很多人對魯迅振聾發聵的“吶喊”有意見，去教育部門口請願，教育總長嚴復的壓力很大，只好去總統府找李經述。李經述也不含糊，讓人把魯迅也叫到辦公室，三人在會議室裡閉門長談。
嚴復跟李經述彙報了魯迅的三篇文章的主要內容，說：“最近別有用心的人把這三篇文章發給國會議員們傳閱，還說魯迅把教育部搞得烏煙瘴氣，人心惶惶。”
李經述對嚴復說：“這幾篇文章觀點不錯，我已經看過了。魯迅在教育部升官，是我欽點的。那些別有用心的人，是針對我的嗎？”
“那倒沒人敢。”嚴復回答說：“主要還是現在是社會轉型時期，中西文化碰撞，一些人的思想有點混亂。我個人對魯迅倒沒有什麼意見，只是底下的人意見很大，說他批評人不留情面。”
李經述聽了很不高興，變了臉色，說：“你們教育部門，乃是清水衙門，但木秀於林，風必摧之，這個風氣不好。我看魯迅的文章，比如第一篇文章，講的就很好，批評你們教育部編纂的歷史教科書有問題，我覺得他說的還不夠。我也看了你們組織專家編撰的歷史教科書，我一般都是不干涉你們的工作，但真是如魯迅所說，死抱着傳統的臭裹腳布，又臭又長。除了一些年月日，枯燥的數字和事件，很多歷史指導思想都是有問題。”
“鄙人才疏學淺，實在惶恐。”嚴復聽到李經述的批評口氣很嚴厲，額頭直冒冷汗，小聲問道：“大總統能不能說得具體一點，我們好改正。”
“你啊，不是學問不夠，我看你是當官當久了，有了官架子。”李經述說：“比如太平天國這一段歷史，我們後人該如何看？不能出於民族革命的政治需要，就加以美化吹噓。要向魯迅說的那樣，以人性爲尺度，去客觀評判這段歷史。不僅洪秀全本人荒淫無恥，殘暴愚民，後宮佳麗幾千人，以他爲首的太平軍造反，造成中華民族一次歷史性大災難。僅蘇、浙、皖、贛、閩五省，人口死亡就多達四五千萬。中國當時最富庶的江南地區，經濟受到極慘重的打擊。原來的沙皇俄國還趁清政府與太平軍作你死我活的搏鬥時東北與華北兵力空虛，侵佔黑龍江以北、外興安嶺以南60多萬平方公里的土地。如何認識洪秀全及太平軍那段歷史，我個人認爲，必須尊重歷史事實，必須以是否有利於人民福祉、社會文明進步爲準則。”
嚴復說：“大總統說得對。不過也有一些專家學者說太平天國曾經舉起過‘官兵平等、男女平等’之類的旗號，定都天京之後，還頒佈過《資政新篇》，這在當時的中國算是相當先進的思想。”
李經述笑道：“那些個磚家，只會在歷史資料裡研究學問，應該關到牛棚裡去！評價一個人，重要的不是他說了什麼，而要看他幹了什麼。更何況《資政新篇》，開篇就是‘天父天兄綱常，太平一統江山萬萬年也’。洪秀全他們剛剛定都南京，就露出了他們自私、狹隘、貪圖享樂、不思進取的劣根性。在洪秀全的眼裡，婦女都是他的玩物和奴隸，根本就不把婦女當人看。天王府連太監也不設，妃嬪加上服役的女官，總計有二千三百多名美女，陪侍洪秀全一個男人。你再看看他寫的那些噁心的淫詩，什麼狗屁東西。這些還能算是先進的東西？”
魯迅在旁邊站了半響，沒有吭聲，這時也忍不住插話對他們說：“嚴總長，大總統說得對，洪秀全有兩大罪，一是走了以往中國幾千年的造反者的老路，封建迷信起家，迷惑了無數善良的老百姓；二是放任太平軍對無辜百姓的殘殺，太平天國十幾年中國死了幾千萬百姓！至於選妃、猜忌濫殺功臣，和這大罪相比，反而是小事了。還有很多歷史人物，我覺得也是要重新評價的，比如張獻忠，這個王八蛋，不投降的殺，投降的也要殺，官兵殺，普通老百姓也要殺，不聽話的殺，聽話的也要殺；在四川搞個大西政權短短兩年，天府之國被他殺成人間地獄，豬狗不如，不能因爲他造反就美化他。”
