元1644年1月21日，亞齊王廷在蘇門答臘島的棉蘭地區向東南軍投降，十二歲大的小素丹伊斯干達·布坎達被大人們牽着，向東南軍的軍官們叩頭，奉上了亞齊旗幟！
紅底，上面是一彎新月，加個星星，下面是把彎刀的旗幟，走進了歷史！
軍官們看着跪了一地的亞齊人，無不長長地鬆了一口氣！
這場戰爭終於到頭了！
經過統計，這場戰爭當場戰死的士兵爲五百二十七人，亦即是說被亞齊人殺死的寥寥無幾，病死的則更多，爲二千六百零八人，得了各種熱病、怪病的高達一萬三千七十二人。
打這場戰爭有其成功之處，一一歸納總結。
採取的戰術對頭；
補給有力，醫療出色。
戰爭進入相持階段時，東南軍更多的使用了閩省、兩廣之兵，他們比北兵更適應當地氣候，從而保障了非戰鬥減員的減少。
之後島嶼爭奪戰，軍官們紛紛說道：“沒有足夠的金雞納霜，就別發兵！”