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次日凌晨，南寧城內府前街上旁的知府衙門和道臺衙門旁邊的房屋突發大火，城中其他地方也多處房屋同時失火，衆清兵鄉勇紛紛提水救火，一時亂成一團。這時，鎮江門內的府前街上，忽然出現了數百名壯漢，大多手持牌刀長矛，還有數十人手持大斧，點着火把，趁亂衝向城南鎮江門。
城門守將大驚，忙鳴金示警，組織城樓守兵緊守城門。而城外，邕江對面，一邊有上千人將巨木、纜繩綁定船隻，用十數只船上架設雲梯和木板，緊急地搭設浮橋；一邊還有二十餘艘船隻不停運送兵士過河，和城樓上的士兵用鳥槍對射。
鎮江門正對邕江而建，難以攻打，也正因爲如此，清軍佈置在此處的守兵最少。剛纔知府衙門和道臺衙門着火，城下藏兵洞裡一些歇息的清勇，都跑去衙門幫忙滅火，等出現賊兵攻城門時才發現是爲了調開他們，在清將的指揮下，又急忙朝城門攻來。
陳永秀和羅四一夥人，卻死命抵住城門上和城內趕來的清兵，不停喝喊：“快打開城門！”
數十手持大斧的壯漢，顧不得向清兵攻擊，只專心劈砍城門栓。
一時間，鎮江門處啥喊聲沖天，戰事異常激烈！
劉長清卻是在分巡左江兵備道道臺衙門之中酣睡，剛被親兵叫醒。左江道員卻是由南寧知府黃輔相兼任，因此劉長清便佔了他的道臺衙門。劉長清一腳踹翻領兵前來救火的一名守備，暗恨：這麼簡單的調虎離山計都不知道？要是破了城，這道臺衙門救下來，也不是你的了！他急忙披甲，領兵衝向城門救援。左江鎮總兵德亮和知府黃輔相也急領人到另外的城門四處巡查支援。
劉長清卻還是慢了一步。他領着親衛和左江鎮左營兵馬，衝到鎮江門下，城門正好被城外的太平聖兵撞開。
卻原來是，羅瓊樹手下一名叫做林雨軒的旅帥，想出了個好主意。
城門栓乃是百年以上的硬木，經沸騰的桐油浸泡再冷卻後打蠟製成，羅瓊樹擔心城內的內應不能及時劈開城門，便想讓城外的聖兵合力撞擊，要是城門栓砍斷一大半，再以蠻力從外面衝撞，便能直接撞斷城栓，衝開城門。這時，剛從卒長提爲旅帥的林雨軒說了個建議。
他看見城門離邕江不遠，便讓幾艘船綁在一起，捆上一根長達近二十丈的巨木，再讓已過岸的聖兵使勁拉船，重比幾萬斤的船隻載着巨木快速地撞上城門，只聽咔嚓一聲，城門栓應聲而斷。幸好城門厚重，並沒有一下彈開，要不然，門後城內的太平聖兵和天地會兄弟都要被門撞飛。
當然，這也是城內兄弟將門栓已經砍斷大半，才能如此。
城門一開，羅瓊樹率聖兵衝入城內，一路掩殺過去。原本佔很大優勢，廝殺開門聖軍和天地會衆等人的清兵，迅速潰敗。攻城站便是如此，守城一方雖然有城牆之利，佔很大優勢，但一旦城門被破，原本依仗的優勢一旦沒有，士氣和信心便立馬逆轉，剩下只有潰敗而逃。
李開芳卻是領着聖兵在圍攻打北面城門。不過，劉長清已經將東面和北面城門全部用磚石在城內封死，因而李開芳雖然勇猛，卻亦難取得好的戰績。
