早朝之時，皇后和懿貴妃臨朝聽政，其中還有一個年幼的皇帝，之後由恭親王奕訢爲首傳上諭，尊皇后鈕鈷祿氏爲母后皇太后，尊號慈安。尊懿貴妃葉赫那拉氏爲聖母皇太后，尊號慈禧。因皇帝年幼無法執掌朝政，由兩宮皇太后垂簾聽政，掌握實際政權長達半個世紀。
同治元年，1862年元年正月，太平天國內部發生了政變，史稱天京事變。天京事變之後李秀成率軍攻上海，清軍聯合美國人弗雷德裡克.湯森德華爾組成的洋槍隊，致使太平天國慘敗。陳玉成在壽州被叛徒苗沛霖的出賣，逮捕，同年6月被處死。就在此時，曾國藩率領湘軍圍攻天京，洪秀全命令各地的太平軍回援。同年，李鴻章攻江蘇南部，左宗棠攻浙江，天京成爲孤城。1863年12月4日，蘇州守將譚紹光被部下殺死，蘇州失守。1864年5月11日，常州失守。7月19日天京很快陷落，太平天國失敗而告終。
同治十三年1874年2月，日本以臺灣高山族誤殺琉球船民爲藉口，出兵臺灣。12月初五，同治皇帝載淳病逝於養心殿，享年19歲。兩宮皇太后召醇親王奕譞之子載湉入承大統，賜奕譞以親王世襲罔替，第二年尊其爲光緒皇帝。
1870年7月14日，普魯士首相卑斯麥就西班牙王位繼承問題發表了挑釁性的埃姆斯密電，此事件觸怒了法國皇帝拿破崙三世，並向普魯士宣戰，兩軍在阿爾薩斯和洛林地區展開陣勢。天空黑雲壓頂，使附近的萊茵河失去了它本來的顏色，更多的是灰暗。兩軍相對炮轟，濃煙滾滾，炮火連天，而後騎兵相互衝殺，混戰在亂軍之中，馬鳴長嘶，之後法軍接連敗北，皇帝拿破崙三世率近十萬名法軍在色當投降。9月4日，巴黎爆發革命，法國大資產階級建立法蘭西第三共和國，法蘭西第二帝國滅亡，但普魯士的軍隊仍在長驅直入。1871年1月18日，普魯士國王威廉一世在法國凡爾賽加冕成爲皇帝，成立德意志帝國。法國資產階級**請求停戰，2月26日在法國凡爾賽簽訂和約，取代法國在歐洲大陸上的霸主地位。
1873年11月，法國派安鄴率軍百餘人攻陷河內及其附近各地，河內等地區戰事告急。越南王阮福時請求駐紮在中越邊境保勝地區的劉永福救援。劉永福接到越南王的求救書信之後，一手拿起油燈站於牆壁之前，望着貼在牆壁之上的地圖，心裡在想，越南與中國屬於近鄰，二者是脣亡齒寒在加之越南是中國的附屬國，越南危在旦夕豈有不救之理。於是走出賬外集合黑旗軍向河內附近地區進發。這裡多密林分佈，再加之多河流湍急，容易埋伏。於是命令黑旗軍埋伏於密林深處，另一部分的軍隊佔領高山地區等待法軍的前來。雖然是進入了冬季但是在這裡沒有冬季那麼的嚴寒，多於瘴氣所阻，百餘名法軍摸索着前進進入密林，等全軍進入之後四周是萬箭齊發，如同雨水落下，這些法軍是來不及開槍也不知道這是哪裡來的軍隊，四面的喊殺聲一起，他們便是驚慌失措，胡亂的開槍。看着對方的旗幟原來這些都是中國的軍隊。安鄴率領殘軍倉皇撤回，在撤回的小路兩邊有高山，正當他們緩下一口氣之時，沒想到山林之中驚鳥四起，滾石檑木而下，法軍死傷無數，法軍統帥安鄴死在亂軍之中，只有撤回越南南部。
1874年3月15日，法方全權代表與越方的全權使官在西貢談判。法方在談判桌上揚言，道：“越方向我們開放紅河且給予我們在越南北部通商等多種權益，如果你們繼續抵抗我們將向你們的王宮開炮。”此時越方代表正在想，清廷與他們的力量懸殊實在是太大了，光想依靠清廷是絕對不可能的保全自己，想到這裡他們只有在法國高壓之下被迫簽訂《越法和平同盟條約》、《西貢條約》。1880年11月，法國外交部通過駐俄文使曾紀澤表示法國在越南依《西貢條約》行事，法國有權保護越南。1881年初，法國外交部再次向曾紀澤表明越南與中國脫離一切關係。
