這一邊，何進的士兵很輕鬆地就攻破了蒼龍門，大舉涌入南宮之中。進了宮後，何進沉着地分兵派去攻下和控制住每一座宮殿，凡是膽敢反抗的，亦或是身披鎧甲、手持兵器的，一律就地誅殺。當然何進也沒有忘了何皇后和劉辯，他派何苗前去保護長秋宮。
何皇后一覺醒來，仍舊掙扎在對劉範的厭棄怨恨之中的她，突然聽見一陣巨響，然後緊接着便聽着南宮南邊傳來了聲勢浩大的喊殺聲。何皇后第一反應是慌亂，但也很快冷靜下來。她不能肯定外面的動亂是誰發起，更不能確定是誰取勝，所以再三思考後她決定不捨身犯險，儘量保護好自己。於是她命令宮中的宦官宮女把長秋宮的大小門戶全都封閉起來，用重物牢牢堵上。
聽着外面越來越大、越來越近的喊殺聲，何皇后驚恐萬分，把兒子劉辯緊緊地抱在懷裡。但很快，一名宮女從外跑進來，告訴她，門外傳來了車騎將軍何苗的聲音。何皇后喜出望外，趕緊跑到了宮門那，命令宦官們打開宮門，她一看果然是她的二兄趕到了。何苗將一切的事簡短地告訴了何皇后，她才知道劉宏居然已經死了，蹇碩居然意圖作亂。
但她很快想到，現在劉宏已死、蹇碩已敗，正是她的兒子劉辯繼位的最佳時機。於是她命令何苗派人去控制住尚書檯，並派人去叫尚書令曹操回來，命他在尚書檯下令百官入朝。而她，則帶着劉辯跟着何苗走出長秋宮，一同趕去與何進匯合。很快他們便同何進匯合一處，這時，何進也已經完全控制住了整個南宮，配合着控制複道的袁術，一同把蹇碩和畢嵐的殘兵敗將包圍起來。
蹇碩和畢嵐此時圍在正中，殘兵敗將還剩三百餘，他們瑟瑟發抖地面對着數十倍的何進的軍隊。
何進從人羣中走出，高喊道：“蹇碩、畢嵐，事已至此，何不投降？！”
蹇碩早已狼狽得是衣冠不整、披頭散髮，他知道到了這般地步，西園軍大概早已讓何進給控制住了，他再也無法爲劉宏完成遺願了。絕望之下，蹇碩仰天長嘆，雙目淚下，哭聲蒼涼。他面朝着北方頹然跪下，大哭道：“陛下，老奴有負陛下厚恩，這便來九泉之下陪伴陛下！”
說着，他憤然揚起佩刀來，在脖子上一拉，立即鮮血泵濺。而後蹇碩向着北方，無力地倒下了。眼睜睜地看着蹇碩自盡，畢嵐悲痛欲絕。他又顧念到追隨他們二人的衆多的士兵，對何進指着他的士兵，慨然說：“此事發起，皆由我二人所爲，與他們無干。我事已敗，你既已勝，願存憐憫之心，勿復遷怒無辜之人。”
還沒等何進回答，畢嵐也面朝嘉德殿的方向跪下，哭喊道：“陛下、蹇兄，畢嵐亦來矣！”說着，他雙手反握彎刀，奮力刺入腹中。刀尖從他的後背露出，畢嵐隨即口噴鮮血，無力倒下。
何進、何苗、何皇后本以爲可以生擒二人，卻沒想到二人求死之慾有如此強烈，竟然當場自盡，無不震驚萬分。但袁術還是勸動了何進，將蹇碩和畢嵐最後的士兵也盡數誅殺。
除掉了二人後，何進從畢嵐懷裡得到了遺詔。打開遺詔後見了裡面的內容，看得他一陣惡寒。他才知道，原來這一切其實都是劉宏指使的，心中對已死的劉宏十分怨恨。
何進又命士兵在宮中大肆搜捕蹇碩與畢嵐的心腹，趁亂一同殺掉。此時袁紹勸諫何進，應當趁此機會，把宮中宦官全都集中抓捕起來，再集中誅殺掉，永絕後患。正躊躇滿志的何進很快便接受了袁紹的建議，派何苗去把所有宦官全都抓捕起來，押送到這裡來。
很快，何苗的兵士便把一羣羣宦官，用長繩給一同捆住，押送到了複道之前。何皇后本來並不阻攔，但卻看見宋典、孫璋、高望等人也在其中。而且她也知道，基本上所有幸存下來的宦官，其實都是他們的心腹部下。
在這場宮變中，她清楚地看到掌握着龐大軍隊的何進的強大。她更清楚的是，將來他會成爲下一個樑冀，執掌朝政。何憶開始擔憂，何進在此時就已經如此強大和跋扈，在執掌大權之後，還會不會如往常一樣遵從她這個將來的太后的命令？會不會如同樑冀一樣，如果即將成爲皇帝的劉辯不聽他的話，也毒殺皇帝、同時也是他的親外甥？
況且在前不久，宋典、孫璋、高望、段硅、韓悝等人曾經爲她求情，這說明他們有極大的可能會投靠於她。留下他們，或許對於她將來會有不小的幫助。
有了這些擔憂，何憶明白她該怎麼做了。何憶便冷冷地道：“重用宦官，本是漢朝制度。如若殺盡，宮中誰來值守從事？蹇碩與畢嵐已死，我等已再無威脅。若再行無名殺戮，豈不是叫百官恐懼，動搖其心邪？”
“這……”聽了何皇后的話，何進開始猶豫了。
一旁的車騎將軍何苗是一向最聽何憶的話，他迅速附和道：“娘娘說的極是，我等現在當務之急，是必須儘快召集羣臣到嘉德殿，在大行皇帝面前，宣讀遺詔，讓辯兒順利繼位。此時若再殺盡宦官，只恐三公九卿等便要懷疑我等乃篡位了。”
袁紹卻堅持說：“娘娘，宦官爲禍已久，流毒久遠。自光武帝以來，敗在宦官手下而被誅滅的漢家外戚，難道還少嗎？此時正是一舉剷除宦官的最佳時機，只要殺盡宦官，漢家幸甚，天下幸甚！願娘娘思之！”
何憶不滿地冷哼一聲，說：“袁本初，當初你們袁氏不也是攀上了宦官，甚至有人認宦官爲叔父，才能保存至今嗎？若沒有宦官，你們袁氏做得到四世三公嗎？怎麼？昨日才承了宦官的恩惠，今日便出爾反爾了？”
袁紹慚愧得漲紅了臉，說不出話來。
何皇后又對何進道：“兄長，別忘了當初你也是得宦官看重，他們才肯把本宮送進宮裡。否則我們何氏能有今日嗎？今日我等已經血洗宮廷，沒有了蹇碩與畢嵐，誰還能威脅到我等？”