李北極一直控制着艦隊航速，與荷蘭艦隊不斷拉近垂直距離，卻一直保持着水平距離，原因無他，鷹艦隊的後衛艦是剛剛加入艦隊的三桅橫帆護衛艦，只有四百噸排水量和二十二門火炮的護衛艦難以和擁有重炮的巡航艦對射火力。
丑時三刻，荷蘭艦隊領航艦與鷹艦隊中排名第四位的獨角鯨號接火，雙方在四百米的距離上進入火力縱射，李北極下令再次轉向，航向由正東南轉向東三個羅經點，變成正東偏南一個羅經點，貼近了荷蘭巡航艦隊，而運輸船隊則向南偏轉兩個羅經點，與鷹艦隊拉開距離，而已經被擋住的荷蘭巡航艦隊想要攻擊運輸艦隊，要麼突破鷹艦隊的封鎖，要麼減速轉向，前者肯定不可能，合衆國艦隊一直以陣型密集嚴整而著稱，哈特曼如果敢於冒險，必然會發生碰撞，而碰撞對雙方軍艦都是無法接受的，尤其是對荷蘭軍艦，因爲他們是用最強的大型巡航艦去碰撞海軍中處於輔助地位的護衛艦。
一直到這個時候哈特曼都以爲鷹艦隊在掩護運輸船撤離，他不知道，自己已經成爲了李北極的目標。
丑時四刻，哈特曼下達了編隊分離的命令，讓艦隊之中的六艘雙桅縱帆艦轉向去追運輸船，留下六艘巡航艦與鷹艦隊對陣，這個時候，哈特曼仍舊沒有看到破襲艦隊的蹤影，他不知道爲什麼擔當主力的破襲艦隊一直沒有出現，但形式已經不容他繼續維持原來的計劃了。
荷蘭方面的艦隊分離讓李北極看到了曙光，至少雙方的實力回到了同一水平線上，荷蘭艦隊是全數巡航艦，但其中兩艘是中巡，與合衆國一方的三桅護衛艦體型相當，只不過火力稍強些，而其餘四艘船的火力和噸位都無法與合衆國的巡航艦相媲美，雖然存在火炮數量超出的情況，但火力無法比，合衆國巡航艦的火炮就沒有低於九磅的。
哈特曼顯然也明白這一點，他的目的也僅限於纏住鷹艦隊，所以一直保持着速度，避免與鷹艦隊戰列線平齊，哈特曼一直保持落後戰列線三個身位，用旗艦與獨角鯨號對射，而二號與三號艦與鷹艦隊的兩艘三桅橫帆護衛艦對陣，如此造成的結果是，荷蘭艦隊用最強之艦對付鷹艦隊最弱之艦。
李北極當然不會接受這般不利的局面，他先是下達了第一個命令，命令天王星和海王星兩艘護衛艦自由機動，以免被敵人優勢火力重創，兩艘船位於戰列線末端，後衛艦隊自由機動不會引發戰列線的混亂，李北極計劃拖延下去，待接近婆羅洲，受大陸風影響後再發動突襲，那時候有兩個優勢，來自婆羅洲的陸風風向會由東北風轉東風，適合轉向，而風力也會增大，減少陣型變化給敵人的反應時間，然而戰場情況在寅時初發生了變化，鷹艦隊與敵破襲艦隊目視接觸。
雖說雙方戰艦發生接觸已經超過了七個小時，火力對射也有兩個小時，但赤道地區微弱的風力讓艦隊的速度一直兩節左右，特別是轉向偏東之後，速度更是降低到了一節，究其原因，是風帆與風向成了銳角，對風力的應用效率下降，這也導致，打了半天，林加島一直在視野範圍內。
寅時初，海王星號主桅杆上的瞭望手率先發現了從林加島海域出現的破襲艦隊，島鏈的遮擋讓瞭望手只看到了一艘艦船，但這是一艘排水量超過千噸，至少有五十門火炮的海軍重炮艦，雖然它速度很慢，在微風之中步履蹣跚，但李北極絲毫不敢懈怠，這意味着第二支荷蘭艦隊實力強勁，鷹艦隊和運輸艦隊都無法抵擋，李北極下定決心，解決巡航艦隊。
