南竄緬甸的孫可望，兵鋒繼續向各地發動擴張和劫掠性質的戰爭。他的重點打擊目標是緬甸本地的佛寺僧侶勢力，對於擁有武裝力量的緬甸封建主們，則採取了百般拉攏的措施。
孫可望的分化打擊，對後西明在緬甸迅速站穩腳跟起到了很大作用。他日夜習讀從北方傳來的種種順朝文書法令，學習李來亨的佈置改革，並從中揀選出可供後西明政權使用的策略。
孫可望深知後西明朝廷身處海外異邦，面臨的是舉國皆敵的情勢。所以明軍除了打着天主教旗號，對所遇佛寺皆焚掠洗劫以外，對於一般民衆及封建主豪強武裝，都採取了井水不犯河水的態度。
明軍保持着嚴格的紀律，絕不劫掠一般百姓。
由於後西明從雲南撤離的時候，是井井有條做好了充分的轉移準備。所以孫可望得以帶走了他積蓄在雲南的雲、貴、川三省公私府庫積蓄，這也使得緬甸的後西明政權，在財政上狀態十分寬裕。
不至於因爲餉糧問題，而同本地百姓及封建主勢力撕破臉皮。
只是爲了安置後西明的老營家眷俘虜，還有酬謝配合明軍軍事行動的本地華商勢力，孫可望在毀滅大批佛寺的同時，也將寺社佔據的土地均分給了老營家眷、緬甸華人及本土貧民，藉此獲得了第一批本土支持者。
從佛寺中繳獲的大批金銀財寶，除了拿給葡萄牙冒險家們，用於向西方殖民者採購燧發槍和新式紅夷炮外，便是用來賄買緬甸封建主，使其不至於同明軍作對添亂。
孫可望大約花了四個月的時間，初步完成了這些安定緬甸各地的措施。雖然忠於王室的封建主勢力叛亂規模依舊很大，但明軍保持有絕對的武力優勢，孫可望對此一一進行了殘酷的彈壓，並繼續實行其沒收寺社財產的嚴酷措施，以求通過金銀賞賜賄買本地封建主們的效忠。
只有在明軍徹底放棄雲南以後，一部分緬甸封建主得知這一重大消息後，即遣使同順朝聯繫，一面請求大順出兵入緬恢復王室，一面在緬甸國內大肆宣揚明軍在雲南大敗的消息，釀成了一次規模最爲浩大的反抗運動。
但是由於孫可望從雲南撤出完全在計劃之中，明軍除了艾能奇一部有意被孫可望拋棄，以實現他個人在後西明政權內部的獨霸地位以外，整體的主要戰力，幾乎全數都完整撤到了緬甸，沒有遭到多大損失。
緬甸本土的反抗勢力，對後西明朝廷虛弱不堪的流言深信不疑。他們誤以爲孫可望的運氣已經到頭，當即便在順朝未作出反應以前，便集結了大量兵馬，以五萬兵力號稱二十萬大軍反叛，掀起了天法三年時的上緬甸全境大起義。
經過約一年的經營以後，孫可望已經將後西明朝廷的老營家眷三十萬人遷至緬甸，轉移到上緬甸的明軍戰兵數量則有七萬之衆。
七萬戰兵，要抗衡大順軍殊爲困難。
但這樣一支精悍的力量，在緬甸卻是一支極爲強大的武裝勢力。
而且孫可望還通過賄買本地封建主、百姓、華商勢力，迅速建立起了一支兵力達到兩萬多人的緬人民團武裝。
如此孫可望便擁有了實打實的近十萬兵馬，武力遠在反明的封建主聯盟之上。
順朝方面，李定國接獲了明軍在緬甸攻克阿瓦建立復國基礎的消息以後，沒有立即將此消息上報朝廷。後來緬甸反明封建主陸續派遣使者到雲南彙報消息時，大部分消息也被李定國壓下。
他與孫可望之間的複雜感情，使得順朝未能立即對後西明政權的復興作出反應。
直到孫可望完全鎮壓上緬甸大起義後，順朝才通過廣州方面獲悉了後西明和緬甸戰爭的具體情報。
朝廷隨即下令免除李定國權將軍的軍階及西南道行軍總理的職務，命其回京接受調查。
李定國和孫可望相識十多年，感情之深厚，實非外人可以想象。
大順軍攻川時，孫可望雖然拋下了李定國棄軍而逃，這是孫可望對不起李定國，也因此李定國可以毫無心理負擔地歸附大順。
可是具體到攻取雲南之戰以後，李定國卻不想對孫可望趕盡殺絕。
他想朝廷上了一份自辯的奏疏，聲言緬甸是海外番邦，中國之人，與其語言文字皆不通，何況緬甸瘴氣叢生，中國之人在緬甸必定水土不服。
孫可望倉惶逃緬，恰如三國時二袁之逃遼東。不煩大順一兵，只要靜觀態勢發展，則短不過半年，長也不過一二年，緬人必會將孫可望和朱由榔君臣首級送來中國。
李來亨對此不置一詞，沒有做任何回覆。他最清楚孫可望的野心勃勃和才華橫溢，放任孫可望經略緬甸，翌日必成大順後患。
在開封過着太平國公日子的劉文秀，也上書朝廷，以全家性命力保李定國。
天子翻閱着羣臣奏摺，心中突生煩悶和羨豔：
孫可望的人品，卻能有這樣的幾個兄弟，太讓朕嫉妒了！
他思之慮之再三，直到一旁幼辭懷中的孩子笑出聲來，李來亨才把玩着孩子的小手，坦然笑道：
“玄煜笑了！朕何苦嫉恨大臣呢？將李定國發去雲南軍前戴罪立功，暫領果毅將軍銜，西寧公的爵位，先降爲子爵，以觀後效。”
李定國隱瞞緬甸前線軍情的事情，經過龍衣衛調查以後，可以確認他和孫可望之間毫無聯繫，純粹因爲個人感情用事，不願意對孫可望趕盡殺絕而已。
李定國的這種做法和動機，實在讓朝中羣臣都難以理解。
一段時間內，這幾年來才歸附大順的武將大臣們，都恐慌不能自己。
大家都擔心萬歲將借題發揮，利用李定國案大開殺戒，展開一場誅殺降臣的大清洗。
出乎意料的是，皇上卻將此事輕輕放過，使羣臣都難知其意。
只有郭君鎮在猜測：皇帝如此，是否是在復刻朝鮮之事，要讓孫可望爲王前驅，爲大順軍郡縣緬甸做準備？
只不過孫可望不是代善，李來亨的算盤這回很有可能落空了。
郭君鎮這次學聰明瞭，倒沒有將自己這點小小的預測到處張揚出去。
否則就算天子無意，恐怕也難以避免一場開國的大案了！