武昌即得，陳玉成率兵四千，再攻漢川，半日即克。翌日再擊新溝，鏖戰長江埠；延綏鎮總兵楊昌泗不敵，四散而去。湖廣總督楊霈懼，由德安退守隨州。陳玉成再克應城、雲夢。楊霈再遁棗陽。
七日之內，連丟一府六城。咸豐帝怒斥楊霈昏聵，敕令西安將軍扎拉芬、副都統常亮率兵五千，火速救援。
軍機大臣文慶進言：胡林翼，爲官黔域偏僻之境，四載有餘，誓不取官中一錢自肥，剿匪安民，黔地昇平，宛若桃源，黔民奉爲圭臬。其學與才、智與謀，荊襄無出其右者，宜當重用。
咸豐帝納文慶言，諭命胡林翼升任布政使，署理湖北巡撫；李孟羣接任湖北按察使。即刻攻擊武昌、漢陽，以分賊勢。
胡林翼作壁金口，接旨署撫，喜上眉梢，遂添船百餘，募勇兩千，湖南巡撫駱秉章亦援兵六百。胡林翼權柄在手，一時氣振。
李孟羣道：“吾皇諭旨，攻武昌、漢陽，以分賊勢。今已過一月，何時開攻？”
胡林翼道：“將在外君命有所不受，這點，你我皆不如曾滌帥。新募之勇，尚需砥礪，再練半月，即行開攻。”
半月之後，胡林翼、李孟羣兵分二路，分攻武昌、漢陽。
韋俊、鍾廷生督兵率將，時而憑城堅守，時而率隊出擊，十日時間，斬殺參將恆泰、千總劉凝俊，擊退胡李多次進攻。
強攻不成，胡林翼調整部署，令王國才牽制漢陽，林翼自率主力，與李孟羣、彭玉麟合攻武昌。
彭玉麟率水師偷襲武昌鮎魚套，一舉擊毀太平軍師船二百餘號。胡林翼親率三千大軍，再擊金沙洲、白沙洲。韋俊東接西擋，水陸並阻，交戰月餘，韋俊漸漸不支，棄營入城，負隅頑抗。
捷報至京，已是夜深，咸豐帝悅，出宮踱步，忽聞歌聲，十一分之悅耳，遂駐足細品。
侍寢太監道：“啓稟吾皇萬歲萬萬歲，歌者乃蘭貴人，葉赫那拉氏，選秀入宮，已近三載。”
咸豐帝曰：“召蘭貴人。”
蘭姑娘婀娜而出，纖纖玉立，果然是如花之貌，鬥舞之腰。
咸豐帝悅極，一擁入懷；蘭姑娘亦輸萬轉之柔腸，了三生之夙願。
翌日，咸豐帝召恭親王奕忻，曰：“胡林翼激戰三日，肅清武昌水道外營，胡臣真乃將才。”
奕忻卻泣。咸豐帝問故。
奕忻跪曰：“母病已篤，意待封號以瞑。”
咸豐帝感念養母心慈，哦哦聲裡，亦已淚目。
奕忻以哦起意，遂命禮部具奏請禮，晉封親母康慈皇貴太妃爲皇太后。
咸豐帝憤然，即諭：恭親王奕忻，於一切禮儀，多有疏略之處，着勿庸在軍機大臣上行走。宗人府宗令、正黃旗滿洲都統，均着開卸。並勿庸管理喪儀事務、管理三庫事務。仍在內庭行走，上書房讀書，管理中正殿等處事務。俾自知敬慎，勿再蹈愆尤，以負朕成全之至意。
咸豐帝罷黜奕忻，擢用怡親王載垣、鄭親王端華，二人不識漢文，端華遂薦其同父異母之弟——肅順。
咸豐帝召見肅順，道：“曾國藩、胡林翼如何？”
肅順道：“曾國藩，一迂訥書生，保湘楚半壁；黔驢之地，胡林翼匡而扶之。曾胡皆我大清可造之才。”
咸豐帝又道：“聽聞肅門有七子，爾爲孟嘗君乎？僧格林沁、勝保圍賊兩載有餘，屢攻不克，爲何？向榮之於金陵乎？”
肅順正色道：“吾皇明鑑，滿人糊塗不通，不能爲國家出力，惟知要錢耳！奴才朝思暮想，廣納賢言，誓爲吾皇除此弊！僧格林沁、勝保試圖以困斃賊，坐收其功，所以屢屢不克！金陵乃賊首盤踞，勢必嚴防死守；江南地闊，賊逆四方擾動，向榮兵分將散，力不能專，所以僵戰。”
咸豐帝道：“行軍打仗，一靠氣勢，二仗軍紀，三年無功，向榮餒矣！朕欲調吉爾杭阿幫辦江南大營軍務，吉爾杭阿若克得鎮江，則取代向榮，再謀金陵，如何？”
肅順道：“吉爾杭阿起於微末，奔走上海，聯手諸夷，平定刀匪。此人忠勇靈動，定無負鴻恩。”
咸豐帝細品肅順之身骨言行，皆異於常人，竟萌生幾分喜歡。
1855年4月14日，吉爾杭阿奉旨進抵鎮江西，駐紮九華山，建軍營二十餘座，且謂餘萬清道：“吾平生最恨出爾反爾、見風使舵、聞風而逃之人，足下與忠義勇，務必一意殺賊，否即屠之。”
餘萬清驚懼，速稟向榮，又領忠義勇，以賊逆東顧、軍情火急，連夜奔至京峴山，安營紮寨，廣置警哨，心方稍安。
