這一次，帶頭逼宮的兵部尚書項忠被逼退休。一個月後，太子少保、吏部尚書兼謹身殿大學士商輅同樣告老還鄉。皇帝和文官集團之間的較量，遠沒有結束。此後重新掌權的汪直更是讓文官們恨之入骨，皇權和相權之間還會有長期複雜的鬥爭。
汪直所做的事，就是朱見深的意思，加上汪直年輕氣盛，拼命想在皇上跟前表現出能幹，又沒有多少學問，僅憑自己的小聰明，遠沒有懷恩老練，每興一次大獄，文官集團就對汪直憤恨加深一次。同年，南京鎮監覃力朋上京進貢後回去，用一百艘船隻載運私鹽，騷擾所過州縣。武城縣典史責問他，反倒被覃力朋擊打，牙齒被打斷，另有一人被射殺。汪直查訪得知，報告給朱見深，結果覃力朋被逮捕，判處斬刑。覃力朋廣施銀子，後來僥倖得免，而朱見深通過此事認爲汪直能探知姦情，便更加寵愛他。汪直於是任用錦衣衛百戶韋瑛作爲心腹，屢興大獄。
在汪直興大獄中，可以說有些文官自身手腳不清，難免在刑獄中處理太重，範圍擴大，這就讓文官集團恨之入骨。
汪直重新當上提督後有所收斂，對皇上更加忠心耿耿。成化十四年汪直經曾提出過重要建議，奏請皇帝按文科例設武科鄉，其意義在於把武科擴大到鄉試和會試，開設武舉，使武舉逐漸發展成爲與一般文士考試相對等的體系，健全明朝的科舉制度，像選拔進士那樣選拔武官，這有利於武科人才的全面選拔。朱見深依他所言，試行數年，頗有成效。
朱見深更把汪直當成得力助手，命他前往遼東協助處理邊疆事務，並可“便宜行事”，這等於給了他很大的權力。十六七歲的汪直，以另一種方式一路前行。
汪直得朱見深“便宜行事”之敕令，巡撫遼東，處置邊務。 作爲監軍，出兵征討建州女真三衛，大勝。汪直在遼東狠揍了建州女真一頓，這一戰在明軍五萬人的打擊下，女真軍隊被斬首630多人，活捉240多人。建州女真失敗得很徹底，此戰直接把後來努爾哈赤的老祖宗女真首領李滿柱、董山殺死在亂軍之中，讓明朝東北邊境安生了100多年，這場戰役就是後世所謂的“成化犁庭”。大概因爲敗的恥辱，以至於在清史稿裡邊，沒有詳盡的紀錄。事後，汪直受命總督禁軍十二團營，開明代宦官專掌禁軍的先河。
汪直於河套地區抵禦蒙古韃靼南下，大勝。韃靼入侵河套地區，兵擾靖虜，汪直再次監軍和兵部尚書王越商議，採取明修棧道暗度陳倉之計，保國公朱永率大軍從南路走，汪直和王越則率少部人馬沿邊境往榆林收集情報，偵查得知疏於防範的蒙古王庭就在威寧海，汪直當機立斷調大同宣府兩鎮精兵兩萬，晝伏夜行二十七天奔襲至威寧海貓兒莊。時天降大風雪，王越汪直率精騎連夜奔襲至威寧海，敵寇猶未發覺，明軍縱兵掩殺，大獲全勝。達延汗巴圖蒙克（小王子）僅以身逃，達延汗的妻子，蒙古傳奇女英雄滿都海戰死。
成化十七年（1481年）二月，韃靼進犯大同，汪直率軍截殺，勝。韃靼軍入大同市境剽掠，汪直監軍三度抗擊入寇大同、宣府的亦思馬因部，遍佈士兵追殺，追至黑石崖等處獲得勝利，取得黑石崖大捷，穩定了邊秩。
同年七月，汪直再領京軍精銳主動出擊，勝。
成化十八（1482年）年，受命總鎮大同、宣府，專鎮大同。這時，汪直雖然掌握了邊鎮兵權，仍然監督京師十二團營，六月，於延綏抵禦韃靼，大勝。
這讓文官集團的臉面無處安放，要是這樣一直勝下去，想要扳倒汪直就更難了，所以四處尋找汪直的錯處，什麼專權獨斷，四處行賄，拉小圈子排除異己，勾通敵國等等。
機會終於來了，成化十九年，汪直獲得密報，韃靼將大舉來犯，請求京師支援，未果。對，沒看錯，未果，朝中所有人都巴不得汪直死，當然是未果了。
