逃至澎湖島上的福健水師，剛剛停靠岸邊歇息幾個時辰，便聽到敵襲的警報。
卻原來是討虜軍水師，一路追隨，攻了過來。
這回羅大綱是徹底發了狠，要將整個福健水師殺得再無戰力，掃清整個福健海面的清軍水師力量。他率領近二百艘中大型戰船，悄悄包圍了澎湖海面，算好時間，待天剛拂曉，人最困的時候，討虜軍戰船恰好殺到。
才下船不久，剛躺上島上軍營內的木牀上，施得高便被親兵喚醒。一聽粵賊又殺來了，施得腦中首先升起的一個念頭便是撤。也幸好是他派了幾艘哨船在澎湖列島一帶海域進行警戒，提早發現了敵軍，要不然，真的是要被包了餃子。
但即使是這樣，還是鬧得清軍有點炸營。
這回羅大綱是有備而來，算準了時機，死死咬住清軍水師，哪裡會讓之這麼輕易溜走。許多清兵在睡夢迷糊中還沒清醒過來，便發現自家的戰船被炮彈擊中了。一些清軍乾脆利落地掛起帆，趁着東南風，便逃往西北方向的福州府一帶。
整個清軍已經失去指揮。海壇鎮總兵和福寧鎮總兵害怕自己本就不多的水師，再遭重創，自顧自地率領部下便突圍逃竄，一路向北。而剩下的苔灣鎮水師個清軍將領，卻因爲回到自己的地盤，都登岸回營休息，便和提督施得高一樣，討虜軍殺過來了還沒上船。
一面倒的炮擊轟殺，清軍水師損失慘重。
二個時辰後，戰事結束，除了逃走的海壇鎮總兵和福寧鎮總兵率領二千多清兵，駕駛着五十來艘戰船逃走外，其餘只有苔灣水師一名副將率領四百清軍，駕駛着十餘艘戰船逃走。南澳水師的總兵韓嘉謨被擒，福鍵水師提督施得高和苔灣鎮總兵恆裕雙雙戰死。
而經過這一戰，福鍵水師實力大減，再也不是討虜軍水師之敵。
羅大綱從廈門洋人那邊租用了2艘飛剪船，作爲信報傳送的船隻，將金門和澎湖兩處海戰大勝的捷報火速傳回廣州。
幾天後，馮雲山便收到討虜軍水師擊潰福鍵水師的消息，馬上命人拿來地圖，察看形勢。
福鍵水師被擊敗，清軍再無大規模的外海水師力量，從此以後，討虜軍水師便成爲中國唯一強大的水師武裝！從這點說，這比攻取省府大城的意義，更加重大。
想想看，以後便能率領這支船隊，縱橫沿海一帶，騷擾滿清，令其沿海各處都要駐防守衛，耗費的兵丁和銀兩都要拖累垮滿清朝廷。
而且，整個苔灣島便如沒設防的土地，全部呈現在馮雲山眼前！這可是塊肥地！雖然眼下只是一府之地，還未好好開發，人口也不多，但面積在那裡，又是海島，作爲移民，實在是理想場所。
另外，對於投降的金門鎮總兵陳鼎鰲，這是目前從滿清投降過來的最高級別的正二品武將，馮雲山任命其爲甲五師副師長，並等回廣州後進行嘉獎!其餘的棄暗投明的金門鎮水師各級將領，也各自有封賞和任命。同時，馮雲山要求，這些歸降的水師繼續立功，隨討虜軍水師繼續征戰。
然後，馮雲山立即下令，命令羅大綱、樑培友兩人率水師繼續攻略福鍵沿海一帶，重點對福州府城進行騷擾。其餘陸軍，林鳳祥的甲一師，跟廈門小刀會義軍，繼續攻克泉州府城和興化府。
而已經攻克汀州府和龍巖州的乙一師，在師長何祿的率領下，繼續往北，攻打延平府、建寧府等地，這是福鍵的主產茶區，必須牢牢控制在手中。
馮雲山可是知道，茶葉是除生絲外，最大的一類與洋人貿易的商品。控制了福鍵的茶葉，等於控制一半的茶葉貿易。
……
在等待馮雲山命令的同時，討虜軍並沒有閒着。一不做二不休的羅大綱，直接率領西洋軍艦，加上一團的陸戰師兵力，直接從澎湖島開往苔灣府城。
四月十三日，甲五師船隊抵達鹿耳門海域，便被巡邏的苔灣府城水師發現，但苔灣鎮水師主力已大部分被消滅，剩下這隻幾艘戰船，也就是驅趕下商船，連大規模的海盜都不敢招惹，見到上百艘戰船，一下便四散逃竄。
甲五師輕鬆地從安平鎮處靠港登陸，先是派了二名俘虜帶着招降書進入臺灣府城進行招降。苔灣府知府朱材哲是福鍵客家人士，早就聽說廣東的討虜軍對於客家人良善，便有意投降。但分巡苔灣兵備道道臺裕鐸卻是滿旗人，兵權在其手中掌握，下令堅守府城不出。
無奈，羅大綱下令攻城，但戰船上的艦炮無法攻到府城，羅大綱便下令將中型戰船上的火炮拆下，推擡至城下，數十門火炮齊射，很快，道臺裕鐸面如土色，嚇得不敢呆在城牆上。
於是，城內的客家人，在苔灣府知府朱材哲的帶領下，打開城門，迎了討虜軍進城。
羅大綱將城內的近百名滿清旗人全部抓獲，在城門處公開斬首處決，宣佈苔灣乃漢人天下，一時間，苔灣府城內的百姓均興高采烈，宛如過年。特別是鄭氏遺民，一些讀書人也在知府朱材哲的帶領下，紛紛投靠討虜軍。
羅大綱因原知府朱材哲獻城有功，任命他仍爲臺灣府知府，治境安民。
朱材哲連忙下了府治公文，佈告全苔灣百姓，宣稱脫離滿清朝廷，重回漢人聖王馮雲山的治下。又令苔灣各縣，改旗易幟，服從聖王的管轄。
羅大綱留下一團兵力，會同知府朱材哲臨時組建的府城兵數百人，開始向臺南、臺中和臺北一帶治縣、廳進行清剿滿清餘孽。
不過，苔灣的兵力本就不多，主要是苔灣鎮水師。至於各縣的城汛綠營兵，大多不堪一擊，毫無戰力，自然不會自不量力與討虜軍進行反抗。
不過，讓羅大綱沒想到的是，他剛離開臺灣府城不久，討虜軍的那一步兵團還沒離開臺南，苔灣府各地，聽說苔灣府城被討虜軍攻佔，連知府朱材哲也投靠了聖王，便紛紛要求知縣表態，歸順聖王。
很快，苔灣縣、鳳山縣、嘉義縣三縣均很快派人來表示歸順聖王，而彰化縣和淡水縣沒等知縣表態，便發生了大規模的小刀會義軍聚會起事，上千會衆衝入縣衙，將知縣五花大綁，便在城樓活活燒死，而後，小刀會義軍聯繫臺南的討虜軍，表示彰化縣和淡水縣兩縣歸順聖王治下。
至此，在半個多月時間裡，苔灣府的大部分地區的縣治，至少在面上宣佈歸順聖王。剩下的偏遠蠻人之處，便需要治理的地方官員繼續教化了。