寅時二刻，李北極下達了三個命令，其一，命令陸戰隊長官把李明勳轉移到水線以下的甲板，必要的時候，可以使用強制手段。這個命令談不上僭越，因爲李北極的作戰計劃是轉向突襲，跳幫作戰，等進入戰鬥狀態，臺北號的最高指揮官將從他這位艦隊司令官變成船長，其次是陸戰隊長官，必要的時候，艦長也會把李北極安置到安全的位置上。
其二，命令逆風調戧，突襲敵艦，準備接舷戰。
其三，命令四號艦獨角鯨號接手先導艦職責，引導戰列線繼續前進。
命令下達之後，臺北號上的水手迅速忙碌起來，橫帆被牽引索拉到了極限角度，縱帆換位，強壯的水手把後桅縱帆的駛帆杆推動起來，而舵手在船長的示意下迅速的左滿舵，平滑低矮的臺北號重型巡航艦船身猛的向左轉向，在轉向超過九十度之後，水手們快速調整船帆位置，整個過程行雲流水，在九節風速之中，臺北號完成了轉向一百八十度，而於此同時，香港號與殺人鯨號也進行了小範圍機動的轉向，在轉向之後，原本處於三號位的殺人鯨號成爲了突擊艦隊的先導艦隊，旗艦臺北號成爲後衛艦，突擊艦隊與荷蘭巡航艦隊相對而行，這一刻，哈特曼慌張了。
一直到這個時候，哈特曼才意識到，自己早就成爲了李北極的目標，他高懸於主桅杆頂部的滴血雄鷹早就盯上了自己，但此時想要逃離已經是不可能了，向右轉向，旗艦會被獨角鯨號遮擋，解散編隊，原地轉向，編隊會徹底混亂，如果按照順序，全艦隊依次跟着旗艦轉向，則很有可能被突擊艦隊切斷。
哈特曼只得命令升起全部帆裝，加快駛離，他寄希望於頂住兩支艦隊的夾擊，突出重圍，哈特曼認定，射擊窗口期並不長，特別是對突擊艦隊來說，只要能頂住兩輪縱射，衝出重圍的機率很高，但是哈特曼不知道，李北極根本沒寄希望於用炮戰解決問題，他的計劃是接舷戰，而接舷戰是合衆國的優勢。
荷蘭艦隊，特別是東印度公司的艦隊，限制於成本，配備的陸軍比較少，畢竟東印度公司也沒有多少合格的陸軍，而合衆國海軍不同，在建軍時期，海軍就面對一個擅長打接舷戰也勇於打接舷戰的對手，西班牙，而合衆國軍艦本身噸位大，空間足，所以配備有較多的陸戰隊員，更巧合的是，這次掩護運輸任務，還運送了兩個大隊的陸戰隊員，這些陸戰隊分散在所有的軍艦上，鷹艦隊六艘船上至少有六百人，這些陸戰隊員會給接舷戰帶來更多的繩索。
殺人鯨號最先與哈特曼的旗艦交錯而過，雙方的相對速度超過三節（主要是殺人鯨佔據上風，速度比較快），射擊窗口比較小，殺人鯨號有三十六門火炮，其中三十二門是側射火炮，也就是說，十六門火炮對準了哈特曼的旗艦，其中三門十八磅炮，十門十二磅炮和三門九磅炮（原設計是六磅，後加強爲九磅炮），按照李北極下達的戰術命令，每門火炮裝填兩門實心炮彈，進行一輪齊射，然後跳幫決勝，但殺人鯨號沒有射擊哈特曼的旗艦，那不是它的目標。
殺人鯨號繼續迫近哈特曼艦隊，一直到快接近哈特曼艦隊的三號艦的時候，纔是突然左轉向，撲了過去，與此同時，臺北號順序接近了哈特曼艦隊的旗艦，這艘重巡有四十四門火炮，四十門屬於側射火力，火炮甲板上十三門二十四磅寇菲林長炮塞了雙份的實心炮彈，而上層露天甲板上的七門十二磅炮則是實心炮彈與霰彈混裝，在臺北號將要撞哈特曼旗艦的那一刻，火控官下達了開火的命令，四十枚各式炮彈射向了這艘滿排只有七百噸的荷蘭巡航艦，在交火的時候，哈特曼的旗艦處於混亂之中，其火炮甲板上的炮手還不知道自己受到了夾擊，依舊在右舷忙碌着與獨角鯨號進行對射。
