由於李來亨的個人堅持，還有朝中秦人勳臣們的大力支持，士林輿論清議，最終也沒有阻止順軍在關西的繼續用兵。
瓜州之屠和沙州大捷的消息，迅速傳遍全國。
李來亨爲了樹立榜樣，對於此役從軍文士、書辦的獎勵也達到了盡皆拔擢的地步。
這種舉措，很快就在各地掀起了學習西北輿地地理、投筆從戎參與邊塞戰事的熱潮。
很多在順朝不斷改革的科舉考試中，不幸名落孫山的失意之人、落魄文士，都從朝廷對於參與平準者的越級拔擢裡，看到了一條全新的終南捷徑、康莊大道。
也是從這時候開始，各種文人投筆從戎，遠赴關外進入各級經略使、節度使、制將軍、都督幕府之中，贊畫軍務的做法，開始大爲風行了起來。
這種全新的上升渠道，甚至於慢慢壯大到了可以同科甲正途媲美的地步。
天法朝中期，甚至出現了六政府尚書半爲幕僚出身，天下節度使亦有七節度爲幕僚出身的盛況。
一時間，天下寒士皆西行，玉門關外盡故人。
在這個過程中，文脈流傳，邊塞文學興盛於一時。那些在邊塞征伐中起家進入仕途的文人，又給大順朝堂注入了一股剛健質樸的清流，使得大順形成了一種迥異於前朝的全新士林之風。
從那時開始，順朝士人皆以身配刀劍、手銃爲榮，人人習武縱馬，都以揚威異域、建功絕域爲理想。
自然，這之中也不免造成些許較壞的影響：例如順朝士人一言不合就以決鬥相見，因私鬥而死的士人，每年不下數百人。
械鬥成風，跋扈、誇富、好鬥、攀比也成爲了士林一時風行的重要潮流之一。
所以當沙州大捷不久以後，僧格渾臺吉的弟弟葛爾丹，突然聯絡雪區反順的僧俗各界發難，將順軍駐紮拉薩的制將軍米剌印刺殺，興兵叛亂時，立刻就引起了西北士人的強烈震怒。
當時投入米剌印幕中，一起到拉薩駐紮的關中名士、秦中士大夫，約有四五十人之多。
這些人大多是陝西、甘肅兩省的名門望族出身，都以投入米剌印的麾下遠征雪域爲終南捷徑。
他們都以爲以大順軍的兵鋒之盛，這次駐紮拉薩，又是以大軍臨小邦，毫無危險可言，怎麼預見得到自己會撞上葛爾丹這樣一枚殺星？
米剌印系天方回教徒，本來就和雪區的喇嘛僧侶不和。他還攜帶了大批士人同到拉薩駐紮，這些秦中士大夫多數缺乏實幹才能，所以才混不上正途官職，只能走幕僚起家的道路。
偏偏米剌印本來就是明朝土司出身，對這些士大夫的巴結討好渴慕非常。他雖也是西軍一大名將，戰功赫赫，可到拉薩以後卻沉迷於同這些士大夫們把酒唱和，陶醉在雪山風光、寫詩創作裡。
完全疏忽了雪區僧俗對於順軍駐紮的強烈反感，也完全忽略了葛爾丹在雪區的種種串聯行動。
葛爾丹借達賴之口，邀請駐藏順軍將領、官佐前往寺廟觀禮，趁機關閉廟門，藏兵大舉殺出。雖然米剌印極力抵抗，但由於所帶衛兵甚少，周圍多是不堪戰鬥的士大夫，結果盡數被藏兵屠殺。
米剌印本人也被葛爾丹所殺，首級據說被喇嘛做成了法器。
拉薩之變，是順軍西北作戰的最大敗績。米剌印官居制將軍，封侯爵，是大順西北駐軍的名將之一，竟然落得這樣被殺頭做成法器的下場。
而同樣被殘忍殺害的還有好幾十名關中士大夫，傳聞藏人害怕這些文士死後成佛作祟，竟然將其全部分屍，殘屍分別施加厭勝之法，用極端殘忍的手段埋藏、鎮壓各地。
這些驚人的消息傳到長安以後，秦人無不爲之震駭驚怒非常。
即便天子，亦深感受辱，必有斬殺僧格渾臺吉、葛爾丹兄弟，並一洗喇嘛以後，方纔能雪此奇恥大辱。
爲此劉芳亮暫停了對於哈密以西準噶爾軍的進攻，雙方在吐魯番一帶列兵對峙。
同時劉芳亮又將部中精兵悉付於李懋亨之手，命其急速南下入藏平叛。
爲了爭取時間，趕在準軍入藏支援葛爾丹以前，先行解決葛爾丹，李懋亨等人僅率衛兵五百人便先行入藏。
他星夜兼程奔入雪區，時正值嚴冬，途徑寒冷荒涼崎嶇的高原，並站兼行，飛馳千里。
李懋亨沿途還考察了自然地理環境，對衆多戰略要點的氣候、水源、物產、地理風貌做了詳盡的調查。
這段時間裡，李懋亨所部兵力雖然十分寡弱，但他大膽的行動，使得不少雪區地方貴族摸不清楚順軍入藏兵力的具體數字。
再加上李懋亨根據張國武所說的情況，積極迎合地方土著的傳統習俗，遊說當地貴族，因此得到了不少畏懼順軍報復的雪區土練土團的支持。
有這些土著作爲嚮導和友軍，順軍的進軍速度便大大提高了。
不久趙自牢也帶着另外一批援軍主力進入雪區，很快同李懋亨匯合，順軍的總兵力達到了八千餘人左右。
葛爾丹低估了大順軍的行動速度和兵力規模，冒然出擊率領藏軍主力同李懋亨進行會戰，結果被一戰擊潰。
大順軍隨即在雪域高原上展開迅猛的追擊，直撲拉薩。葛爾丹則沿途修建碉堡，佈置重兵防守。
李懋亨遂用趙自牢之謀，利用一部分投靠順軍的藏兵，發揮藏兵善於翻山越嶺的特長，由藏兵爲嚮導帶領順軍精兵翻山間道。
大順軍士卒所經山徑逼仄，亂石叢集，越大山數重，無路可通，只能一邊開山劈樹，一邊前進，軍行雪地，傍山幾無駐足之地，官兵俱在石巖下露宿，深入一百六七十里，未見敵蹤，不少人甚至覺得是遭到藏兵欺騙，心生絕望。
關鍵時刻，趙自牢發現了山下有葛爾丹軍堡壘。順軍全軍士氣大振，當夜便偷襲堡城，葛爾丹軍全無防備，二戰再潰。
順軍實現了繞敵腹背的目標以後，便大舉前進猛攻，更多雪區貴族相繼歸附，爲李懋亨提供了許多糧秣，使得即將彈盡糧絕的順軍士卒再不用擔心缺糧了。