次日黃昏，大風驟起，揚沙漫天，沙塵暴再次席捲而來。
昏黃的天幕下，正準備趁着風沙暫停後轉移的北元朝廷君臣，正在帳篷中設宴歡慶，他們毫無戒備，酒酣耳熱，完全未料到明軍的鐵蹄已悄然逼近。
突然間，驚恐的喊叫聲劃破了夜空，帳篷的簾子被掀開，一個萬戶告知了他們明軍來襲的消息。
北元朝廷的君臣們頓時亂成一團，酒杯翻倒，樂聲戛然而止。
見衆人面色如土，太尉蠻子雖然此刻已喝得面紅耳赤，然而他身經百戰，臨危不亂，仍然保持着幾分軍人的決斷。
他猛地站起身，大聲呼喝着：“你們快帶着傳國玉璽護着陛下先走，我帶着兵馬斷後！”
說完，他拔出腰間佩刀，大步流星地衝出帳篷。
漫天風沙裡，北元營地已經亂成了一鍋粥。
士卒們本來正忙着牽馬備鞍，整理輜重，準備繼續向西轉移，然而明軍的奇襲卻打亂了他們的一切計劃。
喊叫聲、馬嘶聲、兵刃交接聲此起彼伏，匯成一片嘈雜。
太尉蠻子竭盡全力組織士兵前往轅門進行抵抗，然而風沙太大，視線模糊，他們根本無法形成有效的陣型。
就在這時，突然傳來了“砰砰砰”的聲音，似乎是某種重物撞擊的聲響。
緊接着，大量士卒在沒有任何徵兆的情況下紛紛倒地，悶響聲不絕於耳。
北元士卒們驚恐萬狀，以爲明軍的火銃是有人施展了妖法.畢竟，他們怎麼也想不到，在火繩根本點不着的大風天氣裡，怎麼可能有人用火銃呢？
北元士卒四散奔逃，他們一邊逃跑一邊呼喊着。
“長生天在上！巫師在哪？”
“是妖法！明軍有妖法！”
恐慌和絕望的情緒，籠罩着整個北元營地的轅門。
太尉蠻子見狀大怒，揮刀砍倒了一個逃跑的北元士卒，試圖穩住軍心。
然而下一刻，風沙裡便衝出了無數猶如鬼魅般的明軍重騎，他們身着扎甲，手持長斧、馬槊，勢如破竹般殺入北元營地。
武定侯郭英更是一馬當先，手起斧落，一斧便斫下了太尉蠻子的頭顱。
太尉蠻子的頭顱高高地飛了起來，雙眼圓睜，死不瞑目他到死都沒有想到，自己竟然會敗得如此之慘。
失去了太尉蠻子的組織，北元營地轅門處的抵抗頓時如同蟻羣潰散一般消失，而營地裡其他地方的萬戶、千戶們，有的還在自覺地嘗試，試圖組織起一星半點有效的抵抗。
但很快，一陣震耳欲聾的馬蹄聲響起，明軍大股大股的輕騎兵如同風暴般席捲而來，他們的鎧甲在風沙中閃爍着冷冽的光芒，長刀在空中劃出一道道致命的弧線，每一次揮砍都伴隨着血肉的飛濺和北元士卒的慘叫，猶如閻王的勾魂使者正在無情地收割着生命一般。
一名鼓起餘勇的北元萬戶竭盡全力揮舞着彎刀，試圖擋住明軍的進攻，然而，他的力量在明軍輕騎的衝鋒下顯得如此微不足道，一名明軍輕騎兵猛地揮起長矛，藉着戰馬的加速度，矛頭狠狠地刺向他的胸膛，這名萬戶慘叫一聲，倒在了血泊之中。
他麾下的北元士卒們見狀，更加驚恐萬分，他們紛紛潰散，四處奔逃，然而明軍輕騎的鐵蹄卻緊緊追趕着他們，有的士卒被明軍輕騎兵追上，瞬間被長矛刺穿身體；有的士卒在慌亂中跌倒在地，被明軍戰馬踐踏成肉泥。
整個營地變成了一片血腥的屠場，到處都是殘肢斷臂和呻吟聲。
風沙之中，明軍士兵們的身影變得模糊而詭異，彷彿是從地獄中涌出的惡魔，他們的眼中閃爍着嗜血的光芒，每一次揮刀都充滿了力量，他們的戰馬在戰場上狂奔，鐵蹄踏碎了一切阻擋在前的障礙。
直到逼近汗帳，蒙古人的抵抗才激烈了起來，騎兵難以繼續進攻，明軍調來了火銃手，將防守汗帳的怯薛軍士卒排隊銃斃。
“砰砰砰！” 在明軍火銃強大的火力殺傷下，最終，最後一名怯薛軍士卒也倒下了。
北元朝廷的九斿白纛在風沙中搖搖欲墜，很快就被明軍合力用大斧砍倒，而九斿白纛的轟然倒下，也成爲了此戰明軍勝利的象徵。
這面傳承自成吉思汗的大纛，已經有上百年未曾隕落了。
北元士卒們的抵抗意志徹底瓦解，有的人則呆立在原地，如同待宰的羔羊般不知所措，任由明軍宰割；有的人則驚慌失措忙着逃命，甚至很多人在慌亂中爲了一條狹窄的逃生通道相互踐踏，這些蒙古勇士，怒罵着向自己人揮刀。
