漢陽復失，武昌告急，曾國藩哀呼：“兩載戎馬，付之一炬。諸位將軍辛苦，此過此失，皆記國藩名下。吾即請旨交部嚴加議處。胡林翼、李孟羣二部，即刻返鄂，聲援武昌。李元度，投筆從戎，速至平江募勇。蕭捷三，進駐康山，即於鄱陽湖裡，添造大船，添募水勇，各小舟有所依附，乃能自成一軍，外防大江之賊駛船入湖，內防饒州之賊擄船出湖，相機拊湖口、梅家洲之背，應援九江戰事。塔齊布、羅澤南復攻九江，長蛇之腰，務必切斷。彭玉麟督率水師，上駛沔陽新堤修復；兼及援鄂。楊載福即赴岳陽，洞庭湖上，再造水師。吾即至南昌，執邀撫臣，籌措糧資，造船募勇。”
是夜，國藩上疏：奏爲內河水師三獲勝仗，恭摺馳奏，仰慰聖懷事。
竊水師於十二日焚燒湖口卡內賊船，乘勝衝入內河。蕭捷三、段瑩器等及各營長龍、三板百二十餘號，掛帆上駛，行至大姑塘，尚無賊艨，即行宿泊。十三日，上至平風地方，見賊戰船、民船共二百餘號，圖起擊之。該逆自恃在湖口卡內百里，不虞我軍之猝至也，大炮、羣槍抵死抗拒。我軍先燒其民船，賊陣既亂，及焚其戰舟。凡焚船二百餘號，奪獲三十五號，奪炮七十餘位。各三板自先日出隊，小艇不便宿食，至是始得一餐。
十四日，該逆以前夕所搶我軍之船，冒爲官兵，自湖口駛上襲我內河之師，輔以小劃百餘號。時蕭捷三、段瑩器等已聞十二日夜老營被燒之信矣。因約各哨，寂靜以待。逆船撲近，衆炮齊發，羣子噴飛。該逆立刻敗下，紛紛鳧水，擊沉、燒去小劃、三板共五十餘號。追至湖口，見該逆搭浮橋二道，舊卡一道，關鎖牢固，勢難衝出，收隊回泊大姑塘以上。各營官以十三所搶民船，恐其累重，爲賊所乘，至是盡數焚之。外既與九江大營隔絕，內又與江省遠離，銀兩、子藥，俱無所出，不得已就取於南康。
十九日入至吳城鎮，探悉逆匪由彭澤湖口而來者，約有數千人。竊據都昌縣城，築城挖壕，擄有大小船隻四百餘號，停泊縣河，裝載輜重。二十六日，水軍各營官在罐子口熟商，以都昌既有逆船竊踞，倘我軍一出，仍復滋擾，轉不能一律肅清，不如趁此時燒盡。因派定三板、划船四十餘隻，營官蕭捷三、孫昌國、段瑩器、賀虎臣、鄧冀升親督之，於二十七日五更即開行，並派熟悉河道之翟秉茂前往指引。是晨，煙霧迷漫，嚴戒各船不準放一炮，出其不意，突而襲之。巳刻，抵都昌縣，見逆船排於河面，大小數百號，黃旗飄拂，該逆尚未驚覺。各營蜂擁而前，槍炮齊放，火球、火箭併發，時值東南風，頃刻之間，火光貫日，將逆匪輜重船隻數百號燒燬清淨。賊匪擊死者、撲水死者不計其數，生擒五十一名，即時正法，餘匪奔入縣城。因無陸兵，不敢上岸窮追，師還路過雞公湖，有小划船三百餘號，各營官帶勇下水，概行燒盡，免爲賊有。此搜剿都昌河內，大獲全勝之實在情形也。
伏查水師自衝入內河，日夜辛勤，三獲全勝，搜洗鄱湖支河，勞勤可嘉。然冒險衝入，與外江水師相隔，疏失實甚。目下外江苦乏小船，即擬趕添民劃。內河水師，飭令決戰衝出，兩面會剿，務期力破湖口一關。所有內河水師屢勝緣由，謹會同江西撫臣陳啓邁恭摺由驛馳奏，伏乞皇上聖鑑，訓示施行。謹奏。
報喜摺子呈上，曾國藩寢食難安，遂又奏道：水師三勝兩挫外江老營被襲文案全失自請嚴處摺。
奏爲水師三次獲勝，兩次敗挫，恭摺馳奏，仰祈聖鑑事。
