《明史》對黨籍中人，言之刺刺不休，與其他方面人物相比，記述不均，因之是非亦難得其平。
爲補《明史》記述之不足，後人陸續有些補編之作。如劉廷燮的《建文遜國之際月表》。黃大華的《明宰輔考略》和《明七卿考略》，吳廷燮的《明督撫年表》，傅以禮的《殘明宰輔年表》和《殘明大統歷》等，都收在《二十五史補編》中。
乾隆四十二年，清朝繼改修《明史》本紀後，又以于敏中、錢汝爲等爲總裁，考證明史，但未刊行。光緒時，戶部侍郎王頌蔚入值軍機，得見考證明史之稿本、正本和進呈本，已多殘缺不全。王頌蔚將其整理彙編，成《明史考證攟逸》四十二卷，民國五年(1916)收入《嘉業堂叢書》。現通行的《明史》版本是乾隆四年的武英殿原刊本，1974年中華書局又據以校勘、標點，鉛印出版。
至於《明史》所不及見者，可參考《明實錄》、夏燮《明通鑑》、谷應泰《明史紀事本末》、談遷《國榷》、陳子龍《明經世文編》、張岱《石匱書》及《石匱書後集》、計六奇《明季北略》、《明季南略》、溫睿臨《南疆逸史》、徐鼒《小腆紀年》、《小腆紀年附考》、《小腆紀傳》、查繼佐《罪惟錄》、劉湘客《行在陽秋》、蔣臣《桐變日錄》、瞿昌文《粵行紀事》、全祖望《鮚埼亭集》等。又如焦竑的《國朝獻徵錄》，受到萬斯同的高度評價：「搜採最廣，自大臣以至郡邑吏，莫不有傳。……可備國史之採擇者，惟此而已。」乾隆年間，以于敏中、錢汝爲等主編《明史考證》，多據《國朝獻徵錄》參校《明史》，但未刊行。光緒年間，王頌蔚得見《明史考證》殘本，再整理成《明史考證攟逸》四十二卷。
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