中央政府同意任命陳敬云爲東南宣撫使，統轄閩浙、福建兩省軍政事務。但是中央並給沒有給出陳敬雲對國民軍所佔領的廣東東部地區和蘇南地區的管轄權，名義上現在的廣東都督依舊是陸榮廷、蘇南也名義上歸屬江蘇都督管理。
然後很重要的海軍歸屬問題，中央同意海軍問題暫時擱置，原屬於第一艦隊、第二艦隊的各艦納入福州艦隊，並且將不久後歸國的前清訂購艦艇撥入福州艦隊，但是後續款項以及中央政府前期用國債支付的造艦款由國民軍支付。這一點可以說是袁世凱讓了很大一步，這個退步並不是袁世凱所願意的，但是面對海軍衆多將領的要求他不得不同意而已，海軍將領們的意見很簡單，那就是中國海軍弱小，必須維持一支統一艦隊才能面對未來的海上威脅。
袁世凱雖然想要爭霸中國，擊敗國民軍，但是想到現在北洋軍既然已經不能夠控制海軍，手下不過剩下幾艘小炮艦，而已經得到風聲說那些前往接受軍艦的海軍軍官已經開始接觸福州艦隊，就算自己不答應的話，那些歸國的戰艦怕也是要叛變到福州艦隊那邊去，索性就大方一些，承認事實了事。
“但願這個陳敬雲保存中國海軍的種子吧！”
這些利益交換很快就得到了雙方的認同，雖然雙方的密談代表在上海簽訂合約，雖然雙方相繼發表通電，宣佈戰爭的結束。
國民軍第四師開始從揚州撤軍，爲了遵守駐軍數量，國民軍第四師撤往杭州、而第五師則是撤往寧波方向，只留下了三個師在蘇南，分別是第二師在南京、第七師在鎮江、第一師在上海。
北洋軍也只在江北保持了第五師和第七師、第二旅撤往滁州、而第五旅則是撤回了徐州。
一時間，雙方進行了差不多三個月的戰爭狀態正式宣告結束，而巧的很，一月處黎元洪也是終於率領手下軍隊把湖北的革命黨人的軍隊全部消滅，雖然黎元洪的實力大受損失，也總算是結束了湖北內戰。這幾個消息陸續傳來，一時間國內各大報紙上都充斥和和平這個字樣。
各方人士都高調的讚揚陳敬雲和袁世凱的風高亮節，放下成見維持國內的和平。
加上這個時候第一次國會選擇也正在慢慢進行中，一時間國內的人和去年清帝宣佈退位一樣，對未來充滿了希望。
但是他們不知道的是，不管是北洋軍還是國民軍，這一次的停戰只是臨時而已，他們只所以停戰乃是了下一次更大規模的戰爭進行準備而已，而且下一場的戰爭已經不太遠了。
陳敬雲以支持袁世凱當選總統的方式爲自己換取了東南宣撫使的頭銜，成爲了國內第二個宣撫使。而身爲江淮宣撫使馮國璋雖然有着宣撫使的頭銜，但是卻遠不如陳敬雲的宣撫使頭銜意義那麼重大。
陳敬雲的宣撫使頭銜讓他有了正式名義來統轄屬下的閩浙兩省，而不是之前的只能依靠國民軍來進行軍事統管。
有了這個頭銜後，陳敬雲立即組建了東南宣撫使府，並在宣撫使府下設：軍務部、民政部、財政部、外交部、司法部、工商部、教育部、交通部、監察部。本來是不打算設部的，這是爲了避嫌，畢竟用部的話很容易給人造成獨立地方政權的印象，而這一點是北洋中央政府堅決反對的，陳敬雲要設立這些部門他不管，但是不能大搖大擺的搞一個和中央政府一摸一樣的機構，但是爲了不給人示弱的印象，同時陳敬雲也懶得改來改去，就直接用部了。北洋雖然反對了一二，但是其他省政府基本也都是設部，見陳敬雲不搭理中央的反對之後也就不出聲了，反正雙方都預備着下一次的戰爭，這些枝節小事暫時也就不管了，等打敗了國民軍之後，這些東西自然也就沒了。
同時陳敬雲給袁世凱去電，建議取消各省都督一職，以軍政分離，設省長統轄政務，軍務由軍隊系統管理。這本來是陳敬云爲瞭解決閩浙兩省內的複雜機構而建議的，但是原始看到這卻是眼前一亮，當即大筆一揮就是以中央下令，取消各省都督，設省長管轄一省政府，軍務由護軍使管轄，兩職不得由同一人擔任，此舉自然是爲了分化那些地方軍閥的軍政大權。
這本來是陳敬云爲了方便自己的建議卻是讓袁世凱找到了機會，一時間讓各省都督埋怨不已，加上袁世凱又不是簡單人物，選擇性的任命各軍閥爲省長或者護軍使，比如廣西的陸榮廷就被袁世凱撤銷了廣東都督後，改任廣東護軍使，但那時同時又任命了張鳴岐這個前清兩廣總督前往廣東任省長。至於這張鳴岐去了了廣東後有沒有搭理他就難說了，因爲廣東形勢複雜，廣州以東地區都還在國民軍控制當中呢，陸榮廷不過是控制了廣東西部的部分地區。這張鳴岐要來廣州上任廣東省長的話，可就是在國民軍的地盤上。相對於袁世凱的這個安排，陸榮廷非但沒有沮喪，反而是很好奇這張鳴岐和國民軍以後發生衝突的時候會發生什麼有趣的事。
