話說那顆菩提樹被移到了另一個空間，這個空間靈氣及重，而且此處時間流速也與外界不一樣。菩提樹在這裡的土壤上茁壯成長，逐漸長成參天大樹。五百年後開了花，又五百年才接了一顆菩提子。那菩提子又經過五百年從樹上脫落化成了一個白髮長鬚的老者。只見那老者忽然又成了少年；轉眼又變成了美貌女子；一會兒變成石頭；然後又成了飛鳥；最後又恢復成原來的老者。可是轉瞬之間又到了九萬里開外。"哈哈哈哈！恭喜道友現世了。”只見聶興源飛身而來。“啊!前輩，這廂有禮了！”“莫要叫我前輩，你乃盤古之心所化，你若願意，你我可成爲生死兄弟。此空間叫做靈臺，待你煉化便是這裡的主宰。”“不知道兄源自何處？”“吾乃本元道人，師承上主大道。””啊！自然願意！好！你我便是生死兄弟這裡的大門隨時爲你打開”就這樣，不時二人便相聚論道。因着老者自菩提樹所出，便取道號作菩提。菩提潛心修煉終將此空間煉化，又化出一座山稱方寸山，開闢一座洞府叫做斜月三星洞。
再說外界，因着罪惡滿了人間，上主要毀滅世界，就讓伏羲造了方舟，讓他全家八口和各種在陸地上的動物進了方舟。之後發動了洪水，原先的盤古大陸裂開先，後來形成四大部洲“東勝神洲、西牛賀洲、南瞻部洲、北俱蘆洲。”天上的窗戶打開下起了極大的暴雨洪水氾濫在地上四十天，水往上長，把方舟從地上漂起。水勢浩大，在地上大大地往上長，方舟在水面上漂來漂去。天下的高山都淹沒了。
水勢比山高過十五肘，山嶺都淹沒了。凡在地上有血肉的動物，就是飛鳥、牲畜、走獸和爬在地上的昆蟲，以及所有的人都死了，只留下伏羲和那些與他同在方舟裡的。水勢浩大，在地上共一百五十天。上主記念伏羲和伏羲方舟裡的一切走獸牲畜。叫風吹地，水勢漸落。淵源和天上的窗戶都閉塞了，天上的大雨也止住了。水從地上漸退。過了一百五十天，水就漸消。方舟停在亞拉臘山上。
水又漸消，山頂都現出來了。過了四十天，伏羲開了方舟的窗戶，放出一隻烏鴉去。那烏鴉飛來飛去，直到地上的水都幹了。他又放出一隻鴿子去，要看看水從地上退了沒有。但遍地上都是水，鴿子找不着落腳之地，就回到方舟伏羲那裡，伏羲伸手把鴿子接進方舟來。他又等了七天，再把鴿子從方舟放出去。到了晚上，鴿子回到他那裡，嘴裡叼着一個新擰下來的橄欖葉子，伏羲就知道地上的水退了。他又等了七天，放出鴿子去，鴿子就不再回來了。地上的水都幹了。
伏羲撤去方舟的蓋觀看，便見地面上幹了。上主對伏羲說：“你和你的妻子、兒子、兒婦都可以出方舟。在你那裡凡有血肉的活物，就是飛鳥、牲畜和一切爬在地上的昆蟲，都要帶出來，叫它在地上多多滋生，大大興旺。”於是伏羲和他的妻子、兒子、兒婦都出來了。一切走獸、昆蟲、飛鳥，和地上所有的動物，各從其類，也都出了方舟。