3月20日，《新華日報》又發表了《關於陳獨秀來信》的短評，拿不出證據，卻指責陳獨秀要求拿出證據來是“無賴的口吻”，“裝腔作勢佯作不知道”。這無疑激起了更大的公憤，於是羅漢發表了一封致周恩來等的公開長信，敘述了1937年8月至10月間與葉劍英等“很融洽”的談判情況，駁斥了王明、康生對陳獨秀、羅漢等的誣陷。
與此同時，一些別有用心者也參與到對“陳獨秀是否託派漢奸”問題的爭論中來，並藉機大肆攻擊，致使的威信蒙受了不良影響。
爲了平息這場風波，周恩來親自出面對各方人士做了大量工作。他幾次託陳獨秀的好友周欽嶽等前去看望，並囑咐陳獨秀“不要活動，不要發表文章”，以免事態繼續擴大。八路軍駐湘辦事處代表徐特立，也專程從長沙趕赴武漢，對陳獨秀進行耐心的勸說。因戰事吃緊，武漢很快失守，1938年7月，陳獨秀夫婦遷居四川江津縣。周恩來在朱蘊山陪同下，特意從重慶趕赴江津，到陳獨秀家中看望。
在周恩來、徐特立的調解下，陳獨秀遂決定保持克制態度。
在江津，蔣介石派胡宗南、戴笠前來拜訪陳獨秀。胡、戴二人拿出國民黨方面爲陳獨秀辯護的文章剪報，交與陳獨秀說：“傅汝霖諸先生是陳老的學生，忘年之交的朋友，諸先生爲陳老恢復名譽的辯護啓事，乃國人之公論，民心之所向。……國內國共問題，由分而合，由合而鬥，大戰當前，如國策不能貫徹，前途實堪隱憂。爲今之計，陳老意下如何？”陳獨秀接過剪報，繞過國共關係的敏感問題，態度平和地說：“我本人多遭誣衊，幸公道在人心，先生等所示剪報啓事一則，是可證明。列名爲我辯者，乃國內知名人士，有國民黨的，有非國民黨的，有以教育家聞名的。我原打算向法院起訴，因見代鳴不平的公啓，乃作罷。”胡、戴二人滿懷希望而來，卻什麼也沒得到，只得悻悻而歸。
“陳獨秀是否託派漢奸”問題的論爭雖然平息了，但陳獨秀與的關係卻永遠地破裂了。
1942年5月25日，陳獨秀揹負着漢奸的罪名，因突發性心臟病而離開了人世。
陳獨秀死後，由於衆所周知的原因，頭上的“漢奸”帽子一直沒有摘掉。1951年出版的《選集》第一卷，關於陳獨秀的註釋完全重複30年代王明、康生對陳獨秀的誣陷：“在九一八事變後，他們接受託洛茨基匪賊的‘不阻礙日本帝國佔領中國’的指令，與日本特務機關合作，領取日寇的津貼。”
20世紀80年代，一些學者發表文章，對陳獨秀的“漢奸”說法提出質疑，引起有關方面注意。1984年3月19日，一份發向全國的13號文件，在指示注意嚴肅防止不妥當地宣傳陳獨秀，“不能爲他被開除出黨和進行託派活動翻案，更不能把他看作黨內人物”的同時，也承認：“陳獨秀在建黨時期有不可否認的功績，30年代王明、康生誣其爲日寇漢奸，亦非事實。”實際上爲陳獨秀的“漢奸”罪，非正式地進行了平反。
20世紀80年代後期，蘇聯當局爲30年代冤案的平反決定中，否定了托洛茨基接受日本津貼的定罪。
1991年出版的《選集》第二版，對於在《中國在抗日時期的任務》一文中，把中國託派放在“我們的敵人──日本帝國主義、中國漢奸、親日派”一起的說法，註釋道：抗日戰爭時期，託派在宣傳上主張抗日，但是攻擊中國的抗日民族統一戰線政策。把託派與漢奸相提並論，是由於當時在共產國際內流行着中國託派與日本帝國主義間諜組織有關的錯誤論斷造成的。
這樣，陳獨秀的“漢奸”一案終於真相大白，陳獨秀沒有拿過日寇一分錢。
陳獨秀病逝四川省江津後，江津縣政府出面操辦陳獨秀的葬禮。過世時的陳獨秀，毫無資財可言。前來參加葬禮的國民政府最高官員是教育部次長、國民黨中央委員段錫朋，段還帶來了蔣介石、陳立夫等人的贈金。據現存江津市檔案館的《陳獨秀逝世前後用費收支表》記載：爲陳獨秀安葬，蔣介石贈一萬元，朱家驊五千元，段錫朋、王星拱、陳立夫各兩千元。另，上海光華火油公司董事長許靜仁贈一萬五千元，胡小石、歐陽竟吾、高語罕等人也有數目不等的贈與。
然而，上述的贈與表達的是贈與者對陳獨秀人格的敬重，也代表被贈與者本身人格的高尚。
六、陳獨秀的歷史地位應進一步肯定
時至今日，關於陳獨秀的問題仍然有很多需要繼續探討，其中對他一生的歷史地位應該如何評價，就是一個敏感的也是一個十分棘手的問題。
在這裡，就此問題，本文將中國現代史學會會長郭德宏先生髮表在《安慶師範學院學報》2005年第1期的《陳獨秀的歷史地位應進一步肯定》一文的部分內容，作爲結尾，以示對陳獨秀歷史地位的肯定。