竊水師攻破賊排，陸軍在梅家洲獲勝，業經馳奏在案。初十日，胡林翼、羅澤南等銳意欲攻破梅家洲賊壘，負布袋囊土，人持火包，一擁而前，衝突於賊炮攢簇之間。前者雖傷，後者猶進，逼近賊牆，超躍而入。已入數十人矣，拋擲火包，誤傷同入之侶，以數人負送而出。在外者誤認爲敗退，適南頭一壘賊隊衝出，西路官軍相率退奔，入壘者恐外隊挫失，亦即退出；奔潰至三四里之遙，始行卓旗駐立，回軍與戰。該逆亦反奔，我軍追之更急，殺賊三十餘人，該逆遁入堅壘，固匿不出。
水師自初六攻破賊排後，該逆連夜將大船鑿沉江心，實以砂石，僅西岸留一隘口，攔以篾纜。初十日陸軍攻壘之時，約水師同攻此卡，彭玉麟、孫昌國、蕭捷三等督三板各船，斬纜衝入，焚其戰船三十餘號，民船三百餘號，斃賊約百名。我軍受其隘口三面之炮，傷亡亦數十人。
十二日，陸軍復攻賊壘，功逼終日，以炮多壘堅，卒不能破。水師復衝卡內，燔賊戰舟三十餘號，民船約五十號。自是，賊所奪江西戰舟焚燒略盡，僅餘夾洲內十餘船。自湖口至姑塘四十里，賊艨肅清矣。此初十、十二日陸軍攻壘、水師戰勝之實在情形也。
營官蕭捷三、段瑩器、孫昌國等，欲速清鄱湖以內，遂乘勝追至大姑塘以上，從之者各營長龍、三板百二十餘號，皆輕便之舟，勇銳之士，揚帆內駛，日暮不歸。詎料該逆窺我軍小船衝入內河，即出小劃二十餘號突出卡外，圍我軍快蟹大船，保升都司史久立首當其衝，被圍良久，船隻延燒，力戰死亡。
是夜三更，該逆複用小劃三四十號攢入老營，燒我船隻，兩岸賊匪數千，火箭噴筒，迷亂施放，呼聲震天。
我軍以內河百餘小船未歸，無以御之，被焚大戰船九號，小者數號，雜色坐船十三號。各勇狃於屢勝之餘，變起倉猝，快蟹、長龍等船掛帆上駛，李孟羣、彭玉麟不能禁止。次日，悉回九江大營。
臣國藩聞信之下，不勝憤懣，戰船焚失雖屬無多，而百餘輕捷之船，二千精健之卒，陷入鄱湖內河，業被賊卡隔絕，外江所存多笨重船隻，運棹不靈，如鳥去翼，如蟲去足，實覺無以自立。
副將楊載福自攻破田家鎮後，即在武穴養病，因飛調來營，十七日力疾往下游進剿。行抵潯城十五里之張家洲頭，賊船已分兩路上犯。楊載福派哨官張榮貴、陳金鏖等由新河下擊，自率各哨由老河下擊，澄海營官何敦五亦由老河隨剿。鏖戰良久，該逆敗退下竄。追至老灣，其快蟹船貼靠北岸，陸賊護之，不能奪取。炮斃賊數十名，我軍哨官沈光榮陣亡。
張榮貴等自新河下者，遇賊三板及小劃約三十隻，我軍九船勝之，追至湖口縣，繞出老河，與楊載福會合。兩路凡焚船二十六號，奪船五號，四更收隊。此十二夜水師敗挫、十七日進剿獲勝之實在情形也。
自十二夜水師失利後，賊之兇焰頓長。梅家洲之賊，夜夜往撲胡林翼、羅澤南等營，賴併力堅守，得搓兇鋒。湖口之賊，渡江上犯，紮營九江對岸之小池口。二十一日，臣等派副將周鳳山渡江擊之。四更渡畢，黎明開仗，該逆猝不及防，踏平賊營一座，殺賊百餘。江邊一支，追出街外；堤內一支，因搶奪馬匹、衣物，爲賊所乘，先勝後挫，被迫七八里之遙。
臣等酌商，以水師既陷內河，陸軍復挫小池口，遂調胡林翼、羅澤南三軍由湖口回剿九江。
二十五日駐紮南岸官牌夾。是夜三更，潯城與小池口兩岸之賊，各擡小劃數十隻入江，乘月夜迷漫，攢入我軍船夾內，火蛋、噴筒、百支齊放，右營被燒戰船一隻，各哨慌亂，掛帆上駛，臣國藩坐三板督陣，禁黑夜不許開船。江闊船多，莫能禁止。該逆已用小劃數十，將臣坐船圍住。管駕官廣東把總劉盛槐、李子成，監印官安鄉縣典吏潘兆奎，文生葛榮冊陣亡，文案全失。臣國藩遂飭各戰船與羅澤南陸營緊相依護，而遣人四出追回上駛之船。黎明陸續歸隊，復將賊船追擊，奪回船三隻。此二十一日陸軍先勝後挫，二十五夜水軍復挫之實在情形也。
