郭君鎮、劉希堯和藺養成在武昌會師以後，又獲得了高一功和湖北紳商耿應衢的全力支持，在補充完種種水師作戰所需的輜重物資以後，便千帆並進，順流東下，直趨九江城下。
九江一役，闖軍作戰計劃完全由郭君鎮一手擬定。郭君鎮性情乖張霸道，眼高於頂，他沒有和武嶽節度使高一功以及劉希堯、藺養成兩位水師統帥商議，就直接確定了先攻小池口的戰略方針。
郭君鎮斷定小池口城小狹窄，難以抗衡闖軍水師船隻運載的火炮。而且九江的供給，多由小池口方面用小划船運至。罷黜小池口，撤其犄角，固我藩籬，可以解決之後攻取九江的後顧之憂。
因爲明軍疏於防範，楚闖水師以小船夜襲，輕易得手，隨即又派兵登上江岸，襲燒了後山營壘，贛勇因此大潰北逃。
至此日天明，江西總督袁繼鹹原本設置在桂家昄、渡河橋一帶十餘座營壘亦被毀平。之後郭君鎮纔派出藺養成率部行動，藺養成是革左五營中最先投靠李來亨的豪帥，所以他雖然也不滿郭君鎮盛氣凌人的態度，但依舊聽命行事。
闖軍水師派出炮船，移營小池口駐泊，狂轟濫炸，用新鑄紅夷炮擊毀城外堅壘數座，充分發揮了水師的火力優勢。袁繼鹹修建的石城工事遭到嚴重破壞，守軍甚至不敢站立到女牆上防守，城內也不敢舉炊。
第三天，郭君鎮和劉希堯完成總攻準備，陸師登岸強攻城門，闖軍將士們將早已準備好的稻草堆疊在地上，障身而進，頃刻之間，就把壕溝填滿。
小池口守軍士氣完全崩潰，陸續放下武器投降，九江失去特角，補給完全切斷，形勢已然孤立。
但是九江一帶畢竟地勢險要，雖然贛勇戰力不強，可是袁繼鹹卻是一個很有才幹的督撫大臣，又獲得了江西士紳的鼎力支持，陸續將九江守軍增加到了明軍官兵六千餘人、贛勇一萬餘人之多。
江南明軍中最善戰的勇衛營大將黃得功，也派遣數千兵馬到九江協防。
正當袁繼鹹獲悉小池口失守而緊鑼密鼓加強九江防守的時候，郭君鎮抓住明軍全力注重九江防禦的好機會，密令藺養成分派小划船及北岸陸師快速前進，出其不意地攻襲湖口要塞，再剪除九江下游犄角。
湖口是長江鎖鑰，天險林立，絕壁懸巖，水流湍急，使人望而生畏，極難攻克。藺養成率領的滲透部隊，又缺乏炮船，兵力數量也不多，但他潛行迂迴，出乎敵人的意料之外，埋伏於湖口後山，等待水師攻擊後偷襲。
負責防守湖口的明軍將領田雄是黃得功的部下，可是田雄麻痹大意，對於藺養成的行動茫然無所知。當闖軍水師主力對九江展開牽制性進攻的時候，藺養成也密令滲透至湖口附近的衆多小划船放火船襲擾湖口要壘。
當田雄的注意力完全被江面上的水師吸引以後，藺養成便親率陸師，在湖口後山發動衝鋒，陸師由山頂俯衝而下，勇衛營猝不及防，出營奔潰。
這一支部隊本來是袁繼鹹極爲仰仗的明軍精兵，卻因爲田雄的失誤，導致未經一戰便自行奔潰。守衛九江的江西本地軍隊，受此影響，軍心大亂，不復能戰。
郭君鎮趁機下令各部發動總攻，與劉希堯一起陸續攻破石鐘山和梅家洲等處贛勇營壘，勢成摧枯拉朽。
到這天晚上，藺養成率領滲透的陸師奇兵部隊登城，郭君鎮則分道水陸截擊，闖軍得以攻破湖口要壘。田雄率軍潰圍逃走，袁繼鹹聞訊以後，扼腕嘆息，他向北方朝拜一番以後，便欲投水自殺，但跳水後僥倖未死，又被幕僚救起逃去南昌。