李經述點點頭，對嚴復說：“嚴總長，這歷史教科書的問題很大，我準備讓魯迅分管教材司，主持重修歷史教材。這不是跟你商量，是要你馬上去辦的事。中國社會還需要進一步解放思想。”
嚴復這時頭上已經直冒冷汗，惶恐地說：“既然大總統有此意，我沒有意見。”
李經述那天有點累了，就對嚴復說：“今天就討論到這。至於魯迅批判傳統文化和道德的事，我去拜訪魯迅時，就跟他談過。他的這些觀點，我很欣賞，有時間我會去國會作一場報告，解放大家的思想。”
這次談話，李經述實際上表示了對魯迅的大力支持，還讓他主持重新修史，嚴復一回到教育部，就開會傳達了李經述的指示，魯迅在教育部惹的風波迅速平息了下去。
有了李經述的支持，魯迅對中國文明和世界文化的鑽研更加沒有禁區，思想的鋒芒也更加銳利，他更加深刻反思起中國的“黃金時代”：從1895年到1910年，可以說是中國經濟發展的“黃金時代”。當時也沒有哪個國家對中國搞技術封鎖，中國積極引進世界上最先進的技術，還有頂尖人才，經濟多年連續實現兩位數增長。中國各地迅速進行着工業化和現代化，城市裡高樓大廈拔地而起，公路和鐵路不斷延伸。北京、上海、廣州、哈爾濱等都發展成現代化大城市，富人和中產階級的吃穿用度幾乎與歐美國家無異，社會文化空前開放。
但是，儘管總統李經述和內閣總理盛宣懷大力推行各項政府改革，後來的財政總長席家棟也很懂經濟，但中國現代化的起點之低，不是李經述這個雄心勃勃的大總統和各級政府官員所能決定的。同其他歷史悠久的文明一樣，中華文明的轉型比較慢。中華帝國繼承下來的晚清帝國，總的來說是貧困和落後的，民衆愚昧，舊官僚階層腐朽守舊，絕大部分人口都是文盲，鄉紳地主仍掌握國家的文化和經濟命脈，直到商人階層的迅速崛起。
“黃金時代”的快速改革，觸動了傳統地主鄉紳階層的利益，特別是土地改革，將大量他們擁有的土地通過國家債券贖買的方式，分配給了無地農民。而且工商立國帶來的各種思想衝擊，比如自由、平等、法治，將他們這些人逐漸邊緣化，他們對日益物慾橫流的社會，感覺到無所適從。魯迅是一位大思想家，想爲“黃金時代”的中華帝國開出思想的藥方，他隨即在《華報》上寫文章鼓吹“功利的道德”和“個人主義”的哲學思想。
魯迅在《功利的道德》中說：“這篇文章的觀點，比如道德和功利的關係，倒不是我的首創。一般人總認爲，道德就是不講功利。實際上這就錯了，功利恰恰是討論道德的基礎。功利主義的道德觀，有基於神學的，也有基於人天性的、遺傳的，在邏輯上能成爲一個系統。英國的大哲學家邊沁十八世紀就說，道德實際上是大家的利益。簡單地說，世上的事情分爲利人利己、損人利己、損己利人、損人損己四種，最好的一種情況，從全社會來講是利人利己。雖然從道德來講損己利人是最好，但這也是最不現實的。這一點我深有領會，最近我和二弟周作人之間鬧矛盾，這讓我徹底明白過來：所謂社會道德問題，都是僞問題，主要還是私利問題。我們兄弟，尚且都有各自的私利，何況社會。
我們的先賢崇尚道德教化，然而道德實在算不上什麼高大上之物。道德不過是自利的產物，在根本上，道德源於對於私利的追求。民衆不講衛生是因爲公用垃圾桶不夠，隨地大小便是因爲公廁不足，官員貪污是因爲權力約束機制不夠，一個社會如果從道德上做文章，就永遠難以進步。官辦的企業，享受着各種稅收優惠，賣油的年年虧，修鐵路也虧，甚至公路收費的也出現虧損的怪事。一個社會的道德水平，跟國民素質關係非淺，更與經濟資源配置的公平度息息相關。
