永樂五年（1407年），下詔在北京修建宮殿。永樂七年（1409年），成祖巡幸北京，在北京設立六部與都察院，並在北京爲逝世的徐皇后設立陵寢，已經顯示遷都的跡象。經過十幾年的經營，北京初步得到了繁榮。1416年，朱棣公佈遷都的想法，得到認同。永樂十五年開始大規模營造北京，永樂十八年宣告完工，永樂十九年正式遷都。朱棣統治期間史稱永樂盛世。
成祖對異議者強力鎮壓，諸如黃子澄、齊泰等建文舊臣等都被殺。其中以方孝孺的誅族和景清的“瓜蔓抄”最爲慘烈。另外他還設置了另外一個特務組織——東廠。明代廠衛制度確立。
仁宣之治明仁宣之治是明成祖朱棣以後，明仁宗朱高熾和明宣宗朱瞻基採取了寬鬆治國和息兵養民的政策．明初社會經濟經洪武、建文、永樂三朝的恢復發展，到仁宗、宣宗兩朝，出現了社會經濟的繁榮。仁宗時“停罷採買，平反冤濫，貢賦各隨物資產，陂池與民同利”。宣宗時實行重農政策，賑荒懲貪。仁宣兩朝，內閣大學士楊士奇、楊溥、楊榮執掌朝政，多有建樹。他們在位期間成爲歷史上的吏治清明，經濟發展，社會穩定的時期。後世稱之爲“仁宣之治”，比之於西漢“文景之治”。
土木之變與奪門之變宣德十年（1435年），9歲的明英宗朱祁鎮繼位。在張太皇太后及元老重臣楊士奇、楊溥、楊榮（三楊）的輔佐下，明朝繼續沿着仁宣時期的路線穩步前進。正統七年（1442年）太皇太后死，三楊也退出政治舞臺，於是英宗寵信的宦官王振更加專橫跋扈，開始專權。
正統初年，蒙古瓦剌部逐漸強大，經常在明朝邊境一帶生事。瓦剌首領也先在正統十四年（1449年）七月南下攻明。王振即挾英宗領兵五十萬親征。大軍離京後，兵士乏糧勞頓。八月初大軍才至大同。王振得報前線各路潰敗，懼不敢戰，又令返回。回師至土木堡時，被瓦剌軍追上，兵士死傷過半，隨從王公大臣或死難或被俘。而英宗突圍不成被俘，王振也被護衛將軍樊忠打死，此即爲土木堡之變。
土木堡之變的消息來到京師後，朝中混亂。一些大臣要求遷都南京，被兵部侍郎于謙駁斥。繼而大臣擁戴英宗弟朱祁鈺即位，是爲代宗，改元景泰。同時于謙積極備戰。同年十月，瓦剌軍直逼北京城下，安置英宗於德勝門外土關。瓦剌軍隊的進攻未果，大敗逃走，明軍取得了北京保衛戰的勝利。
也先見繼續綁架英宗已無意義，乃於次年八月釋放英宗。但代宗先是不願遣使迎駕，又把英宗放在南宮軟禁，並廢皇太子朱見深（英宗之子，後來的憲宗）爲沂王，立自己的兒子朱見濟爲太子。十六日，副都御史徐有貞率軍夜入南宮，擁戴英宗奪門（東華門）復位，改元天順。又殺害於謙及大學士王文，誣陷其欲立襄王之子爲帝。此爲奪門之變，又號“南宮復辟”。
憲宗時期英宗復辟八年而死，兒子朱見深即位，是爲明憲宗。成化二年諭祭于謙，復其子冕官，成化十一年恢復代宗帝號。又能體諒民情，勵精圖治，儼然爲一代明君。琉球、哈密、暹羅、土魯番、撒馬兒罕等國紛紛入貢。但好景不長，憲宗好方術，終日沉溺於後宮，與比他大18歲的萬貴妃享樂，並寵信宦官汪直、樑芳等人，他們肆意揮霍國庫，導致國政大亂。而朝廷中佞臣當道，政局昏暗。憲宗還設置皇莊，開明代土地兼併之先河。另外，憲宗還開始了皇帝直接頒詔令封官的制度，是爲傳奉官。結果傳奉官氾濫，舞弊成風。直到孝宗時期這些官員才全被裁撤。宦官汪直受到憲宗的寵信，張狂跋扈，設置特務組織西廠大肆冤殺普通民衆與官員，民憤四起。成化十八年（1482年），汪直才因言官彈劾而被貶。
成化初期，明朝不時受到逐漸強大的建州女真侵擾，每年被掠大量財物，人民不堪其苦，成化帝多次招撫建州首領董山不成。成化三年，明廷誘使董山來朝謝罪之機斬殺董山，並由趙輔統兵5萬出擊建州，意在犁廷搗巢，朝鮮受到成化帝敕令而協同明軍作戰，此戰失去頭目董山的建州女真大敗，軍隊被斬殺數萬，從此一蹶不振，百年之後方得復甦。
