下橫檔島與上橫檔島之間相距不到三百米，陸戰隊拖拽上去的火炮得以直射上橫檔島山上山下兩座炮臺，這兩座炮臺有重炮五十四門，大半對準的是東航道這個主航道，少數對準的西航道，其南面是靠下橫檔島來協防，如今下橫檔島失陷，自然也就沒了屏障。
在下橫檔島失陷之後，負責兩島守備的許龍命人在上橫檔島南面構築了土木結構的炮壘，把三磅炮與一些較輕的紅夷炮轉移過來，相對於需要從戰艦上轉移火炮的海軍，清軍還是快了一步，雙方距離很近，又都是臨時構築的炮壘，炮戰中，擁有十八磅重炮的陸戰隊並未佔多大便宜，一直到四門重榴彈炮上島才佔據了上風。
二十四磅重榴彈炮擁有較大的長徑比，最遠射程超過了千米，雖然與直射的加農炮不能比精度，但可以躲在沙丘後面吊射清軍，重榴彈炮的炮彈射進清軍臨時構築的炮壘，把臨時組織的清軍炸的人仰馬翻，守衛西航道的山下炮臺也在重榴彈炮的射程之內，這座炮臺是葡萄牙人射擊的，射界開闊，位置良好，但也繼承了葡萄牙風格的缺點，沒有頂棚，曲線落下的榴彈炮能直接在炮手中爆炸，下橫檔島的榴彈炮壓制了清軍下橫檔島的西側炮位，而炮擊編隊則前出，在上橫檔島西南處於山下的橫檔炮臺對射，直接掩護陸戰隊登陸。
鐵鎖橫江，炮擊編隊的位置並不好，遭遇了清軍橫檔炮臺和航道西側的鞏固炮臺的交叉火力，雖然炮擊編隊擁有重型火炮，雙方火炮數量對比是二百三十四比三十五，但仍舊不能佔據上風，這個時代的炮戰就是如此，渾身長滿重炮的戰列艦也沒法和炮臺對射。
一直到烏穆派遣了單桅臼炮艇參戰，單桅臼炮艇是由雙桅船改造來的，前面的桅杆完全去掉，內部經過加固之後，佈置了一門十英寸臼炮，這門臼炮可以把五十公斤重的榴彈打出兩千五百米，兩艘單桅臼炮艇就壓制住了西岸的鞏固炮臺，烏穆主持了營級登陸，順利佔據了被打的七零八碎的橫檔炮臺，然而在炮戰中，損失了一艘加萊賽槳帆戰艦五步蛇號。
滿洲人很愛學習軍事技術，他們從明軍手裡接觸了大炮，很快就製造出比明軍還要精良的火炮，在廣東同樣如此，葡萄牙人爲他們構築炮臺、鑄造火炮而炮術和炮彈卻師承自荷蘭人，在清軍炮臺使用的彈種中，不僅有實心炮彈、鏈彈和霰彈這類大陸貨，還有使用燒熔彈這類破壞力十足的彈種，五步蛇號就是被一枚燒紅的實心炮彈擊中，因爲損管不到位，引燃了炮甲板上的火藥，雖然艦長下達的棄艦命令很及時，但仍舊造成了海軍三十七名官兵喪生。
當然，這個傷亡數字專指艦船上的水手、炮手、軍官和陸戰隊員，五步蛇號划槳艙裡那三百八十人的奴隸槳手就沒有幾個活下來，但在當時的統計中，這不是傷亡，而是國有財產的損失。
在使用燒熔彈方面，炮臺比戰艦有優勢，即便是專業程度最高的戰列艦官兵，也不敢在這種情況下使用這類危險的彈藥。
攻擊橫檔山炮臺就吃力的多，這是橫檔島的主炮臺，清軍在葡萄牙人設計的炮臺上加固了城牆、壕溝，佈置了火繩槍手，一直到榴彈炮登陸之後，才壓制了敵方火力，但攻佔了橫檔炮臺之後，就控制了操作西航道橫江鐵鎖的操作間，這條鎖鏈直接被斬斷扔到江裡，使得炮擊艦隊得以繼續北上，進入獅子洋。
橫檔山後的軍營暴露在了炮擊艦隊面前，而航道更深處的大虎炮臺距離太遠，掩護不住他們，或許是清軍對於炮臺加橫江鎖鏈的防禦體系很信任，所以能掩護橫檔島的豬頭山上沒有佈設兵力。
清軍水師的地位很低，除了炮臺裡的海防炮，他們幾乎沒有什麼像樣的武器，登陸的陸戰隊遭遇了少數鳥銃和三眼銃的反擊，特別是西岸鞏固炮臺的登陸戰，陸戰隊士兵的刺刀一亮，清軍便是逃跑了，陸戰隊用炸藥和硫酸破壞了鞏固炮臺裡的火炮，撤離了西岸，而橫檔島上陸戰隊則進攻無果之後，先攻上了橫檔山的山頂，在山頂居高臨下，用線膛槍和輕榴彈炮教訓主炮臺裡的清軍，最終佔領了整個橫檔島，切斷了所有的橫江鐵鎖，珠江口航道對海軍門戶大開。
