當瞿式耜在桂林自殺的那一刻起，朱明朝廷已經事實上滅亡了，那位首輔大臣死的一點也不壯烈，孔有德攻入廣西，軍閥潰散，他有機會逃跑繼續組織反抗的，但瞿式耜卻對抗清事業失望了，選擇留在桂林，被孔有德俘虜，堅持不降，一個月後死去，留下的不是氣節也不過希望，只有和友人進行‘商業互吹’的幾十首酸詩，當然，在文人的眼裡，瞿式耜死的慷慨壯麗，青史留名，但卻他沒有選擇對民族對國家最有利的方式。
瞿式耜死後，整個南明抗清在沒有一支力量是由文官掌握的，掌握軍隊的只有藩王的軍事集團，武將的家族團體和商人的利益集團，他們大多高舉着大明的旗幟，卻不會有任何一個人真的爲朱明而戰，無論是誰，真的光復中原，也會改朝換代，鄭成功是這樣，孫可望比他還不如，因爲局勢稍稍穩定，被溜鬚拍馬之徒奉承的不知自己幾斤幾兩的孫可望就想稱帝了。
合衆國與鄭、孫兩大政權註定是‘和而不同’，合衆國可以與其進行一些合作，比如相約一起發動攻勢，但也僅限於這般淺層次的合作，聯盟只能奢望，而合衆國也不會主動支持這些日後的敵人發展壯大。
李明勳默認了鄭成功在舟山的主導權和繼承原本屬於監國一脈的東南戰區，但在鄭成功與合衆國道不同不相爲謀的情況下，李明勳是不會支持他發展的，實際上，鄭成功對合衆國最大的貢獻就是在舟山發動比以往藩鎮更強勁的攻勢，牽制更多的抗清力量，至於其他，既不奢望也不需要。
兩廣會戰的勝利更堅定的這一點，合衆國通過與瓊藩、晉藩的合作消滅了滿勤一個重兵集團，只要再消滅兩次或者三次，滿清就徹底完蛋了，而合衆國已經料理了海上威脅，並展開了轟轟烈烈的洲際貿易和印度洋貿易，可以說，這個國家已經進入有序發展狀態，而不是用搶掠士紳、獲得賠款等方式供養大規模的軍隊。
兩廣會戰是吹響了反攻大陸的號角，使得合衆國進入了一個有益的正循環，戰勝勝利帶來新的地盤和稅源，新的稅源會構建更強大更多的軍隊，而更強的軍隊會帶來更多的地盤，如此滾雪球下去，早晚合衆國不需要孫可望和鄭成功來牽制滿清，到那一日，這兩股勢力也就沒有存在的必要了。
因此，李明勳對鄭成功的態度非常強硬，打一頓只是開始，接下來的要求讓延平藩着實始料未及。
在鄭成功返回舟山之後，李明勳派遣使者解決東南變亂最後的問題，雙方的矛盾在於黃鎮、舟山藩鎮和鄭藩三大方面。
首先是黃鎮，合衆國沒有揭露鄭成功陰謀坑殺黃斌卿的事實，而是要求歸還黃斌卿遺留的所有資產，黃斌卿死了，但是鄭成功沒有敢殺黃斌卿的妻子兒女，而黃斌卿的長子黃世爵此刻還在九龍地區開拓殖民地，無論是朱明的律法還是合衆國的法律，黃斌卿的一切都應該由黃斌卿的妻、子繼承。
財產方面，延平藩沒有意見，關鍵是軍隊，黃斌卿的水師要麼覆滅要麼被顧榮帶走，但陸師卻有精兵四千，輔兵七千，加上家屬近五萬，但理論上這些是大明王師，所有延平藩要求全部留下，李明勳的對鄭成功的態度是我說你做，沒有商量的餘地，而李明勳也沒有想讓黃世爵繼承所有的軍隊和家屬，這會引起九龍公司其他股東的不滿，九龍目前也沒有那麼多地方安置，所以由合衆國出面，派遣軍隊護送黃世爵和顧榮前去舟山，勸說士兵和家屬前往九龍。
鄭成功知道，自己不答應的話，至少也會被公開舟山的真相，甚至直接被合衆國海軍所滅，他只能答應，鄭成功在延平藩說一不二，最終顧榮和黃世爵帶走了一萬七千人，其中有兩千四百人的軍隊，延平藩在過去的時間裡吞併了這些營伍，給了士兵相應的待遇，黃斌卿的影響力在下降，如果再過一年，或許不會有人跟着黃世爵走了。
黃鎮的處置最終讓鄭成功措手不及，既然黃鎮可以把士兵和家屬帶走，舟山藩鎮同樣可以，舟山各鎮包括王之心在內，此刻還有一萬五千人在香港等待東南變亂解決呢，這些藩鎮也要求帶自己的士兵的家屬去南洋婆羅洲，因爲婆羅洲大部分的股東都在其中，所以婆羅洲開發公司非常歡迎，雖然他們的家屬被延平藩統治很久，但結果卻完全不同。
