長崎的教民和非教民之間的矛盾已經很深了，正常來說隨着傳教士們的繼續傳教，那些非教民最後也會慢慢皈依，或者那些被排擠的非教民會離開長崎，這個矛盾也就慢慢解決了。
但是豐臣秀吉來了。
豐臣秀吉了圍住了長崎，雖然長崎靠海有港口，豐臣秀吉無法切斷長崎的補給。
但是民衆只能撤進到了城中，而擁擠的城市也開始激化矛盾。
原本城市之中，教民的數量是大於非教民的，但是隨着鄉村的人撤退到城市中，非教民的人數開始大於教民。
而爲了守衛長崎，大村純忠又出臺了一系列的守城政策，又提高了對非教民的稅賦。
在這種情況，整個長崎城內的矛盾被徹底點燃了。
導火索是一戶教民和非教民因爲房屋開始爭吵，雙方爲了爭奪房屋之間的土地，教民在兩戶人家之間的土地上搭建了窩棚，用來出租給那些擠進了城市內的百姓。
而另一戶非教民市民對於侵佔他家土地的行爲非常憤怒，於是將鄰居告上了官府。
這個案件又被髮回了地區教堂，地區教堂的牧師來看過了之後，立刻將這片土地判給了教民。
這名牧師還稱讚侵佔土地的教民，搭建窩棚是爲了幫助其他人，是值得讚許的行爲。
有了這個判決撐腰，那些教民都開始瘋狂侵佔非教民的土地。
爭產本來就是非常嚴重的矛盾，教區牧師的這樣處理方式更是增加了矛盾。
在這種情況下，失去土地的非教民家的衝動長子衝入了教民家中，將他們家人全部都揍了一頓。
這戶教民又將揍人的兇手告上了官府，教區牧師看到這個案子之後，立刻判處了揍人的非教民死刑。
這下子算是徹底點燃了仇恨的火種，兒子被判了死刑，自家土地又被鄰居佔了，這戶人家最後選擇一把火將鄰居家全部燒死。
而由於如今長崎非常的擁擠，大量違法搭建的窩棚和房屋將住宅都連接在一起，所以這把火迅速蔓延開，開始燒向了整個街區。
隨着這把火一起點燃的，就是長崎城內教民和普通百姓之間的長期矛盾。
皈依後的歧視政策，地區主教和牧師的不公平對待，經濟上的重負，看到着火之後，非教民們立刻衝進了教民家中搶劫。
緊接着，這些非教民衝進了教堂，開始搶奪教堂中的財寶，他們赫然發現，平日裡道貌岸然的傳教士們，竟然在教堂中建設了以供淫樂的密室！
憤怒被點燃，火焰燃燒了整個長崎，耶穌會向大村純忠求援，但是大村純忠此時已經自顧不暇了。
非教民的士兵們奪去了城門，他們打開了城門。
豐臣秀吉本來還有一些猶豫，他以爲這是大村純忠的陷阱。
但是看到沖天的火光，以及從長崎城內傳來的消息，豐臣秀吉完全明白了，這不是對方的計謀，而是長崎城真的亂了。
豐臣秀吉果斷命令軍隊進城，迅速控制了城門和炮臺。
大村純忠此時也知道大勢已去了，他找到了耶穌會的傳教士，請求他們帶領自己離開長崎。 可是讓大村純忠沒想到的是，這些傳教士竟然直接綁了大村純忠，然後將他獻給了豐臣秀吉。
豐臣秀吉進城以後，立刻命令投降的軍隊和自己的軍隊參與到救火之中，不過因爲長崎大量的木質房屋，整個火災蔓延了半個城市，大量的市民流離失所。
豐臣秀吉忙着指揮滅火，鎮壓城內的乘火打劫行爲，平定城市內的爭端。
等到他疲憊的返回自己的軍營，那些等待多日的耶穌會教士們，已經在門口恭敬的等着他了。
豐臣秀吉難掩心中的厭惡之情，但是對方畢竟是本次攻打長崎的“功臣”，所以豐臣秀吉還是讓他們進了軍營。
耶穌會修士首領阿濟格對着豐臣秀吉恭敬的行禮，接着用流利的日語說道：
“尊敬的將軍，我們只是西洋來的傳教士，本無意於摻和貴國內部的爭端。”
豐臣秀吉立刻打斷他說道：
“如果是隻是商人，就應該老老實實的經商，而不是在城市內建造教堂，隨意傳播信仰！”
“我曾經在中原的大都督麾下效力，當年大都督在澳門驅逐教士，搗毀教堂的時候，我還有些不理解，如今才知道大都督的英明之處！”
聽說了豐臣秀吉還曾經在東南那位大都督麾下效力過，這些教士們立刻惶恐起來。
阿濟格連忙說道：“我們耶穌會只是合法的宗教組織，我們保護的也是自己的信徒，並沒有干涉政治的目的。”
豐臣秀吉已經弄清楚了長崎的矛盾，他厭惡的說道：
“你們這幫教士，內部道德淪喪，講的都是一些蠱惑人心的道理。在基層建立教會，蠱惑教民隨你們一起敗壞，也難怪大都督要堅決清除你們。”
“織田家督崇尚佛法，厭惡伱們這些外來的和尚。”
阿濟格露出絕望的表情，卻聽到豐臣秀吉說道：
“我決定仿效東南的政令，如果你們葡萄牙人想要留在長期，必須要遵守這些命令！”
聽說了還能繼續留在葡萄牙，諸多耶穌會的修士們又擡起頭。
“首先，你們這些外國人只能在港口區活動，想要進入長崎市區，必須要等到許可，你們的商鋪和教堂，也同樣只能建造在港口區，城內的教堂全部搗毀！”
“無論是教徒還是非教徒的犯罪行爲，都只能交給官府審理，教堂無權審判並且處罰任何人，而你們傳教士的犯罪行爲，也必須要由官府審理。”
說完這些，幾個武士上前，將幾個藏污納垢的傳教士押下去，阿濟格等傳教士臉色慘白。
“你們耶穌會無權徵稅！之前所收的什一稅，必須在半年內退還！”
阿濟格臉色慘白，但是豐臣秀吉根本不給他討價還價的機會。
同樣的事情，也發生在朝鮮的港口，有了蘇澤提供的模板，這幾招可以說是針對了這些西方傳教士的命門。
佔領長崎後，豐臣秀吉一邊向織田信長報捷，一邊派遣船隊聯絡東南和朝鮮，請求通商！