劉長清已經不做他想，只是想率兵逃走。想也沒用了，南寧城一破，他已經掉入萬劫不復的地步，說難聽點，他現在便是投降賊匪也被逃回朝廷一方強。爲官多年，他早已看穿，滿清皇帝對他們這些漢官是多麼的苛刻。自己連奴才都算不上的地位，接連敗仗，又丟了廣西，只怕朝廷抓住他，給個斬首示衆都算開恩了。很可能便是個凌遲的下場！
因此，劉長清率領左江鎮直屬本標的左營四百餘名清兵和百餘名親衛，從城內繞道先去了駐守箭道的新太協的馗纛營和上思營，調動兩營一千清兵跟隨自己突圍。最後來到到西門，命令守城的清軍開門。守將乃是南寧城守營的都司，屬德亮一系，不肯開門，劉長清大怒，命親衛上前一刀將那都司砍死。又拉了幾十名守兵跟隨自己，出了西城門。趁着夜幕，以折損了二百餘人爲代價，衝出太平聖軍的包圍，然便自行快馬加鞭，讓親衛率領清兵跟隨後面，一路繞過新寧州等州縣治所，逃往太平府，直奔新太協龍憑營的堂侄那邊。
劉長清將三營兵力帶走，整個南寧城便只剩下左江鎮本標的中營、右營和潯州協右營和南寧城守營這四營兵力共一千五百人，剩下便是附近團練鄉勇三千五百餘人，並無多少戰力，加上夜裡南寧城中亂成一片，如何能抵擋？
羅瓊樹率五千聖兵進了城門不久，變遇到過來支援的潯州協右營，潯州協遊擊還未來得及下令，便被前排鳥槍手排槍打下馬來，其餘清兵發喊一聲便四散逃竄，羅瓊樹命一千聖兵追擊，自領四千聖兵包圍了知府衙門，帶人衝了進去。
南寧知府黃輔相率百餘城守兵在知府衙門內與羅瓊樹等人展開激戰，竟悍不畏死，以知府之身行武將之事。無奈羅瓊樹率領的聖兵太多，放棄與之短兵相接，直接以鳥槍遠遠便開槍。黃輔相身邊清兵鄉勇慢慢變少，他本人也兩腿都被鳥槍擊中，見太平聖兵將他包圍，大罵幾聲賊匪後便自盡而亡。羅瓊樹被罵了幾句，心頭火起，命牌刀手將黃輔相首級割下，懸於南寧城東門外的官道旁示衆三日，又將屍體沉入邕江之中。
不久，西城門也被攻破，李開芳率領二萬聖兵衝入西門，在如洪流般的進城聖軍面前，南寧城中的清兵和三千團練便迅速土崩瓦解。由於兩處城門被聖軍包圍，除了千餘清兵和鄉勇在總兵德亮和幾名守備千總的帶領下，拼死抵抗都被亂槍打死外，其餘清兵和團練都棄兵器投降。
廣西南寧城宣告被太平聖國攻佔。南寧城中遠沒有桂林城富饒，銀兩和火器等繳獲亦不多，有的只是些冷兵器，讓原本一臉興奮的李開芳和羅瓊樹掃興不小。
不過，起碼南寧城中人口還是不少，羅瓊樹問了下被俘虜的知府衙役，說是竟然有5萬餘人，跟桂林城的人口不相上下了，到也算是太平軍中佔領的大城了。另外還盛產蔗糖，看官倉中收繳的堆積如山的糖料，倒是讓李羅兩人稍微有點好心情。
卻說陳永秀率城內的衆位兄弟，都深感太平聖軍的實力強大，自己的堂口實在無法與之相比，更在羅四的勸說下，便都投了聖軍。但陳永秀又放心不下南寧城外的“公義堂”兄弟，便向羅瓊樹請求，回去勸說衆位堂主和堂中的兄弟一起來投。
羅瓊樹見他放心不下會中兄弟，又是要勸人來投，便讓羅三帶兩名弟兄，隨他一道去聯絡這南寧府附近最大的一處天地會反清勢力。