在李過冊封李來亨爲皇太子、監國以後，晉王殿下便開始着手於改組大順的中央朝廷。此時田見秀被流放武昌，牛金星自殺，張鼐戰死，袁宗第亦臣服於李來亨，大順軍內部除了一個抱病在身、不能理事的光中皇帝李過以外，再沒有任何一人的地位能夠和假節鉞、平章軍國重事、諸道行軍大總統李來亨等夷了。
何況在李過冊晉王爲皇太極的聖旨中，明白指出從今以後大順的一切軍政和用人大事，都由李來亨一意決之，而無須送宮中等待光中天子裁決。
李來亨那一棟小小的晉王府，實在是不夠容納衆多的臣僚，也無法充當大順中央朝廷的真正核心所在。
於是在羣臣的勸諫之下，李來亨選擇了田見秀原本居住的平陽公府爲監國行轅——值得一提的是，張鼐原本居住的義侯府繼續由他的遺孀田氏和子嗣張玄朗居住，只是吳汝義的太平伯府被抄沒以後，李來亨又將其賞賜給了“贊畫平叛”有功的方以仁。
原本的大順中央朝廷是以牛金星擔任的平章政事、天佑殿大學士爲核心，六政府六諫議爲輔。六政府中，吏政府尚書宋企郊、禮政府尚書鞏焴都早早地投靠了李來亨，因此其官位依舊穩固，戶政府尚書楊王休則被白旺替代。
剩下的刑政府尚書安興民、工政府尚書徐尚德、兵政府尚書李之綱都是牛金星的同黨，因此大多左遷。
新任的刑政府尚書由陳可新出任，工政府尚書由白鳩鶴出任，兵政府尚書則由顧君恩出任，同時參軍司亦升格爲參軍院，也由兵政府尚書顧君恩如白旺例，兼任參軍院總裁。
此外，吏政府所轄的文諭院是大順朝廷選拔、考覈官員的最重要機構，因此李來亨也從湖廣調來了一直在隨州負責考試事務的謝徵擔任文諭院總裁。
謝徵的伯父明朝原任大學士謝升，在德州投降於豪格，對順軍在山東的防務造成很不利的影響，但李來亨並沒有因此怪罪於謝徵，反而提拔他出任關鍵的文諭院總裁一職，頗使文諭院爲之動容。
這些重要的中樞文臣中，不出衆人意料，是以李來亨較爲信賴的明朝降臣鞏淯及晉王心腹顧君恩二人，掛同平章事和天佑殿大學士銜。
最後，則是李來亨最爲信任的謀主方以仁，他自然是取代了“牛太師”的地位，成爲了大順一人之下、萬人之上的首相，掛平章政事和天佑殿大學士銜，爲大順文臣之首，足可以被衆人尊稱爲“方太師”了。
不過文臣還是其次，如今正逢亂世，東虜隨時南下之意。諸將羣臣估計，等到永昌元年年底，一旦天氣變冷，黃河凍結，應該就是東虜全力南下的時候，到時候在黃河兩岸，勢必將爆發一場決定大順命運的決戰。
所以武官的重要性，依舊是高於文臣。
這其中最重要的自然還是大順軍的野戰主力——五營野戰軍。
大順的五營中，最爲核心的中營已經因爲田見秀和張鼐的垮臺，還有在獲鹿大戰中的損失，實力受到沉重的打擊；
袁宗第的右營，雖然在楊承祖、吉珪叛亂中損失泰半，但最爲精銳的核心兵力尚在，骨幹尚存，退出陝西以後即恢復了不少實力；
劉芳亮的左營，自從順軍北伐以來，屢次同李來亨的前營攜手作戰，又沒有參加獲鹿大戰，兵力較之袁宗第的右營還要更爲強大；
光中天子李過原本掌握的後營，則和中營一樣，在獲鹿大戰中損失慘重，核心骨幹遭到沉重打擊；
最後則是李來亨的前營，亦即楚闖，經過北伐以來的大小戰役，前營已經毫無疑問地成爲了大順五營野戰軍中兵力最雄厚、戰力最強悍，無可爭議的最強兵團。
李來亨因此決定重新整編五營兵力：
過去李自成編制五營兵力時，大順軍總兵力不過十萬出頭，可是如今僅僅楚闖一營便有十萬以上人馬，舊的五營編制，顯然已經不能再適應順軍的現狀。