一天的戰鬥結束，盟軍水上力量攻佔、摧毀了五座炮臺，打開了深入珠江的航道，明眼人都能看出來，下一步，海軍將會攻打威遠炮臺，繼而是虎門城，徹底解除清軍水師的威脅，而在第二天的凌晨，清軍水師的反擊趕到。
清軍水師沒有什麼大船，多是舢板、八槳船這類小船，所以清軍一開始便是想打亂戰，因此在夜晚行軍，凌晨偷襲，指揮水戰的是瓊藩水師大帥黃蜚，在過去剿滅廣東海賊之中，合衆國南方戰區海軍與其有長期合作，按照雙方一貫作風，平日海軍與明軍水師各自發展各自管理，在戰時則交叉指揮，瓊藩水師中的加列船和少數的風帆戰艦編列到南方戰區海軍艦隊中，海軍中的划槳小船則編列到黃蜚的內河艦隊中，而在指揮上，風帆戰艦和加萊賽炮艦由南方艦隊指揮，而其餘包括加列船在內的划槳船則由黃蜚指揮。
黃蜚指揮下的加列船就有二十四艘，另有快蟹十八艘、至於舢板這類小船，足有二百餘，瓊藩和鄭藩把大量擅長水戰的士兵加入其中，實力不容小覷，清軍兵力無法與內河艦隊媲美，廣東水師張國勳部只有五千人，南頭水師營不到兩千人，這些人還要負責虎門防禦體系，兵力肯定不如黃蜚，技戰術也不可能是這些老兵的對手，清軍水師依仗的除了順流優勢，便是來自高層的厚賞。
滿洲人素來不吝賞賜，特別是在戰時，若得首功，便可賞五百兩，直接成爲參將，黑眼珠最見不得銀子，一面是滿洲太君壓陣的大刀，一面是高官厚賞，清軍水師爆發出了充足的戰力，也得到定藩名下廣西綠營的支持，張國勳親自帶隊，親率各部出擊，他選擇了東航道，而不是錨泊有炮擊艦隊的西航道，在這一點上，張國勳與許龍有了衝突，許龍力主攻擊炮擊艦隊的，但綠營出身的二把刀張國勳面對滿是炮窗的戰列艦害怕了，直撲主航道的內河艦隊。
張國勳不知道，水戰中，戰列艦這類巨型船隻比舢板好大的多，這個道理許龍明白，但他地位不如張國勳這位平藩的近身奴才。
水戰從獅子洋打到了伶仃洋，數百艘大小戰船來來回回亂戰，在平緩的珠江入海口，如此多的戰艦幾乎談不上什麼指揮，亂戰中，火槍比火炮更管用，乘坐舢板小船的明軍手持火繩槍，突然逼近，打一輪齊射，便是脫離，在戰場上耍的不亦樂乎，加列船這類大型槳帆艦有些轉圜不開，只得是哪裡船多衝哪裡，用堅固的船身當炮臺，在敵羣中迸發出了充足的戰力，但是面對火攻船也只能飲恨。
內河艦隊的士兵多是明軍，瓊藩和鄭藩居多，也有不少原舟山藩鎮的人加入其中，這些人踊躍參戰，全因海軍開出的厚賞，斬首一級便是賞賜三十兩，擒獲一艘戰船便是百兩，明軍清苦人盡皆知，此番厚賞，也是嗷嗷直叫，有些沒船的清軍甚至藉着陸戰隊上岸休整的機會，把陸戰隊內河艦隊的舢板、快蟹開走了，鏖戰之時，一些軍將跑去炮擊艦隊，把戰列艦和槳帆炮艦上的大艇、小艇和交通艇一股腦的強借了去，加入了戰團，盟軍水師聯軍中，會划船的幾乎都參戰了，海軍一時都有些不知所措。
內河水戰打了一天，最後百十艘戰船追着清軍水師十幾艘小船在水面上狂奔，這一幕被大虎山炮臺上的清軍看到，隨意開了幾炮，對得起北京福臨給的軍餉，也就乘船跑了，清軍一下丟了航道中最後一個據點。
水戰之中，許龍被生擒，張國勳被殺，許龍被黃蜚親手斬下腦袋，傳首全軍，與首級一起派下去的還有海量的賞金，烏穆命令青龍號戰列艦的艦長在主桅杆頂桅上綁了一把笤帚，告訴所有人，我們已經把珠江口清掃乾淨了。