老百姓一睜眼全是柴米油鹽醬醋茶，經濟纔是人類的天然屬性。道德不是決定人的行爲的關鍵，相反，道德本身倒是需要給出解釋的。利己和利他行爲都不過是特定製度約束下個人追求私利的產物。制度、也只有制度，纔是決定人的行爲。這樣看問題，就把重心置於制度建設上了，也才抓住了道德問題的根本。所以我強調用制度建設來代替道德宣教。制度好了，使壞人改變惡行；制度不好，使好人做壞事。道德建設如中藥溫補，制度完善才是救命之藥！在岌岌可危的社會呼籲道德，如同爲一命在旦夕的病人慢慢調養，身體經得起等待嗎？制度纔是救命之根，我們需要法治的手術刀切除社會毒瘤。
不過話說回來，說到中國人的道德，恐怕大家都不免要搖一搖頭，發出一番‘世風日下，人心不古’的感慨。幾十年前的中國，還是一個民風淳樸的道德之邦，但工商立國之後，國家逐步轉型爲市場經濟，自私自利、見利忘義、爲富不仁者不斷涌現，一次又一次地挑戰道德的底線。其實市場經濟並不是吞噬道德的惡魔，而是新時期的道德和傳統道德存在嚴重衝突。傳統道德認爲人應當剋制自己的私慾，從‘存天理，滅人慾’到‘毫不利己，專門利人’，表達的都是這種觀點。這種觀點看起來理所當然，實際上卻會事與願違。人性是難以改造的，壓制人性是中國幾千來走錯的老路。我們必須承認人的自利性，市場利用每個人的自利性，促進資源的合理配置，滿足了人們的需求，引導着人們辛勤工作，發揮出自己最大的潛能。在市場經濟的新時代，我們的道德觀也應當與時俱進，適時揚棄舊道德，這樣中國人的道德，纔能有個光明的前景。”
魯迅還到北大演講，介紹泰西的個人主義哲學。他介紹，個人主義是自由主義理論的出發點，強調人是萬物的尺度。個人主義的基本信條是：每個人是其自身利益以及知道如何促進這些利益的最佳判斷者。如何賦予每個人以選擇自身目標和實現這些目標之手段的最大自由和責任，並使得個人採取相應的行動，則是一個社會是否符合理性要求的重要標準。個人理性是意識到人有追求幸福的權利，承認人活着不是自我犧牲，而是自力更生和自我實現；理性是自私的美德。我將永遠不會爲了另外一個人而活，也永遠不會要求另一個人爲了我的緣故而活。人不是爲別人活着，人有權追求快樂，人的快樂不是通往任何終點的途徑，它是終點，是它本身的意圖和目標。人也不是任何人的目的和手段，不是他人的工具，不是他人的奴隸。所以，年輕的朋友，我要正告你們，永遠不要放棄生活中那些你想要的東西，爲之奮鬥是值得的！
魯迅這樣的思想，幾乎激怒了整個中國的知識分子：激進的革命知識分子、自由主義者和保守主義者。他們貶低他的思想，稱“只有十幾歲的青少年醉心於他的學說。”在政治上，魯迅也貌似是一個失敗者，自由主義者不喜歡他擺出的自我爲中心的姿態；保守派不喜歡他功利主義；雙方同時都反對他對金錢的正名。唯一支持他的人，就是大總統李經述，他沒有罷免魯迅教育部副總長的職務。魯迅心生感慨，“我的文章，只要大總統一個人看得懂就行。”
可是就連這句話，也被一些無德無恥的僞公知在報紙上大肆批判：“魯迅把自己打扮成一個擁有革命家情懷和藝術家氣質的孤獨旅者，一個胸懷天下又困於瑣碎的書生，一個混跡於江湖又將聞名於朝堂的蓋世英雄，現在他自己露出了狐狸尾巴，原來他也只是‘奴家心中只有皇上一人’的貨色”。
這些攻擊徹底激怒了魯迅，給魯迅帶來的卻是興奮。出於反擊，他發起了一場捍衛自己思想的新青年解放運動，魯迅經常到各大學巡迴演講，回擊各種關於他的批評。他經常跟青年學生們說這樣一句話：“你可以勇敢走你自己的路，當一位偉大的戰士，不理會那些路邊的牛糞上嗡嗡亂叫的蒼蠅！”