因此李來亨在編制上將五營改稱爲五軍，五軍名號分別爲忠敬陛衛殿中軍、忠愨都衛殿前軍、忠義宿衛殿後軍、忠正京衛殿右軍、忠勇羽林殿左軍，平常則簡稱爲殿中、殿前、殿後、殿右、殿左五軍。
五軍之下，在原本營與標兩級編制之間，新增師的編制。殿中軍設有五個師編制，殿前、殿後、殿右、殿左皆設有三師。師的名稱，顧君恩本來建議使用唐朝府兵制的十二衛名稱，但李來亨認爲十二衛的左右武衛、左右威衛一類名字，雷同難記，便乾脆決定順軍的師編制除了禁衛軍外，皆用第一師、第二師、第三師……等名目，按序列記錄。
五軍具體編制則如下：
哨爲最基層的作戰單位，步兵每十人編爲一哨，設哨總一人；
四個長槍哨（長槍兵配弓箭）、三個牌刀哨（牌刀手配火銃或弓箭）、二個火銃哨爲一步兵隊，設部總一人；
四個步兵隊、一個炮兵隊（下轄五個炮兵哨，以輕型和中型的湖廣制紅夷炮爲主，戰時可以集中使用，也可以分散給各步兵隊）爲一步兵旅，設掌旅一人；
騎兵旅編制較小，轄三個騎兵隊，共三百騎，皆配馬槊、腰刀和手銃；炮兵旅則轄五個炮兵隊，根據輕重炮的配比，擁有十門至二十餘門輕重火炮；
四個步兵旅、一個騎兵旅、一個炮兵旅（將過去使用的大將軍炮一律替換爲湖廣制的重型紅夷炮）爲一步兵標；四個騎兵旅、一個炮兵旅爲一騎兵標；皆設威武將軍一人、都尉三人（旗鼓都尉、左都尉、右都尉）。
以上步兵標3000人，騎兵標2000人，都是基本戰術兵團。原本特設的高達標，兵力則爲3000人，擴編至五軍中每軍都擁有一個突破土木工事用的高達標。
每個師一般情況下，是由兩個步兵標、一個騎兵標及若干師直屬部隊組成，一師約萬人左右，皆設制將軍一人、果毅將軍一人掌握。
最終兵力及編制爲：軍（三萬人至五萬人，權將軍掌之）、師（一萬人，制將軍掌之，果毅將軍副之）、標（二千人至三千人，威武將軍掌之，都尉副之）、旅（三百人至五百人，掌旅掌之）、隊（一百人，部總掌之）、哨（十人，哨總掌之）。
至於五軍，自然皆由權將軍掌兵。
原本五營中的中營，改稱殿前軍，原本五營中的前營，則加強爲殿中軍。五軍具體將領則如下：
殿中軍：權將軍郭君鎮，制將軍郝搖旗、張皮綆、陳永福、苗裡琛、李世威；
殿左軍：權將軍劉芳亮，制將軍劉汝魁、馬世耀、牛成虎；
殿右軍：權將軍袁宗第，劉體純、袁宗道、李破虜（編入李破虜所部楚兵，加強李來亨對殿右軍的控制力）；
殿前軍（原中營）：權將軍谷可成（兼任山東經略使），黨守素、馬寶（由郭升接任爲山東節度使）、任繼榮；
殿後軍：權將軍高一功，制將軍馬重禧、趙應元（曹營最後一個制將軍級別的人物）、張洪。
其餘還有賀珍、馬進忠、袁時泰、路應標、馮養珠等人爲地方衛軍系統的制將軍，地方衛軍的編制較野戰軍較弱，其制將軍也比較五軍野戰軍的品級低半級。
劉希堯和藺養成則爲水師制將軍，分別統率洞庭湖水師和長江水師兩支部隊。
大順野戰五軍總兵力經過整編湖廣援軍以後，總兵力達到十七萬有餘；地方衛軍則在整編各路綠林豪傑武裝以及動員湖廣民兵以後，亦有六七萬人以上。
如此，雖經獲鹿之敗，大順軍的總兵力依舊保有二十餘萬的較大規模，與清軍此時收編北方明軍和豪紳武裝以後的總兵力二十五萬人相比，正在慢慢佔據兵力上的優勢。
而且隨着時間的推移，大順軍的兵力優勢還會因爲動員效率和人力物力上的優勢進一步擴大。
重要的督撫大員變更，主要是陳藎接替了出任殿後軍權將軍的高一功爲湖廣經略使，爲李來亨坐鎮湖廣大本營。原來的開封府府尹牛銓則升任河南節度使，官途不降反升。