這場戰鬥持續了整整一夜，直到風沙漸息，天色微明。
北元營地已經變成了一片廢墟，到處都是燃燒的火光和濃重的血腥味，天元帝也在這一片混亂中失去了蹤影，不知所蹤。
整個北元營地變成了一片血腥的屠場，屠戮過後，唯有明軍的旗幟在風沙中獵獵作響。
明軍士兵們疲憊不堪地在戰場上收攏俘虜，歸攏牛羊駱駝馬匹等牲畜，他們的臉上身上都沾滿了血跡和沙塵。
然而，當看到成羣結隊的北元朝廷官吏、后妃、宮女被牽出來，每個人都是興奮的，這是一場必然會載入史冊的大捷，也是漢家兒郎自靖康之恥後，第一次如此深入漠北，覆滅仇敵！
經此一戰，北元當場戰死數千精銳，七萬七千多人與四萬七千匹戰馬被明軍所俘獲，除此以外，還有十二萬匹牛羊駱駝和三千多輜重車輛，也一併淪爲了明軍的戰利品。
北元朝廷的絕大部分官吏，以及天元帝的全部后妃、公主，以及次子地保奴都未能逃脫，天元帝脫古思帖木兒只與太子天保奴、知院捏怯來、右丞相失烈門等數十騎衝破包圍圈逃走。
而且，最重要的是，當年經歷過嶺北之戰的兩支精兵，也就是元廷禁衛軍，以及由王保保之弟脫因帖木兒帶領的王保保舊部，在這場戰鬥中，徹底灰飛煙滅了。
而沒了正規軍、官吏、印璽、牌敕、圖書、典籍、檔案等等從中原一路帶過來的家底的北元，已經從政權組織上，無法稱之爲帝國了，而是徹底被打回了部落形態。
縱然如此，藍玉也沒打算放過他們，率軍一路向西追了上去。
而本來作爲前鋒的太師哈剌章的部衆，僥倖躲過了捕魚兒海之戰，這時候卻被天元帝留下來斷後，可哈剌章所部哪裡是明軍的對手？藍玉縱兵大破其部，俘虜了男女老弱共四萬餘人，牲畜八萬餘匹。
不過，哈剌章還是爲天元帝爭取到了足夠的時間，畢竟，兩次大勝，明軍不得不面臨着收攏和管理大量俘虜的問題。
饒是如此，藍玉還是派餘通淵所部精騎一直向西追了上千裡，追到了臚朐河（今克魯淪河），而在臚朐河畔，餘通淵得知了天元帝的死訊。
天元帝脫古思帖木兒向西逃跑，還沒跑到哈拉和林，就遇到了被也速迭兒擊潰的左丞相咬住，前有狼後有虎的天元帝等人被逼的沒辦法，帶領僅剩的三千餘騎準備先向南再向西，拼死穿越也速迭兒的地盤，投奔在金山放牧的太師闊闊帖木兒所部.身後有十幾萬明軍在追，天元帝覺得往後跑明軍不會放過他，但繞路往衝，草原廣闊，也速迭兒卻不見得能完全堵住他。
天元帝的計劃本來成功了，他們從南方繞開了瓦剌人的截擊，繼而轉頭向西，可惜天降大雪減緩了他們的行軍速度，也速迭兒趁大雪封路之機，派遣火兒忽答率兵追上了天元帝，經過一番激戰，隨後用弓弦縊死了天元帝，殺了太子天保奴，奪走了傳國玉璽，也速迭兒正式稱汗。
而這也意味着，也速迭兒和瓦剌人，成爲了大明的下一個打擊目標。
得知了天元帝的死訊，以及也速迭兒率部向西遷徙上千裡躲避明軍的信息以後，因爲俘虜了十萬餘人，導致消耗大幅增加、補給即將耗盡的藍玉正式班師。
臨行前，藍玉下令把無法帶走的皮甲堆成了一座座小山，放火付之一炬。
皮革燒焦的濃煙沖天而起，蒙古鐵騎縱橫四海打下的赫赫威名，也在熊熊燃燒着的火焰之中徹底湮滅。
而對於大明而言，這不單單是一次重大的軍事勝利，更是國家統一的重要里程碑。
隨着北元朝廷的徹底覆滅，蒙古人統治中原的法統也隨之消失，經歷過元末亂世的中原百姓，不用擔心有朝一日元朝會再次回來，元朝的歷史，已經被畫上了句號。
同樣，由於北元殘餘勢力一直盤踞在北方邊境，不僅對大明北方邊境的安全構成嚴重威脅，而且也影響着北地的人心.北地漢人從靖康以來已經胡化了數百年之久，北地不乏對元朝心心念念之人，而捕魚兒海之戰的勝利，使明朝得以徹底清除這一民心隱患。
同時，明軍新裝備的無線電臺、千里鏡、燧發銃，也在捕魚兒海之戰中經歷了實戰的檢驗備受好評，明軍將領無不對聖孫的貢獻交口稱讚。
而天元帝脫古思帖木兒的身死，也讓弒君上位的也速迭兒無法服衆，蒙古諸部內部很快就陷入了連綿不斷的內訌之中，徹底分裂爲了瓦剌、韃靼、兀良哈三大部和無數小部。