北宋宣和年間，宋徽宗喜好花石竹木，在江南設“蘇杭應奉局”，派衆爪牙到東南各地，搜刮民間花石竹木和奇珍異寶，用大船運向汴京，每十船組成一綱，時稱“花石綱”。
浙江省青溪縣多產竹木漆，是應奉局重點酷取之地，因而深受剝削壓迫之苦，農民無法求生。方臘對宋王朝的反動統治懷有刻骨仇恨，遂趁百姓不滿之機，暗中把貧困失業的人組織起來。他利用摩尼教的“二宗”（明、暗）、“三際”（過去、現在、未來）之說，組織羣衆，得到廣大農民的擁護。宣和二年（1120年）秋天在幫源起義。
有一年七月，大旱，曬得地裂葉枯，遍地焦黃，稻穀顆粒不收。大家用樹皮草根還填不飽肚子，官府卻連連上門討稅，把大家從山地裡收起來的幾顆雜糧，也蒐括得一乾二淨。方臘和窮兄弟們，自己肚皮餓得精癟，可是糧食卻一車一車的，把縣裡的糧庫裝得滿滿的。大家心裡真氣極了，都想把糧庫裡的糧食弄出來。
有些性子比較急的人，看到被逼得走投無路，心頭火起，三三五五聚在一起，摩拳擦掌，打算動武去搶。方臘聽了這個消息，連忙對大家說：“硬打容易吃虧，要想個靈巧的辦法纔是！”他見大家很齊心，便到私塾裡去找老先生，問問他過去官府散糧是咋個散法的。這個老先生也是窮苦人，心腸蠻好的。他聽方臘問起散糧，就嘆口氣說：“散糧要有官府的告示才行！” 方臘聽了，心裡的主意也打定了，就說：“老先生請你寫張告示，我們拿了告示，去向糧庫要糧去！” 老先生搖搖頭說：“告示我會寫，告示上要蓋官印，哪來這顆印呢？”方臘想到了一個妙計：用豆腐乾來刻官印。
等老先生寫好了假告示，方臘也搞好了豆腐乾做的假官印，往告示上一按，同真的官印一模一樣，不差分毫。老先生看了告示上的官印，也連連點頭佩服。方臘拿了這張告示，就領着全村的窮兄弟，到縣城裡去。憑着假的告示和官印，方臘和大家終於搞到了救命的糧食。
宣和二年（1120元）十月，方臘率衆起義，自稱聖公，建元永樂，設置官吏將帥，以頭巾區別等級，從紅巾往上分六等。義軍無弓箭、盔甲，只以鬼神那些隱秘難測的事互相煽動，燒房舍，掠金帛子女，誘逼良民加入起義軍。人們安於太平，不識兵革，聽到金鼓聲就束手聽命，不到十天就有數萬人參加義軍，在息坑打敗並殺死宋將蔡遵。
十一月攻佔青溪，十二月攻佔睦、歙二州。南面攻克衢州，殺死郡守彭汝方；北面橫掃新城、桐廬、富陽各縣，進逼杭州。杭州郡守棄城逃走，義軍佔領杭州，殺制置使陳建、廉訪使趙約，放火燒了六天，死者不計其數。義軍凡是抓住宋的官吏，定要割其肉，斷其體，取其肺腸，或者熬成膏油，亂箭穿身，用各種辦法折磨他們，討還血債，以解心頭恨。
宣和二年（1120年）十二月初，起義軍攻陷睦州，殺官兵千人，佔據壽昌、分水、桐廬、遂安等縣；十二月末，方臘揮師向西，攻克歙州（今安徽歙縣）。
宣和三年（1121年）正月，方臘派大將方七佛率衆六萬進攻秀州（今嘉興），秀州統軍王子武乘城固守，不久宋軍援兵趕到，大敗起叛軍。
宣和三年（1121年）二月，宋軍包圍杭州，宋徽宗下詔“招撫方臘”，被方臘拒絕。方臘親自指揮抵抗，由於城中缺糧，起義軍被迫撤出杭州。
宣和三年（1121年）三月，方臘率起叛軍再次進攻杭州，方臘四大猛將分別是鎮國元帥厲天閏，寶光如來國師鄧元覺，護國大將軍司行方和南離大將軍元帥石寶。
石寶，福州人氏，方臘部下猛將。他是方臘部下中最有才能與梁山衆好漢相抗衡的人。他在最後的決戰中，一共殺了五位梁山好漢，分別是錦毛虎燕順、急先鋒索超、喪門神鮑旭、火眼狻猊鄧飛、鐵笛仙馬麟。這五位梁山好漢的武藝也算得上是高的了，但還是敗在了石寶劍下。可惜最後被逼到的死路，爲了不被受辱，用自刎完畢了本人的終身。
厲天閏，南國人，方臘手下大將。厲天閏一刀斬了小霸王周通，連打虎將李忠也帶着傷逃走了。厲天閏用十個回合就殺敗了左手曾經負傷的雙槍將董平，還藉着松樹的掩護，一槍撂倒沒羽箭張清。
司行方，南國人，方臘太子方定天手下武將。他用了三十回合就斬殺了梁山水泊的步兵統領插翅虎雷橫。可見司行方的實力是很強的，可是他運氣不太好。還沒發揮出本人全部的實力，便由於兵沒落入水中，淹死了。
鄧元覺，歙州僧人，方臘的國師。與花和尚魯智深鬥了五十多回合，不分勝負。魯智深有多兇猛，不可思議。而鄧元覺卻能和他打成平手，可見實力非同普通。最後的決戰上，鄧元覺被花榮一箭射中，墜下馬去，讓衆軍亂刀砍死了。
杭州失守，形勢急轉直下，叛軍從節節勝利變成節節敗退。歙州、睦州、衢州先後失守，方臘從富陽、新城、桐廬一路退到青溪縣，最後退守幫源洞。此時起叛軍尚有二十萬人，但戰鬥力大大下降，“與官兵力戰而敗。”
宣和三年（1121年）四月二十四日，宋軍包圍幫源洞。方臘在石洞中躲藏起來，由於石洞極爲隱蔽，官軍不知如何進入。在宋軍中任裨將的韓世忠偵查到路徑，便率驍勇進入方臘所藏洞中，格殺數十人。
宣和三年（1121年）四月二十七日，方臘和妻子、宰相方肥等人被忠州防禦使辛興宗所俘虜，藏匿在洞中的七萬起義軍被殺，方七佛等人逃走，方臘等人被押往汴京。
宣和三年（公元1121年）八月二十四日，方臘被殺。轟轟烈烈的方臘起義，至此才落下帷幕。