明軍的人數雖然較少，但身處萬里之外的異國他鄉，又都是經歷了明末以來連年戰事的百戰老兵，兵卒精煉，戰意如虹，一時間橫掃北印度。
孫可望更派遣竇名望率軍進入阿富汗地區，在當地招募了大批英勇善戰的騎兵，編爲三千營補充明軍的騎兵弱點。
孫可望是基督徒，呆迷兒帝國名義上的領袖太平天國皇帝朱由榔和幼天王也都是基督徒。而在北印度，大量錫克教徒、纏回、印度教徒混居，民族隔閡，宗教壓迫，無處不在。
這一切都讓孫可望憂心忡忡，深感天竺固然富裕，但要治理妥當的難度，遠比下緬甸要高。
何況明軍在緬甸時，焚燬佛寺、攻滅部族，根本就沒打算在當地久居下去。
現在到了印度，孫可望已有長期盤踞，作爲明朝中興之基的考慮，因此也就絕不可能再繼續實行緬甸行營時期的拷掠政策。
爲此，孫可望挾戰勝之威，採取高度集權、開明的君主專制統治，實行了行政、經濟、司法、軍事、宗教等一系列改革。
孫可望泛吸納印度教徒加入統治階層，掌管軍政事務，來化解宗教之間的矛盾，並且藉助他們的力量，壓制反抗明軍的莫臥兒帝國回回王公的勢力。
他建立了一套司法制度，在各省各縣設立法庭，甚至在每個村莊也儘量安排人處理地方司法事件。回回教法的權威，或者印度地方宗族習慣法的力量都被極大削弱，代之以較爲公正的律法。由於加強了對地方的控制，盜匪也變得稀少。
呆迷兒帝國繼續延續了行營時期對貪官污吏剝皮實草的辦法，孫可望下令嚴懲貪污，絕不許地方中飽私囊。因爲有成效的反貪，他得以減少對人民的剝削，經過丈量的田地既可以用貨幣也可以用實物納賦，田賦被規定決不能超過收成的四分之一。
爲了鞏固對新佔領的各地統治權，也是爲了將龐大的帝國緊密聯繫起來，孫可望發展交通、運輸和驛站，像朱元璋一樣廣修道路，恢復明初那樣的制度，令驛傳遍佈疆土。各條大道道路兩邊廣植樹木給行人帶來陰涼，還有許多驛站和旅店供過路者休息。
孫可望雖然是基督徒，但他對待印度人數最多的印度教教徒時，卻比過去的回回統治者更加寬容。
這種寬厚博大的統治，在充滿隔閡與割裂的古印度是前所未有的。孫可望在他統治的短短几年裡，就令北印度政通人和，百廢俱興。
呆迷兒帝國徹底廢除了莫臥兒帝國時期的包稅人制度，重用大批印度教教徒擔任稅吏，又儘可能地將回回王公的采邑領地全部收歸國有，改付他們以豐厚的俸祿。
鑑於西營在川滇地區實行營莊制的歷史經驗，孫可望又在北印度進行了影響極爲深遠的土地制度改革。
他任命王尚禮總理八省營田事務大臣，確定統一的度量衡制，然後開始對全國土地進行丈量，按照肥沃程度將土地分爲四等，並規定每一等級土地的稅收標準。稅收總額有所減少，但由於開支也相應減少，政府淨收入能保持不變。這些措施，不同程度地減輕了農民的負擔，促進了經濟的發展。
接着孫可望又下令遷都，將首都從回回王公勢力強大的莫臥兒帝國舊都阿格拉，遷至了德里附近新營建起來的新城復天府。
在莫臥兒帝國的殘骸上，孫可望徹底改革行政規劃，效仿明朝的行省制度，建立起了兩京八省的新版圖：
以德里附近營建的新都爲北京復天府，以莫臥兒帝國的故都阿格拉爲南京興天府；
然後設置了拉合爾（上五河省）、木爾坦（下五河省）、德里（天竺省）、阿格拉（西河間省）、阿瓦德（河北省）、阿拉哈巴德（東河間省）、比哈爾（山南省）、孟加拉（江洲省）共八個行省。
不久竇名望在阿富汗招撫部落騎兵成功以後，孫可望又派兵佔領喀布爾，設立了阿富汗（山北）宣慰司。
孫可望本人則在鎮壓拉傑普特人的戰爭中，在攻打拉傑普特人的卡林雅爾堡壘時，雖然取得了勝利，自己卻因爲火炮炸膛而不治身亡。
這也打斷了孫可望篡位的進程，在討伐拉傑普特人的時候，孫可望其實已經開始着手廢除明朝皇帝和幼天王的地位了。
但是他的意外去世，使得篡位之說成爲泡影，繼承孫可望東王位置的第二代東王孫徵淇，聽從了金堡的建議，決定按照印度本地的傳統，改稱東王沙。
東王沙在德里（復天府）舉辦了一次著名的宗教討論會，博學的回教學者、婆羅門教徒、印度教唯物主義者、基督教徒、耆那教徒、佛教徒、猶太教徒和拜火教徒，在這次盛會中輪流發言。
孫徵淇鼓勵他們暢所欲言，廣泛地聽取意見。最後他決定按照回教和基督教的傳統，奉明帝和幼天王爲名義上的宗教領袖，由自己以東王沙的名義執掌呆迷兒帝國的一切軍政實權。
穩定內部，建立起了鞏固的東王沙體制以後，孫徵淇就派馮雙禮南下重新打敗了拉傑普特人，爲孫可望報仇，並在拉傑普特地區設立了拉傑普特（漠南）宣慰司，對當地桀驁不馴的王公採取了羈縻政策。
如此，經過孫可望、孫徵淇父子兩代的努力，明朝終於在北印度實現了真正意義上的中興，並且很快就依靠着宗教寬容的政策以及先進的軍事行政組織和技術，在印度全境展開了迅猛的擴張，並在第三代東王沙時，基本統一印度全境。
歐洲人在16世紀中葉發現了印度洋的南部航線。相比前輩航海家的線路，現在歐洲商船可以不用停泊東非和印度海岸，過好望角直接乘西風漂流，沿澳大利亞外海就可以到達爪哇和香料羣島。
到了17世紀中葉，印度洋上形成了這樣的圖景：南方大洋裡的“幹線”航線在幾乎屬於歐洲人的蓋倫船，沿海的貿易則仍然由印度洋沿岸的國家的商船進行。
地中海的貿易在16世紀曾經幾起幾落，但是歷史的進程還是難以阻擋的。1580-1600 間，地中海貿易最終衰落。
陸上商路，由於目的地完全不同，倒是還沒有受到直接衝擊。呆迷兒帝國很快就復興了阿富汗商路，讓喀布爾這座城市繼續保留着商業中樞的地位。