幕府軍實施的明修棧道暗度陳倉之計最終獲得成功。
幾萬名農民連續數天於夜色中，在關門海峽對面大張火把，做出一副大軍強渡的姿態，巨大的喧囂叫嚷聲在幾百丈的海峽對面清晰可聞。
池田輝政在與松潘家木、伊藤佐人緊急商議過後，連夜將全部軍隊調集到海峽最狹窄處，並且在寬闊的海灘上設置了大批障礙物，以便於在幕府軍登陸後，將其消滅在灘頭。
爲了彌補兵力不足的缺陷，池田輝政立刻派遣親信分頭前往離開的山內曲也等人的領地，軟硬兼施之下，要求他們儘速率領軍隊前來增援。
但幕府軍卻趁着聯軍集中與一處時，利用夜色掩護，用幾十艘大小各型船隻，將五千餘先頭部隊運送到九州島，並隨即向前偵察推進，爲主力登陸提供遮護。
這五千餘人的前鋒中有一千騎兵，也是幕府軍對付聯軍的殺手鐗。
統帥幕府大軍的仍舊是上次被聯軍擊敗的若年寄頌平一郎，這次出征前，他在德川家光面前發誓一雪前恥，一定會將剿滅九州島這夥叛賊，若是再敗，他將會切腹自盡以謝天下。
通過前幾次與聯軍交戰失敗得出的經驗，頌平一郎得出結論：聯軍火器兇猛，不能正面力敵，必須採用其他策略應對。
由於幕府軍登陸地點距離聯軍防禦處尚有三十餘里的距離，加上聯軍上下注意力都放在了對岸，所以直到第二天上午，幕府軍主力一萬多人登陸九州島，前鋒已經逼近到身後十里之地時，池田輝政等人才發覺自己上當了。
當日下午未時，幕府軍與聯軍之間的戰鬥再次打響，但這次敗北的卻是聯軍。
在頌平一郎的部署和指揮下，幕府軍以四千名足輕正面吸引聯軍火力，然後用騎兵突擊聯軍左翼，以六千名武士攻擊聯軍右翼。
結果，戰鬥打響後不到一刻鐘，聯軍左翼伊藤藩便被幕府軍騎兵突破，被殺亂陣型的左翼敗兵在騎兵的砍殺下四處逃竄，引發聯軍人心大亂，緊接着右翼池田藩也被幕府軍主力殺到近前，雙方開始肉搏，只有中路平戶藩鐵炮隊以強勁的火力，逼迫正面幕府軍無法近前。
幕府軍騎兵在這場戰鬥中發揮了至關重要的作用，成爲了左右戰爭局勢的勝負手。
他們在擊潰伊藤藩所部兩千人之後，隨即兜了圈子，從側後方對中路平戶藩三千餘人發動決死衝鋒。
在平戶藩鐵炮隊變陣成功後，幕府軍騎兵冒着密集的彈雨以及長弓的不間斷射擊，對平戶藩三千餘人鎮守的中路發動決死突擊，並在損失大半的情況下，將平戶藩鐵炮隊和弓手隊衝亂，頌平一郎趁勢下令後備隊大舉壓上，對聯軍發起了全面攻擊。
這場激烈的戰鬥耗時不到一個時辰便以聯軍大敗而宣告結束。
八千聯軍折損達四成，幸虧池田輝政面臨敗局方寸不亂，指揮兩千名長槍手抵擋住幕府軍的兇猛攻勢，並利用弓手在後進行遠程打擊，掩護伊藤藩以及平戶藩的敗兵向東南方後撤，這纔沒有造成聯軍大面積潰敗。
而幕府軍因爲騎兵損傷太重、主力在與聯軍近戰時也是損失不小的緣故，所以暫時失去了繼續追擊的能力，只能眼睜睜看着聯軍交替掩護着退去。
隨着聯軍因爲局勢不利因素，不得不一路折向西南方退回老巢，幕府大軍陸續渡過關門海峽，登陸九州島。
爲了徹底剿滅九州島“叛軍”，德川家光這次從本州以及北海道等地調集了五萬餘軍隊，可謂是下了血本。
在大軍全部登陸九州島，並且修整數日後，頌平一郎大旗一揮，五萬大軍分左中右三路齊頭並進，浩浩蕩蕩向九州島西南方殺去。
大軍沿途經過的諸多實力不強的外樣大名紛紛眼見形勢有逆轉跡象，於是紛紛拿出錢糧和壯丁獻給幕府大軍，以實際行動與倒幕聯盟劃清界限。
雖然並不知道兩軍交戰的實情，但聯軍前幾日剛從這裡經過，但凡是有點頭腦的人都能看出，聯軍士氣異常低落，隨軍壯丁趕着的上百輛牛車上除了裝載着輜重，另外還拉着無法計數的傷員，這狀況與此前聯軍路過時意氣風發的態勢截然相反。
而現在幕府大軍不管是人數還是士氣上都是聯軍無法比擬的，這足以說明一切。
接下來的一個多月時間裡，在幕府大軍的攻勢下，池田輝政雖然暫時接手聯盟首領一職，並且再次將原先鬆散的聯軍重新聚合起來，在隨後的幾次交戰中也不落下風，但兩軍人數差別太大，聯軍的空間還是逐漸被壓縮到很小的範圍內，局勢一天天惡化下來。
幸運的是，隨着雨季的到來，九州島西南部連降暴雨，致使道路橋樑被沖毀無數，幕府軍的攻勢被迫中止。
但池田輝政他們心裡清楚，九州島雨季只有短短兩個月的時間，等雨季一過，幕府軍經過充分修整後重拾攻勢，以聯軍現有實力和士氣，不知道還能撐多長時間。
事態危急之下，聯盟內部已經出現了不同聲音，他已經聽聞，有外樣大名暗中準備向幕府軍乞降，這個極度危險的信號讓池田藩和平戶藩一衆高層絕望不已。
別人都可以降，唯獨平戶藩和池田藩不可以。
米倉帶人對池田輝政等人直言，大明朝廷援助軍械一事，其目的就是將傾覆德川幕府，成立親大明的新幕府，現今這局勢下，唯有大明火速派遣大兵過來才能挽救危局。
經過再三考慮，爲了保命，池田輝政等人同意了米倉帶人的提議，並立即與鄭家留駐長崎的相關人員取得了聯繫。