伏查水師自嶽州以來，屢獲大捷，武漢、田鎮，聲威尤震。自至湖口，苦戰經月。破排焚船，費盡力氣，賊舟所存無幾。詎意各營長龍、三板過於勇鷙，衝入內河，竟夜不歸；而外江老營，兩次爲該逆所偷襲，實堪憤恨。皆臣國藩調度無方所致。應請旨飭部將國藩交部嚴加議處。
廣東保升藍翎把總劉盛槐、保升把總李子成、典吏潘兆奎，請交部照例議恤。哨官保升都司史久立，奮勇忠直，爲合營所推服，請照都司從優議恤。候補把總李允升、李選衆，或中炮陣亡，或燒傷殞命，均請交部議恤。藍翎軍功沈光雲，田鎮案內擬保把總，尚未出奏。文生葛榮冊，襄辦勞勘，田鎮案內擬保主簿，尚未出奏。籲墾天恩，沈光雲即照把總例賜卹，葛榮冊即照主簿例賜卹，其餘查明案例辦理。除內河水師屢獲勝仗，另摺奏報外，所有水師三勝兩挫緣由，謹會同湖廣總督臣楊霈、江西巡撫臣陳啓邁恭摺由驛具奏，伏乞皇上聖鑑，訓示施行。謹奏。
咸豐帝諭曰：曾臣自出兵衡陽後，與塔齊布等協力同心，掃除羣醜，勞苦功高；此次水師銳氣過甚，由湖口駛至大姑塘以上，長龍、舢板各船與外江師船隔絕，以致逆氛頓熾，兩次被賊襲營，辦理未爲得手。實屬偶遇小挫，尚於大局無損；自請嚴議之處，着加恩寬免。聯攻九江兩月，賊已至疲，竭力再攻，定能克復。朕閱前摺，曾臣屢曰：能保武昌，則能扼金陵之上游，能固荊襄之門戶，能通兩廣、四川之餉道；若武昌不保，則恐成割據之勢。今武昌岌岌復危，曾臣亟應分兵再援！江南向榮，再不宜怠，即刻督飭吳全美水師上駛，聯通九江曾國藩部。廬州福濟、和春，圍廬之際，務必分擊舒城、巢縣、廬江等城，拱衛沿江航道，應援吳全美水師。
和春領旨，即令秦定三再攻舒城，李鴻章襲擾含山。
向榮接旨，疏曰：現在紅單等船攻上，料可牽制蕪湖之賊，不敢復乘內犯。一俟鄧紹良回抵黃池，即統率兵勇出取蕪湖。並抽兵馳會高淳防兵，出剿天平、金柱關之賊，並上蕪湖，就彼水陸屯扼，則蘇常門戶以固，江皖賊援以斷。再分舟師、陸兵上剿安慶，迎合九江楚師，下掃沿江，合圍金陵巢穴。
曾國藩接旨又嘆：“三月以內，吾固於長江、執於九江，意一蹴而就，一勞永逸。無奈時勢驟轉、聖意難卻。速傳吾令：王國才督率本部人馬，再援武昌。”
一日，常州人士周藤虎求見。
曾國藩道：“林公則徐曾曰：弢甫我輩中人也，未可以平常幕客蓄也。快快備茶。”
周藤虎進見，道：“自古成事，皆用心人。周某遍歷下游無一人知此，必致潰敗後已。公雖暫息，然成事者必公也。”
曾國藩道：“水師新敗，周公可有力挽狂瀾之策。”
周藤虎道：“舍弟趙烈文，青年才俊，略有雕蟲小技。”
曾國藩道：“吾即諮文叩請。”
周藤虎笑曰：“曾公客套，黃口小子，何須用叩！吾已書信囑之，不日即至。兵者，近研甚少；況曾公屬下之胡、塔、羅、楊、彭等人，皆是曠世難逢之將才。糧餉經濟者，有王來取法，無佛處稱尊。徵商稅，納者以厘金，餉大裕，數十年間海內踵之，雖名臣鉅公勿能變也。刑部侍郎雷以諴於揚州首創納厘金以充餉銀，曾公試行否？”
曾國藩喜，遂請周藤虎隨郭嵩燾籌餉。