隨着兩人數次聯絡，耿仲明都表現的很真切，孫應龍真的以爲耿仲明還認他這個兄弟，便告訴了耿仲明，只要他願意接受招撫，並且幹掉李九成或者孔有德的話，天津巡撫鄭宗周鄭大人就會上書朝廷，爲他請功，不但不追究叛亂的責任，甚至還有可能升任副將。
耿仲明也將計就計，表示自己願意歸順朝廷，自己其實並不想起兵作亂，都是被孔有德和李九成二人逼得，他早就想幹掉這兩人，然後繼續爲朝廷效力，現在有他孫老弟和鄭巡撫做保，他一定配合，爲朝廷立功。
但同時也表示，這件事情有些麻煩，雖然現在歸自己節制的兵馬很多，但這些人都是李九成的直屬部下，自己倒是能誘殺李九成，但如果真的這麼做了，那些兵馬肯定會轉過身來攻打自己，忠於自己的兵馬沒那麼多，自己不一定沒能打得過，所以他還有些顧慮。
對於耿仲明的這個顧慮，孫應龍非常貼心的表示，既然你耿老弟兵力不足，那麼我作爲大哥，目前手頭又有不少兵力，完全可以協助你完成這件事情，到時候兩兄弟一起升官發財，豈不美哉。
對於這個提議，耿仲明表示同意，隨後，孫應龍就率領着全部的天津水師，一共六十多艘戰船，接近四千士兵，開赴萊州灣，準備配合耿仲明，在誘殺李九成後，鎮壓其部下的反抗，一舉平定這波及大半個山東的兵變。
三月十九日，孫應龍率領東江水師抵達了萊州灣，耿仲明爲了取信孫應龍，還專門從陣亡的士兵裡面，找了一個和孔有德長相有七八分相似的，經過一番處理，然後割下頭顱，交給孫應龍派上岸的信使，說是已經誘殺孔有德，正在計劃誘殺李九成。
孫應龍手下基本沒人認識孔有德，但駐守芙蓉島的彭友謨部水兵卻有人知道，當初彭友謨上岸突襲，試圖重回海上的計劃失敗後，就進了萊州城，但船隊卻還在萊州灣外面，孫應龍讓他們協助辨認，本來這個頭顱就很像，經過一番處理，如果不是非常熟識之人，基本上是不可能看出來是假的，他們一致認爲，這就是賊首孔有德。
於是，完全相信了耿仲明的孫應龍，不疑有他，就率軍登岸了，準備配合他一起，先殺李九成，再解決掉他的部衆。
就在孫應龍見到耿仲明這個他十多年未見過的老友後，正準備寒暄幾句，然後把酒言歡共商大事的時候，耿仲明卻突然發難，揮動着戚刀砍向孫應龍。
儘管孫應龍對此毫無防備，但是多年刀口舔血生涯，讓他本能的對這一擊做出了反應，側身躲避，這次閃避讓他保住了性命，但他的左手卻沒能保住，整個手掌都砍掉了。
孫應龍的親兵也對此毫無防備，但親兵就是親兵，他們立馬挺身而出，將自己大人護在身後，耿仲明也在一擊不成後，退到了親兵後面，雙方的親兵展開了廝殺。
此時，孫應龍也知道自己這是上當了，中了耿仲明的軌跡，但他也沒有那個閒工夫罵耿仲明背信棄義，馬上撤退到戰船船上纔是正事，然而他發現身後也殺聲四起，他們的退路已經被阻斷了。
孫應龍忍受了劇痛，依舊在指揮着親兵反擊，試圖殺出一條血路，然後撤回船上，但耿仲明如何會讓他如願，越來越多的士兵投入到了戰鬥中，雙方的廝殺越來越激烈，但親兵就是親兵，孫應龍一方仍舊是頑強抵抗。
看着這小範圍內僵持的戰局，耿仲明卻沒有絲毫擔心，因爲他剛纔的一擊雖然沒能殺掉孫應龍，但也不是毫無作用，而且他做了充分的準備，又有兵力上的優勢，贏下這一場戰鬥是註定的。
果然，沒過多久，沒因爲左臂被砍斷，沒有采取有效的止血措施，孫應龍不斷地失血，最後意識模糊，轟然倒地，他的那些親兵們又要對抗耿仲明的手下，又要照看倒地的主將，力漸不支，還是落敗了。
看着倒在地上昏迷不醒的昔日老友，耿仲明心中沒有哪怕一絲絲的憐憫，直接揮刀砍下了他的頭顱，然後讓人高舉頭顱，傳首整個戰場，用於震懾還在反抗的明軍官兵。
天津水師的士兵們，本來就被突如其來的攻擊打的懵了圈，完全是憑着本能在抵抗，此時又看到自家主將被人殺了，哪裡還有心情反抗，除了一開始就被殺掉的，以及誓死反抗的，其他的水師官兵都選擇了投降。
就這樣，耿仲明成功的俘獲了整個天津水師艦隊，整個戰鬥過程連一炷香都不到，耿仲明這邊的損失也是微乎其微，也不知道是耿仲明的計策太好，還是孫應龍太蠢。
此戰俘虜的天津水師官兵和水手，加起來有兩千多人，但是對於孔有德來說，這些俘虜的士兵沒什麼，讓他眼熱的是天津水師的戰船，足足有六十多艘戰船啊。
可以說，這些戰船已經算是天津水師的大部分家當了，現在人沒了，船也沒了，天津水師可以說是名存實亡了，就算是想重新組建天津水師，也不是短時間內能辦到的。
大明水師的戰船，大部分都是福船，而且按照大小區分等級，其按大小和用料的不同，依次分一號大福船、二號福船、三號草撇船、四號海滄船、五號開浪船、六號快船等六個等級。最大的一號大福船排水量約在五百噸左右，二號和三號也分別在三百噸和兩百噸。
這次耿仲明俘獲的戰船裡面，一號福船一共五艘，二號和三號福船超過了四十艘，最小的也是四號海滄船。、
孔有德對這些戰船眼熱不已，如果有了這些戰船，他完全可以在解決掉吳安邦後，抽調兵力，乘坐戰船度過渤海海峽，支援正在旅順與黃龍鏖戰的陳有時和毛承祿，然後拿下整個旅順，從而在遼東站穩腳跟。