在接觸的一剎那，至少有三十枚炮彈命中了這艘巡航艦（沒有命中的是臺北號的船尾幾門炮，因爲臺北號太長了），而緊隨其後的就是船艉樓甲板上的陸戰隊員，他們用迴旋炮、燧發槍和手榴彈清理着荷蘭巡航艦上層甲板的敵人，而水手則在露天甲板把各類繩索抓鉤拋了過去。
第一批進攻的是臺北號上的武裝水手，他們手持刺刀、水手斧和手槍，利用繩索盪到了對面船上，製造了第一波混亂，而拉近的敵我艦船，則被搭上了跳板，披掛了板甲胸甲的長矛手陸戰隊員登船（隨船陸戰隊而非野戰部隊），突擊了敵艦的各個艙室，同樣的一幕在敵艦的二號和三號艦上也在上演，一時間，南中國海海面上，炮聲隆隆硝煙瀰漫，殺聲掩蓋了慘叫聲，而荷蘭巡航艦隊發生了巨大的混亂，四號艦想要解救旗艦，左轉之後，前去夾擊臺北號，但是沿途經過殺人鯨號和香港號的時候，就遭遇了炮擊，原來在提前裝填的時候，突擊艦隊兩面火炮都是裝填了，因爲陸戰隊的存在，許多水手無需參戰，得以在發現了敵艦行動後就開火。
四號艦可沒想到接舷戰中的敵艦還有如此火力，靠的太近，被打成了馬蜂窩，尤其是香港號和臺北號上的二十四磅炮，打的四號艦漏水，也意外成爲了這場海戰中第一艘沉沒的艦船。
四號艦的忠誠和英勇沒有換來好結局，反而是五號和六號兩艘四百五十噸級的中型巡航艦第一時間選擇了逃跑，其一直在後衛沒有參戰，甚至連發炮都沒有，順風轉向之後，直接航行向破襲艦隊方向。
可以說，哈特曼艦隊是在破襲艦隊的眼皮子底下被擊敗的，鷹艦隊的逆風轉向、絕命突擊和雙倍火力齊射、跳蕩接舷足足用了半個小時，但風速實在是太低了，破襲艦隊航行到戰場，足足需要四個小時，那個時候天色已經要黑了。
哈特曼很倒黴，這個穩重的荷蘭將領在發現鷹艦隊突擊的時候，選擇換上最華麗的禮服站在船艉樓上鼓勵全艦作戰，卻是被第一波的火力齊射打死，事後，陸戰隊沒有找到哈特曼的屍身，只有一隻握着斷劍的手可以確認是他的，哈特曼要麼被打成了露天甲板上那一大攤難辨的碎肉，要麼被撞到了海里，無論是什麼結局都是一個死。
鷹艦隊俘虜了多達七百名的荷蘭艦員，但船隻俘獲了兩艘，哈特曼的旗艦遭遇了臺北號和獨角鯨號的齊射，雖然不曾沉沒，但肋材打斷了太多，除非重建，否則沒有修復價值，兩根桅杆被打，失去了自主動力，最終被焚燬，其餘兩艘巡航艦倒是還有搶救價值，被俘獲後，前往了北大年修補。
一直到暮色降臨，鷹艦隊與荷蘭破襲艦隊也沒有交火，在天徹底黑之前，李北極下令撤退，消失在了暮色之中，第二天，就與荷蘭破襲艦隊脫離了目視接觸，李北極下令海王星號押送兩艘戰利船前往北大年，其餘南下去匯合運輸船隊，在接下來幾天裡，鷹艦隊都沒有發現荷蘭破襲艦隊，在與運輸船匯合之後也是如此，這讓李北極一直惴惴不安。
實際上，哈魯斯沒有指揮破襲艦隊繼續突擊，而是在夜色中脫離了目視接觸，駛往了馬六甲海峽，通過這條海峽，從蘇門答臘島的西側，繞行巽他海峽返回了巴達維亞。
林加島一戰，鷹艦隊大勝荷蘭巡航艦隊，解除了荷蘭艦隊中對運輸船和民船最大的威脅，實際上，如果這樣一支艦隊分散開來，對東西兩洋航線進行破交作戰，對合衆國造成的損失會更大。
在攔截運輸船隊失敗之後，荷蘭一方想要阻止合衆國在邦加島的港口建設，唯有進行艦隊決戰才行，但合衆國海軍拒不出戰，甚至不進入爪哇海，荷蘭艦隊也不想在遠離勢力範圍的地方參戰，最終讓林加島海戰奠定了合衆國前沿港口文島港的建成，也徹底把荷蘭艦隊的勢力範圍壓縮在了爪哇海一帶。