此外，《明史》其它部分篇章，也爲後人保存了不少可貴的史料，如《刑法志》中對明代特務機構廠衛的敘述等，都有助於後人對這段歷史的考察研究。
本紀共二十四卷，就卷數而論，《明史》本紀所佔不足全書十分之一，若以字數而論，則所佔不及全書二十五分之一。由此可知本紀在《明史》中所佔比例甚小，這是《明史》編纂體例中的一個特點。本紀在紀傳體史書中，是以編年形式敘史的部分，《明史》顯然是將本紀作爲全史之綱，以簡明扼要的方式，首列於全書之前，使人在讀閱這部史書之時，首先了解到有明一代歷史之概況，而不是使人在讀閱本紀時便事無鉅細盡覽盡知。這應該算是《明史》修纂整體設計上的獨到之處。
《明史》本紀的另一個特點，是尊重史實，不以明代官定史論爲據。如建文帝年號於成祖奪位後革除，其四年實錄僅以元、二、三及洪武三十五年，附於《明太祖實錄》之後。《明史》中則專立《恭閔帝紀》一卷，甚爲得體。再如英宗削景泰帝號，情形與建文事相似，《明史》中亦處理得當。清代史家錢大昕曾論稱：“其例有創前史所未有者。如《英宗實錄》附景泰七年事，稱郕戾王，而削其廟號，此當時史臣曲筆。今分英宗爲前後兩紀，而列景帝紀於中，斟酌最爲盡善。”（錢大昕：《十駕齋養新錄》卷九）明洪武中懿文太子朱標，因早逝而未及繼位，建文元年（1399）追尊爲孝康皇帝，廟號興宗。成祖奪位後，廢其帝號廟號，複稱懿文太子。是雖曾有帝號，而未改元登極，故不入本紀，而入列傳，但其曾有帝號，亦爲史實，又與諸傳不同，特於后妃傳後，諸王傳前立傳。與之同列者，又有嘉靖皇帝之父，興獻王朱祐杬。嘉靖中興大禮議，特尊其父爲睿宗興獻皇帝，也屬僅有帝號而已。《明史》本紀不列興宗、睿宗，正與其以本紀爲敘述有明一代歷史之大綱有關。光宗即位於萬曆四十八年（1620）八月初一，死於同年九月初一，在位僅一月，未及改元，遂定以是年八月後爲泰昌元年。《光宗本紀》於是附於《神宗本紀》之後，未單立一卷，僅以數百字述過，不失爲大綱之作。
《明史》本紀雖以時間長短爲本，分卷記史，然而又不盡拘泥於此。太祖在位三十一年，本紀則佔三卷，因其爲開國之君。成祖在位二十二年，本紀則佔三卷，雖可稱因其奪位登極，事屬特殊，則已有輕重之分。英宗二卷，尚可因前後各有年號爲由，憲宗二十二年，亦佔二卷，世宗四十五年，神宗四十八年，同樣各佔二卷，莊烈帝十七年，亦佔二卷。可見諸人修史，頗以史事輕重敘述，此又符合其立綱之體。總的來看，《明史》本紀，分帝而述，編年記事，又不失爲一個整體，筆墨雖少，卻完整明瞭，輕重適宜。《明史》本紀中一大令人遺憾之處是未能給南明諸帝立紀，這是清初政治形勢所決定的。清朝官修史書，不僅不可能給南明諸帝立紀，甚至於列傳中亦不立傳。清初私家修史，妄談及此，則也難免於“文字獄”之禍。
志志之修纂，依照天、地、禮、樂之順序排述，《天文志》出自湯斌之手。湯斌爲清初廉正之臣，於修《明史》頗有所建言。順治初修《明史》時，他曾應詔陳言，請廣搜野乘遺書以修《明史》，且言：“《宋史》修於元至正，特傳文天祥之忠；《元史》修於明洪武，亦著巴顏布哈之義。我朝順治元、二年間，前明諸臣亦有抗節不屈，臨危致命者，與叛逆不同。宜令纂修諸臣勿事瞻顧，昭示綱常於萬世。”此下於所司，招致馮銓等人攻擊，說他“誇獎抗逆之人”，幸虧順治皇帝讚許湯斌之言，才未因此獲罪。至康熙再修《明史》時，湯斌於康熙二十一年（1682）充任《明史》總裁，因此《明史》中本紀、志、列傳不少篇出其筆下。但湯斌頗重經學，於天文則非其所長，其所撰《天文志》較爲難讀。