主帥陣亡，虎門要塞人心惶惶，前線的博洛給虎門派遣了三百滿洲兵來，希望可以穩定軍心，威遠炮臺抵抗意志很薄弱，派遣使者前來請降，烏穆能給出的也就是銀錢、田宅等條件，而那位參將想繼續當官，無奈之下，把使者送到了黃蜚面前，黃蜚給守軍主帥開出了參將銜，另有三千兩賞賜，瓊州五百畝上好水稻田，當晚，那綠營參將率軍與新來的滿洲八旗太君大打了一場，用三十多個滿洲人頭多換了兩千兩的白銀，黃蜚率人攻佔了威遠炮臺，並且在兩日後圍困了虎門要塞。
虎門要塞還算堅固，滿洲兵和平藩的藩下兵防守，進攻要塞的是鄭彩部，烏穆支援了他一個營的陸戰隊，並且把臼炮艇交給了他，烏穆的目標可不是虎門，虎門的東面和北面是大嶺山，這裡早已不是清軍廣州通往深圳大營的糧道，想要斷清軍脊樑，還是要攻佔東莞，只要攻佔東莞，憑此雄城和遼闊的東江，深圳與廣州的聯繫就徹底斷了。
烏穆把軍隊分爲兩部分，其中一部分是陸軍第二師的一個旅和一個騎兵團，匯同舟橋、炮兵和工兵，與黃蜚部一起登陸，由多亞指揮，從陸地前往東莞城，而他與黃蜚親率水師繼續從珠江航道北上，烏穆的意圖很簡單，先切斷廣州與東莞、深圳的聯繫。
深圳大營需要的各類物資從廣州出發，無論如何都要渡過東江才能前往深圳，而東江入口因爲在珠江三角洲，港汊縱橫，在珠江主航道，自然需要渡船，而在一些輔航道和港汊則用橋樑居多，烏穆把內河艦隊編列，從中挑選排水量較小的快蟹、長龍和舢板，進入小航道，遇到浮橋、渡口燒掉，橋樑拆的只剩橋墩，而黃蜚則率領加列船這類大型划槳船進入珠江東航道，隔絕東西交通。
而烏穆則親率陸戰隊乘船進入東江南支流航道，在楊公洲一帶登陸，率領陸戰旅直撲東莞城下，各部兵馬於三月十二日匯聚在了東莞城下，其中合衆國海陸軍一萬兩千人，瓊藩七千餘，鄭藩四千餘，合計兵馬兩萬五，另有重炮十八門，當日便開始進攻東莞。
東莞守將是平藩右翼都統許爾顯，在博洛南下兩廣之後，因爲所帶兵馬不多，兩廣會戰多仰仗兩廣三漢藩，博洛發現，時移世易，如今的三漢藩已經不是當年南下時候，聽到多爾袞要查逃奴，藩主就害怕到自殺的三漢藩了，滿清部隊在北洋戰場多敗於合衆國軍，連多爾袞都是戰死，而李定國在西南兩蹶名王，滿清對三漢藩越發倚重，而三漢藩也越發不懼，在兩廣會戰中，就表現出漢藩出工不出力。
這個當口，博洛可不會惹出內亂來，爲了更好的指揮漢藩，博洛耍了滑頭，博洛發現，在孔有德和耿仲明死後，同氣連枝的三漢藩中，威望最盛的就是尚可喜，有他在，無論是代領定藩的線國安，還是繼承藩主爵位的耿繼茂都唯其馬首是瞻，因爲博洛第一件事就是調離尚可喜。
博洛告知尚可喜，兩廣會戰，戰端三開，粵西、廣西和深圳皆是開打，廣州乃核心之地，不可無人坐鎮，因此要求尚可喜統帥深圳大營兵馬，他回廣州坐鎮，尚可喜哪裡肯同意，深圳會戰關乎全局，他承擔不起失敗的責任，尚可喜不知，這是博洛以退爲進的計謀，既然尚可喜不願坐鎮深圳大營，那博洛就讓他帶了部分藩下兵去了廣州，把三漢藩精銳留下來，最後形成了耿繼茂輔佐博洛，線國安在新安防海，尚可喜廣州坐鎮的局面，尚可喜負責支援前線糧草，因此東莞也就由其負責。
許爾顯受尚可喜之命防守東莞，他麾下只有右翼綠營八千兵馬，後虎門開戰，博洛調遣了惠州總兵李士璉等綠營協防，也不過一萬五千人，局勢岌岌可危。
李明勳率領盟軍猛攻清軍大營，牢牢牽制住大營裡的清軍，而黃蜚在東江水道縱橫來往，擋住了廣州來的援軍，東莞雖爲腹地之城，卻已經是孤城了。