1881年5月19日，劉永福率領黑旗軍在懷德府紙橋展開決戰，搬來土炮與法軍對轟，其炮火連天，李維業及其副司令盧眉以下三十餘名軍官，兩百餘士兵葬身於炮火之中，狼煙遍地，地上是屍積如山，其軍旗斜插在這片熱土之上，在這戰火之中燃燒，主將李維業的屍體運會軍營。在此之間，法國**繼續增兵，成立北越艦隊。8月間，兵分兩路，一部分加緊對黑旗軍發起進攻，一部分進攻越南中部。艦隊集結於在海面之上，炮轟越南中部，由於炮火太過於猛烈，越軍敗退，法軍直逼其都城順化，順化危機被迫投降。越南王派出使節要求停戰，迫使簽訂《順化條約》，取得了對越南的保護權。
1882年9月15日，外交部向中方遞交國書，國書有兩條內容，第一，中方必須無條件的撤出駐越軍隊；第二，開放雲南門戶。之後將此國書呈上於朝廷。光緒皇帝看了看國書，心中怒火中燒，但是還是要看看身後的兩宮太后的臉色，道：“法方提出兩個條件，第一的撤軍；第二是打開雲南門戶爲商埠，諸位卿家議議吧。”
張之洞站出道：“皇上，雲南是大清西南門戶，如果西南一旦被打開，不只是雲南，還有四川等西南的大片土地都會落入法軍之手，還危機我們大清國，這可是列祖列宗打下來的江山，土地不可失，出兵吧；其二法方在普法戰爭之中失利，急需擴大戰果如果此戰一勝他們必傷元氣。”
左宗棠、曾紀澤站出仰目於朝堂之上，道：“皇上，臣願帶兵抗擊法軍，將他們阻擋在國門之外。”
此言說到了光緒皇帝的心坎之上，心中有所喜站立而起，道：“卿家所言有理，出兵抗擊法軍。”
此時坐在簾中的慈禧太后道：“皇上不可魯莽，多聽多看多想然後再說話，”光緒皇帝轉身道：“母后。”
“坐下，不要讓這些大臣看你的笑話，”光緒皇帝心中有些憋屈，之後有一個太監送上國書，道：“皇上，李中堂送來國書。”
“呈上來，”之後將國書呈上，光緒皇帝將國書轉承於簾後的兩宮太后。慈禧太后將國書遞給坐於旁邊的慈安太后，道：“姐姐，你先看吧。”
“妹妹，這你最有主見，你先看吧，”慈禧將國書打開，上面寫道：“聖上，我大清自鴉片戰爭以來，戰火連年，其國力疲憊不堪，百姓困憂，不可力戰，戰則國力大損，民生凋敝，爲今之計只有休養生息，發展水師，爲此臣有兩策可爲上，其一派軍隊出關援助越南，不可主動向法迎戰；其二，法國欲意打開西南門戶與第三國不利，臣與第三國談判調停達成協議。”李鴻章此策讓慈禧來說無疑不是一種心裡安慰，道：“國之棟樑，李中堂也。”最後走出簾子向衆大臣道：“釁端不可自我而開。”
1882年10月25日，法國東京海域分艦隊司令孤拔授命北越統帥，向紅河三角洲的中國軍防地發動進攻。1882年12月法軍進攻山西，中國軍隊被迫抗擊。16日佔領山西。1884年，米樂繼孤拔爲法軍統帥，兵力增至一萬六千人，向北寧進發，北寧主將聞訊棄城而逃，士兵潰散，北寧陷落。19日，太原失陷。
1884年6月23日，法軍突然向諒山附近的中國軍隊陣地炮擊，頓時陣地之上是炮火連天，城樓頓時被轟的粉碎。清軍倉皇迎戰，死傷無數。7月下旬，兩江總督曾國荃在上海與巴德若談判，法方要求中方必須撤出越南全部軍隊並賠償三千萬兩白銀。兩江總督曾國荃聽到此拍案而起離去，之後法軍任孤拔爲統帥，炮轟基隆，督辦臺灣事務大臣劉銘傳因兵力不足，退守淡水抗擊。23日，法國軍隊突襲中國福州的馬尾，兩軍在海面上展開大規模的海戰，十一艘戰艦在法軍炮火猛烈的轟擊之下或沉或傷。法軍艦隊駛進馬尾炮轟馬尾船廠，四周的炮火隆隆，頃刻間被擊毀。3月底，進軍鎮海，法軍遭到招寶山炮臺的中國軍隊還擊，法軍主艦後艙起火，只有退回。