另有一羣贛勇防守的小孤山要塞，本來也是九江、湖口一帶的堅壘之一，此時獲悉湖口被藺養成偷襲得手的消息後，馬上就派人向郭君鎮獻上降表，主動投降。
劉希堯和藺養成都贊成接受贛勇的投降，可是郭君鎮認爲困守小孤山的這些贛勇，根據附近百姓所言，燒殺搶掠，以他們爲最。所言郭君鎮堅決反對接受這支贛勇部隊的投降，反而有意將他們徹底消滅。
他的頑固引起劉希堯、藺養成兩人強烈不滿，特別是藺養成自認爲奇襲湖口成功，雖然作戰計劃是由郭君鎮擬定的，可是具體作戰過程中也是因爲自己臨機指揮靈活多變，從敵人側後迂迴，才收取全勝。
郭君鎮一點不看自己剛剛戰勝的面子，當衆反駁、訓斥自己的意見，當然讓藺養成感覺分外丟臉。
之後還是因爲高一功出面斡旋，提出應當沿襲李來亨的舊制，用公審大會的方式處置手上有血債的贛勇，才稍稍化解了三將間的對峙情緒。
這時候雖然田雄已經逃竄，袁繼鹹又落水受傷逃亡南昌，但是依舊有部分明軍，特別是一些戰鬥力較高的勇衛營餘部防守着江西與安徽交界處的彭澤、馬當。
彭澤控扼安慶上游，馬當磯則是其附近最重要的要壘之一。勇衛營在此處插樁塞江，但是根據郭君鎮的觀察，明軍防守體系看似嚴密，可是因爲田雄已經逃竄回安慶的緣故，將士多無堅守之心。
於是郭君鎮一面讓藺養成督率小划船出動，命闖軍水手慢慢拔樁挺進，另一面則乘着闖軍大破小池口、小孤山、湖口和梅家洲等處要壘的戰勝之威，對彭澤守軍進行誘降。
勇衛營本身作爲京營部隊，軍閥性質比之此時活動在江南附近的其他部隊，要輕得多，進攻精神也要來得更爲旺盛。
可是由於田雄棄軍逃回安慶，袁繼鹹也放棄九江躲去了南昌，守衛彭澤、馬當的這一支孤軍，要麼放棄馬當鎮，學田雄一樣躥回安慶，要麼就只能選擇投降了。
畢竟以他們的實力，對比郭君鎮麾下水陸大軍，實在是敵衆我寡。
理論上逃回安慶，確實算是最佳方案——畢竟主將田雄已經逃回安慶，他們這些普通將士跟着逃回去，想來黃得功也不會對他們加以苛責。
但此時郭君鎮已派闖軍部分陸師登岸，部署在馬當附近，威脅守軍東逃的各處出口，加以堵截封鎖。無可奈何之下，守軍遂舉城投降闖軍。
到此爲止，郭君鎮便得以基本上消滅了贛勇主力，又順勢擊破了勇衛營一部，佔領了九江府全部的管轄地域。
吳楚鎖鑰的九江完全被闖軍控制以後，從武昌到南京，中間除了安慶一處地勢險要，可以阻擋闖軍順流東下以外，其他如銅陵、蕪湖、太平，基本上起不到遏制水軍東下勢頭的作用。
只是因爲這時候華北戰局越發緊張，李來亨一日數信遞至隨州，催促陳藎、高一功、白旺等三位節度使，儘快將留守湖廣的楚闖剩餘兵馬，儘快調動北上增援，郭君鎮才自九江回師，放棄了進一步攻略江南的打算。
畢竟此時的江南，尚有黃得功、劉良佐、方國安、王之仁及福建鄭氏等數支部隊存在。一旦插足過深，那麼湖廣方面就無法及時增援華北戰線。
南方戰局的進一步演變，還要等待北方那一場大決戰的結果。