不說其他省份因爲撤銷都督造成什麼影響，但是在閩浙兩省內卻是沒有造成太大的轟動，這兩省早已經在陳敬雲的掌控下了，而且國民軍自從一開始開始就是實行了軍政分別，文官系統和軍隊系統是分離的，誰也管不了誰。
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而這宣撫使府的設立很多成面來說就是從國民軍司令部的諸多下屬機構調撥而來，比如正在準備籌辦的內政處，又比如籌餉處這些都會移植到宣撫使府中。雖然撤銷了兩省都督，順帶着兩省軍政府都一併撤銷，但是隨之出現的卻是宣撫使府。
而誰都知道，這個宣撫使府的各種機構基本就是按照中央政府的機構設立的，而宣撫使下設的各部部門的位置被人都眼睜睜的盯着呢。
比如鄭祖蔭，自從一得知要成立宣撫使府後，他就是經常求見陳敬雲，雖然都是藉口回報工作之類的，但是言論中更多的是談及自己對民政工作的經驗和能力等等，他的某圖很明顯，那就是宣撫使府民政部總長這個位置。現在他鄭祖蔭就是福建省的民政部總長了，而基於軍政分離的狀態，他之前這個民政總長可以說已經是掌管了福建一省的民政事務，和新設立的省長職能是極爲相似的。如果讓他轉任省長的話，那可以說就是原地踏步，而人都是想要往上爬的，所以這民政部部長這一職位他是志在必得的。
可是他更明白，哪怕自己再有信心，但是還是需要陳敬雲點頭和支持。沒有陳敬雲的支持他只靠自己是爬不上去的，畢竟他的競爭者還有很多呢，比如那個一到福州就上下聯絡，先任陳敬雲內政顧問，後任司令部內政處處長的岑春煊，鄭祖蔭知道這個人是自己的勁敵，而對方又是前清重臣，掄起威望來自己是萬萬不能比的，但是他鄭祖蔭也是有優勢的，他可是和陳敬雲一起從福州起義一起走過來的，而後又一直管理福建民政事務，爲國民軍的大力擴張提供了穩定的大後方，這份功績他自認國民軍體系文官當中，沒人能夠比得多他了。
除了岑春煊外，原來的浙江都督蔣尊簋也是個不小的威脅，還有其他幾個官員大小也是個威脅。所以在沒有得到正式任命前，鄭祖蔭可是很積極的去陳敬雲的府上奔走。
除了民政部總長這個重要位置外，其他幾個部門的位置同樣有諸多人關注，比如財務部、軍務部、監察部等。不過這些位置的任命不是失去了重要意義就是人選差不多已經內定，比如軍務部，陳敬雲已經明確表示，軍政必須保持分離，國民軍司令部將會繼續保持原狀不變動。所以註定這個軍務部和原來的省軍務部一樣是個閒職，只是表面功夫沒什麼實權。這也是陳敬云爲了防止軍隊內部出現動亂的手段。而財務部內，基本上除了安華林外就沒有其他人可以競爭了，安華林已經和華夏銀行的陳敬海號稱陳敬雲的兩大財神。而華夏銀行的陳敬海掌管的乃是陳府自家產業，基於影響問題陳敬雲不可能把他掉入宣撫使府內任職重要官職的，不然一個任人唯親的帽子陳敬雲就得戴上了，而籌餉處的副處長莊楠資格還差了點，其他幾個財政系統的官員就更提不上臺面了。
還有監察部，也可以預計是會有原福建軍政府的監察部總長韓辰旭擔任，這個人雖然比當年的官屠岑春煊沒那麼大的殺傷力，但是自從被陳敬雲提上來後栽在他手裡的官員可不少，尋常官員看見他就跟看見老虎獅子一樣得繞着走。
在衆人的一片猜測中，陳敬雲很快宣佈了宣撫使府下設各部的任命，民政部總長由鄭祖蔭擔任、岑春煊擔任次長。財政部總長由安華林擔任，莊楠擔任次長，次長由林文英擔任，軍務部暫時空缺不設。監察部總長由韓辰旭擔任。工商部總長由洪子泰擔任、外交部總長由林長明擔任，其他的交通部、司法部大多數也都是由閩浙兩省軍政府的其他高級官員擔任，總體上來說變動不大。
然後福建省長由高澤炎擔任、浙江省長由蔣尊簋擔任。撤銷兩省軍政府後，改組爲省政府，下設各廳。
這一番文官系統的調動裡頭，升職的人佔據了大多數，自然是高興的人多，當然不高興的人也有。比如林文英，被陳敬雲掉入了交通部當總長，這一個調動可以說徹底讓林文英和軍界脫離了關係，讓林文英有些不滿。