1885年2月，法軍進攻諒山，廣西巡撫潘鼎新不戰而退。十天後，法軍侵佔鎮南關，後因兵力不足，焚關而去，退至文淵、諒山，伺機而後動。老將馮子材臨危受命幫辦廣西關外軍務，馳赴鎮南關整頓軍隊，部署戰守，獲得軍情得知法軍必將再犯鎮南關。將衆將領召集在軍帳之中訓話道：“法軍進犯鎮南關之時因兵力不足而退去，這次前來必將傾巢而出，”之後馮子材命身邊的衛士走上前打開地圖，道：“鎮南關是通往我大清重要的關隘，鎮南關一旦被攻破，其西南門戶洞開，雲南、四川、貴州將會首當其衝。”隨後在隘口搶築一條橫跨東西兩嶺，高七尺，長三裡，底寬一丈的長牆，牆外深掘塹壕，築成了較完整的防禦陣地。
3月23日，法軍兵分三路，再次大舉進犯鎮南關。大兵壓上城牆之外，大炮推上前，法軍統帥騎上高頭大馬緩步走上前，拔出腰間的佩刀揮上前，呼道：“開炮。”炮轟長牆，而後大軍撲上。七十高齡的馮子材將軍手操戰刀，親率大刀隊，大呼一躍出牆與敵軍拼殺在長牆之外，其子相華、相榮帶領守城的官兵躍出一陣砍殺，此景激勵全軍將士，像決堤的洪流一樣涌出城牆，勢不可擋。一時間槍炮聲停息，硝煙飄散，兩軍混戰成一團，相互廝殺，敵軍的陣勢頓時亂成一團，而後蘇元春、王孝祺、陳嘉率大軍衝出，三面攻擊，經過兩天頑強激戰，法軍敗退。
此時，老將馮子材親率大軍趁勝追擊，法軍統帥尼格里見大軍奔來，吆喝聲，喊殺聲響徹雲霄，頓時落馬摔成重傷，兩名法軍將領爲掩護尼格里出逃被生擒。
捷報傳到朝廷，光緒皇帝受到捷報之後，滿心歡喜道：“好！打得好啊！將此報傳下去可激勵我大清全軍將士的鬥志，對參戰將士嘉獎，官升一級，對於望風而逃的官員重懲，貶官斬首或削職永不敘用。馮子材老將軍老當益壯賜布匹糧食千石，俸銀增至二十萬兩榮歸故里，不用上報直接下達。”
中堂大人李鴻章上前來，道：“皇上，凡事適可而止，不可再挑起戰事。”
身後的兩宮太后，道：“李中堂可有什麼策略？”
“與法方簽訂停戰協議，從整個局勢來看，敵軍在海上勢如破竹，而我大清卻無還手之力。我們可藉此停戰，見好就收與民休養，藉此休養之機建設一個屬於我們大清國強大的海上戰艦，只有這樣才能抵制強敵入侵。”
“好吧，就按李中堂的意思去辦吧。”
光緒皇帝依然不服氣，道：“母后，這樣且不是我們大清認輸了嗎？在前線浴血奮戰的將士們且不是寒了他們的心了嗎？”
“凡好戰者，國必弱，我們大清幾經戰事，不宜再戰，如今只有停戰發展實力，這樣纔是我大清之中興之舉。漢朝的高祖在白登受挫之後遠嫁公主和親，發展實力，休養生息，恢復和發展經濟，六十年後經濟繁榮，國力強盛，到武帝時期北擊匈奴，開疆擴土。在隋唐時期，唐高祖起兵逐鹿中原，建唐之初，突厥南下，太宗皇帝殺馬結盟，遠嫁公主和親穩定內局，國力日強，從防禦轉向進攻，滅**厥，征服吐谷渾，滅高昌，平焉耆，滅薛延陀，徵龜茲，在征服西突厥，海內臣服。皇上，凡成大事者忍常人之所以不能忍，發展國力，一擊如雷霆之勢，就像武帝和太宗皇帝一樣，四海臣服。”
1885年6月9日，清廷與法國簽訂停戰協議和《中法新約》，中國不敗而敗，法國不勝而勝，中國邊境開闢兩個通商口岸，所運貨物，進出雲南、廣西邊界應納各種關稅，照現在的通商稅則較減；日後中國修築鐵路，應向法國業者之人商辦。中法兩國派要員在中越邊境會同勘定界線，法軍退出臺灣、澎湖。中國承認法國吞併安南，中國西南門戶打開。
法國軍艦沿長江而上，向重慶駐軍，建立租界，由中國派兵保護。