舟山藩鎮是士兵在外，家屬在舟山，與黃鎮士兵和家屬都在舟山不同，而婆羅洲開發公司已經準備把撤退藩鎮的士兵和家屬全部安置在新佔領的文萊地區，而且已經爲士兵們劃分了生產資料，村落是現成的，只不過都是高腳屋，土地也是熟田，只要挖掘溝渠，稍稍整治就能阡陌百里，所以對舟山藩鎮士兵的家屬來說，他們是前往南洋去享受安寧生活的，因此六萬家屬大部分選擇下南洋，省的在舟山飽受戰爭之苦。
舟山本就只有丁口十三萬，一下被帶走了一大半，延平藩實力大損，這也與鄭成功原本計劃的，控制家屬就能逼在粵士兵返回舟山的計劃大相徑庭。
但卻不是全無好處，舟山狹小之地，本就安排不了多少人，而鄭成功計劃把藩下士兵在琉球的家屬遷來，如今走了許多人，倒是空出來房子和土地了。
鄭藩的問題則比較複雜了，雖然鄭成功把責任全盤推卸給了已經叛變的施琅，但不可否認的是，鄭成功派遣施琅南下金夏，才造成金夏失守，滿清漁翁得利的局面，延平藩負有主要責任，這個過程中，鄭藩的陸地精兵損失殆盡，水師的家屬也被屠殺大部，剩餘的殘兵軍屬被周氏兄弟帶去了舟山，硬算起來，鄭成功得打下金夏二島，賠償三萬精兵和十萬丁口給鄭藩，纔是兩不相欠，但這是要鄭成功的老命。
鄭成功哪個都做不到，他甚至不能替鄭藩重新奪回金夏，所以鄭成功的意思拖，給他三五年時間，一定爲鄭藩報仇血痕補償損失，但鄭彩卻是有些倦怠了，鄭彩雖然是鄭成功的堂兄，但是年齡與鄭芝龍相仿，年紀日長，兄弟鄭聯死在了廈門，他也不想與鄭成功鬥來鬥去，有了退出之意，但他卻沒有好的退路。
當初成立婆羅洲開發公司，鄭藩受到其他監國系其他藩鎮的排擠，僅僅佔了百分之五的股份，前往婆羅洲顯然不行，以往的老對手會反攻倒算，若是解散軍隊，去臺灣做一富家翁，鄭彩心有不甘，而這正是遂鄭成功的心願，他更是不許，而李明勳與之相商，給出了一個方案。
鄭彩退出東南戰場，脫離大明，不再對鄭成功提任何補償要求，但鄭成功要把琉球全部領地交由鄭彩，從此東南只有一個鄭藩，那就是鄭成功。
乍一看這是要了延平藩的根基之地，實際不然，琉球雖然富庶，卻要受到整個日本的威脅，雖然在中荷密約之中，荷蘭不得幫助日本出兵琉球，但荷蘭人一直在想日本提供造船和火炮技術，日本也在積蓄力量‘收復’琉球，顯而易見，再過幾年，延平藩就要面臨日本和東南兩大戰場，憑其實力，根本招架不住，只得放棄一個，琉球自然是被拋棄的那個，而這並非合衆國願意看到的。
琉球的變遷當初是配合合衆國佔領蝦夷地，合衆國當然也想再佔琉球，顯然與日本進行貿易，自然開戰不得，但也不能眼看着其再佔琉球，因此最好還是藉助其他力量佔據琉球，而鄭彩部就是最好的選擇。
因爲涉及合衆國的利益，李明勳沒有再強硬，派出使者秘密調停談判，最終三方達成一致。
首先，鄭藩與延平藩合併，奉延平王鄭成功爲藩主，而鄭成功則命鄭彩永鎮琉球，而這一點是公開的，在秘密環節，鄭彩不得再派兵前往大陸，並且完全放開琉球與舟山之間的貿易，也不得觸碰延平藩在琉球的固有利益。
當然，鄭彩入主琉球之後，軍政事務直接向李明勳的統帥部彙報，實際上，就是鄭彩替合衆國佔領琉球，以便將來合衆國擁有琉球，而李明勳則答應，允許鄭彩另外一子改名之後在合衆國經商，而且鄭彩獲得成爲元老的機會。
實際上，鄭彩已經退出了明清戰爭，秘密加入了合衆國國籍，爲合衆國，也爲他自己而戰。
如此，東南之變所有的事情才全部解決，當然，這是在朱明朝廷內部，合衆國與延平藩的問題纔剛剛開始，在鄭成功公然拒絕了加入抗清御虜統一陣線之後，元老院頒佈了《與延平藩關係法案》，在這個法案之中，合衆國宣佈了對延平藩的封鎖和禁運，而這一點的目的有三。
其一爲報復鄭成功在東南的胡作非爲，挑起內戰。
其二限制延平藩的實力擴張，以免尾大不掉。
其三對日本有個交代，畢竟中日目前是友好關係，而延平藩與日本處於戰爭狀態，如果合衆國與延平藩交好，那就會影響中日關係，一面是幫助似友非友的延平藩，一面是壯大自身，李明勳很容易做出選擇。
