南都政權在文臣方面，主要分外了江南和江北兩派力量，江南自然是東林黨人，江北則以鳳陽總督馬士英爲首，淮撫路振飛身在江北，與江北兩位總兵劉良佐、高謙關係很深，但在政治上也和江南的東林黨人關係密切。
但在更爲關鍵的武力方面，局勢就更爲複雜一些了。
首先是江北的劉良佐和高謙兩位總兵，自從高謙裹挾史可法逃到南方以後，他就和劉良佐沆瀣一氣，成爲一丘之貉，在江北屢屢濫招兵馬，瘋狂擴軍，成爲了兩支人數衆多，但實力成色很成問題的軍閥勢力。
在南都上游，則有此前在九江被大順軍郭君鎮部擊敗的兩位總兵黃得功與鄭鴻逵。其中黃得功與江北的鳳陽總督馬士英關係更爲密切，鄭鴻逵代表的鄭家則因爲鄭森老師錢謙益的關係，與東林關係較近。
再次之的武裝力量，就是黃鳴俊、朱大典等人正在編練之中的浙江團練武裝。
最後則是北來大臣帶來的津遼水師與劉澤清新編的一支軍隊。
這些兵馬分爲江北、江南、北來三派，關係錯綜複雜，各自盤踞地方，使得小小的南都政權迅速變成了一派烏煙瘴氣的模樣。
在南方最有威信的大臣史可法又受制於高謙，不能整合各派勢力，共同推進或支持某一藩王稱帝。因此福王或潞王個人內心中，固然都希望自己能夠稱帝，但因爲忌憚於激怒清廷，又擔心敵對派系的反對，因此在口頭上都堅持尊奉北傀的僞同治帝，根本不敢獨自稱帝。
各方勢力相互制衡，因此才讓南方形成了一種奇妙的平衡局面，任誰都不能輕舉妄動，也無法做出什麼有效的行動來。
但是被順軍放回江南的北來羣臣，特別是蘇觀生帶來的津遼水師、劉澤清帶來的山東兵馬，則作爲一股新的力量加入南方黨爭之中。
當劉澤清、高起潛暗中結盟，準備前往南京蒐羅朱明宗室，秘密策劃定策大業的時候。掌握南京江面操江兵力的鄭氏，便以最快的速度發現了這一變化。
鄭芝龍和鄭鴻逵過去雖然都曾經是叱吒一方的海盜領袖，可如今鄭家元老大多顯得暮氣深重，只有鄭森立即察覺到了此中的危險。他發覺劉澤清從北方帶來的那支部隊，已有相當兵馬利用津遼水師的船隻，打着前往江南就食的藉口南下時，便斷然前往上游的安慶說服鄭鴻逵出兵攔截。
但與此同時，本來是奉命“北伐”，煽動河南土寇叛亂的高謙和劉良佐，則找上了馬士英。
他們皆以鄭氏水師已自安慶南下鎮江的消息爲理由，力勸馬士英率部南下，從南京上游渡過長江，去獲取富庶的江南地盤。
劉良佐和高謙作爲軍閥，都對江南的富饒虎視眈眈。馬士英則是因爲他作爲地方督撫，遭到了江南士人的排擠，因此也有心借重劉高兩大軍閥勢力，實現他獨佔金陵政權的目的。
於是這三人一拍即合，決定繼續利用高謙裹挾的史可法作爲名義，利用鄭鴻逵東下前往鎮江攔截劉澤清的機會，從安慶渡江，直下江南。
但是此時南方另一強力軍閥勢力黃得功尚擁兵於安慶，雖然黃得功所部在九江之戰中遭到了大順軍郭君鎮部的沉重打擊，實力嚴重受損。可勇衛營出身的黃得功所部，依舊是南方各支明軍部隊中最爲強力的一支勁旅，劉良佐和高謙所部皆是蟻聚烏合之衆，馬士英也認爲強攻安慶，未必能夠得手，一旦時間拖宕，等到鄭氏水師回援，則江北軍閥就將錯失南下的好機會。
於是馬士英便爲劉良佐和高謙二鎮出謀劃策，提出了聯合黃得功以擁立福王稱帝的策略。
這時候由於北來羣臣的到來，崇禎皇帝是被清軍所弒殺的消息，已經在一時間轟動了大江南北。由潞王監國的南京小朝廷，爲了抗拒佔領長江上游的大順軍，居然強行壓制這一消息，妄圖延續此前的遠交近攻、聯虜平寇的大略，早就引起了南人的強烈不滿。
馬士英認爲南都政權的過失自當由擔任監國的潞王負責，而與總督戎政的福王無涉。
那麼以擁立福王繼承大統爲理由，應當是足可以說服黃得功的。只要黃得功願意加入定策擁立的大軍之中，那麼三鎮聯手，又應當是足可以壓制江南其他反對勢力的。
劉良佐本人並無大略，但高謙久歷河南、山東戰事，在面對大順軍一次又一次的失敗中，總是能夠死裡逃生，這一點甚至已經超過了左良玉，他也因此“盛有武名”。
慣於投機的高謙，馬上就認爲馬士英的這一策略是乃不世出的良計。於是馬士英、劉良佐、高謙三人便在鳳陽歃血爲盟，又收容了一批因爲大順軍強力鎮壓而從河南出逃鳳陽的土寇武裝，聚兵三萬人，號稱十萬大軍，經廬州南下，直抵安慶府境內的樅陽。
到樅陽以後，馬士英親自前往安慶府城，將劉良佐、高謙意欲擁立福王稱帝的消息告知於黃得功。黃得功一時意動，但他認爲福王尚在南京，不在三鎮手中，一旦福王被江南黨人趁亂挾制，那麼三鎮豈非是做了白工？
馬士英於是提出三鎮在安慶便打出擁立福王稱帝的旗號，大張旗鼓地沿江東下，收取鎮定人心的作用。
黃得功尚在猶疑間的時候，劉良佐、高謙二鎮已經分別從樅陽和黃石磯方向威脅安慶。黃得功手中的勇衛營固然較江北二鎮更爲善戰，但如果硬打一場，勢必會大大減損黃得功手中在家九江之敗後本就十分有限的兵力。
經過審時度勢以後，黃得功決定率軍離開安慶，接受馬士英的提議，前往樅陽與劉良佐、高謙會盟。
馬士英與三鎮聯合，立即在樅陽打出了擁立福藩繼承大統，“北伐中原、掃清幽燕”的口號。但他們“北伐”的真正目標，當然不在“北”，而是在“南”，這樣一支四萬餘人的雜牌軍隊，隨即便號稱二十萬大軍，沿途縱兵焚掠，大掠池州以後，直撲向南京城。
劉澤清、高起潛這一派妄圖擁立遠支宗室的力量，此時正在鎮江方向準備聯合蘇觀生的津遼水師渡江，鄭氏水師則正在進行攔截，尚無人料及三鎮大軍自南京上游撲來。
但此刻的江南並非完全手無寸鐵，浙江巡撫黃鳴俊已經啓用了在籍的原任漕督朱大典訓練浙勇，在江南一帶分駐有大約二萬人的浙勇部隊。
這支武裝雖然尚缺乏騎兵、槍炮，其中骨幹兵力又被此前的何剛、許都等人帶走許多，但經過這段時間來朱大典的整頓訓練，同樣具備相當實力。
於是，南都小朝廷的一場大內戰，終於到達了徹底爆發的時刻……
無論誰勝誰負，都將意味着在短時間內，南都政權將無力干涉順清之間的中原決戰——不過即便沒有發生這場內訌，南都政權的干涉力度，恐怕也會是相當無力的。