董卓朝堂上逼迫劉協准許五位使臣赴關東之後，有心人便發現，長安上空的氣象開始混沌兇險了起來。
表面上看，偶爾出席幾次朝會的劉協，還是如一尊泥塑木偶般在龍椅上坐着，整個朝廷仍舊是董卓的一言堂。但朝上之人誰都看得出，劉協的眼神越來越冷，而話也越來越少了起來。相反，董卓的嗓門兒越來越大，頤指氣使，不可一世。
隨後發生的事情，便漸漸開始撲朔迷離起來。
董卓遭伍孚刺殺一事五日後，司隸校尉送來了議郎何顒的屍首。何顒屍首上傷痕累累、慘不忍睹，然劉囂卻未拿出半分何顒參與刺殺的罪證，對幕後指使之人更是一無所知。
此事導致朝堂大譁，太尉馬日磾、司空淳于嘉、太僕魯馗、衛尉張溫、太常種拂、光祿勳楊彪等二公四卿聯名駁斥郎中令李儒擅改法制、逼死良臣。董卓自知理虧，答應厚葬何顒。卻拒不釋放黃門侍郎荀攸，誓言要追查同黨。導致那日朝會董卓竟引兵衝突朝堂，正待朝堂劍拔弩張、衆人請從聖斷時，卻只看到劉協已無視那些兵甲刀劍，徑直離朝。衆臣面面相覷，朝會亦不歡而散。
然而，翌日司隸校尉劉囂無故身亡，據有知情人散出流言，劉囂乃是被一江湖遊俠趁夜深入府中，一劍封喉。董卓聞訊大怒，鐵騎四出追捕賊人，可京師動盪，西涼鐵騎再度屠亂長安，導致人心惶惶卻一無所獲。
此事未畢，韓融又帶回悽苦消息，撫慰關東的持節使臣陰修與自己被袁術接見後，未得袁術迴應，卻隨後被部將劉勳污衊爲細作，亂刀斬殺，自己隨後被劉勳縱馬喧喝逐出南陽。
韓融想着北上與另一路使臣撫慰袁紹，令其征討袁術不臣之賊，可途經半路已聞另三位使臣被河內太守王匡斬殺。韓融連三人屍首都未曾帶回，只聽到了胡母班臨死前寫給他妹夫王匡的一封書信。
“自古以來，未有下土諸侯舉兵向京師者。《劉向傳》曰‘擲鼠忌器’，器猶忌之，況卓今處宮闕之內，以天子爲藩屏，幼主在宮，如何可討？僕與大鴻臚韓融、少府陰修、將作大匠吳修、越騎校尉王瓌俱受詔命。關東諸郡，雖實嫉卓，猶以銜奉王命，不敢玷辱。而足下囚僕於獄，欲以釁鼓，此悖暴無道之甚者也。僕與董卓有何親戚，義豈同惡？而足下張虎狼之口，吐長慐之毒，恚卓遷怒，何甚酷哉！死，人之所難，然恥爲狂夫所害。若亡者有靈，當訴足下於皇天。夫婚姻者禍福之機，今日着矣。曩爲一體，今爲血絢。亡人子二人，則君之甥，身沒之後，慎勿令臨僕屍骸也。”
韓融涕淚橫流讀完胡母班遺言，悲痛不已加連日顛簸，竟昏死在朝堂。此次劉協仍舊未發一言，唯眼神詭異目視董卓良久，最後沉默歸去。董卓深感自己連接錯招已成衆矢之的，亦然不願在朝堂多呆。此時郿塢已築成，董卓便載金銀珠玉、良僮美女於其中，終日縱酒殺戮，郿縣一帶，人煙不至。
如此，朝中諸事，皆賴尚書檯處理。波譎、亂轟轟且又血腥的初平二年終於迎來了寒冬。可就在這個結尾的時段，整個漢室天下亦然也上演了一場亂轟轟的鬧劇。
由於地方戰爭的蔓延和割據勢力的壓迫，百姓苦不堪言，進而爆發了繼黃巾之後，最大規模的一次農民起義。
農民起義軍這種事兒，在一個朝代即將滅亡的時候，總是風起雲涌，有如長江之水綿綿不絕，又如滾雪球一般，見風就長。畢竟參加這種部隊門檻實在太低，只要呆家活不下去就可以入夥，當官不容易當土匪還有什麼不容易的？所以青州黃巾軍死灰復燃後，各地紛紛響應，浪潮此起彼伏，聲勢大得不得了。
