1853年，農曆正月十六，馮雲山在廣東巡撫衙門宣佈，成立聖王王府。原來的聖殿諸官自動轉爲聖王王府屬官。
聽到羅大綱、林鳳祥和陳天仕等人率兵完全佔領了高雷瓊等三府後，馮雲山派出在廣州城內的張拔山率領乙二旅趕赴瓊州府駐守，接替在那邊的甲一師一個步兵團。又派出鄭元伯率領乙一旅趕赴高州雷州等地駐守。
接着，在兩廣和其餘佔領區域全面推廣永州土改試點時推行的地方村鎮制度，並且，將地方村鎮制度建立完善起來。
爲此，聖王馮雲山頒佈了《聖王王府各級機構設置細則》，在裡面規定，兩廣等凡討虜軍佔領區域，正式全部實行細則規定的機構設置。
每五戶人家爲一伍，每二十五戶，也就是五伍人家爲一村小隊，設立一小隊長管理二十五戶人家日常生產生活。
每一小隊，設有小倉庫一座，保管公有的生產物資，共用耕牛、大鐵犁、風車、水車等物，供各家各戶輪流使用。
按照馮雲山的設想，這個小隊，便成爲最小的基層單元，便相當於後世中的村民小組，但又強化了集體的作用，使二十五戶人家，成爲一個整體，一個農村最小的農村公社組織。
每十個小隊左右，設爲一村。每村選一村長，選一賬房和典庫，負責管理二百到三百戶人家的日常生產生活。村長、賬房和典庫均爲兼職，有少量薪水，由全村百姓一道支付。
每村設村級倉庫一座，除了保管公有的生產物資外，還存放上級部門發放下來的錢糧，作爲備用，誰家遇難，便可申請較低的利息借用。當然，若是不還，便扣除其在公用倉庫的財物，甚至派鄉官強制執行歸還。
每十村設立一鄉或鎮。境內無上二千人的圩集，便爲鄉，若是有超過二千人規模的圩集，便稱之爲鎮。
鄉與鎮同級，設鄉長或鎮長正副各一名，另設賬房、典庫、稅師、警師、醫師、教師等若干人，由鄉鎮長管轄，薪水俱由上級支付。
鄉鎮內均設立一座鄉庫或鎮庫，存放全鄉鎮共用的生產物資，以及上級機構發下的各類器物，由賬房、典庫共同管理。
稅師負責全鄉鎮各村的戶口清查與土地丈量、劃分等級和田地劃分，最重要的是糧稅覈算與徵收。每個鄉鎮設立一稅務所，也是由稅收負責管理。各村百姓的糧稅，便交與稅務所。
每個鄉鎮設立一處警務所，由警師管理，負責全鄉鎮的新兵招募、初步訓練，還有日常的小型民事糾紛、仲裁，當然，最大的任務是負責鄉鎮的治安，抓捕盜賊罪犯，組織警務所協助地方預備役抵抗敵軍入侵。
設立一醫務所，由醫師管理，爲全鄉鎮百姓治病，預防瘟疫。
設立一家小型農民教習所，由教師管理，白天教習當地十四歲以下孩童，無論男女，啓蒙各類國學和西學；夜晚則教習當地鄉民識字、種植、養殖和手藝等技能。
每個鄉鎮設立一處中華復興會分會，馮雲山規定，鄉鎮長必須是從會員中選取。
原則上，縣或州，仍然按原有區域劃分，這樣一來，每個州縣下面的鄉鎮，並不是一致的。
州縣仍沿用滿清的大致不便，只是將原來的知州、知縣改名爲州長、縣長，設正副各一名，名義上是聖王委派下來，替聖王掌管全州（縣）政事。
設立縣衙或州衙，下設庶務、財務、教務、醫務、警務、工務六部門。
其中：庶務管人事和民政；財務管戶口和財糧、稅收；教務管教化和宣傳禮祀；醫務管疾病治療和瘟疫防治；警務管傳喚訴訟、緝捕案犯、治安調解以及新兵招募、士兵退伍安置等；工務負責工匠的管理，城建、水利、交通、廠礦等事務。
尤以庶務、財務、教務、警務、工務五個部門事務繁雜，人手所需頗多。
州縣、鄉鎮兩級的長官、附屬官吏均有薪水餬口，薪水由本州縣財務，按聖王規定的登記進行發放。
每個州縣，成立一家農民教習所，由州縣的教務長管理。日夜開展教習活動。從每鄉、鎮選取優秀聰慧少年或鄉民，集中統一教授各類知識，考察合格後，派往州府重地或討虜軍之中，委以重任。
另外，教務長每季還需組織輪流人員至各鎮宣傳滿清入關以來的種種惡行，如揚州十日、嘉定三屠、廣州大屠殺等，醜化滿清朝廷。
每個州縣，成立一家百姓醫院，由醫務長管理，開設平價藥鋪，聘請郎中坐堂治病，並負責訓練穩婆與醫護女兵。