按照頒佈的《關係法案》，統帥部首先取消東南戰區和江南戰區，監國不存在了，東南戰區自然也就沒了，合衆國有權利對江南、浙江和福建三省發動戰爭，而延平藩也有權利對山東、天津和遼東作戰，雙方不再劃分勢力範圍，也不承認勢力範圍。
東南戰區沒了，配合東南作戰的合衆國江南戰區也要撤銷，合衆國與延平藩只是戰略盟友而不是真正盟軍，雙方最大的配合也就是共同對滿清宣戰，並且在對方開戰的時候趁機發動攻勢，像兩廣會戰一樣，組織盟軍統一指揮就是妄想。鄭成功對李明勳都不忿，更不可能接受其他人的指揮了。
江南戰區撤銷的第一步就是放棄崇明要塞，崇明要塞的最大意義是堵住長江口，不讓清軍水師出來，顯然清軍通過大運河機動，可以進出杭州灣，意義已經不大了，而且其原本是作爲舟山防線的最前線，那個時候，爲盟友監國而戰，義不容辭，現在爲延平藩而戰，那就是熱臉貼冷屁股，一廂情願。
江南艦隊也要進行改編，兩支槳帆戰隊降低爲一支，另外一支調撥北洋戰區，風帆艦隊加強兩艘重巡洋艦，增強遠海作戰能力，泗礁山上的行政、司法等人員全部撤回臺灣，泗礁山只留下趙三刀繼續擔任艦隊司令兼守備長官。
江南戰區的原本主要長官進行了調整，許長興作爲長老，回到臺北擔任重要職務，趙三刀繼續留在泗礁山，總責一切，顧三在舟山之戰中與清軍遼東水師作戰，受傷較重，而且年紀漸長，有些力不從心，退役前往臺灣，擔任臺灣行政區海上警備隊總長官，至於崇明要塞守備司令塔克圖，李明勳給這位困守崇明達到十年之久的好漢子一年的假期，假期完成後，前往青島，擔任青島要塞守備長官，解放出武行，組建陸軍新的作戰師。
當然，合衆國並沒有完全不講情面，在放棄崇明之前，向延平藩提出由其接防，但鄭成功選擇了放棄，他也缺少兵力，除了缺兵，鄭成功更沒有信心在長江水道戰勝滿清水師。
未免崇明要塞爲滿清所用，烏穆率領陸戰隊發動了一場對崇明的登陸作戰，將崇明守軍與崇明三萬多百姓一同撤離，並且拆毀了崇明要塞，鄭成功也知道崇明拆除後，日後進出長江就很方面，也給予了配合，在杭州灣方向發動了襲擊，牽制了滿清的水師。
而除了江南戰區撤銷，另外就是嚴格限制國內商人與滿清的走私貿易，以往東南各藩都做與滿清的走私貿易，從合衆國商人手中購買糧食、香料、木材、寶石等南洋貨物，販賣到大陸，購買生絲、絲綢、瓷器等中國商品，在這個過程中，滿清官將、東南藩鎮和中國商人都得利，而合衆國卻抽不到一點稅，相反還要承擔滿清軍力提升的損失。
延平藩主鄭成功對以往東南藩鎮這類舉措是深惡痛絕，認爲不僅損害抗清大業，還消磨軍隊的作戰意志，但其主政東南之後，爲了獲得財力，也是大規模進行走私，直接打了自己的臉，現在一切結束了，元老院直接限制合衆國船隻前往包括舟山在內的東南島嶼，宣佈不得主動前往延平藩勢力範圍進行貿易，經過東南海域前往青島、濟州、永寧方向的船隻，貨物必須記錄在案，一旦到港之後，出現較大差距，則被視爲走私，而在舟山方向，中國船隻唯一能停靠的就是泗礁山港。
當然，延平藩可以主動派船前往臺北採購物資，但糧食、鐵、火藥、棉布等一切軍用民用物資，都必須要嚴格限量，數量根據舟山百姓數量而定，以免其購買之後，走私給滿清。
但此舉限制了中國海商，卻限制不了國外海商，特別是荷、英、葡、西四個殖民國家，因爲合衆國有到港統計貨物的制度，且對所有走私船隻進行查處，所以這四個國家往往派遣商船直接從自己的港口或者中立國港口採購物資前往舟山貿易，只是因爲船隻有限，所以效率低下，成本提高，數量也大爲降低。
但無論怎麼說，比以往監國時代好的多，那個時代，東南藩鎮是什麼都敢往大陸走私，甚至包括火器彈藥，而鄭彩前往琉球之前，還揭發在中荷戰爭結束後，荷蘭東印度公司還通過舟山向滿清走私火炮，提供鑄炮匠人和僱傭兵。到了延平藩時代，類似直接提升滿清軍隊實力的走私休止了。
東南事了，抗清戰爭翻開了新的篇章，西南秦藩，兩廣二李，東南延平藩，三雄並立！