弘治中興憲宗死後，明孝宗朱佑樘即位。由於孝宗自幼生於微寒，所以孝宗在位期間“更新庶政，言路大開”，使英宗朝以來奸佞當道的局面得以改觀，被譽爲“中興之令主”孝宗的勵精圖治，被稱爲弘治中興。雖末年寵信宦官李廣，但是立刻改過自新，歷代史學家對他評價極高。孝宗在位期間，先是將憲宗期間留下的一批奸佞冗官盡數罷去，逮捕治罪。並選賢舉能，將能臣委以重任。孝宗勤於政事，每日兩次視朝。孝宗對宦官嚴加節制，特務部門也只能謹慎行事，用刑寬鬆。孝宗力行節儉，不大興土木，減免稅賦。用情專一，一生除了張皇后外無任何妃嬪。在其治理下，弘治朝吏治清明，任賢使能，抑制官宦，勤於務政，倡導節約，與民休息，百姓富裕。
武宗時期弘治十八年五月，孝宗病死。十五歲的太子朱厚照即位，是爲武宗，改元正德。武宗精通佛學，會梵文，還能禮賢下士，但貪圖享樂。劉瑾、馬永成、谷大用、魏彬、張永、丘聚、高鳳、羅祥等八位過去的東宮宦官相互勾結，是爲“八虎”。劉瑾的專權也引發了朝中大臣一其它“七虎”的不滿。最終劉瑾被凌遲處死。
正德十二年十月，蒙古韃靼小王子率五萬**規模侵入邊境，正德帝御駕親征擊敗小王子，史稱“應州大捷”此役後果是，韃靼人“是後歲犯邊，然不敢深入。”
武宗的荒遊逸樂導致正德年間土地兼併激烈，階級矛盾和統治集團內部矛盾加深，因此變亂頻生，先後發生寧夏安化王朱寘鐇謀反、直隸劉六、劉七起義、江西寧王朱宸濠謀反等重大事件。正德十五年，武宗於南直隸清江浦（江蘇淮安）泛舟取樂時落水染病。正德十六年（1521年）三月武宗去世。
嘉靖時期武宗無子嗣無兄弟。死後由孝宗弟興獻王長子朱厚熜即位，是爲明世宗。世宗一即位，罷黜各地鎮守太監，整頓稅收，節儉財政，似乎要有所作爲。但是大禮議事件嚴重損害了朝政：世宗要求稱生父爲皇考，稱孝宗爲皇伯考。但內閣首輔楊延和、禮部尚書毛澄等堅持以爲不可，但是也有一些大臣紛紛迎合帝意。最後世宗尊其生父恭睿淵仁寬穆純聖獻皇帝，廟號睿宗。這樣睿宗神主就升祔太廟，而躋於武宗之上（嘉靖帝隆慶元年，罷睿宗明堂配享）。大禮儀引起軒然大波，朝臣中反對者均受打擊，或被罷官，或被入獄。受杖者一百八十餘人，杖死者十七人。自嘉靖二十一年（1542年）“壬寅宮變”後世宗即不視朝。此後寵臣嚴嵩**20餘年。
嘉靖一朝，北面韃靼部趁明朝衰弱而佔據河套。嘉靖1550年，韃靼首領俺答汗進犯，在北京城郊大肆搶掠之後西去，明軍在追擊中大敗，此爲庚戌之變。穆宗時，明朝與蒙古通好，俺答被封爲順義王，在南部海疆，倭寇橫行，人民生活生產受到嚴重破壞。但是後爲戚繼光、胡宗憲、俞大猷剿滅。
隆慶新政世宗去世後，皇子朱載垕即位，是爲明穆宗，改元隆慶。穆宗在位六年，任用能臣如高拱、徐階、張居正等。
隆慶朝名臣名將薈萃，陸上與蒙古達成和議，史稱俺答封貢；海上開放民間貿易，史稱隆慶開關；因爲這兩項偉大措施，明朝又重現中興氣象，史稱隆慶新政，爲萬曆中興奠定了基礎。
張居正改革隆慶六年，明穆宗突然中風駕崩，子朱翊鈞繼位，改元萬曆，是爲神宗。由於年幼，由太后攝政。重臣高拱由於與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官，張居正得到馮保的支持。
張居正輔政十年，推行改革，在內政方面，提出“尊主權，課吏職，行賞罰，一號令”，推行考成法，裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔。洪武年間，全國耕種田地有八百五十萬零七千六百卅二頃。到了1502年降低到四百二十二萬八千零五十八頃。而萬曆九年經過張居正的治理後達到七百零一萬三千九百七十六頃。