每個州縣設立一警務局，由警務長管理，負責全州縣的新兵招募，還有日常的民事糾紛、仲裁，和全縣的的治安，管理本州縣地方預備役士兵，負責警戒和對抗外敵入侵。
每州縣又都有自己的稅務局，下面各鄉鎮上交的糧稅，均存入稅務局總庫中，定期全部上交給上級機構。
類似的，每直隸州、府仍按照原來的範圍進行劃分，只不過，所有直隸州，全改爲府，以跟州縣區分。如郴州原爲糊南的直隸州，下轄有永興、宜章、興寧等5縣，則改爲郴州府，下轄縣不變。
府一級與州縣一樣，所設機構、官職均類似，只是範圍由縣變爲府。
省一級，因討虜軍只有二省之地，則並未劃分，直接由聖王王府管轄到各府。
而聖王王府，爲中央一級，下設庶務部、宣傳部、司法部、財稅部、內務部、外務部以及警務部、醫教部、農業部與工務部等十個下屬機構。
庶務部是負責聖王王府各類大小行政和日常管理事務，還有民政事務。
宣傳部則是馮雲山特意從原來的禮部中劃分出來，新成立的部門，目的，自然是加強宣傳，特別是對百姓的宣傳。
司法部則是從刑部中變通出來，負責刑罰刑名的機構。
財稅部則是原來的戶部中的賦稅、徭役﹑俸餉、金融貨幣及一切財政事宜改成，突出稅收的重要。
內務部則是原來的吏部改成，並且擴大了範圍，爲後世的組織部及各行各業的管理機構。
外務部則是原來的禮部中對外交往一塊，主要是負責外交、外貿、商務買賣等事務。
警務部是從刑部中獨立出督捕、治安、戶籍和預備役的管理，另外還承擔消息傳遞任務。
醫教部則是醫療、教育兩部分內容。
農業部則是從戶部中脫離出來，掌管轄區的疆土﹑田地，以及水利等農村、農民等事務的管理。
工務部則是原來的工部改來，不但管理所有工程事務，全國之土木、道路交通﹐機器製造工程（包括軍器﹑軍火﹑軍用器物等）﹐礦冶﹑紡織等王府資辦工廠礦產無不管理在內﹐幷包含研究先進技術、統一度量衡等職責。
只有原來歷朝歷代的兵部被減除，因爲馮雲山新成立了討虜軍，並且討虜軍完全在他的掌握下，所以，暫時他並沒有成立兵部國防部這樣的機構。有他親自兼任討虜軍的元帥和總參謀部的總參謀長，基本上沒有什麼事情不能協調了。
而且，現在他手中可用的人才實在是太少，更主要的是，他想將軍政慢慢地分開，故而，王府的機構這邊，便沒有設立兵部。
……
完成了基本的各級機構設立後，馮雲山又宣佈，全部佔領區，全部按照永州土改的政策，進行全面土改。丈量劃分土地，分田地。
原來出臺的《聖國田畝制度》依然有效。
凡是聖王治下百姓，加入聖國戶籍，便會被分配到某個縣鄉的某個村裡，根據《聖國田畝制度》，只要能按時繳納糧稅，便可以分到一塊按該村標準的田地。
而對於各級稅收一事，馮雲山特別規定，所有稅收全歸王府統一使用。地方暫時不得截留稅收，地方錢糧，均需聖王王府統一自上而下地進行撥付。
並且，撥付的錢糧，按本府繳納的多少，和實際用度，由王府進行控制。
但，馮雲山也留了一個小口子。便是鼓勵開荒，多積良田，至於由此帶來的砍伐樹木，水土流失、破壞環境等危害，在這個還有大批人餓肚子的時代，馮雲山是不考慮這些的。
比如一個村，250戶人家共1500人，經過鎮裡的稅師丈量覈算，共有田地3450畝，若是其他臨近的村子沒有向鎮裡申請要劃撥該村田地，則該村可以按人劃分，每人2畝田地，留下450畝作爲村裡公家機動田。
公家機動田是村裡給將要日後出生的村民或鎮裡以後要遷入該村的村民預留的田地。
按照王府統一制訂的根據田地等級劃分的糧稅標準，例如永州府，中等水田爲每畝一石稻穀，該村每年要上交鎮裡的糧稅便是3450石稻穀。
但村裡又有一點自主權，便是馮雲山留給下面的小口子。比如，村裡可以將450畝的公家機動田，用2石每畝的價格承包給某位鄉民，這樣扣除上交給中央的糧稅，便能賺取450石稻穀。
同樣的，鄉鎮對縣裡一樣可以用這種方式，留存一些“稅收”。
通過這種開的小口子，鼓勵地方多開墾荒地，積累良田。