最先鬧起來的是青州，青州刺史焦和實在比他那位前任臧洪差太多。他坐鎮在臨淄城，卻毫無領兵作戰的能力和膽量，每日裡祈禱神靈保佑，又恐冀州黑山軍趁着黃河結冰殺過來與青州黃巾會合，竟命人打造陷冰丸（可使冰融化的彈丸），終於弄得屬下離心兵馬流散。焦和最終在恐懼中病逝，青州陷入羣龍無首的局面，黃巾餘部因此氣勢大振，襲擊城邑打破地方軍，聚合三十萬之衆北渡黃河，意欲與黑山軍會合。
可憐的農民兄弟有時又挺可愛的。劉協實在想不通青州的黃巾軍爲何要北渡黃河搞大串連，畢竟，這種農民起義軍是一個十分鬆散的組織，串連到一塊兒不會團結更有力量，反而會因各部爭鬥而內耗殆盡。
不過，這種天真的作法倒真的引起了關東諸侯的重視。畢竟青州黃巾、黑山軍、白波軍各據實力，如果三股義軍連成一體，將會使整個黃河流域陷入不可挽回的境地。鑑於這個來自老百姓的巨大威脅，各個地方割據不得不暫時妥協，共同投入到鎮壓義軍的戰鬥當中。
降虜校尉公孫瓚率領精銳騎兵三萬南下，在東光大破青州黃巾，繼而追擊到黃河沿岸，待黃巾軍半渡之時突然出擊，黃巾軍死者數萬，血流成河。此戰共斬殺義軍三萬人，俘虜七萬人，車甲財物不計其數。朝廷以其功，拜公孫瓚爲奮武將軍，封薊侯。
公孫瓚收拾了黃巾軍後，把矛頭轉向了袁紹，因爲袁紹封的豫州刺史周昂在與袁術表奏的豫州刺史孫堅征戰過程中，把公孫瓚的弟弟公孫越給射死了。公孫瓚是個爆仗脾氣，說話搶上句，打仗搶頭功，分戰利品搶大頭，聽說自己弟弟的死信，當即上疏陳說袁紹是多可惡，隨即出兵進攻冀州。雙方由此展開一聲爭奪冀州的戰爭。
這時公孫瓚大破黃巾，威名正盛，領軍進入冀州後，郡縣紛紛反叛袁紹歸附。袁紹是個士人，名望雖高，打仗其實比不得公孫瓚。袁紹打算講和，主動送出橄欖枝，授公孫瓚另一從弟公孫範爲渤海太守。公孫範點點頭上任去了，到了地方反以渤海郡兵進攻袁紹。這下子袁紹更慘了。
冀州戰場之上，公孫瓚完全佔據了上風。不過公孫瓚英勇是英勇的，但是他有點暴發戶心態，狗窩裡放不住乾糧，纔有了點起色，就得意忘形起來，他封其部將嚴綱爲冀州刺史，田楷爲青州刺史，單經爲交州刺史，又改置冀州治內郡縣守令，封官許願，好象天已經是他的一樣。
得知這個消息後，劉協不知道自己該哭還是笑。尚書檯的王允那老傢伙之前在朝堂上對公孫瓚是大肆褒揚，想不到公孫瓚根本不稀罕朝廷的封賞，自顧自玩兒起了區域自治。氣得王允這些天都憋在府中沒臉上朝，劉協聽說後，還差遣冷壽光給王允送了不少去火藥，省得那剛正的老傢伙被氣出什麼毛病來，耽誤了今年開春的刺董大計。
而青州黃巾北渡失敗後，轉而西進，侵犯兗州。一時間兗州諸郡又變得不容樂觀，陳留、東郡被黃巾於毒、白繞、眭固等部十萬衆侵擾，直接威脅到冀州的大後方。只要這兩支起義軍一會合，袁紹便永無寧日了。
在這個時候，袁紹做出了一個令他後悔終生的決定，他封曹操爲東郡太守，開赴兗州鎮壓黃巾起義軍……
三國第一牛人曹操，正式崛起了。
他就象是一座山，深深的壓在劉協的心頭。
而劉協，與他相比，外強而中幹，表面上乃九五天子，但實際上詔令連皇宮都出不去。這樣的局勢，讓劉協在天下爭霸的競賽中已經遲了一步。
現在的他，太需要做一件早就應該做的事了。
畢竟，大動亂的時代，就要開始了。而這小半年的隱忍中，他、還有時機，也都開始成熟了……