陳獨秀是中國近現代史和黨史上爭議最大的歷史人物，長期受到不公正的待遇。現在對於他的研究已經取得很大的進展，他的歷史地位逐漸得到了恢復。但是，對他的評價仍然分歧很大，他的歷史地位還遠遠沒有得到應有的肯定。
對於陳獨秀的歷史地位，已經有很多論著進行了論述，但還是肯定得不夠。在中國近現代歷史上，陳獨秀至少有六大歷史貢獻、兩大傑出成就，併爲我們作出一個傑出的表率。
其六大歷史貢獻是：
第一，他是新文化運動的發起者，是20世紀中國第一次思想解放運動的倡導者。他在中國歷史上第一個舉起了民主、科學兩面大旗，對於中國近現代歷史的發展產生了巨大的影響，至今還在影響着中國歷史的進程。他創辦的《新青年》雜誌，是中國近現代歷史上影響最大的刊物，教育、引導了整整一代人，至今沒有一份刊物能與之相比。
第二，他是五四運動的總司令，是五四運動的思想指導者。五四運動能夠在中國近現代歷史上發生那麼大的影響，與他的活動、指導、影響是分不開的。在高度評價五四運動歷史功績的同時，不能忘記陳獨秀在其中的巨大歷史功勞。
第三，他是馬克思主義的積極傳播者。他傳播馬克思主義雖然沒有李大釗早，但他創辦的《新青年》雜誌是當時傳播馬克思主義的主要陣地，其重要作用是任何別的報刊不能替代的。
第四，他是中國最主要的創始人。現在說，陳獨秀是中國創始人之一的說法不準確。如果沒有陳獨秀，就沒有中國在1921年的成立。僅僅這一條，他就可以名垂千古，光照千秋。
第五，他是中國第一代領導集體的最主要的領導人。現在我們說是中國第一代領導集體的核心，這是不科學的。只是中華人民共和國建立以後中國第一代領導集體的核心，而不是中國第一代領導集體的核心。以陳獨秀爲代表的從一大到五大的領導集體，纔是中國的第一代領導集體，陳獨秀才是中國第一代領導集體的核心。這一代領導集體，對於中國革命的發展作出了重要貢獻，例如黨的二大提出了反帝反封建的民主革命的綱領，黨的四大提出了民主革命總路線的基本思想，領導了轟轟烈烈的大革命運動，黨的隊伍也從50多人迅速發展到6萬多人，爲後來的革命奠定了一個重要的基礎，其功勞是不容抹殺的。
第六，他是中國近現代歷史上第一個深刻總結、反思蘇聯和社會主義民主政治建設經驗教訓的人。他晚年的民主思想，可以說是中國近現代歷史上對民主政治的最深刻的思索，至今很少有人能夠超越，仍閃耀着真理的光輝，仍是我們奮鬥的目標。
其兩大傑出成就是：
第一，他是中國近現代歷史上傑出的政論家。他的政論文章汪洋恣肆、尖銳犀利。《敬告青年》等很多篇章是中國近現代歷史上少有的、傑出的代表作，至今仍給人很多啓發。
第二，他是中國近現代歷史上傑出的大專家、大學者。他晚年進行的文字學研究，是極其重要的學術成果。如果不是後來轉向政治鬥爭，他無疑會成爲中國近現代歷史上最傑出的大專家、大學者之一。
所謂一個表率，是說他一生一心爲公，光明磊落，絲毫不搞陰謀詭計，不以權謀私，即使在艱苦困頓的晚年，他不接受敵人的饋贈，表現出一個革命者的剛強骨氣和高尚人格。他作爲一個知識分子，一生毫不妥協，堅決地揭露和批判舊制度、舊思想、舊文化和社會的種種弊病，代表了社會的良心。所有這些，都爲後人作出了傑出的表率。
以上這幾個方面，要做到其中任何一個方面都是不容易的，但陳獨秀兼而有之。毫無疑問，他是中國近現代歷史上偉大的思想家、理論家、革命家、政治家和傑出的編輯出版家、大學者，是20世紀與孫中山、等具有同等重要歷史地位的中國最傑出的偉大人物之一。如果說孫中山是20世紀中國的第一位傑出人物，那麼陳獨秀就是20世紀中國的第二位傑出人物。隨着時間的推移，歷史的發展，我相信他的歷史地位會越來越高，最終會成爲20世紀中國歷史上能夠千古留名的少數人之一。
總之，陳獨秀的歷史功績是不能抹殺的，他的錯誤是被誇大或者是被利用的，歷史上對他的評價是不公正的，他理應可以與孫中山、一樣得到歷史應有的地位！
關於陳獨秀問題的研究和評價，前面還有很長的路要走。近年來，關於開除陳獨秀黨籍問題和陳獨秀民主科學思想問題的研究，正在向縱深發展，學者們正在爲“恢復陳獨秀的黨籍”和“徹底平反陳獨秀”而努力。
思想的先行者總是孤獨地走在時代前列，引領着時代前進的方向。陳獨秀如此，陳獨秀研究者也是如此。