向榮諮告餘萬清：吉爾杭阿初出茅廬，牛犢心思；鎮江不破，江南不立。然世事玄妙，足下之忠義勇，務必謹小慎微；撫賊之策，切勿再施。
餘萬清擅離，吉爾杭阿並未深究，謂虎嵩林、劉存厚道：餘某萬清，一言即懾，絕非將才！賊恃金山爲犄角，以銀山、寶蓋山、煙墩山、金雞嶺爲藩籬，佑護鎮江。吾等自京峴山至象山江濱，挖濠築牆，廣置炮臺；再將上海駛援炮船，移泊象山，與焦山艇船互爲犄角，扼賊南北之聯，兩老兄以爲如何？
宜昌鎮總兵虎嵩林道：“東北山麓，東制鎮江，北窺金山，扼吭拊背，必即屯兵。”
江寧知府劉存厚道：“京口瓜洲，只一水間，吾領一軍，奪銀山，爭金雞嶺，破瓜洲援賊。”
吉爾杭阿道：“吾即令餘萬清部出京峴山，擊煙墩山、寶蓋山，制賊東路。如此，鎮江已水泄不通；有二老兄襄助，甚好甚好。”
劉存厚道：“餘萬清部，撫帥切勿輕視。”
吉爾杭阿笑曰：“餘萬清，一敗再敗之將，其下忠義勇，多長毛逆匪，乃出爾反爾之徒，豈能束手待之！其若痛改前非，吾必厚待；其若朝三暮四，必即誅殺！”
吉爾杭阿磨刀霍霍，咸豐帝甚慰，復諭僧格林沁、勝保：江蘇撫臣吉爾杭阿，半載即破上海刀匪，二臣圈圍林李孤逆兩載有餘，果在哪裡？去歲七月間，僧臣曾奏：賊米麥漸缺，馬草尤爲短少。兩岸套堤竣工，並將圍堤沖決之處補築。東面賊巢水深二三尺至四五尺不等，再將決口補築，俟水勢益深，該逆即難容止。惟河西地勢較高，現因下游河水太小，不能浸灌。恐該逆蟻聚西岸，然究屬一隅之地，設由西岸進攻，或易得手。今賊棄西連鎮，西岸業已得手，套堤亦已合攏，僧臣還有何言託辭？此奏至今已七月有餘，賊米、麥、草可絕？嗚呼，朕之運河已灌連鎮，朕之天水已淹六軍，朕唯憾至今不見林鳳祥賊逆之首！
僧格林沁接旨，謂降將詹啓綸道：“林賊尚可戰乎？”
詹啓綸道：“吾歸降之時，手已不能執戈，已是至飢；今又困圍三月，早無縛雞之力。僧帥奮力一擊，必能大獲全勝。”
僧格林沁道：“林逆百戰成精，焉有如此好事！吾令汝之麾下謂毛勇，汝恨乎？”
詹啓綸道：“吾等待死之人，幸蒙僧帥提挈，愛之極，何有恨！僧帥治軍公廉無私，與士卒誓同甘苦，愛庶民亦如己子，部曲誠服，勞而不怨；林等被困二載，前無救兵，後無援軍，糧缺資匱，兵頹將廢，已如深秋之僵蟲。”
僧格林沁道：“非吾心恨，明兒汝即陣前殺敵，做給吾看。僧某無他，唯恨不公不平。吾等立身於天地間，上不辜皇恩，下無負庶民！傳吾將令，全軍各營，三更做飯，五更開攻，賊巢不破，林賊不擒，誓不撤隊，後撤者立斬！吾若後撤，人人可誅！”
林鳳祥四面受敵，竭力廝殺，然多日未食，力不能支，匿身地窖，自殺未遂，被僧生擒。
咸豐帝聞，加封僧格林沁爲博多勒噶臺親王，賞朝珠一盤、四團龍補褂一件。着即南下高唐，擒殺李開芳賊逆。
犒賞僧畢，咸豐帝又斥：勝保頓兵高唐城下，不但不能剋日進攻，直至該逆出入不能防，殊堪詫異。該逆每撲一處，馬隊總被衝散，兵勇總有傷亡，甚至大營之後亦被任意衝撲，準備毫無，可見所稱晝夜列隊悉力合圍者，全系虛應故事。攻既不能，圍又不密，勞師靡餉，坐令窮寇稽誅，勝保等玩誤之罪，斷不能曲爲原宥也。着即遣京治罪。
李開芳聞林軍全沒，再不堅持，突圍而出，南馳五十里，至馮官屯，正待埋鍋做飯，僧格林沁督軍趕至，僧見馮官屯旁有汊河，直通徒駭河。即刻飛諮山東撫臣，於上游聊城地方，挑開運河，引水漫淹馮官屯。
李開芳偕四百殘兵，皆於沒膝水中，再無搏殺心思；膽怯者甚已束手就擒。開芳將計就計，令一百悍士詐降，冀裡應外合，逃出昇天。僧格林沁識破，先殺詐降之兵，復誘李開芳出屯，圍而擒之。
咸豐帝喜泣，道：“僧格林沁親王不辭勞苦，拿獲林李二賊，國之柱石矣！朕京畿之三萬精兵，洶洶南下，洪楊逆賊，何愁不滅！且看官文、曾國藩、胡林翼、扎拉芬殺賊。僧格林沁親王聽旨，南方一有波折，即刻傾兵而下。