大順軍對於孫可望採取了堅定的武力打擊策略，對於盤踞東南的鄭氏小朝廷則繼續採用文攻武嚇的辦法進行壓制。
這主要是因爲孫可望政權出於西營，軍隊野戰能力較強，始終讓李來亨感到十分忌憚。
而鄭氏小朝廷，其水師尚可一觀，陸兵則與大順軍的實力相距甚遠了。
鄭森頗有才具，可他還年輕的過分，無法擔當起大任來。
手握東南軍政權柄的鄭芝龍，既老毛又軟弱，缺乏孫可望那般勃發的野心和毅力，根本不足爲懼。
所以西南和東南之間，大順軍以西南爲優先。
當秦、楚、桂三路並舉平蜀時，雖然孫可望早在上一年就數度牽制到福州尋求鄭家的支援，試圖與東南小朝廷結成攻守同盟。
可是哪怕鄭森強烈勸說他的父親出兵北伐，趁着大順軍各地駐軍向湖北、廣西集結的時候，乘海船北上，迅速奪取舟山、崇明島等地，然後縱兵直取金陵。
但鄭芝龍卻只是和孫可望虛與委蛇，他口頭上答應了西明的結盟要求。實際上卻在西順漢中、重慶多番鏖戰時，坐擁大軍，卻不發一矢、不出一兵，完全坐視寶貴的戰略窗口期喪失。
鄭芝龍畢竟已經老了，他早就不是從前那個叱吒風雲的海上霸主了。鄭芝龍有家眷，有孩子，有在福建陸地上的無數房屋田產。
他絕無可能再重新回到海上，也絕無抗衡大順軍南下的理由和意志。
李定國、劉文秀二人投降以後，受封西寧公、南安公，其事蹟早已由順朝的文宣人員傳播了福建和廣東。
鄭芝龍猶疑不定、左右搖擺的那顆內心，終於被這最後的砝碼打動了。
他召集鄭氏家族成員，還有南明殘餘勢力的朝臣、武將們，鄭重宣佈了將向順朝遣使求和的決定。
誰都明白，如今的形勢，所謂遣使求和，其實便是遣使請降。
但鄭氏內部，甚至南明的殘餘勢力裡，除了鄭森一人堅決反對以外，其餘人等都對鄭芝龍釋放出來的投降信號表示了接受的態度。
鄭森難以置信：“福建、廣東兩省尚有士馬十萬，海船不可計數。只要經略有方，光是海貿一項每年歲入便有一千萬兩白銀，何愁不能抗衡流寇？
父親！流寇奸猾，豈能信之？遣使以後，福建必不爲鄭家所有了！”
鄭芝龍的心中卻認爲福建本就不該由鄭家佔據，此前鄭家的勢力，不過是王朝末世的偶然情況。現在李來亨一統海內，天下版圖重歸於無缺的金甌，新時代已經降臨了。
歷史上豈有新朝來臨時，前朝重臣能夠割據一方，卻保富貴數世的？
“大木，還是太年輕太幼稚了！”
鄭芝龍拍板決定：“我意已決，閩粵二省號稱士馬十萬、海船千艘，其實可戰的士卒最多不過一兩萬而已。
剩下那些臨時徵募的新兵和民團，豈會是大順王師的對手？王師既到，還有什麼可說的！”
鄭森負氣而走，鄭芝龍也不加勸阻。福建和廣東兩省由此門戶大開，天法二年九月，郝搖旗在廣東節度使的協助下，招撫了在粵西山區及潮汕一帶負隅頑抗的忠明民軍，不久割據海南島的幾支殘明勢力也在張家玉的招撫下陸續繳械投降，廣東一省得以平定。
天法二年十月，張皮綆、劉希堯以水陸大軍二萬餘人從浙江南下，順軍新編的海船水師沿着浙江海岸迅速往福建方向挺進。
由於鄭芝龍不做抵抗的準備，沿途的鄭家船隊多數都選擇了投降，陸上的守軍聽聞海防已失，甚至部分順軍已浮海登陸閩南後，也都喪失了抵抗意志。
只有鄭森前往廈門，聚集了殘明勢力中不願屈服於李來亨的一些力量，以廈門、金門兩島爲基地，效仿明初的方國珍殘部，沿海打游擊，形成了一支頗具有實力的反順民軍。
在陝北安置好太宗皇帝陵寢的李來亨，回到東京後才知悉了鄭森據廈門、金門反順的戰情，他將書冊置於一旁，對入宮覲見的顧君恩笑道：
“好直以爲當要如何處置鄭森？”
顧君恩拜首道：“微臣以爲鄭寇僅具有二島，缺乏糧秣，其勢必定不能長久。我軍只以海船切斷二島同陸上的聯繫，以有力官員約束地方，嚴禁地方百姓與外洋海賊通商貿易。
如此至多一年，鄭寇彈盡糧絕，必將來歸降了。”
李來亨笑而不語，顧君恩還不懂得海貿之利有多大。只要鄭森能控制福建外洋的海上貿易，那一年幾百萬甚至上千萬兩的收入都很平常。
鄭森手握這樣多的錢財，即便順朝官員百般約束，可是不使用殘忍的鐵腕政策，怎麼可能控制住百姓不去通商呢？
“好直這是洪武帝對付方國珍的老辦法啦……時代不同了，老辦法是行不通的！”
李來亨即言：“命劉希堯在寧波、福州二處繼續營造海船、訓練水師，鄭氏歸附的諸將，就不要讓他們來東京了。直接帶到浙江任用起來，除了不能讓他們掌握福建省的政權、兵權外，到浙江後，大可以讓鄭氏諸將爲大順編練水師。”
後世清朝收降了鄭家多數將官以後，對這些富有海上作戰經驗的宿將，卻只當成一般的低級降將對待。要麼是大力裁撤，直接讓這批宿將沒有活路，只好逃出去投奔國姓爺；要麼就是帶去北京圈養起來。
總之就是沒有利用他們的才幹和經驗，所以明明鄭芝龍投降清朝以後，國姓爺負氣出走後，完全是從零開始創建海上勢力，結果清朝手中既有鄭芝龍留下的人才，也有鄭家歸降的船隊，卻竟然不能制服國姓。
這就很荒謬了。
有如此資源卻不能用之，李來亨可不會如此。
只是他對鄭森心懷善意，不願意採取過於鐵腕的武力政策。而是命令劉希堯在寧波、福州兩地編練海軍，在這期間大順軍則以防禦爲主，守軍重點防禦產量的泉州、漳州等地，不必要積極進剿殘明勢力。
等到大順的海上力量編練完成以後，到時候自然能夠以更低的代價降服鄭森。
如果鄭森依舊不願歸附，那邊任其遠走海外，又有何妨。