對於朝堂上的這些文官，一直在抓汪直的把柄，早在成化十四年三月，建州女真犯邊，汪直欲前去招撫，爲司禮監掌印懷恩、大學士萬安等人所阻。
既然汪直這樣能打仗，那就在大同駐守着，不讓汪直回京，在一大幫文官上下的操弄下，惑悠朱見深任命汪直爲大同鎮守太監，再把京營官兵召還。
汪直既在大同不得還，各道言官紛紛上疏奏其辦事苛察紛擾，內閣首輔萬安上疏請罷西廠，在一片反對聲中朱見深同意，裁撤西廠，文官集團計謀得逞。
到了六月，虜寇入延綏，汪直王越分兵抵禦，又獲大勝。
汪直越是在邊關打勝仗，朝堂上的這些文官就越難受，底下小動作不斷，暗中遊說邊關的許多將士，故意慫恿一些官員犯錯，讓汪直上當，只要汪直處理了這些官員，等被處理的官員多了，就會營造一種假象，讓朱見深上當，到時只要一個奏摺，看吧，汪直在邊關，天高皇帝遠，擁兵自重，獨斷專行，邊關將士深受其害。
果然汪直沒文化，年紀又輕，這種高深莫測的計謀還是上當了，萬安等人擔心王越有智計，恐誘汪直求復進，於是奏請王越與延綏守將許寧換防。把王越跟汪直分開。同月，汪直上奏彈劾副總兵朱鑑等人玩忽職守，以致虜寇入境殺三十四人而去。
汪直上奏，左參將盧欽、右監丞楊雄等人不能御虜，以致敵寇多次入境殺掠人畜，又隱匿不報，論法當究問，並自劾不能節制之罪。同月，汪直又馳書上奏，有自虜中逃回的人傳報韃靼可汗小王子打算糾結大軍來犯，恐寡不敵衆，請求令舊日所統的京軍頭目趕赴支援，兵部不允。到了六月，巡撫郭鏜上奏，汪直與總兵官許寧共事以來，互生嫌隙，不相和協，並列舉了近乎胡鬧的五件事爲證，一，汪直上廁所不帶紙，吩咐許寧在外伺候。二，汪直唆使下人在許寧屋外扮鬼嚇唬，三，汪直睡覺不穿衣服，要是有敵偷襲怎麼辦？四，汪直夥同他人，晚上不睡覺，在營房吃喝。五，汪直在街市吃飯不給錢。表明兩人基本上是水火不容。韃靼大軍轉瞬即至，恐會敗事。
這種無中生有的事多了，最後朱見深也煩了，於是朱見深調汪直於南京御馬監。這一下中可以了吧。
可是到了八月，降南京御馬監太監汪直爲奉御（六品），除威寧伯王越，安置安陸州，革南京工部尚書戴縉、錦衣衛帶俸指揮吳綬職，俱原籍爲民。
又到了九月，右都御史李裕等奏，汪直獲罪，猶有未滿者，希望把被汪直排擠的官員們官復原職並賜召還。
看到了吧，這纔是目的，文官集團開始反擊了，朱見深這纔回過味來，以事已處分，李裕等煩擾，而且有的人不是汪直誣陷的爲由，命錦衣衛把領頭的御史下獄拘問，並停了都察院右都御史李裕、右副都御史屠滽俸祿半年。
汪直走後，許寧等人消極抵禦，後又中了小王子的誘兵之計，明軍死傷數千人，差點丟掉了大同。大同敗仗泄露，朱見深大怒，命錦衣衛執大同總兵許寧、巡撫郭鏜、鎮守太監蔡新於午門前門，後免了他們的死罪，改爲各降官六級，永不起用。
朝中這些朝臣都知道敗在不該調走汪直和王越，害怕朱見深責怪，只推說是因爲調兵未集，與滿朝科道官一起把敗仗瞞了下來。直到一年後，終究人心不平，纔有人將實情報給了朱見深。
汪直終究只是一個宦官，無根之人，就當汪直查辦的都是一些該查之人，在文官眼中也是錯，如果汪直換成是進士出身，有這樣的成就，就不會成爲“文人”眼中的“奸賊”。看看這有多恨啊。可惜歷史的記錄是有文官來完成的，想把你寫成什麼樣就是什麼樣？這汪直還能好嗎？
此後，史書上就很少有關於汪直的記載了，只有零星提到。弘治元年，南京戶部員外郎周從時上奏說應追究前朝遺奸汪直、錢能等人，抄其家以濟邊用，孝宗以奏疏格式不對爲由將周從時下獄不久又放出，原來奏請的事也不了了之。
弘治十一年左右，孝宗召回汪直、樑芳等人，滿朝譁然，吏部員外張彩憤而棄官。此是後話。