《明史·天文志序》稱：“自司馬遷述《天官》，而歷代作史者皆志天文。惟《遼史》獨否，謂天象昭垂，千古如一，日食、天變既著本紀，則《天文志》近於衍。其說頗當然因此遂廢天文不志，亦非也。天象雖無古今之異，而談天之家，測天之器，往往後勝於前。無以志之，使一代製作之義泯焉無傳，是亦史法之缺漏也明神宗時，西洋人利瑪竇等入中國，精於天文、歷算之學，發微闡奧，運算制器，前此未嘗有也。茲掇其要，論著於篇。”
由此可知，修纂《明史·天文志》的宗旨，雖然仍抱對天文之輕視，但也看到了明代天文學的發展，尤其是西方傳教士帶來的西洋天文學知識，於中國傳統天文學頗有裨補。《天文志》除第一卷敘述傳統天文學與“西洋之說，既不背於古，而有驗於天”者外，還比較系統地介紹了從明太祖至崇禎皇帝其間儀象（即天文儀器）的發展變化。第二卷與第三卷則記有明一代天文現象的變化，除去日食已全部記入本紀之中外，其餘如“月掩犯五緯”，“五緯掩犯”，“五緯合聚”，“五緯掩犯恆星”，以至“星晝見”、“暈適”、“星變”、“流隕”等，多有記錄，雖然難懂而泛淺，仍有一定參考價值。
除去《天文志》之外，湯斌還執筆了《五行志》和《歷志》的編纂。
《五行志》即金、木、水、火、土，其體仿《漢書》及前代諸史，記自洪武至崇禎間所謂“祥異”之事。其三卷中，首卷爲水，如恆寒、恆陰、雪霜、冰雹、雷震、魚孽、蝗蝻、豕禍、龍蛇之孽、馬異、人痾、疾疫、鼓妖、隕石、水潦、水變、黑眚黑祥，皆屬之水。第二卷爲火、木，仿前史，以恆燠、草異、羽蟲之孽、羊禍、火災、火異、赤眚赤祥屬之火；仿前史以恆雨、狂人、服妖、雞禍、鼠孽、木冰、木妖、青眚青祥屬之木。第三卷爲金、土，仿前史以恆暘、詩妖、毛蟲之孽、犬禍、金石之妖、白眚白祥屬之金；以恆風、風霾晦冥、花孽、蟲孽、牛禍、地震、山頹、雨毛、地生毛、年飢、黃眚黃祥屬之土。
《明史·五行志》的編纂是不夠成功的，一是簡單而缺漏太多，如地震水旱等災情；二是多有記述不確之處，甚至記入傳聞，以增其神秘色彩，所以史家多認爲其“無大用”。①《歷志》共九卷。明代曆法，由於崇禎時改用西洋新法而有所創新。其《曆法沿革》一卷，對朱載堉《聖壽萬年曆》、《律歷融通》介紹較詳，後徐光啓等督修曆法，重視西洋曆法，也多用文字。這當是《明史·歷志》的一大特點。
《歷志》的第二大特點是除表之外而有圖，與諸史不同。計有圖五，均附於《大統曆法》之中。有“割圓弧矢圖”、“側立之圖”、“平視之圖”、“月道距差圖”、“二至出入差圖”。
全志以大統歷爲主，計有二、三、四、五、六共五卷，回回曆法爲輔，計有七、八、九共三卷。《歷志》述事雖詳，因涉於曆法知識，又有古今之別，及明朝所用《大統歷》與《回回曆》之別，頗爲難讀。
①柴德賡：《史籍舉要》。
《歷志》之後爲《地理志》，《地理志》共七卷。
明朝爲我國曆史上統一的朝代之一，如《明史·地理志序》所稱：“禹跡所奄，盡入版圖，近古以來，所未有也。”自明太祖統一全國後，京師之外，置十三布政使司，及都指揮使司、行都指揮使司分領天下。成祖即位，又增設交阯、貴州二布政使司，而改北平爲北京。仁、宣以後，棄交阯，而漸定爲南北二京，十三布政使司，全國一統遂定。英宗天順五年（1461），李賢等奉敕修成《大明一統志》九十卷，爲明朝全國政區之志書。而該書記述失誤頗多。《明史·地理志》則“考其升降之差，沿革之故，具著於篇”而成。
七卷之中，南、北兩京一卷，山東、山西一卷，河南、陝西一卷，四川、江西一卷，湖廣、浙江一卷、福建、廣東、廣西一卷，雲南、貴州一卷。南、北兩京及十三布政使司各有總述，記其沿革，均以《禹貢》諸州爲本。總述之後，再以府、州、縣分述。後附都司、衛、所之設置沿革，內容頗爲詳盡可取，然亦間有漏誤之處，後人有作考辨糾誤者